Note Best alignment is between forward est and forward genome, but splice  sites imply REVERSED GENE
Exon       696  98.1  6143  6866 PTB-080D12       1   724 hsa21-D21S2082  
-Intron    -20   0.0  6867  6882 PTB-080D12  
Exon      1368  97.9  6883  8311 PTB-080D12     725  2160 hsa21-D21S2082  

Span      2044  98.0  6143  8311 PTB-080D12       1  2160 hsa21-D21S2082  

Segment    696  98.1  6143  6866 PTB-080D12       1   724 hsa21-D21S2082  
Segment     46 100.0  6883  6928 PTB-080D12     725   770 hsa21-D21S2082  
Segment    141  98.6  6930  7074 PTB-080D12     771   915 hsa21-D21S2082  
Segment   1199  98.5  7075  8311 PTB-080D12     924  2160 hsa21-D21S2082  


PTB-080D12 vs hsa21-D21S2082:

    PTB-080D12   6143 TGGGGATGCAGACAGACGAGAGGCACTGCATAATGCTGAGAGGGCTGGCA   6192
                      |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082      1 TGGGGATGCAGACAGAGGAGGGGCACTGCATAATGCTGAGAGGGCTGGCA     50

    PTB-080D12   6193 CCCTCTCTAGGTGGAACACAGGTCATTTGTAAAGTTGTAGGTCTGCCAAG   6242
                      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082     51 CCCTCTCTAGGTGGAACACTGGTCATTTGTAAAGTTGTAGGTCTGCCAAG    100

    PTB-080D12   6243 CAGTATTGGATTCAACACATCTTCTCACCTTCTCTTTCCAGCCACCCTCC   6292
                      |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082    101 CAGTATTGCATTCAACACATCTTCTCACTTTCTCTTTCCAGCCACCCTCC    150

    PTB-080D12   6293 AGGGTGCCCTGACTCACCTTCCCTGAAGATGGACATGAGGCTCCACAGAC   6342
                      ||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||
hsa21-D21S2082    151 AGGGTGCCCTGACTCACCTTCCCTGCAGATGGAGGTGAGGCTCCACAGAC    200

    PTB-080D12   6343 AAACCCCCTACCTGAGGTCACACAGTGGCCAGCGGGCCAGGTACTGACCA   6392
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082    201 AAACCCCCTACCTGAGGTCACACAGTGGCCAGCGGGCCAGGTACTGACCA    250

    PTB-080D12   6393 ACCGCCGCTGACCAGGTTCCCAGTGATGAGGCCCCTAATGACCACTCCTC   6442
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082    251 ACCGCCGCTGACCAGGTTCCCAGTGATGAGGCCCCTAATGACCACTCCTC    300

    PTB-080D12   6443 CATTGACCAGGTCCCACTGATCAAGTCCCCACTGACCATGTCTTCCTAAC   6492
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082    301 CATTGACCAGGTCCCACTGATCAAGTCCCCACTGACCATGTCTTCCTAAC    350

    PTB-080D12   6493 CAGGCCCGCACTTAATAGGCCTCATGGGCCGGACTCCACTGACCAATTTT   6542
                      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082    351 CAGGCCCGCAGTTAATAGGCCTCATGGGCCGGACTCCACTGACCAATTTT    400

    PTB-080D12   6543 CCACTGACCTGGTCCCCAGTGACAAGACCAGGTTTCCACTGACAAGACCA   6592
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082    401 CCACTGACCTGGTCCCCAGTGACAAGACCAGGTTTCCACTGACAAGACCA    450

    PTB-080D12   6593 CTATTTACCAGGTTGCTGCTCACCTGACCCCCCACTGAACAATTCTCCAT   6642
                      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082    451 CTATTTACCAGGTTGCTGCTCACCCGACCCCCCACTGAACAATTCTCCAT    500

    PTB-080D12   6643 GGATGAGTCCCCAGCTGACCAAGCCACCTCTGACCAGGCCCTCACTGACC   6692
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082    501 GGATGAGTCCCCAGCTGACCAAGCCACCTCTGACCAGGCCCTCACTGACC    550

    PTB-080D12   6693 AGGCTCCAAGCCACCAAGGCCCCACACTGACCAGGCCCCTGGTATACTGT   6742
                      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082    551 AGGCTCCAAGCCACCAAGGCCTCACACTGACCAGGCCCCTGGTATACTGT    600

    PTB-080D12   6743 ATATGCCCCACCAACCAGTTTTTCATTGTTTATGTTCCAACCAATCAGGC   6792
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082    601 ATATGCCCCACCAACCAGTTTTTCATTGTTTATGTTCCAACCAATCAGGC    650

