Les maladies fongiques se propagent sans être détectées

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Au milieu de l'année 2021, une maladie fongique mortelle appelée mucormycose a commencé à se répandre dans les hôpitaux surpeuplés de l'Inde. Souvent appelée "champignon noir" et causée par diverses espèces de moisissures communes, la mucormycose envahit généralement les structures du visage et du cerveau. Mais lors de l'épidémie indienne, des milliers de personnes hospitalisées - la plupart sous traitement stéroïdien pour une COVID-19 sévère - ont développé des infections fongiques qui se sont développées à l'insu de tous dans les poumons¹.

"Nous avons manqué un grand nombre de cas de mucormycose pulmonaire lors de l'épidémie de COVID", déclare le microbiologiste Arunaloke Chakrabarti, directeur de l'hôpital et de l'institut de recherche Doodhadhari Burfani à Haridwar, en Inde. L'expertise et les tests nécessaires pour diagnostiquer la maladie n'étaient souvent pas disponibles, explique Chakrabarti, et de nombreuses personnes sont décédées avant d'avoir pu être traitées.

L'expérience de l'Inde avec la mucormycose reflète une situation difficile plus générale en matière de diagnostic : de nombreux pays à revenu faible et intermédiaire (PRFI) ne disposent même pas des outils les plus élémentaires pour détecter les maladies fongiques qui tuent environ 2,5 millions de personnes chaque année² .

Les erreurs de diagnostic conduisent souvent à des traitements incorrects et, comme les personnes immunodéprimées sont particulièrement à risque, l'utilisation croissante de stéroïdes et d'autres médicaments immunodépresseurs contribue à l'augmentation des populations vulnérables. Les personnes atteintes du VIH, du cancer et de maladies respiratoires sont particulièrement exposées, notamment lorsque les mauvaises conditions d'hygiène et la surpopulation favorisent la propagation de pathogènes fongiques³.

Alors que les taux de maladies fongiques augmentent régulièrement, les efforts visant à renforcer la capacité des pays à faible revenu à diagnostiquer ces maladies sont devenus plus urgents. En 2022, l'Organisation mondiale de la santé (OMS) a publié son tout premier classement des menaces sanitaires liées aux champignons, dans le but de renforcer la réponse mondiale aux infections. Le rapport souligne qu'un accès élargi aux diagnostics aidera les décideurs politiques à mieux évaluer le fardeau des maladies fongiques, de sorte que les ressources et l'attention puissent être allouées de manière plus appropriée.

Un problème mondial

Les enquêtes menées ces dernières années sur les capacités de diagnostic dans les pays à faible revenu révèlent une situation désastreuse. Dans de nombreux endroits, les méthodes se limitent à la microscopie conventionnelle et à la culture fongique, qui présentent toutes deux des lacunes. La microscopie, par exemple, nécessite l'expertise de personnes capables d'identifier les pathogènes fongiques par leur apparence. Ces spécialistes ne sont généralement pas disponibles dans les régions reculées. De plus, la culture d'une quantité suffisante de cellules fongiques pour l'analyse microscopique peut prendre jusqu'à un mois. C'est trop long pour les personnes gravement malades, comme celles "atteintes de septicémie ou de méningite fongique, qui ont besoin d'un diagnostic plus immédiat", explique Marcio Louenco Rodrigues, mycologue à la Fondation Oswaldo Cruz, un institut de recherche situé à Curtiba, au Brésil. Certains agents pathogènes, dont Pneumocystis jirovecii, responsable de la pneumonie, ne peuvent pas être cultivés du tout.

En l'absence de diagnostic, les médecins traitent souvent les infections suspectées sur la base des symptômes. Mais cette approche comporte des risques. Certains agents pathogènes fongiques, dont les Mucorales, Histoplasma et Aspergillus, provoquent des infections pulmonaires mortelles qui peuvent être facilement confondues avec la tuberculose, qui est une maladie bactérienne ⁴. Les infections fongiques ne répondent pas aux antibiotiques. Selon Claudia Banda, spécialiste des maladies infectieuses à l'université Cayetano Heredia de Lima, au Pérou, lorsque les personnes dont le diagnostic de tuberculose est erroné reçoivent un traitement antifongique, "beaucoup d'entre elles sont déjà en train de mourir".

