est2genome alignments of the SAMSN1 cDNAs to the chimpanzee clone PTB-118J15
Note Best alignment is between reversed est and forward genome, but splice sites imply REVERSED GENE
Exon 854 98.4 183343 184224 PTB-118J15 1 882 hsa21-SAMSN1_AF218085
-Intron -20 0.0 184225 196563 PTB-118J15
Exon 149 99.3 196564 196714 PTB-118J15 883 1033 hsa21-SAMSN1_AF218085
-Intron -20 0.0 196715 198643 PTB-118J15
Exon 207 99.5 198644 198852 PTB-118J15 1034 1242 hsa21-SAMSN1_AF218085
Span 1170 98.7 183343 198852 PTB-118J15 1 1242 hsa21-SAMSN1_AF218085
Segment 854 98.4 183343 184224 PTB-118J15 1 882 hsa21-SAMSN1_AF218085
Segment 149 99.3 196564 196714 PTB-118J15 883 1033 hsa21-SAMSN1_AF218085
Segment 207 99.5 198644 198852 PTB-118J15 1034 1242 hsa21-SAMSN1_AF218085
PTB-118J15 vs hsa21-SAMSN1_AF218085:
PTB-118J15 183343 TATGCAAATAGTTCTTTTTATTATTAACATTAGGGTATGTCAAATTTTAA 183392
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 1 TATGCAAATAGTTCTTTTTATTATTAACATTAGGGTATGTCAAATTTTAA 50
PTB-118J15 183393 AATATTTACCCTTAAAGACAAAACATCTGCACAATTATTACAATTGGTTT 183442
||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 51 AATATTTACACTTAAAGACAAAACATTTCCACAATTATTACAATTGGTTT 100
PTB-118J15 183443 CACTAAATCAGAAGAGACTACACATTATCTATACTTTTATACCAGAAAAC 183492
|||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 101 CACTAAATCAGAAGTGACTACACATTATCTCTACTTTTATACCAGAAAAC 150
PTB-118J15 183493 AAAATGAAGAAATCAACAAAATATAATTACTAAAACTCCACTGTGGATCA 183542
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 151 AAAATGAAGAAATCAACAAAATATAATTACTAAAACTCCACTGTGGATCA 200
PTB-118J15 183543 AGATAAAATGTGTCCAATATTAACTCACACTTTCCCAATAAGTATAAAAA 183592
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 201 GGATAAAATGTGTCCAATATTAACTCACACTTTCCCAATAAGTATAAAAA 250
PTB-118J15 183593 TGAATATAACATTGCTTGGACAACTTGTTTCAACAGCGAATCCTCTATTA 183642
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 251 TGAATATAACATTGCTTGGACAACTTGTTTCAACAGCGAATCCTCTATTA 300
PTB-118J15 183643 CTATTTGTTCAATAACATATATAAATTCAAAACTGGCAGGTATGAAAAAA 183692
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 301 CTATTTGTTCAATAACATATATAAATTCAAAACTGGCAGGTATGAAAAAA 350
PTB-118J15 183693 GGTTACTTTGTTTTTTGCAGATACTGTACTTGTAAAATAAAGCCAAATAA 183742
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 351 GGTTACTTTGTTTTTTGCAGATACTGTACTTGTAAAATAAAGCCAAATAA 400
PTB-118J15 183743 AGCATATGTCACACATACCAAAGTCTTACATTTTGCCTTTCTAATACAAG 183792
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 401 AGCATATGTCACACATACCAAAGTCTTACATTTTGCCTTTCTAATACAAG 450
PTB-118J15 183793 CAAGTGAAATATTAACACATAGCATTTAAAATAATAAATATATATTTTAT 183842
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 451 CAAGTGAAATATTAACACATAGCATTTAAAATAATAAATATATATTTTAT 500
PTB-118J15 183843 TGACAGTAATTTGGAATGTTAGAGATACAAAATTTTATGTACAATTATTC 183892
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 501 TGACAGTAATTTGGAATGTTAGAGATACAAAATTTTATGTACAATTATTC 550
PTB-118J15 183893 AGATTAAAACATTTAAACTTTAGGTTTTATTTACAAATATTTATCTTATC 183942
