Micrographie électronique à balayage de la bactérie Mycobacterium tuberculosis, responsable de la tuberculose.Crédit : NIAID
Le test moléculaire rapide courant donne des résultats erronés chez un certain nombre de patients atteints de tuberculose résistante aux médicaments, conduisant aux traitements inefficaces, a montré une étude danalyse génomique au niveau de la population au sud du Mozambique.
Dirigée par Mariana López et Iñaki Comas de l'Institut de biomédecine de Valence (IBV), en collaboration avec le Centro de investigação de Saúde de Manhiça (CISM), Maputo, Mozambique, l'équipe a utilisé le séquençage du génome entier (WGS) pour étudier les mutations de résistance aux antibiotiques dans deux cohortes d'isolats provenant de patients atteints de tuberculose.
Bien que le test de diagnostic moléculaire routine (GenExpert) ait l'avantage d'être rapide, il ne détecte pas certaines résistances, ce qui a provoqué des foyers multirésistants circulant en Eswatini et en Afrique du Sud, deux pays qui bordent le Mozambique.
"Nous nous sommes demandé si ces clones étaient présents au Mozambique et si les limites des tests de diagnostic constituaient un problème dans la région examinée ", explique Mariana López, co-auteur principal de l'étude.
À l'aide de la technologie de séquençage génomique, l'équipe a créé des profils de résistance aux médicaments à partir de plus de 600 échantillons de patients collectés au cours de deux enquêtes dans le sud du Mozambique en 2018 et en 2014. "L’analyse génomique révèle qu'il existe des souches circulantes qui résistantes aux médicaments de première ligne et qui ne sont pas détectées par les diagnostics de première ligne", explique Iñaki Comas, chercheur principal de l'Institut de biomédecine de Valence, qui a codirigé l'étude. "Cette situation, combinée à une transmission élevée de la tuberculose dans la région, crée un scénario dangereux dans lequel la résistance aux médicaments peut se développer sans qu'on s'en aperçoive", ajoute-t-il.
L'équipe a identifié 30 groupes de pays où se trouvent au moins une souche mozambicaine et une ou plusieurs souches d'autres pays. Dans ces régions, 52 échantillons étaient mozambicains et 150 provenaient de pays voisins, principalement d'Afrique du Sud (73) et d'Eswatini (40), mais aussi du Botswana, du Malawi et du Zimbabwe. Entre 2 et 35 échantillons étaient enlevées de chaque groupe.
L'étude souligne le rôle du séquençage du génome entier en tant qu'outil d'évaluation de la performance des diagnostics au point d'intervention dans les environnements cliniques et pour la surveillance de la résistance aux médicaments, Comas a noté.
