FIGURE 3. Intrachromosomal repeats on human chromosome 22.
From the following article:
The DNA sequence of human chromosome 22
I. Dunham, A. R. Hunt, J. E. Collins, R. Bruskiewich, D. M. Beare, M. Clamp, L. J. Smink, R. Ainscough, J. P. Almeida, A. Babbage, C. Bagguley, J. Bailey, K. Barlow, K. N. Bates, O. Beasley, C. P. Bird, S. Blakey, A. M. Bridgeman, D. Buck, J. Burgess, W. D. Burrill, J. Burton, C. Carder, N. P. Carter, Y. Chen, G. Clark, S. M. Clegg, V. Cobley, C. G. Cole, R. E. Collier, R. E. Connor, D. Conroy, N. Corby, G. J. Coville, A. V. Cox, J. Davis, E. Dawson, P. D. Dhami, C. Dockree, S. J. Dodsworth, R. M. Durbin, A. Ellington, K. L. Evans, J. M. Fey, K. Fleming, L. French, A. A. Garner, J. G. R. Gilbert, M. E. Goward, D. Grafham, M. N. Griffiths, C. Hall, R. Hall, G. Hall-Tamlyn, R. W. Heathcott, S. Ho, S. Holmes, S. E. Hunt, M. C. Jones, J. Kershaw, A. Kimberley, A. King, G. K. Laird, C. F. Langford, M. A. Leversha, C. Lloyd, D. M. Lloyd, I. D. Martyn, M. Mashreghi-Mohammadi, L. Matthews, O. T. McCann, J. McClay, S. McLaren, A. A. McMurray, S. A. Milne, B. J. Mortimore, C. N. Odell, R. Pavitt, A. V. Pearce, D. Pearson, B. J. Phillimore, S. H. Phillips, R. W. Plumb, H. Ramsay, Y. Ramsey, L. Rogers, M. T. Ross, C. E. Scott, H. K. Sehra, C. D. Skuce, S. Smalley, M. L. Smith, C. Soderlund, L. Spragon, C. A. Steward, J. E. Sulston, R. M. Swann, M. Vaudin, M. Wall, J. M. Wallis, M. N. Whiteley, D. Willey, L. Williams, S. Williams, H. Williamson, T. E. Wilmer, L. Wilming, C. L. Wright, T. Hubbard, D. R. Bentley, S. Beck, J. Rogers, N. Shimizu, S. Minoshima, K. Kawasaki, T. Sasaki, S. Asakawa, J. Kudoh, A. Shintani, K. Shibuya, Y. Yoshizaki, N. Aoki, S. Mitsuyama, B. A. Roe, F. Chen, L. Chu, J. Crabtree, S. Deschamps, A. Do, T. Do, A. Dorman, F. Fang, Y. Fu, P. Hu, A. Hua, S. Kenton, H. Lai, H. I. Lao, J. Lewis, S. Lewis, S.-P. Lin, P. Loh, E. Malaj, T. Nguyen, H. Pan, S. Phan, S. Qi, Y. Qian, L. Ray, Q. Ren, S. Shaull, D. Sloan, L. Song, Q. Wang, Y. Wang, Z. Wang, J. White, D. Willingham, H. Wu, Z. Yao, M. Zhan, G. Zhang, S. Chissoe, J. Murray, N. Miller, P. Minx, R. Fulton, D. Johnson, G. Bemis, D. Bentley, H. Bradshaw, S. Bourne, M. Cordes, Z. Du, L. Fulton, D. Goela, T. Graves, J. Hawkins, K. Hinds, K. Kemp, P. Latreille, D. Layman, P. Ozersky, T. Rohlfing, P. Scheet, C. Walker, A. Wamsley, P. Wohldmann, K. Pepin, J. Nelson, I. Korf, J. A. Bedell, L. Hillier, E. Mardis, R. Waterston, R. Wilson, B. S. Emanuel, T. Shaikh, H. Kurahashi, S. Saitta, M. L. Budarf, H. E. McDermid, A. Johnson, A. C. C. Wong, B. E. Morrow, L. Edelmann, U. J. Kim, H. Shizuya, M. I. Simon, J. P. Dumanski, M. Peyrard, D. Kedra, E. Seroussi, I. Fransson, I. Tapia, C. E. Bruder and K. P. O'Brien
Nature 402, 489-495(2 December 1999)
doi:10.1038/990031

High- and medium-copy repeats and low complexity sequence were masked using
RepeatMasker and Dust, and masked sequences were compared using Blastn. The
results were filtered to identify regions of more than 50% identity to the
query sequence, and were plotted in a 2D matrix with a line proportional to
the size of the region of identity. Localized gene family repeats are indicated
by arrowheads along the diagonal. From the top, these are the immunoglobulin
locus, the glutathione S-transferase genes, the
-crystallin genes,
the Ret-finger-protein-like genes, the apolipoprotein genes, the colony-stimulating
factor receptor (CSF2RB) inverted partial duplication, the lectins LGALS1
and LGALS2, the APOBEC genes and the CYP2D genes. Two 60-kb regions of more
than 90% homology are labelled 'a' (AL008723/AL021937) and 'b'
(AL031595/AL022339). Seven low-copy repeat regions (LCR22) and a region containing
related genomic fragments are indicated at the left margin.