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 551 AGATTAAAACATTTAAACTTTAGGTTTTATTTACAAATATTTATCTTATC 600
PTB-118J15 183943 TTCCTCTCCTATTCGACGTTTTATCTCAAGAAGAGTTAAAATGGAATGCA 183992
||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 601 TTCCTCTCCTATTTGACGTTTTAGCTCAAGAAGAGTTAAAATGGAATGCA 650
PTB-118J15 183993 TCTGTAGCTATATAGTTGGGAATGTGTGTTCAGTCACTTGGCTCTGCGAT 184042
||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||
hsa21-SAMSN1_AF218085 651 TCTGTAGATATATAGTTGGGAATGCGTGTTCAGTCACTTGGCTCTGTGAT 700
PTB-118J15 184043 AGTAATCTTATGTACCATGTCAGACAGATTTTCAGACTCCAGATCCTCTT 184092
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 701 AATAATCTTATGTACCATGTCAGACAGATTTTCAGACTCCAGATCCTCTT 750
PTB-118J15 184093 TGCCATTATCTGAATTTCCTGATGAGATATAGCAACCAGAGTCCCTTGGG 184142
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 751 TGCCATTATCTGAATTTCCTGATGAGATATAGCAACCAGAGTCCCTTGGG 800
PTB-118J15 184143 CAGTCATCTAACTGTGACTTATTTAAGGAGATGTCTGAGCTCAAGGATAG 184192
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 801 CAGTCATCTAACTGTGACTTATTTAAGGAGATGTCTGAGCTCAAGGATAG 850
PTB-118J15 184193 GGGCTCAGGTTCATTTCCTTGCTCTTGAGTAActgta.......cttacT 196564
|||||||||||||||| ||||||||||| |||<<<<< 12339 <<<<<|
hsa21-SAMSN1_AF218085 851 GGGCTCAGGTTCATTTTCTTGCTCTTGAATAA.................T 883
PTB-118J15 196565 TTCTTCTTCAAGGAAGTTTTCAGCAGCTGATAGTAACCTTCTTCTGTCAT 196614
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 884 TTCTTCTTCAAGGAAGTTTTCAGCAGCTGATAGTAACCTTCTTCTGTCAT 933
PTB-118J15 196615 CTGGGTTTTCAATATTTAATTCAATGAGGTGACTCTCTTTTATATCTTTT 196664
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 934 CTGGGTTTTCAATATTTAATTCAATGAGGTGACTCTCTTTTATATCTTTT 983
PTB-118J15 196665 AAATCTTCTAGAGTCTCATAACCATTGAGCAAAAGTGTTGAGGTATATTC 196714
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 984 AAATCTTCTAGAGTCTCATAACCATTGAGCAAAAGTGTTGAGGTGTATTC 1033
PTB-118J15 196714 ctgta......ctcacCTGCAGATGAATCCTCTCTAGGAACTCCTGCAGA 198677
<<<<< 1929 <<<<<||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 1033 ................CTGCAGATGAATCCTCTCTAGGAACTCCTGCAGA 1067
PTB-118J15 198678 GTCTTGGATTTTTCGCTGTTACTCCTTCGGTTTGCCTTTATTTTCTTGGG 198727
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 1068 GTCTTGGATTTTTTGCTGTTACTCCTTCGGTTTGCCTTTATTTTCTTGGG 1117
PTB-118J15 198728 GGCTGCTTCCTCTTCTGAGATGACATCCACATAAATGAATTTGAAGTTTC 198777
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 1118 GGCTGCTTCCTCTTCTGAGATGACATCCACATAAATGAATTTGAAGTTTC 1167
PTB-118J15 198778 CCACTTTATTGTTCAACATTCCTGTCCACATCCCCATTGGTGTTTTGCAA 198827
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 1168 CCACTTTATTGTTCAACATTCCTGTCCACATCCCCATTGGTGTTTTGCAA 1217
PTB-118J15 198828 ATAATGTCTATGATGTCTCCTTTCT 198852
|||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 1218 ATAATGTCTATGATGTCTCCTTTCT 1242
Alignment Score: 1170
Note Best alignment is between reversed est and forward genome, but splice sites imply REVERSED GENE