Pour renforcer la capacité de diagnostic, il est essentiel d'élargir l'accès à des tests simples, utilisables sur le lieu de soins et peu coûteux dans les régions reculées. "C'est ce que les pays en développement souhaitent vraiment", déclare David Denning, clinicien chercheur à l'université de Manchester, au Royaume-Uni. Denning est le président fondateur du Fonds d'Action Mondial contre les Infections Fongiques (GAFFI), un groupe de pression non gouvernemental dont le siège se trouve à Genève, en Suisse. Le GAFFI a joué un rôle clé dans la sélection des tests pour les maladies fongiques pour la liste des diagnostics essentiels de l'OMS, qui a été publiée pour la première fois en 2018.

En tête de liste figurent les tests de flux latéral qui produisent des résultats diagnostiques rapides et coûtent moins de 5 dollars américains chacun. Ces types de tests sont déjà bien connus en tant que kits de test à domicile pour le COVID-19. Ils détectent les antigènes microbiens ou les anticorps immunitaires dans le sang et d'autres fluides et ont déjà été normalisés pour plusieurs pathogènes fongiques. Par exemple, l'OMS recommande le dépistage de l'antigène cryptococcique chez les personnes séropositives dont le nombre de globules blancs est extrêmement bas, ce qui indiquerait la présence d'une infection fongique nocive pouvant provoquer une méningite⁵.

Les tests de flux latéral permettent de détecter Cryptococcus avec une grande précision. Mais en Afrique, où vivent environ 65 % des personnes séropositives dans le monde, seuls 25 % de la population ont accès à ce test, selon une étude financée par le GAFFI³. Les pays d'Amérique latine connaissent des pénuries similaires. En 2023, Mme Banda et ses collègues ont mené une enquête dans les hôpitaux publics du Pérou et ont constaté que seuls 13 % d'entre eux étaient en mesure de fournir un test de dépistage de l'antigène cryptococcique (données non publiées).

Un effort pour élargir l'accès

L'adoption de ces tests est entravée par un manque de sensibilisation aux infections fongiques, explique M. Rodrigues, qui ajoute que pour de nombreux pathogènes fongiques, il n'existe pas de tests de flux latéral. Le coût est également un obstacle, car bien que le prix par test soit faible, leur déploiement à grande échelle imposerait des charges considérables à des systèmes de soins de santé déjà très sollicités.

L'utilisation systématique de ce test pourrait sauver de nombreuses vies - le cryptocoque tue près de 150 000 personnes par an² Cependant, Banda souligne que le principal traitement médicamenteux de la cryptococcose méningée, l'amphotéricine B, est également extrêmement toxique, "c'est pourquoi nous aimons avoir des preuves définitives de la maladie avant de commencer le traitement".

L'élargissement des diagnostics à d'autres champignons pouvant causer des maladies graves, comme Aspergillus et Histoplasma, pourrait également sauver des vies. Selon M. Denning, jusqu'à 10 % des personnes suspectées de tuberculose sont en fait atteintes d'aspergillose pulmonaire chronique. "Tous les centres de traitement de la tuberculose dans le monde devraient donc procéder à des tests de dépistage", ajoute-t-il. Les recherches de Denning sur l'incidence mondiale des maladies fongiques ont révélé que plus de 2 millions de personnes développent chaque année une aspergillose invasive ², qui survient lorsque le champignon se propage dans l'organisme. L'histoplasmose est également endémique dans de nombreux PRFM et, en l'absence de traitement, le taux de mortalité chez les personnes séropositives est de 100 %, précise M. Banda.

Les travaux de Banda sur les maladies fongiques au Pérou, financés par les Centres américains de contrôle et de prévention des maladies, montrent que l'histoplasmose est endémique chez les personnes atteintes du VIH, du cancer et d'autres maladies immunodépressives qui vivent dans les jungles côtières du pays et aux alentours. Les excréments de chauve-souris dans ces régions sont une source immédiate de spores du champignon. Selon Mme Banda, il n'existe pas d'estimations précises du nombre de personnes touchées, en raison du manque d'accès aux tests de diagnostic. Elle cite un besoin d'accès similaire pour l'aspergillose pulmonaire chronique et le Candida auris - un fléau hospitalier notoirement difficile à éliminer ou à contrôler. Le champignon C. auris, en particulier, est une menace émergente pour la santé mondiale ; certaines souches résistent à tous les antifongiques et entraînent des taux de mortalité pouvant atteindre 70 %. Au Pérou, l'agent pathogène est apparu il y a plusieurs années, "et nos laboratoires de microbiologie ne sont pas tous préparés de manière adéquate", explique M. Banda.

