est2genome alignments of the CNN2 cDNAs to the chimpanzee clone PTB-084L06
Note Best alignment is between forward est and forward genome, and splice sites imply forward gene
Exon 1605 98.4 84641 86305 PTB-084L06 1 1659 hsa21-CNN2
+Intron -20 0.0 86306 86332 PTB-084L06
Exon 452 98.1 86333 86802 PTB-084L06 1660 2129 hsa21-CNN2
Span 2037 98.3 84641 86802 PTB-084L06 1 2129 hsa21-CNN2
Segment 1001 98.7 84641 85667 PTB-084L06 1 1027 hsa21-CNN2
Segment 616 98.7 85674 86305 PTB-084L06 1028 1659 hsa21-CNN2
Segment 452 98.1 86333 86802 PTB-084L06 1660 2129 hsa21-CNN2
PTB-084L06 vs hsa21-CNN2:
PTB-084L06 84641 CCCGTCCCGCCACGGGGCCAGCCAGCTGTAAGCTCCACGCAGTTCAACAA 84690
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-CNN2 1 CCCGTCCCGCCACGGGGCCAGCCAGCTGTAAGCTCCACGCAGTTCAACAA 50
PTB-084L06 84691 GGGCCCCTCCTACAGGCTCTTGGCGGACGTCCAGAACCGGTTCCTGTCCA 84740
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-CNN2 51 AGGCCCCTCCTACAGGCTCTTGGCGGACGTCCAGAACCGGTTCCTGTCCA 100
PTB-084L06 84741 AATATGACTCCCAGAAGGAGGTAGAGCTCCGCAGCTGGATCTAGGGACTC 84790
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-CNN2 101 AATATGACTCCCAGAAGGAGGTAGAGCTCCGCAGCTGGATCTAGGGACTC 150
PTB-084L06 84791 ACTGGCCTCTCCATCGGCCCGACTTCCAGAAGGGCCTGAAGGACGGGATT 84840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-CNN2 151 ACTGGCCTCTCCATCGGCCCGACTTCCAGAAGGGCCTGAAGGACGGGATT 200
PTB-084L06 84841 ATCTTATGGACACTCATGAACAAACTGCAGCCGGGCTCAGTCCCCAAAAA 84890
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
hsa21-CNN2 201 ATCTTATGCACACTCATGAACAAACTGCAGCCGGGCTCAGTACCCAAAAA 250
PTB-084L06 84891 TCAACCGCTTCAGTGTAGAACTGGTACCAGCTAGAAAGCCTCTCCAACCT 84940
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-CNN2 251 TCAACCGCTTCAGTGTAGAACTGGTACCAGCTAGAAAGCCTCTCCAACCT 300
PTB-084L06 84941 CCTCAAGGCCATGGTCAGCTACAGCATGAACCCCGTGGACCTATTTGAGA 84990
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-CNN2 301 CCTCAAGGCCATGGTCAGCTACAGCATGAACCCCGTGGACCTATTTGAGA 350
PTB-084L06 84991 CCAACGACCTGTTTGAGAGTGGGAACGTGAGGCAGGTGCAGGTGTCTCTT 85040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-CNN2 351 CCAACGACCTGTTTGAGAGTGGGAACGTGAGGCAGGTGCAGGTGTCTCTT 400
PTB-084L06 85041 CTAGCCCTGGCAGGGAAGGCCAAGACTAAGGGGCTGCAGAGCGAGGTGGA 85090
|| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-CNN2 401 CTCGCCCTGGCAAGGAAGGCCAAGACTAAGGGGCTGCAGAGCGAGGTGGA 450
PTB-084L06 85091 CATCGGTGAGGAGTACTCAGAGAAGCAGGAGGGGAACTTCGACGATGCCA 85140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-CNN2 451 CATCGGTGAGGAGTACTCAGAGAAGCAGGAGGGGAACTTCGACGATGCCA 500
PTB-084L06 85141 CCATGAAGGCTGGCCAGTGCGTCATCGGGCTGCAGATTACCAACAAACGC 85190
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||
hsa21-CNN2 501 CCATGAAGGCTGGCCAGTGCATCATCCGGCTGCAGATTACCAATAAACGC 550
PTB-084L06 85191 GCCAGCCAGTCAGGCACGACTGTGTACGGCAGAGCACGAGGAGGCATCTC 85240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-CNN2 551 GCCAGCCAGTCAGGCACGACTGTGTACGGCAGAGCACGAGGAGGCATCTC 600
PTB-084L06 85241 TACGACCCCAAGAACAACATCCTGCCCCCCATGGACCACTCGACCATCAG 85290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-CNN2 601 TACGACCCCAAGAACAACATCCTGCCCCCCATGGACCACTCGACCATCAG 650