Exon 859 98.4 183338 184224 PTB-118J15 1 887 hsa21-SAMSN1_AF222927
-Intron -20 0.0 184225 196563 PTB-118J15
Exon 149 99.3 196564 196714 PTB-118J15 888 1038 hsa21-SAMSN1_AF222927
-Intron -20 0.0 196715 198643 PTB-118J15
Exon 207 99.5 198644 198852 PTB-118J15 1039 1247 hsa21-SAMSN1_AF222927
Span 1175 98.7 183338 198852 PTB-118J15 1 1247 hsa21-SAMSN1_AF222927
Segment 859 98.4 183338 184224 PTB-118J15 1 887 hsa21-SAMSN1_AF222927
Segment 149 99.3 196564 196714 PTB-118J15 888 1038 hsa21-SAMSN1_AF222927
Segment 207 99.5 198644 198852 PTB-118J15 1039 1247 hsa21-SAMSN1_AF222927
PTB-118J15 vs hsa21-SAMSN1_AF222927:
PTB-118J15 183338 TGCAATATGCAAATAGTTCTTTTTATTATTAACATTAGGGTATGTCAAAT 183387
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF222927 1 TGCAATATGCAAATAGTTCTTTTTATTATTAACATTAGGGTATGTCAAAT 50
PTB-118J15 183388 TTTAAAATATTTACCCTTAAAGACAAAACATCTGCACAATTATTACAATT 183437
|||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF222927 51 TTTAAAATATTTACACTTAAAGACAAAACATTTCCACAATTATTACAATT 100
PTB-118J15 183438 GGTTTCACTAAATCAGAAGAGACTACACATTATCTATACTTTTATACCAG 183487
||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF222927 101 GGTTTCACTAAATCAGAAGTGACTACACATTATCTCTACTTTTATACCAG 150
PTB-118J15 183488 AAAACAAAATGAAGAAATCAACAAAATATAATTACTAAAACTCCACTGTG 183537
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF222927 151 AAAACAAAATGAAGAAATCAACAAAATATAATTACTAAAACTCCACTGTG 200
PTB-118J15 183538 GATCAAGATAAAATGTGTCCAATATTAACTCACACTTTCCCAATAAGTAT 183587
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF222927 201 GATCAGGATAAAATGTGTCCAATATTAACTCACACTTTCCCAATAAGTAT 250
PTB-118J15 183588 AAAAATGAATATAACATTGCTTGGACAACTTGTTTCAACAGCGAATCCTC 183637
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF222927 251 AAAAATGAATATAACATTGCTTGGACAACTTGTTTCAACAGCGAATCCTC 300
PTB-118J15 183638 TATTACTATTTGTTCAATAACATATATAAATTCAAAACTGGCAGGTATGA 183687
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF222927 301 TATTACTATTTGTTCAATAACATATATAAATTCAAAACTGGCAGGTATGA 350
PTB-118J15 183688 AAAAAGGTTACTTTGTTTTTTGCAGATACTGTACTTGTAAAATAAAGCCA 183737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF222927 351 AAAAAGGTTACTTTGTTTTTTGCAGATACTGTACTTGTAAAATAAAGCCA 400
PTB-118J15 183738 AATAAAGCATATGTCACACATACCAAAGTCTTACATTTTGCCTTTCTAAT 183787
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF222927 401 AATAAAGCATATGTCACACATACCAAAGTCTTACATTTTGCCTTTCTAAT 450
PTB-118J15 183788 ACAAGCAAGTGAAATATTAACACATAGCATTTAAAATAATAAATATATAT 183837
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF222927 451 ACAAGCAAGTGAAATATTAACACATAGCATTTAAAATAATAAATATATAT 500
PTB-118J15 183838 TTTATTGACAGTAATTTGGAATGTTAGAGATACAAAATTTTATGTACAAT 183887
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF222927 501 TTTATTGACAGTAATTTGGAATGTTAGAGATACAAAATTTTATGTACAAT 550
PTB-118J15 183888 TATTCAGATTAAAACATTTAAACTTTAGGTTTTATTTACAAATATTTATC 183937
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF222927 551 TATTCAGATTAAAACATTTAAACTTTAGGTTTTATTTACAAATATTTATC 600
