#NEXUS 

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MATRIX

[                             10         20         30         40         50         60         70         80         90         100]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             ATGTCACCAA AAACAGAGAC TAAAGCAAGT GTTGGATTCA AAGCTGGTGT TAAAGAGTAC AAATTGACTT ATTATACTCC TGAATATGAA ACCAAAGATA   [100]
Liriodendron         .........C .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [100]
Degeneria            ---------- ---------- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [72]
Galbulimima          ---------- ---------- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [72]
Eupomatia            ---------- ---------- --------.. .......... ....C..... .......... .......... .......... ......C... ..........   [72]
Annona               ---------- ---------- --------.. .......... ....G..... .......... .......... .......... .......... ..........   [72]
Asimina              ---------- ---------- --------.. .....G.... ....G..... .......... .......... .......... .......... ..........   [72]
Cananga              ?????????? ?????????? ??????.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....G....   [100]
Polyalthia           ---------- ---------- .......... ..K....... .......... .......... .......A.. ....W..... .......... ..........   [80]
Knema                ---------- ---------- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... ........C. ..........   [72]
Myristica            ?????????? ?????????? ?????????? .......... .......... .......... .......... .......... ........C. ..........   [100]
Mauloutchia          ------..CC .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........C. ..........   [94]
Belliolum            ---------- ---------- --------T. .......... ....G..... ......T... .......... .......... ...C...C.. ..........   [72]
Drimys               ?????????? ?????????? ????????.. .......... ....G..... ......T... .......... .......... ...C...... ..........   [100]
Tasmannia            ---------- ---------- ------.... .......... ....G..... ......T... .......... .......... ...C...... ..........   [74]
Takhtajania          ?????????? ?????????? .......... ........T. ....G..... ......T... .......... .......... ...C...... ..........   [100]
Canella              ---------- ---------- --------.. .......... ....C..... ......T... .......... .......... ......CC.. ..........   [72]
Cinnamodendron       ?????????? ?????????? ????????.. .......... ....C..... ......T... .......... .......... ......CC.. ..........   [100]
Calycanthus          ?????????? ?????????? ??????.G.. .......... .......... ......T... .......... .......... ...C...... ..........   [100]
Chimonanthus         ?????????? ?????????? ????????.. .......... .......... ......T... .......... .......... ...C...... ..........   [100]
Idiospermum          ---------- ---------- --------.. .C........ .......... ......T... .......... .......... ...C...... ........G.   [72]
Hedycarya            ---------- ---------- --------.. .......... .......... ......T... .......... .......... ...C.....T ......A...   [72]
Palmeria             ?????????? ?????????? ??????.... .......... .......... ......T... .......... .......... ...C...... ......A...   [100]
Peumus               ?????????? ?????????? ?????????? .......... ...G...... ......T... .......... .......... ...C...... ......A...   [100]
Siparuna             ?????????? ?????????? ???????... .......... .......... ......T... .......... .......... ...C..C... .....G....   [100]
Atherosperma         ?????????? ?????????? ??????.... .......... .......... ......T... .......... .......... .......... ..T..G....   [100]
Daphnandra           ?????????? ?????????? ????????.. .......... .......... ......T... .......... .......... .......... ..........   [100]
Doryphora            ?????????? ?????????? ????????.C .......... .......... ......T... .......... .......... .......... ..........   [100]
Gomortega            ??M??????? ?????????? ?????????? .......... .......Y.. ......T... .......... .......... ...G...... GAA.......   [100]
Gyrocarpus           ---------- ---------- ------.... .........C ....G..... ......T... .......... .......... ...C...... ..........   [74]
Cryptocarya          ?????????? ?????????? ????????.C .......... .......... ......T... .......A.. .......... ...C...... ..........   [100]
Cinnamomum           ---------- ---------- --------.. .......... .......... ......T... .......... .......... ...C...... ..........   [72]
Laurus               ---------- ---....... .......... .......... .......... ......T... .......... .......... ...C...... ......AG..   [87]
Dicentra             ?????????? ?????????? ??????.GT. .......... .......... ......T... .......... .......... ...C...... ..G.......   [100]
Sanguinaria          ?????????? ?????????? ????????.. .......... .......... ......T... .......... .......... ...C...... ..........   [100]
Euptelea             ?????????? ?????????? ????????.. .......... .......... ......T... .......... .......... ...G...... C.....AG..   [100]
Mahonia              ?????????? ?????????? ????????.. .......... ....G..... ......T... .......A.. .......... ...C....T. ..........   [100]
Podophyllum          ---------- ---....... .......... .C........ ....G..... ......T... .......... .......... ...C....T. .....G....   [87]
Lardizabala          ?........C .......... .......... .......... .......... ......T... .......... .......... ...C...ATC ..........   [100]
Akebia               ?????????? ?????????? ????????.. .......... .......... ......T... .......... .......... ...C.TATC. ..........   [100]
Cissampelos          --------CC .......... .......... .......... .......... ......T... .......... .......... .......... ..........   [92]
Cocculus             ?????????? ?????????? ????????.. .......... .......... ......T... .......A.. .......... .......... ..........   [100]
Ranunculus           ?????????? ?????????? ??????.... .....C.... ....A..... ......T... .......... .......... .......AC. C.........   [100]
Xanthorhiza          ?????????? ?????????? ????????.. .....C.... ....G..C.. ......T... .......... .......... .......AC. C.........   [100]
Sargentodoxa         ---------- ---------- -......... ........-. ....G..... ......T... .......... -......... ...C...A.. ...G......   [77]
Nelumbo              ?????????? ?????????? ??????.... .......... .......... ......T... .G........ .......... .......... ..........   [100]
Platanus             ?????????? ?????????? ????????.. .......... .......... ......T... .......... .......... ...C...... ..........   [100]
Petrophile           ?????????? ??????.A.. .......... ..C.....T. .......... ......T... .......... .......... ......C... ..........   [100]
Persoonia            ?????????? ??????.A.. .......... ..C.....T. .......... ......T... .......... .......... ...C...... ..........   [100]
Grevillea            --------CC ..C....... .........C ..C.....T. .......... ......T... .......... .......... ...C...... ..........   [92]
Sabia                ---------- ---------- ---------- ---------. .......... ......T... .......A.. .......... .......A.C ...CT...C.   [61]
Meliosma             ---------- ---------- ---------- ---------- -----....K ......T... .......... .......... .......... ..........   [55]
Tetracentron         ?????????? ?????????? ????????.. .......... .......... ......T... .......... .......... .......A.. ..........   [100]
Trochodendron        ?????????? ?????????? ????????.. .......... .......... ......T... .......... .......... .......A.. ..........   [100]
Buxus                ?????????? ?????????? ??????.... .......... .......... ......T... .......... .......... .......C.. ..........   [100]
Sarcococca           ---------- .......... .......... .......... .......... ......T... .......... .......... ...C...... M.........   [90]
Pachysandra          ?????????? ?????????? ????????.C .C........ ....C..... ......T... .......... .......... ...C...... ..........   [100]
Didymeles            ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?......C.. ...T..T... .......T.. .......... ...G...... ...G.T....   [100]
Dioscorea            ---------- ---------- ---------- .......... .......... ......T..T .......... .......... ...C..C... ..........   [70]
Croomia              .........C .......... .......... .......... .......... ......T... .......... .......... ...T..C... ..........   [100]
Carludovica          ---------- ---....... .......... .......... .......... ......T... .......... .......... ...C..C... ..........   [87]
Asparagus            ?????????? ?????????? ???????... ........T. .......... ......T... .G........ .......... ...T..C... ..........   [100]
Orontium             ?????????? ?????????? ???????... .C........ .......... ......T... .......... .......... ...C.....G ..........   [100]
Spathiphyllum        ---------- ---------- ---------- .C........ .......... ......T... .......... .......... ...G.....G ..A.......   [70]
Alisma               ---------- ---------- ------.G.. .......... ....C..... ......T... .......... .......... .......C.. ..........   [74]
Potamogeton          ?????????? ?????????? ???????... .C......T. .......... ......T... .......... .......... .......... .....G....   [100]
Triglochin           ---------- ---------- ------.... .C........ .......... ......T... .......... .......... ...C...... .....G....   [74]
Pleea                ?????????? ?????????? ?????????? .......... .......C.. ......T... .......... .......... ...C...... ..........   [100]
Tofieldia            ?????????? ?????????? .......... .CC....... .......... ......T... .......... .......... ...C...... ..........   [100]
Acorus_cal           ?????????? ?????????? ?????????? ?......... .......... ......T... .......... .......... .......... ..........   [100]
Acorus_gra           .........C .......... .......G.. .........C ..C....... ......TC.. .......... .......... ...C...... ..........   [100]
Peperomia            ?????????? ?????????? ?????????? .......... .......... ......T... .....A.... .......... ...G...... ..........   [100]
Piper                ?????????? ?????????? ?????????? .......... .G........ ......T... .....A.... .......... ...G...... ..........   [100]
Anemopsis            -----C..CC .......A.. ......TTT. .......... .......... ......T... .....A.... .......... ...G...... ..........   [95]
Houttuynia           ?????????? ?????????? ??????TTT. .......... .......... ......T... .....A.... .......... ...C...... ..........   [100]
Saururus             ?????????? ?????????? ??????TTT. .......... .......... ......T... .....A.... .......... ...C...... ..........   [100]
Lactoris             ?????????? ?????????? ??????GG.C .........C .......... ......T... .......... .......... ...G...... ..........   [100]
Aristolochia         ?????????? ?????????? ????????.. .......... .......... ......T... .......... ...R...... .......C.. ..........   [100]
Thottea              ---------- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... .......... .......C.. ..........   [82]
Asarum               ?????????? ?????????? ??????.G.. .......... .......... ......T... .......... .......... ...C...... ...TT..C..   [100]
Sauruma              .........C .......... .......... .......... .......... ......T... .......... .......... ...C...... ...TT..C..   [100]
Ceratophyllum_dem    ?????????? ?????????? ??????..A. .......... ....C..C.. ...G..T... .......... .......... ...C...... ..........   [100]
Ceratophyllum_sub    ---------- ---------- ---------- -----..... ....C..C.. ...G..T... .......... .......... ...C...... ..........   [65]
Ascarina             ---------- --------.. .......... .C........ .......... .......... .......A.. .......... .......... ..........   [82]
Chloranthus          ?????????? ?????????? ??????.... .......... .......... .......... .....A.A.. .......... ...C...... ..........   [100]
Hedyosmum            ?????????? ?????????? ??????.... ...C..C... ....C..... .......... .......... .......... .........C ..........   [100]
Sarcandra            ---------- ---------- ------.... .......... .......... .......... .....A.A.. .......... ...C...C.C ..........   [74]
Nymphaea             ?????????? ?????????? ??????.... .......... .......... ......T... .G........ ....C..... ...G...... ...CTT.C..   [100]
Nuphar               ---------- ---------- ------.... .......... .......... ......T... .G........ ....C..... ...T...... ...CTT.C..   [74]
Brasenia             ---------- ---------- ------.... .......... .......... ......T... .G........ ....C..... ...T...... ...CTT.C..   [74]
Cabomba              ---------- ---------- ------.... .......... .......... ......T... .G........ ....C..... ...G...... ...CTT.C..   [74]
Amborella            ?????????? ?????????? ????????.C .C........ ....C..... ......T... .G........ .......... ...C...... ...CT..C..   [100]
Illicium             ?????????? ?????????? ????????.. .......... .G........ ......T... .G........ .......... .......... ..G.....G.   [100]
Kadsura              ---------- ---....... .......... .......... .......... ......T... .G........ .......... ...C...... ..G.......   [87]
Schisandra           ?????????? ?????????? ????????.. .......... .G........ ......T... .G........ .......... .......... ..G.......   [100]
Trimenia             ?????????? ?????????? ??????.... C......... .G........ A.....T... ?GT....... .......... .........T ..G.....G.   [100]
Austrobaileya        ?????????? ?????????? ????????.. .......... .G........ ......T... .G........ .......... ...C...... ..T...ATG.   [100]
Cycas                ---------- ---------- ------.... ........T. .......... ......T... .G...A.... ....C..... .......C.. ..........   [74]
Zamia                ---------- ---------- ---------- ..C.....T. .......... ......T... .C.A.A.... ....C..... ...C...... ..........   [70]
Ginkgo               ?????????? ?????????? ??????.... ..C.....T. .......... ......T... .G........ .......... .......C.. ..........   [100]
Metasequoia          --.......C .......... .......... ..C....... .......... ......T... .G...A.... .......... G.......C. ..........   [98]
Podocarpus           .......... .......... ......T... ..C....... .......... ......T... .G...A.... .......... .......C.G ..........   [100]
Pinus                .......... .......... ......T... ..C....... .......... ......T... .G...A.... .......... .......C.G .....G....   [100]
Gnetum               ---------- ---------- ------.... ..A......C .......... ......T..T .G...A.... .......... G..G...C.G ..T..G....   [74]
Welwitschia          .......... .......A.. ......G..C ..A......C .......... ......T..T .G...A.... .......... G......C.G ..T..G..C.   [100]

[                             110        120        130        140        150        160        170        180        190        200]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             CTGATATCTT GGCAGCATTC CGAGTAACTC CTCAACCCGG AGTTCCACCT GAGGAAGCAG GGGCTGCGGT AGCTGCCGAA TCTTCTACTG GTACATGGAC   [200]
Liriodendron         .......... .......... .......... ......T... ......G... .......... .......... .......... .......... ..........   [200]
