Chimpanzé (Pan troglodytes) jeune femelle, creusant avec un bâton, Nairobi, Kenya, AfriqueCrédit: Peter Davey/FLPA/Alamy Stock Photo
Une nouvelle étude publiée dans la revue Cell Genomics a révélé des secrets génomiques dans les fèces de chimpanzés africains menacés d'extinction, qui pourraient contribuer à leur conservation.
Claudia Fontsere, chercheuse postdoctorale sur la conservation à l'Institut de biologie de l'évolution de Barcelone, et ses collègues du Sénégal, du Ghana, d'Allemagne et de Suisse, ont collecté 800 échantillons fécaux provenant de 48 sites en Afrique. Ces travaux s'inscrivaient dans le cadre du programme panafricain : Le chimpanzé d’élevage.
"Nous avons pu établir le catalogue le plus complet de la diversité génomique des populations de chimpanzés sauvages", a déclaré Claudia. Ces données pourraient contribuer aux efforts de conservation en fournissant les informations nécessaires sur la génétique de cette espèce menacée.
Grâce à cet ensemble de données, l'équipe a pu établir un lien entre les structures historiques des populations et le flux de gènes entre les populations de chimpanzés séparées par des barrières géographiques. Cela inclut des rivières comme la Sanaga au Cameroun et l'Ogooue en République démocratique du Congo et des lacs comme le lac Tanganyika.
"Nous avons également conçu une méthodologie de géolocalisation capable de localiser l'origine inconnue des chimpanzés confisqués à environ 100 kilomètres de leur origine apparente. Cela permettra de soutenir les efforts de lutte contre le commerce illégal d'animaux sauvages et de produits dérivés", a déclaré Claudia.
Les échantillons génomiques différents et variables des populations de chimpanzés constituent un trésor qui aide les scientifiques à connaître leur complète histoire démographique passée, leur connectivité et leur diversité génétique.
Cela est particulièrement vrai pour les régions de l'aire de répartition des chimpanzés en Afrique tropicale où l'on manque de matériel archéologique préservé. "Grâce à notre méthode d'échantillonnage, nous avons découvert environ 50 % de variantes génétiques en plus sur le chromosome 21 par rapport aux études précédentes," a déclaré Claudia.
Un échantillonnage invasif, de sang ou de tissus par exemple, pour le séquençage du génome d'espèces sauvages menacées d’extinction, permettrait d'obtenir des échantillons d'ADN de meilleure qualité. Mais cela n'est pas faisable - ni même souhaitable - pour un certain nombre de raisons, expliquent les chercheurs. "C'est pourquoi, dans cette étude, nous avons utilisé des échantillons obtenus de manière non invasive, leur collecte n'impliquant aucun contact avec les animaux."
Les échantillons fécaux présentent toutefois de nombreux défis techniques, principalement en raison de leur faible proportion d'ADN hôte, hautement dégradé, généralement autour de 1 à 3 %.