PTB-118J15 183938 TTATCTTCCTCTCCTATTCGACGTTTTATCTCAAGAAGAGTTAAAATGGA 183987
|||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF222927 601 TTATCTTCCTCTCCTATTTGACGTTTTAGCTCAAGAAGAGTTAAAATGGA 650
PTB-118J15 183988 ATGCATCTGTAGCTATATAGTTGGGAATGTGTGTTCAGTCACTTGGCTCT 184037
|||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF222927 651 ATGCATCTGTAGATATATAGTTGGGAATGCGTGTTCAGTCACTTGGCTCT 700
PTB-118J15 184038 GCGATAGTAATCTTATGTACCATGTCAGACAGATTTTCAGACTCCAGATC 184087
| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF222927 701 GTGATAATAATCTTATGTACCATGTCAGACAGATTTTCAGACTCCAGATC 750
PTB-118J15 184088 CTCTTTGCCATTATCTGAATTTCCTGATGAGATATAGCAACCAGAGTCCC 184137
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF222927 751 CTCTTTGCCATTATCTGAATTTCCTGATGAGATATAGCAACCAGAGTCCC 800
PTB-118J15 184138 TTGGGCAGTCATCTAACTGTGACTTATTTAAGGAGATGTCTGAGCTCAAG 184187
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF222927 801 TTGGGCAGTCATCTAACTGTGACTTATTTAAGGAGATGTCTGAGCTCAAG 850
PTB-118J15 184188 GATAGGGGCTCAGGTTCATTTCCTTGCTCTTGAGTAActgta.......c 184224
||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||<<<<< 12339 <
hsa21-SAMSN1_AF222927 851 GATAGGGGCTCAGGTTCATTTTCTTGCTCTTGAATAA............. 887
PTB-118J15 184224 ttacTTTCTTCTTCAAGGAAGTTTTCAGCAGCTGATAGTAACCTTCTTCT 196609
<<<<||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF222927 887 ....TTTCTTCTTCAAGGAAGTTTTCAGCAGCTGATAGTAACCTTCTTCT 933
PTB-118J15 196610 GTCATCTGGGTTTTCAATATTTAATTCAATGAGGTGACTCTCTTTTATAT 196659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF222927 934 GTCATCTGGGTTTTCAATATTTAATTCAATGAGGTGACTCTCTTTTATAT 983
PTB-118J15 196660 CTTTTAAATCTTCTAGAGTCTCATAACCATTGAGCAAAAGTGTTGAGGTA 196709
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF222927 984 CTTTTAAATCTTCTAGAGTCTCATAACCATTGAGCAAAAGTGTTGAGGTG 1033
PTB-118J15 196710 TATTCctgta......ctcacCTGCAGATGAATCCTCTCTAGGAACTCCT 198672
|||||<<<<< 1929 <<<<<|||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF222927 1034 TATTC................CTGCAGATGAATCCTCTCTAGGAACTCCT 1067
PTB-118J15 198673 GCAGAGTCTTGGATTTTTCGCTGTTACTCCTTCGGTTTGCCTTTATTTTC 198722
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF222927 1068 GCAGAGTCTTGGATTTTTTGCTGTTACTCCTTCGGTTTGCCTTTATTTTC 1117
PTB-118J15 198723 TTGGGGGCTGCTTCCTCTTCTGAGATGACATCCACATAAATGAATTTGAA 198772
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF222927 1118 TTGGGGGCTGCTTCCTCTTCTGAGATGACATCCACATAAATGAATTTGAA 1167
PTB-118J15 198773 GTTTCCCACTTTATTGTTCAACATTCCTGTCCACATCCCCATTGGTGTTT 198822
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF222927 1168 GTTTCCCACTTTATTGTTCAACATTCCTGTCCACATCCCCATTGGTGTTT 1217
PTB-118J15 198823 TGCAAATAATGTCTATGATGTCTCCTTTCT 198852
||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF222927 1218 TGCAAATAATGTCTATGATGTCTCCTTTCT 1247
Alignment Score: 1175
Note Best alignment is between reversed est and forward genome, but splice sites imply REVERSED GENE