Degeneria            .......A.. .......... .......... .......... ......G... .......... .......... .......... .......... ..........   [172]
Galbulimima          .......... .......... .......GC. .......T.. ......G... .......... .......... .......... .......... ....G.....   [172]
Eupomatia            .......... .......... .......... .......... ......G... .......... .......... .......... .......... ..........   [172]
Annona               .......... .......... ........C. .......T.. ......G..C .......... .......... .......... ........C. ..........   [172]
Asimina              .......... .......... ........C. .......... ......G..C .......... .......... .......... ..C....... ..........   [172]
Cananga              .......... .......... ........C. .......... ......G... .......... .......... .......... .......... ..........   [200]
Polyalthia           .......... .......... .......... .......... ......G... .......... .......... .......... .......... ..........   [180]
Knema                .......... A......... .......... .......... ......G... .......... .......... .......... .......... ..........   [172]
Myristica            .......... A......... .......... .......... ......G... .......... .......... .......... .......... ..........   [200]
Mauloutchia          .......... A......... .......... .......... ......G... .......... .......... .......... .......... ..........   [194]
Belliolum            .......... .......... .......... .......... .........G .......... .A.....T.. .......... .......... ..........   [172]
Drimys               .......... .......... .......... .......... .........G ........G. .A.....T.. .......... .......... ..........   [200]
Tasmannia            .......... .......... .......... .......... .........G .......... .A.....T.. .......... .......... ..........   [174]
Takhtajania          .......... .......... .......... .......... .........G .......... .......T.. .......... .......... ..........   [200]
Canella              .......... .......... .......... .......... .........G ..A....... .......... .......... .......... ..........   [172]
Cinnamodendron       .......... .......... .......... .......... .........G ..A....... .......... .......... .......... ..........   [200]
Calycanthus          .......T.. .......... .......... .......T.. .......G.G .......... .......... .......... .......... ..........   [200]
Chimonanthus         .......T.. .......... .......... .......T.. .......G.G .......... .......... .......... .......... ..........   [200]
Idiospermum          .......T.. .......... .......... .......T.. .........G .......... .......... .......... .......... ..........   [172]
Hedycarya            .G.....T.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [172]
Palmeria             .......T.. .......... .......... .......... .......... ........G. .......... .......... .....G.... ..........   [200]
Peumus               .......T.. .......... .......... .......... .......... ..A....... .......... .......... .......... ..........   [200]
Siparuna             .......T.. .......... .......... .......... .......... ........C. .......... ...A...... ........C. ..........   [200]
Atherosperma         .......T.. .........T .......... .......... .......... ..A....... .......... .......... .......... ..........   [200]
Daphnandra           .......T.. .........T .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [200]
Doryphora            .......T.. .........T .......... .......... .......... ........G. .......... ...A...... .......... ..........   [200]
Gomortega            .......T.. .........T .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [200]
Gyrocarpus           .......T.. .......... .......... .......... ......G... .......... .......... ...C...... .......... ..........   [174]
Cryptocarya          .......T.. .........T .......... .......T.. ......G... .......... .......... .......... .......... ..........   [200]
Cinnamomum           .......T.. .........T .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [172]
Laurus               .......T.. .........T .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [187]
Dicentra             .......... .......... .....C..C. .......T.. .......... .......... ....C..... .......... ........C. ..........   [200]
Sanguinaria          .......... .......... .......... .......T.. .......... .......... ....C..... ......T... .......... ..........   [200]
Euptelea             ......C... .........T .......... .......T.. .......... .......... .A..C..... .......... .......... ..........   [200]
Mahonia              .......... .......... .......... .......... .........K ..A....... ....C..T.. .......... ........K. ..........   [200]
Podophyllum          .......... .......... .......... ....G..T.. .......... ..A....... ....C..T.. .......... ........A. ..........   [187]
Lardizabala          .......... .......... .......... .......T.. .......... ..A....... ....C..... .......... ........A. ..........   [200]
Akebia               .......... .......... .......... .......T.. .......... ..A....... ....C..... ......G... ........A. ..........   [200]
Cissampelos          ......CGC. A......... .......... .......T.. ......G... ..A.....G. .......... .......... ........A. ..........   [192]
Cocculus             ......CGC. A......... .......... .......T.. ......G... ..A.....G. .......... .......... ........A. ..........   [200]
Ranunculus           .G....C... .......... .......... .......G.. .......... ..A.....G. .......T.. .......... ........A. ..........   [200]
Xanthorhiza          ......C.C. .......... .......... .......T.. .........G ..A.....G. .......T.. .......... ........A. ..........   [200]
Sargentodoxa         .......... .......... .......... .......T.. .......... ..A....... ....C..... .......... ........A. ..........   [177]
Nelumbo              .......... .......... .......... .......T.. .......... .......... ....C..... .......... .......... ..........   [200]
Platanus             .......... .......... .......... .......T.. .......... .......... ....C..... .......... .......... ..........   [200]
Petrophile           .......... .......... .......... .......T.. ......G..C ........G. ....A..... .......... .......... ..........   [200]
Persoonia            .......... .......... .......... .......T.. .......... ........G. ....A..... .......... .......... ..........   [200]
Grevillea            .G........ .......... ..G....... .......T.. ......G... ........G. ....A..... .......... .....G.... ..........   [192]
Sabia                .......... .......... .......... .......A.. .......... .......... .C..C..... .......... .......... ..........   [161]
Meliosma             .......... .......... .......... ...GG..T.. .......... .......... ....C..A.. .......... .......... ..........   [155]
Tetracentron         .......... A......... .......... .......T.. .........G ..A....... ....C..... ......G... .......... ..........   [200]
Trochodendron        .......... A......... .......... .......A.. .......... .......... ....C..... ......G... .......... ..........   [200]
Buxus                .......... .......... .......... .......T.. .........C .......... ...??..... .......... .......... ..........   [200]
Sarcococca           .......... .......... .......... .......T.. .........C .......... .T..C..... .......... .......... ..........   [190]
Pachysandra          .......... .......... .......... .......T.. .........C .......... .T..C..... .......... .......... ..........   [200]
Didymeles            .........A A.G....... .......... .......T.. .......... .......... ....C.T... ..T......T .......... ..........   [200]
Dioscorea            .......... A..G...... .......G.. .......T.. G.....G..C ..A....... .A.....A.. ...C...... ..G..C.... ..........   [170]
Croomia              .......... A........T .......... .......... ......G... ..A....... ....A..... ......T... .......... ..........   [200]
Carludovica          .......... .......... .......... .......... ......G... ..A....... .......... .......... .......... ..........   [187]
Asparagus            .......... .......... .........G .......... ......C... ..A.....G. .C........ .......... .......... ..........   [200]
Orontium             .......... .......... .......... .......... .......... ..A....... .T.....A.. .......... .......... ..........   [200]
Spathiphyllum        .......... .......... .......... .......... ......G... ..A....... .......A.. .......... .......... ..........   [170]
Alisma               .......... .......... .......... .G.....G.. .......... .......... .T..C..A.. .......... .......... ..........   [174]
Potamogeton          .......... .......... .......... .......... .......... ........G. .......A.. .......... ..C....... ..........   [200]
Triglochin           .......... .......... .......... .......... .........G ..A....... .......A.. G......... .......... ..........   [174]
Pleea                .......A.. .......... .......... .......... .........C ..A....... .......A.. .......... .......... ..........   [200]
Tofieldia            .......... .......... .......... .......... .........C ..A....... .......A.. .......... .......... ..........   [200]
Acorus_cal           .......... .........T .......... .......... .........C ..R....... .......... .......... ..C....... ..........   [200]
Acorus_gra           .......... .........T .......... .......... .........C ........G. .......... .......... ..C....... ..........   [200]
Peperomia            .......... .......... .......... .G.....A.. G.....C..C .......... .......A.. .......... ..C....... ..........   [200]
Piper                .......... .......... .......... .G........ .........C ..A....... .......A.. .......... ..C....... ..........   [200]
Anemopsis            .......T.. .......... .......... .G........ .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [195]
Houttuynia           .......... .......... .......... .G........ .........C .......... .......... .CG....... ..C....... ..........   [200]
Saururus             .......... .......... .......... .G........ ......G... ..A....... .......... .......... .......... ..........   [200]
Lactoris             .A........ .......... .......... .......... ......G... .......... .......A.. .......... ..C....... ..........   [200]
Aristolochia         .......... .......... .......T.. .......G.. G.....G... .......... .......A.. .......... .......... ..........   [200]
Thottea              .......... .......... ......T... .......G.. G.....G... .......... .......A.. .......... .......... ..........   [182]
Asarum               .......... .......... .......??. .G........ ......G... .......... .......... .......... .......... ..........   [200]
Sauruma              .......... .......... .......... .......... ......G... .......... .......... .......... .......... ..........   [200]
Ceratophyllum_dem    .......... .......... .......G.. .......... .......... .......... .T.....A.. .......... .......... ..........   [200]
Ceratophyllum_sub    .......... .......... .......G.. .......... .......... .......... .T.....A.. .......... .......... ..........   [165]
Ascarina             .......... .......... ...C...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [182]
Chloranthus          .......... .......... ...C...... .......... .......... .......... .......... ......T... .......... ..........   [200]
Hedyosmum            .......... .......... .......... .......... .......... ..A....... ..T....... .......... .......... ..........   [200]
Sarcandra            .......... .......... ...C...... .......... .......... .......... .......... ......T... .......... ..........   [174]
Nymphaea             .......... .......... .......... .......T.. ......G... .......... .A........ G......... .....C.... ..........   [200]
Nuphar               .......... .......... .......... .......T.. ......G... .......... .A........ G......... .....C.... ..........   [174]
Brasenia             .......... .......... .......... .......T.. ......G... .......... .A........ G......... .....C.... ..........   [174]
Cabomba              .......... .......... .......... .......T.. .......... .......... .A........ G......... .....C.... ..........   [174]
Amborella            .......... .......... .......... .......T.. .......... .......... .A.....A.. .......... .....C.... ..........   [200]
Illicium             .......... .......... .......... .......... .......... ........G. .A........ ......G... ..C....... ....C.....   [200]
Kadsura              .......... .......... .......... .......T.. .........C ........G. .A........ ......G... .......... ....C.....   [187]
Schisandra           .......... .......... .......... .......... ......G..C ........G. .A........ ......G... .......... ....C.....   [200]
Trimenia             .......... .......... .......... .......... .........G .......... ...T...... ......G... .......... ..........   [200]
Austrobaileya        .......... .......... .......... .......... .......... ........G. .......... ......A... .......... ..........   [200]
Cycas                .C........ A.....G... .......... .......T.. ...G..G... ........G. .A.....A.. ...C..T... .....C.... ..........   [174]
Zamia                .C........ ......G... .......... .......T.. G..G..CG.. ........G. .......A.. ......T... .....C.... ..........   [170]
Ginkgo               .......... .......... .......... .......T.. ...G...... ........G. .A.....A.. .......... .....C.... ..........   [200]
Metasequoia          .......... .......... .....C.... .G..G..T.. ...A..C..C ..A.....G. .A..A..A.. .......... .....G.... ....G.....   [198]
Podocarpus           .A........ .......... .......... .......T.. G..G..C..C .......... .A..G..A.. .......... .....C.... ..........   [200]
Pinus                .A........ .......... .......... .......... G..G...... ..A....... .A..A..A.. ......T... .....C..C. ..........   [200]
Gnetum               .......... .......... .......... .G..G..... ...A..G... .......... .A..A..T.. ......T... ..C..C..C. ..........   [174]
Welwitschia          .......... .......... ........C. .......T.. G..A..G... ........G. .A..A..A.. ...C..T... .......... ..........   [200]

[                             210        220        230        240        250        260        270        280        290        300]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             AACTGTGTGG ACCGATGGAC TTACCAGCCT TGATCGTTAC AAAGGACGAT GCTACCACAT CGAGCCCGTT CCTGGGGAGG AAAGTCAATT TATTGCTTAT   [300]
Liriodendron         .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...A...... GT.......A CCGA.....A .....T....   [300]
Degeneria            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... G......... ...A.....A ..........   [272]
Galbulimima          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... G......... ...A.....A ..........   [272]
Eupomatia            .......... ..T....... .......... .......... .......... .......... .......... G......... ..G......A ..........   [272]
Annona               ...C...... .......... .......... .......... .......... .......... ......T... G....A.... ...A.....A ..........   [272]
Asimina              .......... .......... .......... .......... .......... .......... ......T... GT...A.... .......... ..........   [272]
