Une variante du coronavirus menace la sortie de crise à l’échelle mondiale

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Le nouveau variant du coronavirus apparu en Afrique du Sud à la fin de l'année dernière et qui s'est rapidement propagé dans le monde entier pourrait compliquer les efforts visant à maîtriser la pandémie de COVID-19.

Ce n’est pas seulement que ce variant, connu sous le nom de B.1.351 ou 501Y.V2, semble être plus infectieux. Il est de plus en plus évident que ses mutations pourraient l'aider à échapper aux réponses immunitaires déclenchées par les vaccins et les infections précédentes.

Au moins un vaccin que les autorités sud-africaines avaient commencé à stocker s'est révélé¹ largement inefficace pour prévenir le COVID-19 léger à modéré dû au B.1.351. On ne sait pas si ce vaccin - celui d'AstraZeneca et de l'Université d'Oxford - offre une quelconque protection contre la maladie grave causée par les nouveaux variants. Les experts de la santé en Afrique du Sud débattent maintenant du bien-fondé de la poursuite des plans de vaccination de masse.

L'une des principales voix en faveur d'un déploiement du vaccin est celle de Shabir Madhi, directeur de l'unité de recherche analytique sur les vaccins et les maladies infectieuses de l'université de Witwatersrand à Johannesburg, qui a dirigé les essais du vaccin COVID-19 dans le pays.

Les essais d'autres vaccins candidats en Afrique du Sud ont démontré que la vaccination permettait de sauver des vies², même s'ils ont montré une efficacité moindre contre le B.1.351 dans les cas légers, note-t-il. Compte tenu des similitudes dans la conception de tous les vaccins testés, M. Madhi pense que le vaccin AstraZeneca/Oxford conférerait également une protection contre les formes graves.

En l'absence d'alternative, il affirme que ne pas administrer le vaccin aux personnes présentant un risque élevé de complications liées au COVID-19 "n'a pas beaucoup de sens".

"Vous avez un vaccin qui est sûr", dit Madhi. "Le pire scénario serait que le vaccin ne protège vraiment pas contre les formes graves, auquel cas ces personnes pourraient bénéficier d’un autre vaccin quand il serait disponible."

Une propagation rapide

Houriiyah Tegally, bioinformaticienne à l'université de KwaZulu-Natal à Durban, convient que la distribution de vaccins à grande échelle doit rester une priorité absolue.

Elle a suivi la dynamique de B.1.351 et a constaté la rapidité avec laquelle de nouveaux variants peuvent se propager. "Nous constatons que l'Afrique est en quelque sorte laissée pour compte", déclare Mme Tegally. "Il faut accorder une plus grande attention à la vaccination du continent si nous ne voulons pas que des variantes inquiétantes évoluent."

Elle et ses collègues - dirigés par Tulio de Oliveira, directeur de la KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP) - ont détecté pour la première fois le variant B.1.351 à la mi-octobre 2020 dans la province du Cap oriental, en Afrique du Sud. Le variant s'est ensuite rapidement déplacé dans les provinces voisines, devenant la lignée dominante à un moment où le nombre de cas explose dans le pays.

Les analyses génomiques et épidémiologiques, décrites³ par l'équipe KRISP ce mois-ci dans Nature, ont révélé que la variante présentait un avantage adaptatif par rapport aux autres formes de SARS-CoV-2, en raison d'une transmissibilité accrue, de meilleures tactiques d'évasion immunitaire, ou des deux.

Ces caractéristiques expliquent probablement pourquoi le B.1.351 a pris le pas sur d'autres variants dans presque toute l'Afrique australe - avec les poussées d'infection correspondantes. La Zambie, par exemple, a vu le nombre de ses cas multiplié par plus de 16 en décembre 2020, au moment où les chercheurs ont détecté pour la première fois le variant et ont constaté qu'il était rapidement à l'origine de presque toutes les infections⁴.

"Les niveaux étaient stupéfiants", déclare Daniel Bridges, biochimiste basé à Lusaka au sein du PATH, organisation de santé publique à but non lucratif, et qui a dirigé l'étude zambienne. "Il semble que B.1.351 soit dominant".

