Le National Institutes of Health (NIH) des États-Unis a récemment accordé 74,5 millions de dollars US sur cinq ans pour promouvoir la science des données et accélérer les avancées dans la recherche sur la santé en Afrique. C’est le résultat de décennies d'efforts pour faire progresser la recherche en génomique et déployer les ressources génomiques afin de résoudre les problèmes de santé publique sur le continent.
Depuis l'achèvement en 2003 du projet du génome humain, une collaboration internationale de recherche visant à identifier la séquence d'ADN de l'ensemble du génome humain, la génomique a été largement adoptée pour faciliter le diagnostic des maladies et accélérer le développement de médicaments à l'échelle mondiale.
En Afrique, les progrès ont été lents. Bien que les populations africaines soient les plus diverses sur le plan génétique, leurs génomes représentent moins de 2 % des études génomiques existantes. La raison en est simple : les études portent principalement sur des individus d'origine européenne.
Consciente de la nécessité de remédier à cette disparité, l'initiative Hérédité Humaine et Santé en Afrique (H3Africa) a été lancée en 2010, avec un financement fourni par le NIH et le Wellcome Trust, afin de démêler les bases génomiques des maladies transmissibles et non transmissibles en Afrique. Aujourd'hui dans sa 11e année, H3Africa accueille plus de 10 centres de recherche collaborative et 4 programmes de formation en bioinformatique. Elle a publié des données génomiques sur plus de 79 000 personnes et créé trois biobanques en Afrique du Sud, au Nigeria et en Ouganda. Peut-être inspirés par le succès de H3Africa, des appels ont été lancés en faveur d'un projet "Trois millions de génomes africains" visant à séquencer les génomes de 3 millions d'Africains âgés de plus de 10 ans.
En 2014, le Réseau d'Epidémiologie Génomique du Paludisme a lancé Ag1000G, un partenariat multinational qui applique le séquençage du génome entier pour découvrir les différences génétiques naturelles dans les populations de moustiques à travers l'Afrique, dans le cadre de plus larges projets de surveillance génétique. La même année, l'équipe du projet African Genome Variation a publié ses conclusions sur l'examen méthodique des variations génétiques chez 1 481 individus d'Afrique subsaharienne, appelant à une meilleure caractérisation génomique des populations africaines. Au Nigeria, le Centre d'Excellence Africain pour la Génomique des Maladies Infectieuses (ACEGID) est en train de constituer une masse critique de scientifiques africains spécialisés dans la génomique et formés pour développer des outils d’éradication des maladies infectieuses. Depuis sa création en 2013, le centre a poursuivi des recherches fondées sur la génomique de la fièvre de lassa, d’Ebola et du paludisme. Le financement par la Banque mondiale de 8 millions de dollars pour l'ACEGID a porté ses fruits - le centre a séquencé la première séquence du génome du SRAS-Cov-2 en Afrique et a mis au point un test de diagnostic rapide du COVID-19.
Le secteur privé prend acte de ces réussites. BixBio, une startup sud-africaine de biotechnologie basée au Cap, qui construit des outils génétiques pour faire progresser la médecine de précision, a obtenu un financement Illumina Accelerator en septembre 2021. Ailleurs à Johannesburg, la biobanque African Institute of Everyone Genome s'associe à BC Platforms, basée en Suisse, pour stocker 10 millions de génomes africains au cours des 15 prochaines années afin de faciliter la recherche clinique et la découverte de médicaments. Depuis son lancement en 2019, la startup 54gene, basée au Nigeria, a levé plus de 40 millions de dollars pour développer des outils génomiques destinés à faire progresser la recherche biomédicale dans le diagnostic des maladies, la découverte de médicaments et les essais cliniques.
Pour soutenir l'élan actuel de la recherche génomique en Afrique, il faudra que les gouvernements s'engagent financièrement à relever les défis de grande ampleur en matière d’infrastructure à l'échelle du continent. Cela permettra de créer des capacités locales durables et d'éviter de dépendre uniquement des subventions étrangères et des investisseurs privés. Un soutien réglementaire est également nécessaire pour établir les meilleures pratiques en matière de biobanque, d'éthique, de partage des données et de commercialisation. Néanmoins, si l'on en croit les témoignages ci-dessus, l'avenir est bel et bien radieux pour le paysage de la recherche génomique en Afrique.