Cananga              .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... G......... ...A.....A ..........   [300]
Polyalthia           .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... G......... ...A.....A ..........   [280]
Knema                .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... G......... ...A.....A ..........   [272]
Myristica            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... G......... ...A.....A ..........   [300]
Mauloutchia          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... G......... ...A.....A ..........   [294]
Belliolum            .......... .......... .......... .......... .......... .......... ......T... A......... ..GA.....A ..........   [272]
Drimys               .......... .......... .......... .......... .......... .......... ......T... G......... ..GA.....A ..........   [300]
Tasmannia            .......... .......... .......... .......... .....G.... .......... ......T... G......... ..GAG....A ..........   [274]
Takhtajania          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... G......... ..GA.....A ..........   [300]
Canella              .....C.... .......... .......... .......... .......... .....A.... .......... G......... ..GA.....A ..........   [272]
Cinnamodendron       .....C.... .......... .......... .......... .......... .....A.... .......... G......... ..GA.....A ..........   [300]
Calycanthus          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... G......... .......... ......C...   [300]
Chimonanthus         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... G......... .......... ......C...   [300]
Idiospermum          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... G......... ...A.....A ......C...   [272]
Hedycarya            .........A .......... .......... .......... .......... .......... ......T... G......... ...A.....A ......C...   [272]
Palmeria             .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... G......... ...C...... ......C...   [300]
Peumus               .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... G......... .......... ......C...   [300]
Siparuna             .......... ........G. .......... .......... .......... .......... .......... G......... ...A...... ......C...   [300]
Atherosperma         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... G......... ...A.....A ......C...   [300]
Daphnandra           .......... .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... G......... ...A.....A ......C...   [300]
Doryphora            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... G......... ...A.....A ......C...   [300]
Gomortega            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... G......... .......... ......C...   [300]
Gyrocarpus           .......... .......... .......... .......... .....G.... .......... .......... G......... .......... ......C...   [274]
Cryptocarya          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... G....R.... ...M...... ......C...   [300]
Cinnamomum           .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... ......C...   [272]
Laurus               .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... G......... .......... ......C...   [287]
Dicentra             .......... ..T.....G. .......... .......... ......A... ....T..... ......A... G....A..A. ..CA.....A ....TG....   [300]
Sanguinaria          .......... ..T....... .......... .......... ......A... .......... .......... G....A..A. .C.A.....A ....TG....   [300]
Euptelea             .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... G....A..A. .C.A.....A ....TG....   [300]
Mahonia              .......... .......... .......T.. .......... .......... .....G.... T......... G....A..A. .C.A.....A ....TS....   [300]
Podophyllum          ...C...... .......... .......T.. .......... .......... .......... ......T... G....A..A. .C.A.....A ....TG....   [287]
Lardizabala          .......... .......... .......... .......... .......... .....G.T.. ......T... G....A.... .G.AC....A ....TG....   [300]
Akebia               .......... .......... .......... .......... .......... .....G.... ......T... G....A.... .G.AC....A ....TG....   [300]
Cissampelos          .......... .......... .......... .......... .......... .......... T......... .....A..A. .........A ....TG....   [292]
Cocculus             .......... .......... .......T.. .......... .......... .......... T......... G....A..A. ...A.....A ....TG....   [300]
Ranunculus           .......... .......... .......... .......... .......... .......... T.....T... G....A..A. ...A.....A ....TG....   [300]
Xanthorhiza          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... G....A..A. ...A.....A ....TG....   [300]
Sargentodoxa         ...C...... .......... ......A... .......... .....----. .......... .......... G....A..A. ...AC....A ....TG....   [273]
Nelumbo              .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... G....A..A. ...A...... ..........   [300]
Platanus             .......... .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... G....A..A. ...A.....A ..........   [300]
Petrophile           .......... .......... .......... .......... .......... .......... T.....G... G....A..A. .......... ..........   [300]
Persoonia            .......... .......... .......... .......... .....G.... .......... T.....G..C G....A..A. .......... ..........   [300]
Grevillea            .......... .......... .......... .......... .......... .......... T.....A... G....A..A. .......... ..........   [292]
Sabia                .......... .......... .......... .......... .....G.... .......... .......... G....A..A. ...A.....A ..........   [261]
Meliosma             .......... .......... .......... .......... .......... .....A.... .......... .....A..A. .......... ..........   [255]
Tetracentron         .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...A..T... G....A..A. .......... ..........   [300]
Trochodendron        .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...AA.T... A....A..A. ...A...... .....T....   [300]
Buxus                .......... ..T....... .......... .......... .....GA... .......... .....?T... G....A..A. ...A...... .........C   [300]
Sarcococca           .......... ..T....... .......... .......... ......A... .......... ......T... G....A..A. .......... .........C   [290]
Pachysandra          .......... ..T....... .......... .......... ......A... .......... ......T... .T...A..A. .......... .........C   [300]
Didymeles            .......... C.T....... .......A.. .......... .......... .......... ......T... G....A..A. ...A...... .....T....   [300]
Dioscorea            .......... ..T....... .......T.. .......... .......... .......... ....AG.... GT........ ...AC....A ..........   [270]
Croomia              .......... ..T....... .......T.. .......... .......... .......... ....AG.... GT........ .C.A.....A ..........   [300]
Carludovica          .......... ..T....... .......T.. .......... .......... .......... A...G..... GT...A.... .C.A.....A ..........   [287]
Asparagus            .......... ..T....... .......T.. .......... .......... .......... .......... AT......A. C.GAG..... ..........   [300]
Orontium             ......T... ..T....... .......T.. .......... .......... .......... ....A..... GT........ ...A.....A ..........   [300]
Spathiphyllum        .......... ..T....... .......... .......... .......... .......... ...A...... GT........ ..GA.....A ..........   [270]
Alisma               .......... ..T....... ....T..T.. G......... .......... .......... ...A..T... AT...A.... ...A.....A .T..TG....   [274]
Potamogeton          ......A... ..T....... ....T...T. G......... .....G.... .......... ......T... G....CACT. ...A...... ......C...   [300]
Triglochin           ...C...... ..T....... ....T...T. G......... .......... ....T..... .......... GT........ ..GA...... ..........   [274]
Pleea                .......... ..T....... .......... .......... .......... .......... ....A.T... GTG....... ...A...G.A ..........   [300]
Tofieldia            .......... ..T....... .......... .......... .......... .......... ....A.T.?. GT........ ...A...G.A ..........   [300]
Acorus_cal           .......... .......... .......... .......... .....C.... .......... .......... GT.......C ...A.....A ..........   [300]
Acorus_gra           .......... .......... .......... .......... .....C.... .......... .......... GT.......C ...A.....A ..........   [300]
Peperomia            G.GC..A... ..T..C.... ....T..... .......... .....G..G. .......... T.....T... G.......A. ...A.....A ....TGC...   [300]
Piper                ......A... .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... G......... ...A.....A ....TGC...   [300]
Anemopsis            .......... .....C.... .......... .......... .......... .....GG... ......T... G......... ...A.....A ..........   [295]
Houttuynia           .......... .......... .......... .......... .....T.... .......... .......... G....A.... .......... ..........   [300]
Saururus             .......... .......... .......T.. .......... .......... .....GGG.. .......... G......... ...A...... ..........   [300]
Lactoris             .......... .......... .......... .......... .......... .......... ......T... ........A. .C........ ..........   [300]
Aristolochia         .......... ..T....... ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... ...A.....A ..........   [300]
Thottea              .......... ..T....... ....T..... .......... .......... .....G.... .......... .......... ...A.....A ..........   [282]
Asarum               .......... .......... .......... .......... .......... .......T.. ......T... G......... .......... ..........   [300]
Sauruma              .......... .......... .......... .......... .......... .......T.. ......T... G......... .......... ..........   [300]
Ceratophyllum_dem    ...C...... .......... .......... .......... .......... .....G.... ...A...... G....A.... ...A.....A ..........   [300]
Ceratophyllum_sub    ...C...... .......... .......... .......... .......... .....G.... ...A...... G....A.... ...A.....A ..........   [265]
Ascarina             .......... .......... .......... .......... .......... .......... ......T... GT.......A ..GA.....A C.........   [282]
Chloranthus          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... G......... ...A.....A C.........   [300]
Hedyosmum            .......... .......... .......... .......... .......... .......... T......... G......... ...A.....A C.........   [300]
Sarcandra            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... G......... ...A.....A C.........   [274]
Nymphaea             .......... .......... .......... .......... .......... .......... ......T... G.......A. ...A.....A ..........   [300]
Nuphar               .......... .......... .......... C......... .......... .......... ......A... .......... ...A.....A ..........   [274]
Brasenia             .......... .......... .......... C......... .......... .......... ......A... G......... ...A.....A ..........   [274]
Cabomba              .......... .......... .......... C......... .......... .......... ......A... G......... ...A.....A ..........   [274]
Amborella            .......... .......... .......... .......... .....T.... .......... ...A...... G.......AC ...A.....A ..........   [300]
Illicium             C......... ..T....... .......... C......... .....G.... .......... T......... G......... ...A.....A ..........   [300]
Kadsura              T......... ..T....... .......... C........T .....G.... .......... T......... G......... ...A.....A ..........   [287]
Schisandra           T......... ..T....... .......... C........T .....G.... .......... T......... G......... ...A.....A ..........   [300]
Trimenia             C......... ..G.....G. .......... C......... .....G.... .......... T..A..A... .......... .T.A...... ..........   [300]
Austrobaileya        .......... .......... .......... C......... .....T.... .......... ......T... G......... ...A.....A ..........   [300]
Cycas                C.....T... .......... .......T.. C......... ..G..G.... ....TG.... .......... .........A ...A...... ......C...   [274]
Zamia                C.....T... .......... .......T.. .......... ..G..G.... ....TG.... .......... ........A. .G.C...... ......C...   [270]
Ginkgo               C.....T... .......... .......T.. .......... ..G...A... ....TG.... .......... .......... ...A...... ......C...   [300]
Metasequoia          C.....T... .......... .......T.. .......... ..G..C.... .....G.T.. T..A...... .....A.... ...A...... ......C...   [298]
Podocarpus           T.....T... ........G. .......... C......... ..G..G.... ....TG.... ...A..T... .....A.... ...A.....A .....TC...   [300]
Pinus                C.....T... .......... ....T..T.. C......... ..G..G.... ....TG.T.. .......... G....A.... .G.C...... ......C...   [300]
Gnetum               C......... ..T....... .......T.. ......G... .......... .....G..C. T.....T... .....A..A. .C.A...... ..........   [274]
Welwitschia          C..G...... ..T....... ....G..T.. C......... .......... .....G..C. T..A..T... .....A.... .C.A.....A ..........   [300]

[                             310        320        330        340        350        360        370        380        390        400]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             GTAGCTTACC CTTTAGACCT TTTTGAAGAA GGTTCTGTTA CTAACATGTT TACTTCCATT GTAGGTAATG TATTTGGGTT CAAAGCCCTA CGAGCTCTAC   [400]
Liriodendron         .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..........   [400]
Degeneria            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [372]
Galbulimima          .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..........   [372]
Eupomatia            .......... .......... .........G .......... .......... .......... ..G....... .......... ......T... ..........   [372]
Annona               .......... .......T.. ......G..G .......... .......... .......... .......... .G........ ......T... ..........   [372]
Asimina              .......... .......... ......G... .......... .......... .......... .......... .G........ ......T... ..........   [372]
Cananga              .......... .......... .........G .......... .......... .......... .......... .......A.. T.....T... ..........   [400]
Polyalthia           .......... .......... .........G .......... ....T..... .......... .......... .......... ......T... ..........   [380]
Knema                .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..........   [372]
Myristica            .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..........   [400]
Mauloutchia          .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..........   [394]
Belliolum            .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..........   [372]
Drimys               .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..........   [400]
Tasmannia            .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..........   [374]
Takhtajania          .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..........   [400]