    PTB-080D12   6793 CACACTAATAAGGCCACCACTGACTAGGTCCCCCCACTGACCAGGCTTCT   6842
                      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
hsa21-D21S2082    651 CCCACTAATAAGGCCACCACTGACTAGGTCCCCCCACTGACCAGGCTTCC    700

    PTB-080D12   6843 AATGACTAGGTCACCAGGTCCCCActgat....tttacTGAGGAGCCCAC   6894
                      ||||||||||||| ||||||||||<<<<< 16 <<<<<||||||||||||
hsa21-D21S2082    701 AATGACTAGGTCAACAGGTCCCCA..............TGAGGAGCCCAC    736

    PTB-080D12   6895 CACTAACCAGGCGCCTGCTGATGAGGTCCCAAATGACTAGGTCCTGATGA   6944
                      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
hsa21-D21S2082    737 CACTAACCAGGCGCCTGCTGATGAGGTCCCAAAT-ACTAGGTCCTGATGA    785

    PTB-080D12   6945 CCAGGTCACCTCTGACCATGGTCCACTGACCAGGCCCCTGAGCAGCCGTG   6994
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082    786 CCAGGTCACCTCTGACCATGGTCCACTGACCAGGCCCCTGAGCAGCCGTG    835

    PTB-080D12   6995 CTCAAAGTCTTATTACAATGTCCCCCTCAGCTCACAGACCCTCCCTCCCT   7044
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082    836 CTCAAAGTCTTATTACAATGTCCCCCTCAGCTCACAGACCCTCCCTCCCT    885

    PTB-080D12   7045 GCATATAGGCCCAGAGGTCAGGCCCTGGGG--------TTTTTTTGGGGG   7086
                      |||| | |||||||||||||||||||||||        |||||||  |||
hsa21-D21S2082    886 GCATGTGGGCCCAGAGGTCAGGCCCTGGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTGGG    935

    PTB-080D12   7087 GAAATGGCCTTTCCTCCAAGACACAGGGAGAGACAGTCAGCCTCAGGCTT   7136
                      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | 
hsa21-D21S2082    936 GAAATGGCCTTTCCTCCAAGACACAGGGAGAGACAGTCGGCCTCAGGGTC    985

    PTB-080D12   7137 CAGGTTCCCAGCTCCACACTCACCCCAAAGGCCCTCTGGGCCCATCTCAA   7186
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082    986 CAGGTTCCCAGCTCCACACTCACCCCAAAGGCCCTCTGGGCCCATCTCAA   1035

    PTB-080D12   7187 AGAAGACAGTGAGGTGGCCTGGCACTGCCTGGACACGCCATCTACCCTAT   7236
                      || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
hsa21-D21S2082   1036 AGGAGACAGTGAGGTGGCCTGGCACTGCCTGGACACACCATCTACCCTAT   1085

    PTB-080D12   7237 TCCTGAGTGTCAAAGTGTTAGGAAGGGAGGGACATTTGGCAGATGAGACA   7286
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082   1086 TCCTGAGTGTCAAAGTGTTAGGAAGGGAGGGACATTTGGCAGATGAGACA   1135

    PTB-080D12   7287 CACTGTGCTGTTGGGTCTCCCAGGACCCTTCCCACAGAGCCCCGATCTAA   7336
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082   1136 CACTGTGCTGTTGGGTCTCCCAGGACCCTTCCCACAGAGCCCCGATCTAA   1185

    PTB-080D12   7337 AGACACAGCACAGAGGCTACAGGAAGACTAATCCAGAACCTCTGAGGCTG   7386
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082   1186 AGACACAGCACAGAGGCTACAGGAAGACTAATCCAGAACCTCTGAGGCTG   1235

    PTB-080D12   7387 AGCCAGGGACCACATGAGGACTGTCCCCAGAGAGCCAGAAGGCCCTTTGC   7436
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082   1236 AGCCAGGGACCACATGAGGACTGTCCCCAGAGAGCCAGAAGGCCCTTTGC   1285

    PTB-080D12   7437 TAGTTTCTTGGTACCTCAGTGGATGCGGCAGCTGTTCTTCTGTTGGGGAC   7486
                      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082   1286 TAGTTTCTTGGTACCTCAGTGGATGCAGCAGCTGTTCTTCTGTTGGGGAC   1335

    PTB-080D12   7487 CAGTGAGTACACGCTGGGGAGGGCTTGCCTGTGCTTCCTCAGTGGCTCCA   7536
                      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082   1336 CAGTGAGTACACGCTGGGGAGGGCTCGCCTGTGCTTCCTCAGTGGCTCCA   1385