PTB-084L06 85291 CCTCCAGATGGGTACAAGCAAGTGCGCCAGCCAGGTGGGCATGGCGGCTC 85340
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
hsa21-CNN2 651 CCTCCAGATGGGTACAAGCAAGTGTGCCAGCCAGGTGGGCATGGCGGCTC 700
PTB-084L06 85341 CTGGGACCCGGTGGCACATCTACGACACGAAGCTGGGAATCACAAGTATG 85390
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-CNN2 701 CTGGGACCCGGTGGCACATCTACGACACGAAGCTGGGAATCACAAGTATG 750
PTB-084L06 85391 ACAACTCTTCCATGACCCTGAAGATGGGCTACACGCTGGGCGCCAACCAG 85440
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
hsa21-CNN2 751 ACAACTCTTCCACGACCCTGAAGATGGGCTACACGCTGGGCACCAACCAG 800
PTB-084L06 85441 AGCAGCCAGGTCTTCAGCCTGGGCCGACAGATGTATGACCCCAAGTACTG 85490
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
hsa21-CNN2 801 AGCAGCCAGGTCTTCAGCCTGGGCCGACAGATATACGACCCCAAGTACTG 850
PTB-084L06 85491 CCTGGGAGCACAGTGGCCCACGGGGCTCCCTCAGGTGCAGGCGACTGCCC 85540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-CNN2 851 CCTGGGAGCACAGTGGCCCACGGGGCTCCCTCAGGTGCAGGCGACTGCCC 900
PTB-084L06 85541 GGGGCCAGTGGAGGCCCCTGAATATCTCCCTTACTACCAAGAGGAGACCA 85590
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-CNN2 901 GGGGCCAGTGGAGGCCCCTGAATATCTCCCTTACTACCAAGAGGAGACCA 950
PTB-084L06 85591 GCTACTGAGGCTCCCAGCACGCTCTCTCCCCACATGGTCTCCCTGTCTGG 85640
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-CNN2 951 GCTACTGAGGCTCCCAGCACGCTCTCTCCCCACATGGTCTCCCTGTCTGG 1000
PTB-084L06 85641 GTGTTTGGGTTTTTCTGTGTTTTCATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTAACCT 85690
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
hsa21-CNN2 1001 GTGTTTGGGTTTTTCTGTGTTTTCATC------TTTTTTTTTTTTAACCT 1044
PTB-084L06 85691 GTTCAGTGCTACCAGTCAACGGAGCGTCTGTGAGTAGCAGCGTGGGATCA 85740
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-CNN2 1045 GTTCAGTGCTGCCAGTCAACGGAGCGTCTGTGAGTAGCAGCGTGGGATCA 1094
PTB-084L06 85741 GGCAGCAGGGTTTTTTTTCCCCGTTGCTTTCGTTCCTTTGCAGGACTGAG 85790
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-CNN2 1095 GGCAGCAGGGTTTTTTTTCCCCGTTGCTTTCGTTCCTTTGCAGGACTGAG 1144
PTB-084L06 85791 CCACCGGGCTGTGGGGGAAGGGATCAAGGCCGTATCCCGATGCGTGTAGG 85840
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||
hsa21-CNN2 1145 CCACCGGGCTGTGGGGGAAGGGATCAAGGCCATATCCCGATGCGTGTCGG 1194
PTB-084L06 85841 GTGAGGGTCCCCGCTGGCGCGTCCAGGCTGTGGGCCTAGCTGTGCTGGGG 85890
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-CNN2 1195 GTGAGGGTCCCCGCTGGCGCGTCCAGGCTGTGGGCCTAGCTGTGCTGGGG 1244
PTB-084L06 85891 AGACGAGACCTGGGCATGGAGGGAACCGGTCCCCGAAGGTTTCCCATTGC 85940
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
hsa21-CNN2 1245 AGACGAGACCTGGGCATGGAGGGAACCGGTCCCCGAAGGTTTCCCGTTGC 1294
PTB-084L06 85941 CTCGCCTCTTCCCCCTTTTGTCAGCCGATCAGTTTGTGGTTTCTGTACCC 85990
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-CNN2 1295 CTCGCCTCTTCCCCCTTTTGTCAGCCGATCAGTTTGTGGTTTCTGTACCC 1344
PTB-084L06 85991 GCAAAAGTTTCAAGAAGTATTAACAAAAGAAAAAAAATTTTTTTCCCCCA 86040
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
hsa21-CNN2 1345 GCAAAAGTTTCAAGAAGTATTAACAAAAGAAAAAAATTTTTTTTCCCCCA 1394