Exon 854 98.4 183343 184224 PTB-118J15 1 882 hsa21-SAMSN1_AF218085
-Intron -20 0.0 184225 196563 PTB-118J15
Exon 149 99.3 196564 196714 PTB-118J15 883 1033 hsa21-SAMSN1_AF218085
-Intron -20 0.0 196715 198643 PTB-118J15
Exon 207 99.5 198644 198852 PTB-118J15 1034 1242 hsa21-SAMSN1_AF218085
Span 1170 98.7 183343 198852 PTB-118J15 1 1242 hsa21-SAMSN1_AF218085
Segment 854 98.4 183343 184224 PTB-118J15 1 882 hsa21-SAMSN1_AF218085
Segment 149 99.3 196564 196714 PTB-118J15 883 1033 hsa21-SAMSN1_AF218085
Segment 207 99.5 198644 198852 PTB-118J15 1034 1242 hsa21-SAMSN1_AF218085
PTB-118J15 vs hsa21-SAMSN1_AF218085:
PTB-118J15 183343 TATGCAAATAGTTCTTTTTATTATTAACATTAGGGTATGTCAAATTTTAA 183392
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 1 TATGCAAATAGTTCTTTTTATTATTAACATTAGGGTATGTCAAATTTTAA 50
PTB-118J15 183393 AATATTTACCCTTAAAGACAAAACATCTGCACAATTATTACAATTGGTTT 183442
||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 51 AATATTTACACTTAAAGACAAAACATTTCCACAATTATTACAATTGGTTT 100
PTB-118J15 183443 CACTAAATCAGAAGAGACTACACATTATCTATACTTTTATACCAGAAAAC 183492
|||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 101 CACTAAATCAGAAGTGACTACACATTATCTCTACTTTTATACCAGAAAAC 150
PTB-118J15 183493 AAAATGAAGAAATCAACAAAATATAATTACTAAAACTCCACTGTGGATCA 183542
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 151 AAAATGAAGAAATCAACAAAATATAATTACTAAAACTCCACTGTGGATCA 200
PTB-118J15 183543 AGATAAAATGTGTCCAATATTAACTCACACTTTCCCAATAAGTATAAAAA 183592
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 201 GGATAAAATGTGTCCAATATTAACTCACACTTTCCCAATAAGTATAAAAA 250
PTB-118J15 183593 TGAATATAACATTGCTTGGACAACTTGTTTCAACAGCGAATCCTCTATTA 183642
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 251 TGAATATAACATTGCTTGGACAACTTGTTTCAACAGCGAATCCTCTATTA 300
PTB-118J15 183643 CTATTTGTTCAATAACATATATAAATTCAAAACTGGCAGGTATGAAAAAA 183692
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 301 CTATTTGTTCAATAACATATATAAATTCAAAACTGGCAGGTATGAAAAAA 350
PTB-118J15 183693 GGTTACTTTGTTTTTTGCAGATACTGTACTTGTAAAATAAAGCCAAATAA 183742
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 351 GGTTACTTTGTTTTTTGCAGATACTGTACTTGTAAAATAAAGCCAAATAA 400
PTB-118J15 183743 AGCATATGTCACACATACCAAAGTCTTACATTTTGCCTTTCTAATACAAG 183792
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 401 AGCATATGTCACACATACCAAAGTCTTACATTTTGCCTTTCTAATACAAG 450
PTB-118J15 183793 CAAGTGAAATATTAACACATAGCATTTAAAATAATAAATATATATTTTAT 183842
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 451 CAAGTGAAATATTAACACATAGCATTTAAAATAATAAATATATATTTTAT 500
PTB-118J15 183843 TGACAGTAATTTGGAATGTTAGAGATACAAAATTTTATGTACAATTATTC 183892
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 501 TGACAGTAATTTGGAATGTTAGAGATACAAAATTTTATGTACAATTATTC 550
PTB-118J15 183893 AGATTAAAACATTTAAACTTTAGGTTTTATTTACAAATATTTATCTTATC 183942
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 551 AGATTAAAACATTTAAACTTTAGGTTTTATTTACAAATATTTATCTTATC 600
PTB-118J15 183943 TTCCTCTCCTATTCGACGTTTTATCTCAAGAAGAGTTAAAATGGAATGCA 183992