Une tendance similaire est observée au Botswana, au Lesotho, au Mozambique et au Zimbabwe, selon les données de séquences disponibles au public. À ce jour, plus de 60 pays ont signalé des cas de B.1.351.

"Il se propage très rapidement", déclare Tapfumanei Mashe, épidémiologiste moléculaire au Laboratoire National de Référence en Microbiologie à Harare, qui a identifié le variant B.1.351 dans 69 % des échantillons viraux séquencés en décembre 2020 et 95 % des échantillons analysés en janvier 2021^ref.5. Aujourd'hui, il s'inquiète de l'impact de ce variant sur les campagnes de vaccination.

Immunité compromise

Tous les vaccins évalués jusqu'à présent en Afrique du Sud se sont révélés moins efficaces contre la variante B.1.351 qu'ils ne l'étaient contre d'autres variants ailleurs - et les expériences en laboratoire en montrent une raison. Dans une éprouvette, le B.1.351 est nettement plus résistant à la neutralisation par rapport aux autres variants, que ce soit par les anticorps thérapeutiques, les anticorps trouvés dans le sang des survivants du COVID-19^ref.6 ou les anticorps provoqués par les vaccins actuellement largement distribués^7,8,9.

Ces résultats sont inquiétants, mais comme le souligne M. Mashe, toutes les études pertinentes réalisées en laboratoire et sur le terrain à ce jour ont porté sur des plates-formes vaccinales dans lesquelles une partie seulement du virus - à savoir la protéine spike ou sa séquence codante - est utilisée pour apprendre au système immunitaire à reconnaître et à attaquer le SARS-CoV-2.

B.1.351, avec ses huit mutations dans la protéine spike, dont trois dans le domaine critique de liaison aux récepteurs, semble particulièrement apte à contourner ces types de défenses vaccinales centrées sur le spike. Cependant, il reste à voir si ce variant entrave également d'autres plates-formes vaccinales, telles que celles construites à partir de versions tuées de la particule virale entière.

Trois de ces vaccins à virus inactivé sont désormais autorisés au Zimbabwe, où les autorités sanitaires ont déjà commencé à vacciner des dizaines de milliers de personnes. En théorie, "on dispose de l'ensemble du virus, ce qui permet d'obtenir toute une gamme d'anticorps" contre des cibles autres que la protéine Spike, note Naor Bar-Zeev, épidémiologiste à l'école de santé publique Johns Hopkins Bloomberg de Baltimore (Maryland), qui travaille sur les campagnes de vaccination en Afrique.

"Ce que nous ne savons pas, c'est si cela reste vrai dans la pratique", déclare M. Mashe.

Protection étendue

L'un des avantages potentiels de la nouveau variant est qu'une infection par B.1.351 semble susciter des anticorps qui sont actifs à la fois contre la forme originale et la forme nouvellement émergente du SARS-CoV-2, même si l'inverse n'est pas nécessairement vrai¹⁰.

Penny Moore, virologue à l'Institut national des maladies transmissibles de Johannesburg, soupçonne que le système immunitaire reconnaît le B.1.351 différemment des autres variants, ce qui conduit à l'induction d'anticorps qui agissent sur des sites largement partagés par les différentes lignées virales. "Il est tout à fait possible que le ciblage ait fondamentalement changé. ”

Cela pourrait être de bon augure pour les efforts visant à développer de nouveaux vaccins ou des anticorps thérapeutiques plus efficaces. Avec un peu d'ajustement pour prendre en compte B.1.351, les contre-mesures actuelles peuvent être modifiées et peuvent encore mettre fin à la pandémie.

Mais comme le souligne Tegally, "d'autres mutations sont en train d’apparaitre".

De même que l'Afrique a donné au monde son variant le plus inquiétant documenté à ce jour, la région reste "un vivier" pour les variants de prochaine génération à venir - à moins que la communauté sanitaire mondiale ne fasse de la réponse au COVID-19 en Afrique une plus grande priorité.