PTB-084L06 86041 GGAATGGGGCAGGGACAGTGGGTGCTGGGAAATCAGTCCCTTGGGACAGG 86090
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-CNN2 1395 GGAATGGGGCAGGGACAGTGGGTGCTGGGAAATCAGTCCCTTGGGACAGG 1444
PTB-084L06 86091 GGTCCAGGCCAGGATGCTAAAATATCTCAGGCTCCTGAGTGGCTGGATTT 86140
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-CNN2 1445 GGGCCAGGCCAGGATGCTAAAATATCTCAGGCTCCTGAGTGGCTGGATTT 1494
PTB-084L06 86141 CCCTAGGACCCTCAGACCAACAGACCTCAGACCCTCAGACCTACGCTGGG 86190
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-CNN2 1495 CCCTAGGACCCTCAGACCAACAGACCTCAGACCCTCAGACCTACGCTGGG 1544
PTB-084L06 86191 GCCCGGTGAGGAAACAGGCCCGTACAAGGTAGTGGAATTCTCCGTTGTTA 86240
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-CNN2 1545 GCCCGGTGAGGAAACAGGCCCCTACAAGGTAGTGGAATTCTCCGTTGTTA 1594
PTB-084L06 86241 GTGTTAAGCCTGACCCCTCTCCATACTAGTCCCCTTACCCCCGTGGCCTT 86290
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
hsa21-CNN2 1595 GTGTTAAGCCTGACCCCTCTCCATACTAGTCCCCTTACCCCCGTGGCCCT 1644
PTB-084L06 86291 CAGTAGGGTTTTTTTgtttg....ttgagATGGAGTCTCACTTTGTCTCT 86353
|||||||||||||||>>>>> 27 >>>>>|||||||||||||||||||||
hsa21-CNN2 1645 CAGTAGGGTTTTTTT..............ATGGAGTCTCACTTTGTCTCT 1680
PTB-084L06 86354 CAGGCTGAAGCACAGTGGAGTAATCTCGCCTCACTGCACCAGCCTCCCAT 86403
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-CNN2 1681 CAGGCTGAAGCACAGTGGAGTAATCTCGCCTCACTGCACCAGCCTCCCAT 1730
PTB-084L06 86404 GCTCAAGCGATCCTCCTGCCTCAGCCTCCAGAGTAGCTAGGACTACAGGC 86453
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-CNN2 1731 GCTCAAGCGATCCTCCTGCCTCAGCCTCCAGAGTAGCTAGGACTACAGGC 1780
PTB-084L06 86454 CTGTGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGAT 86503
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
hsa21-CNN2 1781 CTGTGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGAT 1830
PTB-084L06 86504 TTCACCATGTTGGCCAGGTTGATCTGGAACTCTTGCCCTCATGTGATCTG 86553
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
hsa21-CNN2 1831 TTCACCATGTTGGCCAGGTTGATCTGGAACTCTTGACCTCATGTGATCTG 1880
PTB-084L06 86554 CCTGCCTCGTCCTCCCAAAGTGTTGGGATGACAGGTGTGAGCCACCATGC 86603
|||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
hsa21-CNN2 1881 CCTGTCTCGTCCTCCCAAAGTGTTGGGATGGCAGGTGTGAGCCACCACGC 1930
PTB-084L06 86604 CCAGCCCCTCAGTAGGTTTTAAGGAGCCCCAGCCCTCCTTCTCCCCTTCC 86653
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-CNN2 1931 CCAGCCCCTCAGTAGGTTTTAAGGAGCCCCAGCCCTCCTTCTCCCCTTCT 1980
PTB-084L06 86654 GGGCCTGACCAGGTATACTGCTGTATCTCCCCCCACCACACGCCCTGCCA 86703
|||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||
hsa21-CNN2 1981 GGGCCTGACCAGGTCTACTGCTGTATCTCCCCCAACCACACGCCCTGCCA 2030
PTB-084L06 86704 AGTACTGCACAGGGCCCCCCACCCAGGGACCCCGGATCATGAGATAATGT 86753
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-CNN2 2031 AGTACTGCACAGGGCCCCCCACCCAGGGACCCCGGATCATGAGATAATGT 2080
PTB-084L06 86754 GAAATACCAACTGTGGACCAAACACAATAAAACCTCTGTTTTTAAGAAG 86802
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hsa21-CNN2 2081 GAAATACCGACTGTGGACCAAACACAATAAAACCTCTGTTTTTAAGAAG 2129
Alignment Score: 2037