    PTB-080D12   7537 CCTCTGCTTCCAAAAAAAATTATTCATTCCAGCGCTGGGGCAGAGAAAAT   7586
                      |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082   1386 CCTCTGCTTCTAAAAAAAATTACTCATTCCAGCGCTGGGGCAGAGAAAAT   1435

    PTB-080D12   7587 ACAAGATGAGCTTAGAACATCTTGTGCCAGAAAGTAAAAAAGTGCTGACA   7636
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082   1436 ACAAGATGAGCTTAGAACATCTTGTGCCAGAAAGTAAAAAAGTGCTGACA   1485

    PTB-080D12   7637 GAGTAATGGAGACAAATCAAAAACACATCAAGTCAGCTTGGAATGTCTAC   7686
                      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082   1486 GAGTAATGGAGACAAATCAAAAACACAACAAGTCAGCTTGGAATGTCTAC   1535

    PTB-080D12   7687 CACTGGCCTAATCTTGGGGAATTGGAGCATCAGAATCATGAGCTTTCCTT   7736
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082   1536 CACTGGCCTAATCTTGGGGAATTGGAGCATCAGAATCATGAGCTTTCCTT   1585

    PTB-080D12   7737 CTCCCATATTTATTGGTTTTATTTCTCCATGTAGAACAAAGAAGAGAATA   7786
                      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
hsa21-D21S2082   1586 CTCCCTTATTTATTGGTTTTATTTCTCCATGTAGACCAAAGAAGAGAATA   1635

    PTB-080D12   7787 AGAAAATAATCATCTGGCAACCATCATAGTAATAATTGTTCAAACACAAG   7836
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082   1636 AGAAAATAATCATCTGGCAACCATCATAGTAATAATTGTTCAAACACAAG   1685

    PTB-080D12   7837 TCATCCATGAAATGCTAAATCTAGTGGGTTCTGAGGAGTAACCAGATATT   7886
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082   1686 TCATCCATGAAATGCTAAATCTAGTGGGTTCTGAGGAGTAACCAGATATT   1735

    PTB-080D12   7887 TACAGAGCCTCAAAGTATCTCCATACAAAATATGGTTGAACTACAGAAAC   7936
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
hsa21-D21S2082   1736 TACAGAGCCTCAAAGTATCTCCATACAAAATATGGTTGAACTACAAAAAC   1785

    PTB-080D12   7937 AAAATCGTAGCATTAGCATGGACAAACCTGGCAGGTACTCCTTAAGTCTC   7986
                      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082   1786 AAAATAGTAGCATTAGCATGGACAAACCTGGCAGGTACTCCTTAAGTCTC   1835

    PTB-080D12   7987 CTAAGTAATAAAAACTGTAAACTGCAAATAAGCCTTCGATGACCTTTACT   8036
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082   1836 CTAAGTAATAAAAACTGTAAACTGCAAATAAGCCTTCGATGACCTTTACT   1885

    PTB-080D12   8037 AACCTTTACTAAAGTATCAATGATGACTTGGTTGTTTAAACAGCTGATAT   8086
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082   1886 AACCTTTACTAAAGTATCAATGATGACTTGGTTGTTTAAACAGCTGATAT   1935

    PTB-080D12   8087 TTGGGCAATTTGAGTATGTCAAACTCAATAATACTTGTTTTTATTTGCAA   8136
                      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||
hsa21-D21S2082   1936 TTGGGCAATTTGAGTATGTCAAACTAAATAATACTTGTTTTCATTTGCAA   1985

    PTB-080D12   8137 GATCCACTTAAAACTTAAGGAGGCTAAAAAACATCATTTAAAATACCCTA   8186
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082   1986 GATCCACTTAAAACTTAAGGAGGCTAAAAAACATCATTTAAAATACCCTA   2035

    PTB-080D12   8187 TAAATTATCATCGTACATATGATACAAAAATATCCTACTTCAGTAAATAT   8236
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082   2036 TAAATTATCATCGTACATATGATACAAAAATATCCTACTTCAGTAAATAT   2085

    PTB-080D12   8237 TGTAATGTTATATATTTTATGAGAAACAATTAAAATGTGTAAATAACCCA   8286
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
hsa21-D21S2082   2086 TGTAATGTTATATATTTTATGAGAAACAATTAAAATGTGTAAATAGCCCA   2135

    PTB-080D12   8287 GTAATAAAGTTTTATAATCTTTTAA   8311
                      |||||||||||||||||||||||||
hsa21-D21S2082   2136 GTAATAAAGTTTTATAATCTTTTAA   2160


Alignment Score: 2044