Canella              .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........C. .......... ......T... ..........   [372]
Cinnamodendron       .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........C. .......... ......T... ..........   [400]
Calycanthus          ........T. .......... .......... .......... .......... ......T... ..G....... .......... .......... ..........   [400]
Chimonanthus         ........T. .......... .......... .......... .......... ......T... ..G....... .......... ......T... ..........   [400]
Idiospermum          ........T. .......... .......... .......... .......... ......T... ..G....... .......... ......T... ..........   [372]
Hedycarya            .......... .......... .......... .......... .......... ......T... ..G....... .......... ......T... ..........   [372]
Palmeria             .......... .......... .......... .......... .......... ......T... ..G....... .......... ......T... ..........   [400]
Peumus               .......... .......... .......... .......... .......... ......T... ..G....... .......... ......T... ..........   [400]
Siparuna             .......... .......... .......... .......... .......... ......T... .......... .......... ......T... ..........   [400]
Atherosperma         .......... .......... .......... .......... .....C.... ......T... ..G....... .......... ......T... ..........   [400]
Daphnandra           .......... .......... .......... .......... .....C.... ......T... ..G....... .......... ......T... ..........   [400]
Doryphora            .......... .......... .......... .......... .....C.... ......T... ..G....... .......... ......T... ..........   [400]
Gomortega            .......... .......... .......... .......... .......... ......T... ..G....... .......... ......T... ..........   [400]
Gyrocarpus           .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G..G.... .......... ......T... ..........   [374]
Cryptocarya          .......... .......... .......... .......... .......... ......T... ..G....... .......... ......T... ..........   [400]
Cinnamomum           .......... .......... .......... .......... .G........ ......T... ..G....... .......... ......T... ..........   [372]
Laurus               .......... .......... .......... .......... .G........ ......T... ..G....... .......... ......T... ..........   [387]
Dicentra             .......... .......... .......... ..C....... .......... .......... ..G....... .......... ......G... ..C.......   [400]
Sanguinaria          .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... ......G..G ..C.......   [400]
Euptelea             .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... ......G... ..C.......   [400]
Mahonia              .....C..T. .......... .......... .......... .......... ...C..T... ..G....... .T........ ......G..G ..C.......   [400]
Podophyllum          .....C..T. .......... .......... .......... .G..T..... ......T... .......... .......... ......G..G ..C.......   [387]
Lardizabala          .......... .......... .......... .....G.... .......... .......... ..G....... .......... ......G... ..C.......   [400]
Akebia               .......... .......... .......... .....G.... .......... .......... ..G....... .......... ......G... ..C.......   [400]
Cissampelos          .......... .C........ .......... .......... ....T..... .......... ..G....... .T........ ......G..G ..C.......   [392]
Cocculus             .......... .C........ .......... .......... ....T..... .......... ..G....... .T........ ......G... ..C.......   [400]
Ranunculus           .....C..T. .......T.. ......G... .......... .......... ......T... ..G....... .......T.. ......GT.. ..C.....G.   [400]
Xanthorhiza          .....C..T. .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .T........ ......G... ..C.......   [400]
Sargentodoxa         .......... .......... ....-..... .......... .......... .......... ..G....... .......... .-....G... ..----....   [367]
Nelumbo              .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..T.......   [400]
Platanus             .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..T.......   [400]
Petrophile           .......... .......... .......... .......... ....T..... ......G... ..G....... .......T.. .......... ..C.......   [400]
Persoonia            .......... .......... .......... .......... ....T..... ......G... ..G....... .......... .......... ..C.......   [400]
Grevillea            ........T. .......... .......... .......... .......... ......G... ..G....... .......... ......G... ..C.......   [392]
Sabia                .......... .......... .........G .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..C.......   [361]
Meliosma             .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..C.......   [355]
Tetracentron         .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..C.......   [400]
Trochodendron        .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G...G... .......... .......... ..C.......   [400]
Buxus                .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... .?C.......   [400]
Sarcococca           .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..C.......   [390]
Pachysandra          .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..C.......   [400]
Didymeles            ........G. GG.G...... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..G.......   [400]
Dioscorea            ........T. .......... ......G... .......... ....T..... .......... .......... .......T.. .......... .....C....   [370]
Croomia              ........T. .......... .......... .....C.... ....T..... .......... .......... .......T.. .......... ..........   [400]
Carludovica          ........T. .......... .......... .......... .......... .........C .......... .......T.. .......... ..........   [387]
Asparagus            ........T. .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......T.. .......... ..........   [400]
Orontium             .....G.... .......... .........G .......... .......... .......... ..G....... .......... ......TT.. ..........   [400]
Spathiphyllum        .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... T.....TT.. ..........   [370]
Alisma               ........T. .......... .......... .......... .C........ .......... .......... .......... T.....T... ..........   [374]
Potamogeton          ........T. .......... .......... .....C.... .......... ......G... ..G....... .......... ......T..T TC........   [400]
Triglochin           ........T. .......... .......... .......... .C........ .......... ..G....... .......... ......T... ..........   [374]
Pleea                ........T. .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... ......T... ..........   [400]
Tofieldia            ........T. ......CATC ..??.G.... .......... .......... .......... ..G....... .T.GG..... ......T... ..........   [400]
Acorus_cal           ........T. .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..........   [400]
Acorus_gra           ........T. .......... .......... .......... ....T..... .......... ..G....... .......... .......... ..........   [400]
Peperomia            ........T. .......... .......... .....C.... .......... .......... ..G....... .......C.. .......... ......T...   [400]
Piper                ........T. .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......C.. .......... .....C....   [400]
Anemopsis            ........T. .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..........   [395]
Houttuynia           ........T. .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..........   [400]
Saururus             ........T. .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..........   [400]
Lactoris             .......... .C.....T.. ........G. .......... .......... ...C...... ..G....... .......... ......T... ..........   [400]
Aristolochia         .......... .......T.. .........G .......... .......... .......... .......... .......... .......T.. ......T.G.   [400]
Thottea              .......... .......T.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......T.. ......T.G.   [382]
Asarum               .......... .......... .......... .......... .......... ......T... ..G....... .......A.. .......... ..........   [400]
Sauruma              .......... ..C....... .......... .......... .......... ......T... ..G....... .......A.. .......... ..........   [400]
Ceratophyllum_dem    .......... .......... .......... .......... .......... C......... ..G....... .......... ......T... .....G....   [400]
Ceratophyllum_sub    .......... .......... .......... .......... .......... C......... ..G....... .......... ......T... .....G....   [365]
Ascarina             .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..........   [382]
Chloranthus          .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..........   [400]
Hedyosmum            .......... .......... .......... .......... ........C. .......... ..G....... .......... .......... ..........   [400]
Sarcandra            .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..........   [374]
Nymphaea             .......... ....G..... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..........   [400]
Nuphar               .......... ....G..... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..........   [374]
Brasenia             .......... ....G..T.. .......... .......... .......... .......... ..G..C.... .......... .......... ..........   [374]
Cabomba              .......... ....G..T.. .......... .......... .......... .......... ..G..C.... .......A.. .......... ..........   [374]
Amborella            ........T. ....G..... ......G... .......... .......... .........C .......... .......... .......... ..........   [400]
Illicium             ........T. .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ........G.   [400]
Kadsura              .......... .......... .......... .......... .......... ......T... .......... .G........ .......... ........G.   [387]
Schisandra           .......... .......... .......... ..C....... .......... ......T... ..G....... .......... .......... ........G.   [400]
Trimenia             ........T. .......... .......... .......... .......... .......... ..T..G.... .......... T......... ........G.   [400]
Austrobaileya        .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ........G.   [400]
Cycas                .......... .C........ C......... .......... .......... C......... .......... .......A.. .......... ..........   [374]
Zamia                .....C.... .......... C......... .......... .......... C......... .......... .......A.. .......... ......A...   [370]
Ginkgo               .......... ....G..T.. ...C..G... .......... .....C.... C......... .....G.... .......A.. .......... ..........   [400]
Metasequoia          .......... .C.....T.. .......... .......... .....C.... C.....T... ....C..... .......A.. .......T.. ..G.......   [398]
Podocarpus           ........T. .C........ .......... .......... .....C.... C..C...... .......... .T.....A.. ......T... ..G.......   [400]
Pinus                .......... .C........ ...C...... .......... .....T.... C......... .......... .......A.. ...G...... ..G.......   [400]
Gnetum               ..G..G..T. ....G..... ...C.....G .....C..G. .......... .......... .....A..C. .T.....A.. ......T... ..G...T.G.   [374]
Welwitschia          .....A..T. .CC.G..... G......... ........G. .......... .......... ..T..G..C. .T.....A.. ......T... ..T...T...   [400]

[                             410        420        430        440        450        460        470        480        490        500]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             GTCTGGAGGA TCTGCGAATT CCTACTGCTT ATGTCAAAAC TTTCCAAGGC CCGCCCCATG GCATCCAAGT TGAGAGAGAT AAATTGAACA AGTATGGTCG   [500]
Liriodendron         .......A.. .......... ...C...... ..A....... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [500]
Degeneria            .......... .......... ......T... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [472]
Galbulimima          .......... .......... .......... ..A....... .......... .......... .......... .......... .......... .......C..   [472]
Eupomatia            .......... C......... ...GT..... .......... .........A .......... .......... .......... .......... ..........   [472]
Annona               .C..A..... CT........ ......T... ..A....G.. .......... ........C. .......... .......... .......... ......C...   [472]
Asimina              .C..A..... .T........ ......T... ..A....G.. ......G... ........C. .......... .......... .......... .......C..   [472]
Cananga              .......A.. CT........ ......T... ..A....G.. ......G... .....T..C. .......... .......... .......... .......C..   [500]
Polyalthia           .......... CT........ ......T... ..A....G.. ......G..T .......... .......... .......... .......... .......C..   [480]
Knema                .......... .......... ..C...T... ..A....... .......... .......... .......... .......... .......... ....C.....   [472]
Myristica            .......... .......... ..C...T... ..A....... .......... .......... .......... .......... .......... ....C.....   [500]
Mauloutchia          .......... .......... ..C...T... ..A....... .......... .......... .......... .......... .......... ....C.....   [494]
Belliolum            .C..A..... .......... ....T...A. .......... .......... ..A....... .......... .......... .......... ..........   [472]
Drimys               ....A..... .......... ........A. .......... .......... ..A....... .......... .......... .......... ..........   [500]
Tasmannia            .......... .......... ....T...A. .......... .......... ..A....... .......... .......... .......... ..........   [474]
Takhtajania          .......... .......... ...C....A. .......... .......... ..A.....C. .......... ...A...... ........T. ..........   [500]
Canella              .......... .........C ....T.T.G. ..A....... ....G....T .....T.... .T.....G.. .......... .......... ..........   [472]
Cinnamodendron       .......... .........C ....T.T.G. ..A....... ....G....T .....T.... .T.....G.. .......... .......... ..........   [500]
Calycanthus          ....A..... .......... ...C...... ..AC...... .....T.... .......... .......... ...AC.G... .......... ..........   [500]
Chimonanthus         ....A..... .......... ...C...... ..AC...... .....T.... .......... .......... ...AC.G... .......... ..........   [500]
Idiospermum          ....A..... .......... ...C...... ..TC...... .....T.... .....T.... .......... ...AC.G... .......... ..........   [472]
Hedycarya            .......... .......... .......... .......... ...T...... .......... .......... .......... .......... ..........   [472]
Palmeria             .......... .......... .......... ..TC...... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [500]
Peumus               .......... .......... ...C...... ..TC...... .......... .......... .......... .......... .......... ....C.....   [500]
Siparuna             .......A.. .......... ...C...... ..TCG..... .......... .......... .T.....G.. .......... .......... ..........   [500]
Atherosperma         .......A.. .......... ...C...... ..TC...... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [500]
