Le séquençage génomique permet de détecter la résistance de Plasmodium falciparum à certains médicaments.Crédit : piola666/ iStock/ Getty Images Plus
Les moustiquaires imprégnées d'insecticide, le chlorfénapyr, se sont toujours avérées plus protectrices que tout autre type de moustiquaire contre les moustiques vecteurs du paludisme. L'utilisation du chlorfénapyr a été introduite après que 60 pays ont signalé une résistance généralisée aux insecticides pyréthrinoïdes initialement utilisés.
Les dernières lignes directrices de l'Organisation mondiale de la santé pour la lutte contre le paludisme (2023) suggèrent d'utiliser le chlorfénapyr en association avec un pyréthroïde "pour renforcer l'effet" des moustiquaires imprégnées d'insecticide (MII) et pour lutter contre le développement de la résistance.
Un nouvel article publié dans Scientific Reports indique que le patrimoine génétique de certaines populations de moustiques en Afrique montre déjà des signes d'une moindre sensibilité à l'impact du chlorfénapyr.L'auteur principal et entomologiste médical, Magellan Tchouakui, du Centre de recherche sur les maladies infectieuses (CRID) au Cameroun, explique que l'étude du génome des moustiques présente un intérêt pratique pour la surveillance de leur résistance et de la potentielle résistance croisée avec les insecticides actuels.
Faire face à la situation
Selon le rapport 2022 sur le paludisme, environ 90 % des 600 000 décès liés au paludisme signalés chaque année surviennent en Afrique, la plupart du temps chez les enfants.Le Cameroun, l'Ouganda, le Malawi, le Ghana et la République démocratique du Congo (RDC) figurent parmi les dix pays les plus touchés par le paludisme. Comme rapporté dans l'article publié dans Scientific Reports en 2021, des scientifiques de ces pays ont collecté des moustiques Anopheles gambiae et Anopheles funestus - les deux principaux vecteurs du paludisme en Afrique - dans des étangs et des maisons situés dans des zones agricoles rurales.
Tous les moustiques Anopheles funestus testés étaient sensibles au chlorfénapyr.
Cependant, tous les échantillons d'Anopheles gambiae obtenus au Cameroun, en RDC et au Ghana ne sont pas morts lorsqu'ils ont été exposés au chlorfénapyr en laboratoire, ce qui laisse craindre que l'insecticide ne soit pas aussi efficace contre les populations sauvages d'Anopheles gambiae dans ces pays.
"Nos résultats comptent parmi les premiers rapports d'Afrique indiquant que certaines populations de moustiques habituellement porteurs du parasite Plasmodium responsable du paludisme pourraient développer une tolérance au chlorfénapyr", explique Charles Wondji, codirecteur de l'étude et généticien associé au CRID et à l'École de Médecine Tropicale de Liverpool.
"Nos résultats montrent qu'il est important de commencer à mettre en place des plans de gestion de la résistance afin d'anticiper le fait que le chlorfénapyr pourrait ne pas fonctionner partout".
Selon M. Wondji, la question du développement de la résistance n'est plus de savoir s'il y aura une résistance, mais quand elle se manifestera.
Les enfants dorment sous une moustiquaire imprégnée d'insecticide de longue durée pour prévenir le paludisme.Crédit : AusAID / Alamy Stock Photo
L'article de Scientific Reports contient quelques bonnes nouvelles concernant l'utilisation du chlorfénapyr dans les communautés où les populations de moustiques sont résistantes aux insecticides dérivés des pyréthrinoïdes. "Nous avons constaté que les moustiques hautement résistants aux insecticides pyréthrinoïdes actuels par le biais du mécanisme de résistance knockdown (kdr) étaient plus susceptibles d'être tués par le chlorfénapyr que les moustiques porteurs de l'allèle sensible. Cela expliquerait pourquoi les moustiquaires à base de chlorfénapyr se sont révélées très efficaces contre les populations résistantes aux pyréthrinoïdes", explique M. Wondji.M. Wondji a appelé à un changement d'approche dans les programmes existants de surveillance du paludisme, afin d'inclure une surveillance phénotypique et génomique. Cela permettra de suivre activement le développement de la résistance aux nouveaux insecticides.