Les défenseurs de cette cause demandent que des tests de flux latéral soient mis au point pour un plus large éventail de maladies fongiques. Dans cette optique, des chercheurs de l'université d'Exeter, au Royaume-Uni, mettent au point un test spécifique à Rhizopus arrhizus⁶ - une spore fongique responsable de la plupart des cas humains de mucormycose, la maladie qui a sévi en Inde pendant la pandémie de COVID-19.

Mais les tests de flux latéral ne peuvent à eux seuls résoudre les problèmes de diagnostic. Les tests sont utiles en tant qu'indicateurs de dépistage qui révèlent si un pathogène donné est - ou a été - présent dans le corps, mais ils ne mesurent pas l'étendue d'une infection fongique, ni "la façon dont un patient répond au traitement", déclare Amir Seyedmousavi, microbiologiste clinique au National Institutes of Health Clinical Center, à Bethesda, dans le Maryland. Le suivi des patients nécessite des techniques analytiques plus avancées, comme le séquençage par réaction en chaîne de la polymérase (PCR) et d'autres tests moléculaires, explique M. Seyedmousavi. Cependant, les capacités de laboratoire nécessaires à ces technologies ne sont souvent pas disponibles dans les régions à faibles ressources.

M. Seyedmousavi préside le groupe de travail sur le diagnostic fongique de la Société Internationale de Mycologie Humaine et Animale. Ce groupe travaille à la normalisation et à l'amélioration de tests de diagnostic abordables, en particulier pour les pays à faible revenu. Il vise également à créer des réseaux internationaux pour le partage des connaissances et l'éducation. Chakrabarti, quant à lui, travaille à la mise en place de centres de référence diagnostique dans toute l'Inde, qui offrent une gamme de diagnostics standardisés, non seulement dans les hôpitaux où ils sont basés, mais aussi dans les cliniques qui servent de premier point de contact pour les soins de santé. Les centres de référence dispensent des formations pour renforcer les effectifs des laboratoires, explique M. Chakrabarti, et le personnel y mène des études épidémiologiques pour cartographier la répartition des maladies fongiques dans tout le pays.

Le GAFFI soutient des approches similaires dans d'autres parties du monde. En partenariat avec l'organisation à but non lucratif Asociacion de Salud Integral à Guatemala City, par exemple, le GAFFI a parrainé une démonstration de diagnostic axée sur un certain nombre de maladies fongiques, notamment l'histoplasmose et la cryptococcose. En 2023, le GAFFI a indiqué que la mortalité due aux infections fongiques chez les personnes séropositives pourrait être considérablement réduite grâce à des diagnostics et des traitements facilement accessibles.

Les efforts visant à élargir l'accès aux tests de diagnostic se heurtent à des difficultés complexes. La sensibilisation clinique aux maladies fongiques étant faible dans les PRFM, les médecins ne demandent pas assez souvent des tests de diagnostic pour créer un marché qui permettrait de rendre les tests plus facilement disponibles. En l'absence de meilleures informations sur la prévalence - en particulier en dehors des zones urbaines - les systèmes de santé des pays à faible revenu n'ont pas réussi à donner la priorité aux maladies fongiques, explique M. Banda, créant ainsi un cercle vicieux de négligence.

Le financement des soins de santé pose des obstacles supplémentaires. Dans certains pays à faible revenu, les personnes doivent payer de leur poche les tests de diagnostic des champignons. "Les gens ne veulent pas payer pour un test qui pourrait s'avérer négatif", explique M. Denning. "Ils veulent simplement que le médecin prenne une décision concernant le traitement. Pour les maladies fongiques potentiellement mortelles - celles qui provoquent une méningite, une septicémie ou une pneumonie - cela peut être difficile".

M. Denning estime que les hôpitaux universitaires des pays à faible revenu devraient avoir accès à tous les tests figurant sur la liste de l'OMS des diagnostics fongiques essentiels, et que ces tests devraient également être mis gratuitement à la disposition du public au point d'utilisation. Si les hôpitaux n'améliorent pas leur capacité à détecter et à traiter correctement les maladies fongiques, prévient-il, "alors la résistance microbienne acquise et l'utilisation inappropriée de tous ces antimicrobiens deviendront monnaie courante".

Heureusement, les tests de diagnostic sont de moins en moins chers, "il devrait donc être possible de les fournir à bas prix dans le monde entier", ajoute M. Denning. "Le plus important est de les mettre à la portée de tous."