Daphnandra           .......A.. .......... ...C...... ..TC...... .......... ..A....... .......... .......... .......... ..........   [500]
Doryphora            .......A.. .......... ...C...... ..TC...... .......... .....T.... .......... C......... .......... ..........   [500]
Gomortega            .......A.. .......... ...C...... ..TC...... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [500]
Gyrocarpus           .......... .......... ..GC...... ..TC...... .......... ..T....... .T........ .......... .......... ..........   [474]
Cryptocarya          .......... .......... ...C...... ..TC...... .......... .......... .......... ...A...... .......... .......C..   [500]
Cinnamomum           .......... .......... ...C...... ..TC...... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [472]
Laurus               .......... .......... ...C...... ..TC...... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [487]
Dicentra             .......A.. .......... ...C.C.... ....T..... .......... ..A..T.... .A........ .......... .......... ..........   [500]
Sanguinaria          .......... ...C...... ...C...... ....T..... .......... ..A..T.... .T........ .......... .......... ..........   [500]
Euptelea             .......... .......... .......... ....T..... .......... .....T.... .......... .......... .......... ..........   [500]
Mahonia              .......... .......... .......... ...YT..... .......... .....T.... .......... .......... .......... ..........   [500]
Podophyllum          .......... .......... ...GT..... ....T..... .........T .....T.... .......... .......... .......... ..........   [487]
Lardizabala          .......A.. .........C ...C...... ....T..... .......... .....T.... .......... .......... .......... ..........   [500]
Akebia               .......... .........C .....CT... ....T..... .......... .....T.... .......... .......... .......... ..........   [500]
Cissampelos          .......... .......... ....T.T... ..A.T..... .........T .....T..C. .......... ....C.G... .......... ..........   [492]
Cocculus             .......... .......G.. ....T.T... ..A.T..... .......... .....T..C. .......... .......... .......... ..........   [500]
Ranunculus           .......A.. .......... ...GT..... ....T..... .......... .....T..C. .......... .......... .......... ..........   [500]
Xanthorhiza          ..T....... .......... ...GT..... ....T..... ......G... .....T.... .T........ .......... .......... ..........   [500]
Sargentodoxa         .......... ...T.....C .......... ....T..... .......... .....T.... .......... .......... .......... ..........   [467]
Nelumbo              .......... .........C ...C...... ..TCT..... .......... ..A..T.... .T........ .......... .......... ..........   [500]
Platanus             .......... .........C ...C...... ..TCT..... C........A ..A..T.... .T........ .......... .......... ..........   [500]
Petrophile           .......... .........C ...C.C.... ..TCT..... .......... .....T.... .T........ ......G... .......... .A........   [500]
Persoonia            .......... .........C .......... ..ACT..... .........T .....T.... .T........ ......G... .....A.... .A........   [500]
Grevillea            .......... .........C .....CT... ....T..... .......... ..A..T.... .T........ ......G... .......... .A........   [492]
Sabia                .......... .........C ...C.G.... .CA.T..... .......... .....T.... .......... .......... .......... ..........   [461]
Meliosma             .......... .........C ...GT..... ....T..... .......... .....T.... .......... .......... .......... ..........   [455]
Tetracentron         ..T....... ...A.....C ...C...... ..TCT..... .......... .....T.... .G........ .......... .......... ..........   [500]
Trochodendron        .......... ...A.....C ...C...... ..TCT..... .......... .....T.... .......... .......... .......... ..........   [500]
Buxus                .......... .......G.C ...C...... ..TCT..... .......... ..A..T.... .......... .......... .......... ..........   [500]
Sarcococca           .......... .T.......C ...C...... ....T..... .......... ..A..T.... .......... .......... .......... ..........   [490]
Pachysandra          .......... .........C .......... ....T..... .......... ..A..T.... .......... .......... .......... ..........   [500]
Didymeles            ......C... ....T..C.C .......... ..TCTT.... .....C.A.G ..CG..TCAT .GCAT.C... .......... ......CC.. .A.....C..   [500]
Dioscorea            .......... .......... ......T... ..AC...... ...T...... .....G.... .......... ...A...... ..G....... .......C..   [470]
Croomia              .......... .......... ...C....C. ..TC...G.. .........A .....T.... .......... ...A...... .......... ..........   [500]
Carludovica          .......... .T.......C ......T... ..TC...G.. .......... .....T.... .......... ...A...... .......... ..........   [487]
Asparagus            ..T....... .......... ..CC...... ..TC...... .......... .....T.... .T........ ...A...... .......... ..........   [500]
Orontium             .......... ...T...... .....G.... ..ACA..... .......... ..A.....C. .......... .......... .......... ..........   [500]
Spathiphyllum        .......... .T........ ......T... ..TC...... .......... .....T..C. .......... .......... .......... ..........   [470]
Alisma               ..T....... .T........ ...C...... ..TC...... .........T ..A..T..C. .T........ ...A...... .......... .A........   [474]
Potamogeton          ..T....A.. ...A...... ...C...... ..TCA..... .........T ..A..T..C. .A.....G.. .......... ........T. ..........   [500]
Triglochin           .......A.. .......... ...C...... ..A....... .........T ..A....... .A.....G.. .......... .....A.... .A........   [474]
Pleea                .......... .......... ......T... ..TC...... .........T .......... .......... .......... .......... .A.....C..   [500]
Tofieldia            ..G...G... .......... ...C.CT... ..TC...... .....C...T .......... .?........ .......... .......... .A.....C..   [500]
Acorus_cal           ..T....... ...T...... ..CC...... ..TC...... .......... .......... .R.....G.. .......... .......... ..........   [500]
Acorus_gra           ..T....... ...T...... ..CC...... ..TC...... .......... .......... .A.....G.. .......... .......... ..........   [500]
Peperomia            .......A.. ...A...... ...C...... ..TC...... .......... ..A..T.... .A........ ...A...... .......... ..........   [500]
Piper                .......A.. ...A...... ...C...... ..TC...... .......... .......... .A........ ...A...... .......... ..........   [500]
Anemopsis            .......A.. ...A...... ...C...... ..TC...... .......... ..A....... .A........ ...A...... .......... ..........   [495]
Houttuynia           .......A.. ...A...... ...C...... ..TC...... .......... ..A....... .A........ ...A...... .......... ..........   [500]
Saururus             ..T....A.. ...A...... ...C...... ..TC...... ...T...... ..A....... .A........ ...A...... .......... ..........   [500]
Lactoris             .......... .T.A...... ...GT..... .......... .......... ..T....... .......... .......... .......... ..........   [500]
Aristolochia         .......... ...A...... ...C...... ..A....... .......... ..T..T.... .T........ .......... .......... ..........   [500]
Thottea              .......... ...A...... ...C...... ..A....... .......... ..T..T.... .T........ .......... .......... ..........   [482]
Asarum               .......... ...A...... ...C...... ..TC...... .........T ..T....... .T........ .......... .......... ..........   [500]
Sauruma              .......... ...A...... ...C...... ..TC...... .........T ..T..T.... .T........ .......... .......... ..........   [500]
Ceratophyllum_dem    .......A.. .T.A.....C ...GT..... .......... .........T .....A.... .T........ .......... ...C...... ..........   [500]
Ceratophyllum_sub    .......A.. .T.A.....C ...GT..... .......... .........T .....A.... .T........ .......... ...C...... ..........   [465]
Ascarina             .......... ....A..... ...C...... ..AC...... .......... ..A....... .......... .......... .......... ..........   [482]
Chloranthus          .......... ....A..... ...C...... ..AC...... .......... .......... .G........ .......... .......... ..........   [500]
Hedyosmum            .......... ....A..... ...C...... ..AC...... .......... .......... .T........ .......... .......... ..........   [500]
Sarcandra            .......... ....A..... .......... ..AC...... .......... ..A....... .......... ....C..... .......... ..........   [474]
Nymphaea             .......... ....A..... ...C...... ..TCT..... ......G... ..A..T.... .A........ .......... .......... ..........   [500]
Nuphar               .......... ....A..... ...C...... ..TCT..... ......G... ..A..T.... .A........ .......... .......... ..........   [474]
Brasenia             .......... ....A..... ...C...... ..TCT..... ......G... ..A..T.... .A........ .......... .......... ..........   [474]
Cabomba              .CT....... ....A..... ...C...... ..TCT..... ......G... ..A..T.... .A........ .......... .......... ..........   [474]
Amborella            ....A..... .......... ...C...... ..TC.....G .......... ..A..T.... .......... C......... .......... ..........   [500]
Illicium             .......A.. .T........ ...C...... ..TC...... .......... ..A..T.... .......... .......... .......... ..........   [500]
Kadsura              .......A.. .T........ ...C...... ..TC...... .......... ..A....... .......... .......... .......... ..........   [487]
Schisandra           .......A.. .T........ ...C...... ..TC...... .......... ..A..T.... .......... .......... .......... ..........   [500]
Trimenia             .......A.. .......... .......... ..A....... .........T .....T.... .......... .......... .......G.. ..........   [500]
Austrobaileya        .......A.. .......... ...C...... ..TC...... .......... .....T.... .......... .......... .......... .......G..   [500]
Cycas                .C..A..A.. .T.....G.. ...C...... ..TC...... .........T ..A..T.... .T........ ...A...... .....A.... .A.....C..   [474]
Zamia                .C..A..A.. .T........ ...C...... ..TC...... .........T ..A..T.... .T........ ...A...... ..G..A.... .A.....C..   [470]
Ginkgo               .......A.. .......... ...C...... ..TC...... ..G...G..T ..A..T.... .T........ ..?A..G... ........T. .A.....C..   [500]
Metasequoia          .......A.. .T.A...... ...C...... ..TCA..... .........A ..A..A.... .T..T..... G..A...... .....A.... .A........   [498]
Podocarpus           .......A.. .......... ...C...... ..TC...G.. .........T ..A....... .T..A..G.. G..A...... .....A..T. .A.....C..   [500]
Pinus                ..T....A.. .T....G... ..CC...... ..TC...... ...T..G..T ..A..T.... .T.....G.. ...A...... .......... .A........   [500]
Gnetum               .C.....A.. CT.A..G... ...C..T... ..A.A..... A..T.....G ..T..T..C. .T........ ...A...... .....A.... .A........   [474]
Welwitschia          .C.....A.. .T........ ......T... ..A.A..... ...T.....A ..A.....C. .T.....G.. G..A...... .....A.... .A..C..A..   [500]

[                             510        520        530        540        550        560        570        580        590        600]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             TCCACTATTG GGATGTACTA TTAAACCAAA ATTGGGGTTA TCCGCCAAGA ACTACGGTAG GGCGGTTTAT GAATGTCTCC GTGGTGGACT TGATTTTACC   [600]
Liriodendron         ...C...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [600]
Degeneria            ...C...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [572]
Galbulimima          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....C..... .........T   [572]
Eupomatia            ...C...... .......... .......... .......... .......... .......... ...A...... ........T. .CT....... ..........   [572]
Annona               ...C...... .......... .......C.. .......... .......... .......... .......... .......... .C........ ..........   [572]
Asimina              ...C...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [572]
Cananga              ...C...... .......... .......... ......A... .......... .......... .......... .......... .C........ ..........   [600]
Polyalthia           ...C...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .C........ ..........   [580]
Knema                ...C...... .......... .......... .......... .....T.... .......... .......... .......... .C........ ..........   [572]
Myristica            ...C...... .......... .......... .......... .....T.... .......... .......... .......... .C........ ..........   [600]
Mauloutchia          ...C...... .......... .......... .......... .....T.... .......... .......... .......... .C........ .........A   [594]
Belliolum            ...C...... .......... .......... .......... .......... ....T..... A......... .......... .C........ ..........   [572]
Drimys               ...C...... .......... .......... .......... .......... .......... A......... .......... .C........ ..........   [600]
Tasmannia            ...C...... .......... .......... .......... .......... .......... A......... .......... .C........ ..........   [574]
Takhtajania          ...CT..... .......... .......... .......... .......... .......... A......... .......... .C........ ..........   [600]
Canella              ...C...... .......... .......... .......... ..T..G.... ....T..... .......... .......... .C........ ..........   [572]
Cinnamodendron       ...C...... .......... .......... .......... ..T..G.... ....T..... .......... .......... .C........ ..........   [600]
Calycanthus          ...C...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .C........ ..........   [600]
Chimonanthus         ...C...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .C........ ..........   [600]
Idiospermum          ...C...... .......... .......... .......... .....T.... ....T..... A......... .......... .C........ ..........   [572]
Hedycarya            ...C...... .......... .......... ...A...... .......... .......... A......... .......... .C........ ..........   [572]
Palmeria             ...C...... .......... .......C.. .......... .......... .......... A......... .......... .C........ ..........   [600]
Peumus               ...C...... .......... .......... .......... .......... .......... A......... .......... .C........ ..........   [600]
Siparuna             C..C...... .......... .......... .......... .....T.... .......... A......... .......... .C..C..... ...C......   [600]
Atherosperma         ...C...... .......... .......... .......... .......... ....T..... A......... .......... .C........ ..........   [600]
Daphnandra           ...C...... .......... .......... .......... .......... .......... A......... .......... .C........ ..........   [600]
Doryphora            ...C...... .......... .......... .......... .......... .......... A......... .......... .C........ ..........   [600]
Gomortega            ...C...... .......... .......... .......... .......... .......... A......... .......... .C........ ..........   [600]
Gyrocarpus           ...C...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........T. .C........ ..........   [574]
Cryptocarya          ...C...... ..C....... .......... .......C.. ...T...... .......... A......... .......... A......... ..........   [600]