||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 601 TTCCTCTCCTATTTGACGTTTTAGCTCAAGAAGAGTTAAAATGGAATGCA 650
PTB-118J15 183993 TCTGTAGCTATATAGTTGGGAATGTGTGTTCAGTCACTTGGCTCTGCGAT 184042
||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||
hsa21-SAMSN1_AF218085 651 TCTGTAGATATATAGTTGGGAATGCGTGTTCAGTCACTTGGCTCTGTGAT 700
PTB-118J15 184043 AGTAATCTTATGTACCATGTCAGACAGATTTTCAGACTCCAGATCCTCTT 184092
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 701 AATAATCTTATGTACCATGTCAGACAGATTTTCAGACTCCAGATCCTCTT 750
PTB-118J15 184093 TGCCATTATCTGAATTTCCTGATGAGATATAGCAACCAGAGTCCCTTGGG 184142
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 751 TGCCATTATCTGAATTTCCTGATGAGATATAGCAACCAGAGTCCCTTGGG 800
PTB-118J15 184143 CAGTCATCTAACTGTGACTTATTTAAGGAGATGTCTGAGCTCAAGGATAG 184192
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 801 CAGTCATCTAACTGTGACTTATTTAAGGAGATGTCTGAGCTCAAGGATAG 850
PTB-118J15 184193 GGGCTCAGGTTCATTTCCTTGCTCTTGAGTAActgta.......cttacT 196564
|||||||||||||||| ||||||||||| |||<<<<< 12339 <<<<<|
hsa21-SAMSN1_AF218085 851 GGGCTCAGGTTCATTTTCTTGCTCTTGAATAA.................T 883
PTB-118J15 196565 TTCTTCTTCAAGGAAGTTTTCAGCAGCTGATAGTAACCTTCTTCTGTCAT 196614
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 884 TTCTTCTTCAAGGAAGTTTTCAGCAGCTGATAGTAACCTTCTTCTGTCAT 933
PTB-118J15 196615 CTGGGTTTTCAATATTTAATTCAATGAGGTGACTCTCTTTTATATCTTTT 196664
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 934 CTGGGTTTTCAATATTTAATTCAATGAGGTGACTCTCTTTTATATCTTTT 983
PTB-118J15 196665 AAATCTTCTAGAGTCTCATAACCATTGAGCAAAAGTGTTGAGGTATATTC 196714
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 984 AAATCTTCTAGAGTCTCATAACCATTGAGCAAAAGTGTTGAGGTGTATTC 1033
PTB-118J15 196714 ctgta......ctcacCTGCAGATGAATCCTCTCTAGGAACTCCTGCAGA 198677
<<<<< 1929 <<<<<||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 1033 ................CTGCAGATGAATCCTCTCTAGGAACTCCTGCAGA 1067
PTB-118J15 198678 GTCTTGGATTTTTCGCTGTTACTCCTTCGGTTTGCCTTTATTTTCTTGGG 198727
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 1068 GTCTTGGATTTTTTGCTGTTACTCCTTCGGTTTGCCTTTATTTTCTTGGG 1117
PTB-118J15 198728 GGCTGCTTCCTCTTCTGAGATGACATCCACATAAATGAATTTGAAGTTTC 198777
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 1118 GGCTGCTTCCTCTTCTGAGATGACATCCACATAAATGAATTTGAAGTTTC 1167
PTB-118J15 198778 CCACTTTATTGTTCAACATTCCTGTCCACATCCCCATTGGTGTTTTGCAA 198827
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 1168 CCACTTTATTGTTCAACATTCCTGTCCACATCCCCATTGGTGTTTTGCAA 1217
PTB-118J15 198828 ATAATGTCTATGATGTCTCCTTTCT 198852
|||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF218085 1218 ATAATGTCTATGATGTCTCCTTTCT 1242
Alignment Score: 1170
Note Best alignment is between reversed est and forward genome, but splice sites imply REVERSED GENE
Exon 859 98.4 183338 184224 PTB-118J15 1 887 hsa21-SAMSN1_AF222927
-Intron -20 0.0 184225 196563 PTB-118J15
Exon 149 99.3 196564 196714 PTB-118J15 888 1038 hsa21-SAMSN1_AF222927