"Nous devons intensifier la surveillance génomique des vecteurs et des parasites Plasmodium pour réussir à lutter contre le paludisme. Pour ce faire, nous devons améliorer les capacités humaines et les infrastructures en Afrique".M. Wondji estime qu'il est possible d'améliorer les efforts déployés à l'échelle du continent en créant des pôles régionaux de soutien autour de laboratoires dont l'expertise est reconnue, comme le fait le CRID avec le soutien de bailleurs de fonds tels que la Fondation Bill et Melinda Gates et le Wellcome Trust.
Développer de nouvelles approches
Le mois dernier, quatre groupes de travail composés d'experts de toute l'Afrique se sont réunis pour discuter des feuilles de route qu'ils ont élaborées au nom de l'initiative Africa CDC Pathogen Genomics Initiative (Africa PGI). Ces feuilles de route proposent des mesures de surveillance génomique pour aider le secteur de la santé publique du continent à lutter contre le paludisme, les maladies d'origine alimentaire, les maladies évitables par la vaccination et les souches résistantes aux antimicrobiens (AMR). Il fournira un cadre au CDC Afrique, aux pays, aux régions, aux partenaires et aux principales parties prenantes pour intégrer la génomique des maladies prioritaires multi-pathogènes et autres dans les politiques existantes et les systèmes de surveillance des maladies de routine.
Cette étape fait suite aux succès obtenus lors de la pandémie de COVID-19 en utilisant des outils génomiques pour rechercher de nouveaux variants et de nouveaux schémas de maladie, et ainsi contrôler sa propagation.
Le passage d'une maladie à l'autre ne se fait pas nécessairement sans heurts. Le paludisme en est un exemple.
"Oui, on peut utiliser les mêmes séquenceurs de gènes. Cependant, il existe différents niveaux de complexité et de compréhension entre le vecteur du paludisme, le parasite Plasmodium responsable de la maladie et le SRAS-CoV-2. Le génome du vecteur du paludisme est 10 000 fois plus grand que celui du SARS-CoV-2. Et le génome du parasite est environ mille fois plus grand", explique Alfred Amambua-Ngwa, un autre membre du groupe de travail sur le paludisme de l'IGP Afrique, chercheur dans l'unité du Medical Research Council en Gambie et de la London School of Tropical Medicine à Banjul, en Gambie.
Amambua-Ngwa a récemment cosigné un article dans Human Molecular Genetics qui montre que les personnes vivant au Cameroun ont développé des marqueurs génétiques spécifiques qui semblent les protéger contre les infections ou les formes graves de la maladie.
Selon Amambua-Ngwa, l'utilisation de la génomique a déjà permis de détecter la résistance du parasite à certains médicaments au Rwanda et en Ouganda, et de tels tests seraient utiles dans les pays à forte charge de morbidité tels que le Nigeria, le Cameroun, la Sierra Leone et le Mozambique.
Au début de cette année, le Wellcome Trust a publié la septième mise à jour de la ressource de données MalariaGEN Pf7, une collection de plus de 20 000 séquences génomiques différentes de Plasmodium falciparum. Ces séquences ont été recueillies par le réseau international MalariaGEN auprès de 82 études partenaires dans 33 pays.
Toutefois, la plupart des séquences disponibles ont été produites par des chercheurs au Royaume-Uni, aux États-Unis et en Asie, et sont conservées dans des dépôts au Royaume-Uni et aux États-Unis. Wondji estime qu'il serait utile de développer des compétences similaires en Afrique et de mettre en place une surveillance génomique solide en étroite collaboration avec les programmes nationaux de lutte contre la maladie.