Cinnamomum           ...C...... .......... .......... .......... .......... .......... A......... .......... .......... ..........   [572]
Laurus               ...C...... .......... .......... .......... .......... .......... A......... .......... .......... ..........   [587]
Dicentra             ...C...... ..C.....G. .......... .......... .....T.... ....T...C. A......... .......... .......... ..........   [600]
Sanguinaria          ...C...... .......... .......... .......... ..T..T.... .......... A......... .......... .C........ ..........   [600]
Euptelea             ...C...... .......... .......... ......A... ..T..T.... .......... A......... .......... .C........ ..........   [600]
Mahonia              ...C.....A .......... .......... ......A... .....T.... ....T..... A..R...... .......... .......... ..........   [600]
Podophyllum          ...T.....A .......... .......... ......A... ..T..T.... .......... A......... .......... .C........ ..........   [587]
Lardizabala          ...C...... ..C....... .......... ......A... ..T..T.... .......... A......... .......... .......... G.........   [600]
Akebia               ...C...... ..C....... .......... ......A... ..T..T.... .......... A......... .......... .......... G.........   [600]
Cissampelos          ...T...... ........C. .......... ......A... .....T.... .......... A......... ........A. .C........ ..........   [592]
Cocculus             ...C...... .......... .......... ......A... .....T.... .......... A......... .......... .C........ ..........   [600]
Ranunculus           ...T...... .......... .......... ...A..A... ..T..T.... .......... A......... ..G....... .C..G..... ..........   [600]
Xanthorhiza          ...C...... .......... .......... ......A... ..T..T.... .......... A......... .......... .C........ ..........   [600]
Sargentodoxa         ...C...... .......... .......... ......A... ..G..T.... .......... A......... .......... .C........ G.........   [567]
Nelumbo              ...C...... .......... .......... .......... .....T.... .......... A......... ........A. .......... ..........   [600]
Platanus             ...T...... .......... .......... .......... .....T.... .......... A......... ........T. .C........ ..........   [600]
Petrophile           ...C...... .......... .......... .......... ..T..T.... .......... A......... ........T. .C........ ..........   [600]
Persoonia            ...C...... .......... .......... .......... .....T.... .T........ A......... ........T. .C........ ..........   [600]
Grevillea            A..C...... .......... .......... .......... ..T..T.... ....T..... A......... ........T. .C........ ..........   [592]
Sabia                ...C...... .......... .......... .......... .....T.... .......... A..T...... .......... .C........ ..........   [561]
Meliosma             ...C...... .......... .......... .......... .....T.... .......... A..T...... .......... .A.....G.. ..........   [555]
Tetracentron         ...C..G... .......... .......... .......... ..T..T.... ....T..... A..A...... .......... .C........ ..........   [600]
Trochodendron        ...C...... .......... .......... .......... ..T..T.... ....T..... A..A...... .......... .C........ ..........   [600]
Buxus                ...C...... ........C. .......... .......... .....T.... .......... A..T...... .......... .C........ ..........   [600]
Sarcococca           ...C...... ........C. .......... .......... .....T.... .......... A..T...... .......... .C........ ..........   [590]
Pachysandra          C..C...... ........C. .......... .......... .....T.... .......... A..T...... .......... .C........ ..........   [600]
Didymeles            ...CT..... ......T.C. .......... .......CC. ..T.GT.... .......A.. A..T...... .......... .C........ ......C...   [600]
Dioscorea            C..C...... .....C.... .......... .......... .....A.... .......C.. A..C...... ........A. .C........ ..........   [570]
Croomia              ...C...... .......... .......... ......A... .....A.... .......... .......... ........A. .C..G..G.. ..........   [600]
Carludovica          ...C...... ........A. .......... ......A... .....A.... .......... .......... ........A. .C........ ..........   [587]
Asparagus            ...C...... .......... .......... ......A... .....A..A. .......... A..A...... ......T.A. .C.....G.. ..........   [600]
Orontium             ...C...... ........G. .......... ......A... .....G..A. .......... A......... ........T. .C........ ..........   [600]
Spathiphyllum        ...C...... ........G. .......... ......A... .....G..A. .......... A......... .......... .C........ ..........   [570]
Alisma               ...C...... .......... .......... ......A... ..T..G..A. .......... A......... ........T. .......... ..........   [574]
Potamogeton          ...T...... .......... .......... ......A... .....G..A. .......... A..A...... ........A. .C.....G.. ..........   [600]
Triglochin           ...C...... .......... .......T.. ......A... .....G..A. .......... A..A...... ........A. .......... ..........   [574]
Pleea                ...C...... .......... .......... ......A... .....G..A. .......... .......... .......... .......... ..........   [600]
Tofieldia            ...C...... .......... .......... ......A... .....A..A. .......... .......... .......... .......... ..........   [600]
Acorus_cal           ...C...... .......... .......... .......... .....G.... .......... A..A...... .......... .......... ..........   [600]
Acorus_gra           ...C...... .......... .......... .......... .....G.... ....T..... A..A...... .......... .C........ ..........   [600]
Peperomia            ...T...... .......... .......... G.....C... ..G..T.... .......... .......... .......... .C.....C.. ......C...   [600]
Piper                ...TT..... .......... .......... G......... ..G..T.... .......... ...A...... .......... .C.....C.. ......C...   [600]
Anemopsis            ...T...... .......... .......... .......... ..G..T.... .......... .......... .......... .C.....G.. ......C...   [595]
Houttuynia           ...T...... .......... .......T.. .......... ..G..T.... .......... .......... .......... .C.....G.. ......C...   [600]
Saururus             ...T...... .......... .......... .......... ..G..T.... .......... .......... .......... .C.....G.. ......C...   [600]
Lactoris             ...C...... .......... .......... .......... ..A....... .......... A..A...... .......... .C........ ..........   [600]
Aristolochia         ...T..G... .......... .......C.. .......... ..G..G.... .......... A......... .......... .C........ ..........   [600]
Thottea              ...T..G... .......... .......C.. .......... ..G..G.... .......... A......... .......... .C........ .........T   [582]
Asarum               ...C...... .......... .......... .......... .TG....... .......... A....A.... ......A... .C........ ..........   [600]
Sauruma              ...C...... .......... .......... .......... ..G....... .......... A......... .......... .C........ ..........   [600]
Ceratophyllum_dem    ...T...... .....C.... .......... .......... .....T.... ....T..... A......... ........A. .C........ ..........   [600]
Ceratophyllum_sub    ...T...... .....C.... .......... .......... .....T.... ....T..... A......... ........A. .C........ ..........   [565]
Ascarina             ...C...... .......... .......... .......... ..T....... ....T..... A..A...... .......... .C........ ..........   [582]
Chloranthus          ...C...... .......... .......... .......... ..T....... ....T..... A......... .......... .C........ ..........   [600]
Hedyosmum            ...T...... .......... .......... .......... ........A. .......... A......... .......... .......... ..........   [600]
Sarcandra            ...C...... .......... .......... .......... ..T..T..A. ....T..... A.GC...... .......... .C........ ..........   [574]
Nymphaea             ...C...... .......... .......... .......... ..T..A.... ....T..G.. A......... ..G....... .......... ..........   [600]
Nuphar               ...C...... .......... .......... .......... .....A.... ....T..G.. A......... ..G....... .......... ..........   [574]
Brasenia             ...C...... .....C.... .......C.. .......... ..T..A.... ....T..... A..C...... ..G....... .......... ..........   [574]
Cabomba              ...C...... .......... .......... .......... .....A..A. ....T..... A..A...... ..G.....A. .......... ..........   [574]
Amborella            ...C.....A .......... .......... .......... ..T.....A. .......... A......... .......... .......G.. ..........   [600]
Illicium             ...T...... .......... .......... ...A..A... ..T....... .......... A......... .....C.... .C........ ..........   [600]
Kadsura              ...C...... .......... .......... ...A...... ..T....... .......... A......... .......... .C........ ..........   [587]
Schisandra           ...C...... .......... .......... ...A...... ..T....... .......... A......... .......... .C........ ..........   [600]
Trimenia             ...C...... .......... .......... G..A...... .......... .......... A.....A... ...G...... .A........ ..........   [600]
Austrobaileya        ...C...... .......... .......... ...A..T... ..T....... .......... A......... .......... .C........ ..........   [600]
Cycas                ...T...... ........C. .......C.. ......T... ..T.....A. ....T..... A..A...... ........T. .......... ..........   [574]
Zamia                ...C...... ........C. .......... ......T... ..T.....A. ....T..... A..A.....C .....C..T. .......... ..........   [570]
Ginkgo               ...C...... .......... .C..G..... ......T... ..T.....A. .T..T..... A..A.....C ........T. .......... .........T   [600]
Metasequoia          ...TT.G... .......... .C........ ......TC.. ..T....... .T..T..... A......... .......... .......... ..........   [598]
Podocarpus           C..CT..... ........C. .C........ ......TC.G ..T....... .T..T..... A..A.....C ........T. .......... ......C..G   [600]
Pinus                ...TT..... .......... .C........ ......TC.. ..A.....A. ....T..... A..A.....C .......... .......... C........T   [600]
Gnetum               C..CT..... ..G....... .C..G..T.. G..A..TC.. ..G.....A. .......... A..C...... ........T. .......G.. .........T   [574]
Welwitschia          ...CT..... ..T....... .C.....T.. ...A..TC.. ..A..T..A. ....T..... A..T...... ........T. ....G..... .........T   [600]

[                             610        620        630        640        650        660        670        680        690        700]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             AAGGATGATG AGAACGTGAA CTCCCAACCA TTTATGCGTT GGAGAGACCG TTTCTTATTT TGTGCCGAAG CACTTTATAA AGCGCAGGCC GAAACAGGTG   [700]
Liriodendron         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......T.. ..........   [700]
Degeneria            .......... .......... .......... .......... .......... ....G..... .......... ..A....... .......... ..........   [672]
Galbulimima          .......... .......... .......... .......... .......... C...G..... .......... ..A....... .......... ..........   [672]
Eupomatia            .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... .T....T... .......... .....G....   [672]
Annona               .......... .......... .......... ........C. .......... .......... .....T.... .C....T... .......... .....G....   [672]
Asimina              .......... .......... .......... ........C. .......... .......... .....T.... .CA....... .......... .....G....   [672]
Cananga              .......... .......... .......... ........C. .......... .......... .......... ..A....... ...AG..... ..........   [700]
Polyalthia           .......... .......... .......... ........C. .......... .......... .......... .C....T... .......... .....G....   [680]
Knema                .......... .......... .......... .......... .......... ....G..... .......... .T....T... ...A...... ........G.   [672]
Myristica            .......... .......... .......... .......... .......... ....G..... .......... .T....T... ...A...... ........G.   [700]
Mauloutchia          .......... .......... .......... .......... .......... ....G..... .......... .T....T... ...A...... ........G.   [694]
Belliolum            .......... .......... .......... .......... .......... ....G..... ........G. .T....T... ...A...... ..........   [672]
Drimys               .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........G. .T........ ...A...... ..........   [700]
Tasmannia            .......... .......... .......... .......... .......... ....G..... ........G. .T........ ...A...... ..........   [674]
Takhtajania          .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........G. .T........ ...A...... ..........   [700]
Canella              .......... .......... ...A...... .......... .......... .......... ...A....G. .T........ ......A... ..........   [672]
Cinnamodendron       .......... .......... ...A...... .......... .......... .......... ...A....G. .T........ ......A... ..........   [700]
Calycanthus          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..A...T... .T........ ..........   [700]
Chimonanthus         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..A....... .......... ..........   [700]
Idiospermum          .......... .......... .......... .......... .......... ....G..... .......... ..A....... .......... ..........   [672]
Hedycarya            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .CA....... .......... ..........   [672]
Palmeria             .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [700]
Peumus               .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .G....T... .......... ..........   [700]
Siparuna             .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .C........ .......... .....G....   [700]
Atherosperma         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..A....... .......A.. ..........   [700]
Daphnandra           .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...A...... ..A....... .T........ ..........   [700]
Doryphora            .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...A...... ..A....... .......... ..........   [700]
Gomortega            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [700]
Gyrocarpus           .......... .......A.. T......... .......... .......... .......... .......... ..A....... .......... ........C.   [674]
Cryptocarya          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [700]
Cinnamomum           .......... .......... .......... .......... .......... ....G..... .......... ..A....... .......... ..........   [672]
Laurus               .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..A....... .......... ..........   [687]
Dicentra             ..A....... .A........ .......... .......... .......... ....C..... .......... ..A....... .T.A...... ..........   [700]
Sanguinaria          .......... .A........ .........C .......... .......... .......... .......... .TA....... ...A...... ..........   [700]
Euptelea             .......... .......... .......... .......... .......... ....C..... .......... .......... ...A...... A.........   [700]