-Intron -20 0.0 196715 198643 PTB-118J15
Exon 207 99.5 198644 198852 PTB-118J15 1039 1247 hsa21-SAMSN1_AF222927
Span 1175 98.7 183338 198852 PTB-118J15 1 1247 hsa21-SAMSN1_AF222927
Segment 859 98.4 183338 184224 PTB-118J15 1 887 hsa21-SAMSN1_AF222927
Segment 149 99.3 196564 196714 PTB-118J15 888 1038 hsa21-SAMSN1_AF222927
Segment 207 99.5 198644 198852 PTB-118J15 1039 1247 hsa21-SAMSN1_AF222927
PTB-118J15 vs hsa21-SAMSN1_AF222927:
PTB-118J15 183338 TGCAATATGCAAATAGTTCTTTTTATTATTAACATTAGGGTATGTCAAAT 183387
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hsa21-SAMSN1_AF222927 1 TGCAATATGCAAATAGTTCTTTTTATTATTAACATTAGGGTATGTCAAAT 50
PTB-118J15 183388 TTTAAAATATTTACCCTTAAAGACAAAACATCTGCACAATTATTACAATT 183437
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hsa21-SAMSN1_AF222927 51 TTTAAAATATTTACACTTAAAGACAAAACATTTCCACAATTATTACAATT 100
PTB-118J15 183438 GGTTTCACTAAATCAGAAGAGACTACACATTATCTATACTTTTATACCAG 183487
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hsa21-SAMSN1_AF222927 101 GGTTTCACTAAATCAGAAGTGACTACACATTATCTCTACTTTTATACCAG 150
PTB-118J15 183488 AAAACAAAATGAAGAAATCAACAAAATATAATTACTAAAACTCCACTGTG 183537
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hsa21-SAMSN1_AF222927 151 AAAACAAAATGAAGAAATCAACAAAATATAATTACTAAAACTCCACTGTG 200
PTB-118J15 183538 GATCAAGATAAAATGTGTCCAATATTAACTCACACTTTCCCAATAAGTAT 183587
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hsa21-SAMSN1_AF222927 201 GATCAGGATAAAATGTGTCCAATATTAACTCACACTTTCCCAATAAGTAT 250
PTB-118J15 183588 AAAAATGAATATAACATTGCTTGGACAACTTGTTTCAACAGCGAATCCTC 183637
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hsa21-SAMSN1_AF222927 251 AAAAATGAATATAACATTGCTTGGACAACTTGTTTCAACAGCGAATCCTC 300
PTB-118J15 183638 TATTACTATTTGTTCAATAACATATATAAATTCAAAACTGGCAGGTATGA 183687
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hsa21-SAMSN1_AF222927 301 TATTACTATTTGTTCAATAACATATATAAATTCAAAACTGGCAGGTATGA 350
PTB-118J15 183688 AAAAAGGTTACTTTGTTTTTTGCAGATACTGTACTTGTAAAATAAAGCCA 183737
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hsa21-SAMSN1_AF222927 351 AAAAAGGTTACTTTGTTTTTTGCAGATACTGTACTTGTAAAATAAAGCCA 400
PTB-118J15 183738 AATAAAGCATATGTCACACATACCAAAGTCTTACATTTTGCCTTTCTAAT 183787
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hsa21-SAMSN1_AF222927 401 AATAAAGCATATGTCACACATACCAAAGTCTTACATTTTGCCTTTCTAAT 450
PTB-118J15 183788 ACAAGCAAGTGAAATATTAACACATAGCATTTAAAATAATAAATATATAT 183837
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hsa21-SAMSN1_AF222927 451 ACAAGCAAGTGAAATATTAACACATAGCATTTAAAATAATAAATATATAT 500
PTB-118J15 183838 TTTATTGACAGTAATTTGGAATGTTAGAGATACAAAATTTTATGTACAAT 183887
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hsa21-SAMSN1_AF222927 501 TTTATTGACAGTAATTTGGAATGTTAGAGATACAAAATTTTATGTACAAT 550
PTB-118J15 183888 TATTCAGATTAAAACATTTAAACTTTAGGTTTTATTTACAAATATTTATC 183937
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hsa21-SAMSN1_AF222927 551 TATTCAGATTAAAACATTTAAACTTTAGGTTTTATTTACAAATATTTATC 600