Mahonia              .......... .......... .......... .......... ..C.C..... ....C..... ..G....... .......... ...A.....T .....G....   [700]
Podophyllum          .......... .A........ ......G... .......... .......... ....C..... .......... ..A...T... .T.A...T.G ..........   [687]
Lardizabala          .......... .A........ ......G... .......... .......... ....C..... .......... ..A....... ...A...... ..........   [700]
Akebia               .......... .A........ ......G... .......... .......... ....C..... .......... ..A....... .T.A...... ..........   [700]
Cissampelos          .......... .......... .......... .......... .......... ....C.G... .......... .......... ...A...... ..........   [692]
Cocculus             .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...A...... ..........   [700]
Ranunculus           .......... .......... .........C .......... .......... ....C.T... .....T.... ..A....... ...A...... ..........   [700]
Xanthorhiza          .......... .......... .......... .......... .......... ....C..... .....T.... ..A....... ...A..A... .....C....   [700]
Sargentodoxa         .......... .......... ......G... .......... .......... ....C..... ...A...... ..A....... .T.A...... .........-   [666]
Nelumbo              .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..A....C.. ...A..A... ........C.   [700]
Platanus             .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..A....... ...A...... ..........   [700]
Petrophile           .......... .......C.. .......... .......... .......... .......... .......... ..A....... ...A...... ..........   [700]
Persoonia            .......... .......C.. .......... .......... .......... .......... .......... ..A....... ...A...... ..........   [700]
Grevillea            .......... .A.....C.. .......... .......... .......... .......... .......... ..A....... ...A...... .....G....   [692]
Sabia                ..A....... .......... .......... .......... .......... ....G..... .......... .T........ ...A.....T ........C.   [661]
Meliosma             .......... .......... ......G... .......... .......... .......... .......... .......... ...A.....T ........C.   [655]
Tetracentron         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .C.C...... ...A.....T ..G.......   [700]
Trochodendron        .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .C........ ...A.....T ..G.......   [700]
Buxus                .......... .......A.. .......... .......... .......... ....G..... .......... ..A....... ...A.....T ..........   [700]
Sarcococca           .......... .......... .......... .......... .......... ....G..... .......... ..A....... ...A.....T ..........   [690]
Pachysandra          .......... .......... ......G... .......... .......... .......... .......... .TA....C.. ...A.....T ..........   [700]
Didymeles            .......... .......... .......... .......... .......... ....G..... .......... .......... ...A.....T ..........   [700]
Dioscorea            .......... .A..T..... ...A...... .......... .......... ....G..... .......... ..A....... ...A...... ........C.   [670]
Croomia              .......... .A........ ...A...... .......... ....G..... .......... .......... ..A....... .......... .....C....   [700]
Carludovica          .......... .A........ ...A...... .......... .......... ....G..... .......... .......... .......... ..........   [687]
Asparagus            .......... .A........ ...A.....T .......... ..C....... .....GT... .....T.... .T........ ...A..A..G ..........   [700]
Orontium             .......... .......... ...A...... .......... .......... .......... .......... ..A....... .......... ..........   [700]
Spathiphyllum        .......... .A........ ...A...... .......... .......... ....G..... .......... .......... ...A...... ..........   [670]
Alisma               ..A....... .A........ ...A...... .......... .......... ....C..... .....T.... ..A....... .T.A..A... ..........   [674]
Potamogeton          ..A....... .......A.. ...A...... .......... .......T.. .......... .......... .TA....... ...A..A... ..........   [700]
Triglochin           ..A....... .......... ...A...... ........C. .......T.. .......... .......... .T........ ......AA.. ..........   [674]
Pleea                .......... .......... ...A...... .......... .......... .......... .......... .CA....... .......... ..........   [700]
Tofieldia            .?........ .......... ...A...... .......... .......... .......... .......... ..A....... .......... ..........   [700]
Acorus_cal           .......... .......... ...A..G... .......... .......... ....C..... .....T.... ..T....... ......A..S ..........   [700]
Acorus_gra           .......... .......... ...A..G... .......... .......... .......... .......... .......... .......A.G ..........   [700]
Peperomia            .......... .A..T..... .........T ........C. ....G..... .......... .......... .T........ ...A...... .....G....   [700]
Piper                .......... .A..T..... .......... ........C. .......... ....G..... .......... .T........ .......... .....G....   [700]
Anemopsis            .......... .A..T..... ...A...... .......... .......... ....C..... .......... .TA....C.. .......... .....T....   [695]
Houttuynia           .......... .A..T..... ...A...... .......... .......... ....C..... .......... .TA....C.. .......... ..........   [700]
Saururus             .......... .A..T..... ...A...... .......... .......... ....C..... .......... .TA....C.. .T........ .....G....   [700]
Lactoris             .......... ....T..A.. .......... .......... .......... .......... .......... .TA....... .T.A...... ..........   [700]
Aristolochia         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..A....... ...A...... ..........   [700]
Thottea              .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..A....... ...A...... ..........   [682]
Asarum               ..A....... ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... ..A....... ...A...... ........C.   [700]
Sauruma              .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... ..A....... .T.A...... ........C.   [700]
Ceratophyllum_dem    .......... .......... .......... .......... .......... ....G..... .......... .GA....... ...A...... .....G....   [700]
Ceratophyllum_sub    .......... .......... .......... .......... .......... ....G..... .......... .GA....... ...A...... .....G....   [665]
Ascarina             .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..A...T... .......... ..........   [682]
Chloranthus          .......... .......... .......... .......... .......... ....G..... .......... .C....T... .......... ..........   [700]
Hedyosmum            ..A....... .A........ .......... .......... .......... .......... .......... .C....T... ...A....T. ..........   [700]
Sarcandra            .GA....... .......... .......... .......... .......... .......... ...A...... .C........ .......... ..........   [674]
Nymphaea             .......... .A........ .........G .......... .......... .......... ..C....... .T........ .......... ..........   [700]
Nuphar               .......... .......... .........G .......... .......... .......... ..C....... .T........ .......... ..........   [674]
Brasenia             .......... .......... ......G..G .......... .......... .......... ..C....... .TA....... ...A...... ..........   [674]
Cabomba              .......... .......A.. ......G..G .......... .......T.. .......... ..C....... .TA....... ...A...... ..........   [674]
Amborella            .......... ....T..... .......... .......... ....G..... .......... .......... .T........ ...A.....A ..........   [700]
Illicium             .......... .......... .......... .......... ....G..... ....G..... .......... ..G....... .......... ..........   [700]
Kadsura              .......... .......... .......... .......... ....G..... .......... .......... .T........ .......... ..........   [687]
Schisandra           .......... .......... .........G .......... ....G..... .......... .......... .T........ .......... ..........   [700]
Trimenia             .......... .A..T..... .......... ........C. ....G..... ....?..... ...?...... ???....... .......... ..........   [700]
Austrobaileya        .......... .......... .........G .......... ....G..... ....G..... .......... A.G....... .........A ..........   [700]
Cycas                ..A....... .......A.. T......... ........C. .......T.. .....GC..C .....A.... ..A....... ...T.....T ..G..G....   [674]
Zamia                ..A....... .......A.. T......... ........C. .......T.. .....GC..C .....A.... ..A....... ...T.....T ..G..G....   [670]
Ginkgo               ..A....... .......A.. T......... ..C.....C. .......T.. ......G... .....A.... ..A....... ...T...A.. ..G..G....   [700]
Metasequoia          .......... .A........ T......... ........C. .......T.. .....GC... .....A.... .......... ...T.....T ..G..G....   [698]
Podocarpus           .......... ....T..A.. T......... ........C. .......T.. ...T.GC... ..C..T.... ......T... ...T.....T .....G....   [700]
Pinus                .......... .......A.. T......... ..C.....C. .......T.. ...TG.C... .....G.... ..A....... G..T.....T ..G..G....   [700]
Gnetum               ..A....... .A.....T.. T..T...... ..C.....C. .......... C..TG.T... ..C..G.... .......... ...A..A..T ..........   [674]
Welwitschia          .......... .A.....C.. T..T...... ..C.....C. .......T.. ....G.T..C .....A.... ..A....... ...T..A..T ..........   [700]

[                             710        720        730        740        750        760        770        780        790        800]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             AAATCAAAGG ACATTACTTG AATGCTACTG CAGGTACATG CGAAGAAATG ATGAAAAGGG CCATATTTGC CAGGGAATTG GGAGTTCCTA TCGTAATGCA   [800]
Liriodendron         .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..........   [800]
Degeneria            .......... .......... .......... .......... .......... ........A. ..G....... T......... .......... ..........   [772]
Galbulimima          .......... C.....T... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..........   [772]
Eupomatia            .......... .......... .G........ .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..........   [772]
Annona               .......... .......... .......... ....C..... .......... ..C....... ..G.G..... .......... ..G.C...C. ..........   [772]
Asimina              .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G.G..... .......... ..G.....C. ..........   [772]
Cananga              .......... .......C.. .......... .......... .......... ..C....... ..G....... .......... ....C...C. ..........   [800]
Polyalthia           .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..C.C...C. ..........   [780]
Knema                .......... .......... .......... .G........ .......... ..C....... ..G....... .......... .......... ..........   [772]
Myristica            .......... .......... .......... .G........ .......... ..C....... ..G....... .......... .......... ..........   [800]
Mauloutchia          .......... .......... .......... .G........ .......... ..C....... ..G....... .......... .......... ..........   [794]
Belliolum            .......... .......... .......... .G........ .......... .......... .AG....... ...A...... ........C. ..........   [772]
Drimys               .......... .......... .......... .G........ T......... .......... .AG....... ...A...... ........C. ..........   [800]
Tasmannia            .......... .......... .......... .G........ .......... .......... .AG....... ...A...... ........C. ..........   [774]
Takhtajania          .......... .......... .......... .G........ .......... ..A....... .AG....... ...A...... ........C. ..........   [800]
Canella              ....T..... .......... .......... .G........ T.T....... ..C....... .TG...G... ...A...... .......... ..........   [772]
Cinnamodendron       ....T..... .......... .......... .G........ T.T....... ..C....... .TG...G... ...A...... .......... ..........   [800]
Calycanthus          .......... ......T... .......... .......... .......... ..C....... ..G.G..... T..A...... .......... ..........   [800]
Chimonanthus         .......... ......T... .......... .......... .......... ..C....... ..G.G..... T..A...... .......... ..........   [800]
Idiospermum          .......... ......Y... .......... .......... .......... ..C....... ..G.G..... T..A...... .......... ..........   [772]
Hedycarya            .......... .......... .......... .......... .......... ..C....... ..G....... ...A...... .......... ..........   [772]
Palmeria             .......... .......AA. .......... .......... .......... ..S....... ..G..K.... ...A.....R .......... ..........   [800]
Peumus               .......... G......... .......... .......... .......... ..C....... ..G....... ...A.....A .......... ..........   [800]
Siparuna             .......... .......... .......... .......... .......... ..C....... .TG....... ...A...... .......... ....C.....   [800]
Atherosperma         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...A..G... .......... ..........   [800]
Daphnandra           .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...A..G... .......... ..........   [800]
Doryphora            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...A..G... .......... ..........   [800]
Gomortega            .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... ...A...... .......... ..........   [800]
Gyrocarpus           .......... .......... .......... .......... .......... ..C....... ..G....... ...A...... ....C..... ..........   [774]
Cryptocarya          .......... .......... .......... .......... T......... ..C....... ..G...G... ...A...... .......... ..........   [800]
Cinnamomum           .......... .......... .......... .......... .......... ..C....... ..G....... ...A...... .......... ..........   [772]
Laurus               .......... .......... .......... .......... .......... ..C....... ..G....... ...A...... .......... ..........   [787]
Dicentra             .......... .........A .......... .......... .......... ..C....... .TG....... ...A...... .......... .A........   [800]
Sanguinaria          .......... .......... .......... .......... T......... ..C....... .TG....... ...A...... .......... ..........   [800]
Euptelea             .......... .......... .......... .G........ ......C... ..C....... .TG....... ...A...... .......... ..........   [800]
Mahonia              .......... .........A .......... .G........ Y......... .......... .TG....... ...A..G... .......... ....G.....   [800]
Podophyllum          .......... .......... .......... .G........ ......G... .......... .TG....... ...A...... .....A..C. ..........   [787]
Lardizabala          .......... .......... .......... .......... .......... ..C.....A. .TG....... ...A...... .......... ..........   [800]
Akebia               .......... .......... .......... .......... .......... ........A. .TG....... ...A...... .......... ..........   [800]
Cissampelos          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .T........ ...A..G..A .....C.... .T........   [792]
Cocculus             .......... G......... .......... .......... .......... .......... .TG....... ...A..G... .....C.... .T........   [800]