PTB-118J15 183938 TTATCTTCCTCTCCTATTCGACGTTTTATCTCAAGAAGAGTTAAAATGGA 183987
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hsa21-SAMSN1_AF222927 601 TTATCTTCCTCTCCTATTTGACGTTTTAGCTCAAGAAGAGTTAAAATGGA 650
PTB-118J15 183988 ATGCATCTGTAGCTATATAGTTGGGAATGTGTGTTCAGTCACTTGGCTCT 184037
|||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF222927 651 ATGCATCTGTAGATATATAGTTGGGAATGCGTGTTCAGTCACTTGGCTCT 700
PTB-118J15 184038 GCGATAGTAATCTTATGTACCATGTCAGACAGATTTTCAGACTCCAGATC 184087
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hsa21-SAMSN1_AF222927 701 GTGATAATAATCTTATGTACCATGTCAGACAGATTTTCAGACTCCAGATC 750
PTB-118J15 184088 CTCTTTGCCATTATCTGAATTTCCTGATGAGATATAGCAACCAGAGTCCC 184137
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hsa21-SAMSN1_AF222927 751 CTCTTTGCCATTATCTGAATTTCCTGATGAGATATAGCAACCAGAGTCCC 800
PTB-118J15 184138 TTGGGCAGTCATCTAACTGTGACTTATTTAAGGAGATGTCTGAGCTCAAG 184187
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hsa21-SAMSN1_AF222927 801 TTGGGCAGTCATCTAACTGTGACTTATTTAAGGAGATGTCTGAGCTCAAG 850
PTB-118J15 184188 GATAGGGGCTCAGGTTCATTTCCTTGCTCTTGAGTAActgta.......c 184224
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hsa21-SAMSN1_AF222927 851 GATAGGGGCTCAGGTTCATTTTCTTGCTCTTGAATAA............. 887
PTB-118J15 184224 ttacTTTCTTCTTCAAGGAAGTTTTCAGCAGCTGATAGTAACCTTCTTCT 196609
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hsa21-SAMSN1_AF222927 887 ....TTTCTTCTTCAAGGAAGTTTTCAGCAGCTGATAGTAACCTTCTTCT 933
PTB-118J15 196610 GTCATCTGGGTTTTCAATATTTAATTCAATGAGGTGACTCTCTTTTATAT 196659
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hsa21-SAMSN1_AF222927 934 GTCATCTGGGTTTTCAATATTTAATTCAATGAGGTGACTCTCTTTTATAT 983
PTB-118J15 196660 CTTTTAAATCTTCTAGAGTCTCATAACCATTGAGCAAAAGTGTTGAGGTA 196709
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hsa21-SAMSN1_AF222927 984 CTTTTAAATCTTCTAGAGTCTCATAACCATTGAGCAAAAGTGTTGAGGTG 1033
PTB-118J15 196710 TATTCctgta......ctcacCTGCAGATGAATCCTCTCTAGGAACTCCT 198672
|||||<<<<< 1929 <<<<<|||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-SAMSN1_AF222927 1034 TATTC................CTGCAGATGAATCCTCTCTAGGAACTCCT 1067
PTB-118J15 198673 GCAGAGTCTTGGATTTTTCGCTGTTACTCCTTCGGTTTGCCTTTATTTTC 198722
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hsa21-SAMSN1_AF222927 1068 GCAGAGTCTTGGATTTTTTGCTGTTACTCCTTCGGTTTGCCTTTATTTTC 1117
PTB-118J15 198723 TTGGGGGCTGCTTCCTCTTCTGAGATGACATCCACATAAATGAATTTGAA 198772
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hsa21-SAMSN1_AF222927 1118 TTGGGGGCTGCTTCCTCTTCTGAGATGACATCCACATAAATGAATTTGAA 1167
PTB-118J15 198773 GTTTCCCACTTTATTGTTCAACATTCCTGTCCACATCCCCATTGGTGTTT 198822
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hsa21-SAMSN1_AF222927 1168 GTTTCCCACTTTATTGTTCAACATTCCTGTCCACATCCCCATTGGTGTTT 1217
PTB-118J15 198823 TGCAAATAATGTCTATGATGTCTCCTTTCT 198852
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hsa21-SAMSN1_AF222927 1218 TGCAAATAATGTCTATGATGTCTCCTTTCT 1247
Alignment Score: 1175