Ranunculus           .......... .....G.... .......... .G........ .......... ..A....... .TG....... ...A...... .....A..C. ..........   [800]
Xanthorhiza          ....A..... .......... .......... .G.....G.. .......... ..A....... .TG....... ...A..G... ..G..G..C. ..........   [800]
Sargentodoxa         -......... .........- ---....... .-........ .-.-.-.... ...----... .TG....... ...A...... .......... ..........   [753]
Nelumbo              .......... .......... .......... .......... T......... ..C....... .TG....... ...A...... .......... ..........   [800]
Platanus             .......... G......... ........G. .G........ T......... ..T....... .TG....... ...A.....A .......... ..........   [800]
Petrophile           .......... .......... ........G. .......... T......... ..C....... .TG....... ...A...... .......... ..........   [800]
Persoonia            .......... .......... ........G. .......... T.....T... ........A. .TG....... T..A...... ..G....... ..........   [800]
Grevillea            .......... .......... ........G. .G........ T......... ..C....... .TG....... ...A...... .......... ..........   [792]
Sabia                .......... .......... .......... .......... .......... ..A....... .TG....... ...A...... ....C..... ..........   [761]
Meliosma             .......... .......... .......... .......... ......C... .......... .TG....... ...A...... .......... ..........   [755]
Tetracentron         .......... .......... .......... .......... .......... ..C....... .TG....... ...A...... .......... ..........   [800]
Trochodendron        .......... .......... .......... .......... .......... ..C....... .TG....... ...A...... .......... ..........   [800]
Buxus                .......... .......... ........C. .......... .......... ..C....... .TG....... G..A...... ..T....... ..........   [800]
Sarcococca           .......... .......... .......... .......... T......... ..C.....A. .TG....... ...A...... .......... ..........   [790]
Pachysandra          .......... ......T... .......... .......... T......... ..C....... .TG....... ...A...... .......... ..........   [800]
Didymeles            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .TG....... ...A...... .......... ...A......   [800]
Dioscorea            .......G.. .......... .......... .G........ T......... ..C....... .TG....... A..A...... .......... ..........   [770]
Croomia              .......... .......... .......... .G..G..... T......... CAA....... ..G....... ...A...... ....CG.... ..........   [800]
Carludovica          .......... .......... .......... .G........ .......... ..C....... ..G....... ...A...... ....C..... ..........   [787]
Asparagus            .......... .......... .....A.... .......... T......... .......... .T........ ...A...... ........C. ..........   [800]
Orontium             .......... .......... .......... .......... T......... .AC....... .TG....... ...A...... .....C..C. ..A.......   [800]
Spathiphyllum        ....A..... C......... .......... .......G.. T......... ..C....... .TG.G..... ...A.....A .....C.... ..........   [770]
Alisma               .......... .......... .......... .......G.. T......... ..C.....A. ..G....... T..A...... .......... .T........   [774]
Potamogeton          .......... G........A .......... .G........ T......... ..A....... .AG....... A......... .....C.... ..........   [800]
Triglochin           ....T..... .......... .......... .......G.. T......... C.A.....A. .TCA...... .......... .......... ..........   [774]
Pleea                .......... .......... .......... .......... T......... ..C....... .TG....... ...A.....A .......... ..........   [800]
Tofieldia            .......... .......... .......... .......... T......... ..C....... ..G....... ...A...... .......... ..........   [800]
Acorus_cal           .......... ......T... .......... .G........ T......... ....G..... ..CA..G... ...A...... .......... ..........   [800]
Acorus_gra           .......... ......T... .......... .G.C...... T......... ....G..... ..CA...... .......... .......... ..........   [800]
Peperomia            ....T..... .........A ........G. .......G.. .......... ..A....... .TG....... ...A...... .......... ..........   [800]
Piper                ....T..... .........A ........G. .......... .......... ..A....... ..G....... T..A...... .......... ..........   [800]
Anemopsis            ....T..... ......T..A .......... .......G.. .......... ..C....... ..G....... ...A...... .......... ..........   [795]
Houttuynia           ....T..... .........A .......... .......G.. .......... ..C....... ..G....... ...A...... .......... ..........   [800]
Saururus             ....T..... .........A .......... .......G.. T......... ..C....... ..G....... ...A...... .......... ..........   [800]
Lactoris             .......... G........A .......... .......... .......... .......... .......... ...A...... .......... ..........   [800]
Aristolochia         .......... .........A .....A.... .G........ T......... ..C....... ..G....... ...A...... .......... ....C.....   [800]
Thottea              .......... .........A .....A.... .G........ T......... ..C....... ..G....... ...A...... .......... ....C.....   [782]
Asarum               .......... G......... .......... .......... .......... ..A....... ..G....... ...A...... .......... ..........   [800]
Sauruma              .......... G......... .......... .......... .......... ..C....... ..G....... ...A...... .......... ..........   [800]
Ceratophyllum_dem    .......... .......... .......... .G........ .......... .......... ..GA...... ...A..G..A .......... ..........   [800]
Ceratophyllum_sub    .......... .......... .......... .G........ .......... .......... ..GA...... ...A..G..A .......... ..........   [765]
Ascarina             .......... .......... .......... .G........ .......... .......... ..G....... ...A...... .......... ..........   [782]
Chloranthus          .......... .......... .......... .......... .......... ..C....... ..G....... ...A...... .......... ..........   [800]
Hedyosmum            .......... .........T .......... .......... .......... .......... .TG....... ...A...... .......... .T........   [800]
Sarcandra            .......... ...G...... ........C. .......... .C........ .......... ..G....... ...A...... .......... ..........   [774]
Nymphaea             ....T..... .......... .......... .G.......C .......... ..C....... .GG.C.G... .C.A..G... .......... ..........   [800]
Nuphar               ....T..... .......... .......... .........C .......... C.C....... .GGC..G... .C.A..G... .......... ..........   [774]
Brasenia             ....T..... .......... .......... .........C .......... ........A. .GGC..GC.. .C.A..G... .......... ..A.......   [774]
Cabomba              ....T..... .......... .......... .........C T......... ........A. .AGC..GC.. .C.A..G... .......... ....C.....   [774]
Amborella            .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... ...A...... .......... ..........   [800]
Illicium             ....T..... .......... .......... .......... .......... ..C....... .TG....... ...A...... .......... ..........   [800]
Kadsura              ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... .T........ ...A...... .C........ ..........   [787]
Schisandra           ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... .TG....... ...A...... .......... ..........   [800]
Trimenia             ....Y..... .......... ........Y. .......... .......... .......... ..G.G..... ...A..G... .......... ..........   [800]
Austrobaileya        .......... .......... ........C. .......... .......... ..C....... ..G....... ...A...... .......... ......C...   [800]
Cycas                ....T..G.. .......... .......... .......... .......... ..C....... .AG....... ...A...... ..G....... ....C.....   [774]
Zamia                ....T..G.. .......... ........C. .......... T......... ..A....... .TG....... ...A...... .......... ....C.....   [770]
Ginkgo               ....T..G.. .......... .......... .......... .......... .......... .AG....... ...A...... .......... ....C.....   [800]
Metasequoia          .G..T..G.. .......C.. .......... .......G.. T......... ........A. .AG....C.. ...A...... .......... ....C.....   [798]
Podocarpus           ....T..G.. G......C.. ........C. .......... T......... ........A. .GG....C.. T..A...... .......... ....T.....   [800]
Pinus                ....T..G.. ......T... .......... .......... T......... .......... .A........ A..A...... .......... ....T.....   [800]
Gnetum               ....T..... G.....T..A .......... .......... ...G...... ..C....... .AG....... A..A.....A ....C..... .T..C.....   [774]
Welwitschia          ....T..... ......T... .......... .G........ T..G...... ..C....... .AG....C.. G..A.....A .......... .T..C.....   [800]

[                             810        820        830        840        850        860        870        880        890        900]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             TGACTACTTA ACGGGGGGAT TCACTGCAAA TACTAGCTTG GCTCATTATT GCCGAGACAA CGGTCTACTT CTTCACATCC ATCGCGCAAT GCATGCAGTT   [900]
Liriodendron         .......... .....A.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [900]
Degeneria            .......... .......... .......... .....C.... .......... .......... ...C...... .......... ....T..... ..........   [872]
Galbulimima          C......... .....A.... ....C..... .......... T......... .......... ...C...... .......... .......... ..........   [872]
Eupomatia            .......... .......... .......... ......T... .......... .......... ...C...... .......... .......... ..........   [872]
Annona               .......... .......... .......... .......... .......... .......T.. ...C...... .......... .......... ..........   [872]
Asimina              .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... .......... ..........   [872]
Cananga              .......... ..A....... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... .......... ..........   [900]
Polyalthia           .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... .......... ..........   [880]
Knema                C......... .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... .......... ..........   [872]
Myristica            C......... .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... .......... ..........   [900]
Mauloutchia          C......... ..A....... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... .......... ..........   [894]
Belliolum            .......... .....A.... .T........ .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [872]
Drimys               .......... ..A....... .......... .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [900]
Tasmannia            .......... ..A....... .......... .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [874]
Takhtajania          .......... .......... ....C..... .....C.... .......... .......... ...C...... .......... .......... ..........   [900]
Canella              .......... ..A....... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... .......... ....AT....   [872]
Cinnamodendron       .......... ..A....... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... .......... ....AT....   [900]
Calycanthus          ......T... ..A....... .......... .......... .......... ....G..... .S.S...... .......... .......... ..........   [900]
Chimonanthus         ......T... ..A....... .......... .......... .......... ....G..... ...C...... .......... .......... ..........   [900]
Idiospermum          ......T... .......... .......... .......... .......... ....G..... ...C...... .......... .......... ..........   [872]
Hedycarya            ......TA.. .......... .......... .......... .......... ....G..... ...C...... .......... .......... ..........   [872]
Palmeria             ......T... .......... .......... .......... .......... ....G..... T..C...... .....T.... .......... ..........   [900]
Peumus               ......T... ........G. .......... .......... .......... ....G..... T..C...... .....T.... .......... ..........   [900]
Siparuna             ......T..G .......... .......... ......T... .......... ....G..... ...C...... .......... .......... ..........   [900]
Atherosperma         ......T... .....A.... .......C.. .......... ..C....... ....G..... ...C...... .......... .......... ..........   [900]
Daphnandra           ......T... .....A.... .......T.. .......... ..C....... .T..G..... T..C...... .......... .......... ..........   [900]
Doryphora            ......T... .....A.... .......C.. .......... .......... ....G..... ...C...... .......... .......... ..........   [900]
Gomortega            ......T... .....A.... .......... .......... T......... ....G..... ...C...... .......... .......... ..........   [900]
Gyrocarpus           ......T... .....A.... .T........ .........A .......... ....G..... ...CT..... .......... .......... ..........   [874]
Cryptocarya          ......T... .......... .......... .....C.... .......... ....G..... ...C...... .......... ....T..... ..........   [900]
Cinnamomum           ......T... .......... .......... .....C.... .......... ....G..... ...C...... .......... .......... ..........   [872]
Laurus               ......T... .......... .......... .......... .......... ....G..... ...C...... .......... .......... ..........   [887]
Dicentra             ......T... ..A....... .......... .......... T......... .......T.. T..C...... .......... .C........ ..........   [900]
Sanguinaria          ......T... .......... .......... .......... .......... .......T.. T..C...... .......... .C........ ..........   [900]
Euptelea             ........G. .......... ....C..... .....C.... T......... .......T.. T..C...... .......... .C........ ..........   [900]
Mahonia              .......... ..A....... .......... .......C.. .......... ..T....T.. T...Y..... .......... .Y........ ..........   [900]
Podophyllum          .......... .......... .......... ......T... .......... .......T.. T......... .......... .C........ ..........   [887]
Lardizabala          .......... .......... .......... .......... .......... .......T.. T......... .......... .C..T..... ..........   [900]
Akebia               .......... .......... .......... .......... .......... .......T.. T......... .......... .C..T..... ..........   [900]
Cissampelos          .......... .....A.... .......G.. .......... .......... ....C..T.. T......... .......... .C........ ..........   [892]
Cocculus             .......... .....A.... .......G.. .......... .......... .......T.. T......... .......... .C........ ..........   [900]
Ranunculus           .......... .......... ....C..... .......... T......... ....C..T.. T......... .......... .C.....G.. ..........   [900]
Xanthorhiza          .......... .......... ....C..... .......... T......... .......T.. T......... ........T. .C........ ..........   [900]
Sargentodoxa         .......... .......... .......... .......... .......... .......T.. T......... .......... .C..T..... ..........   [853]
Nelumbo              C......... .......... .......... .......... .......... .......T.. T..C...... .......... .C..T..... ..........   [900]
Platanus             .......... .......... .......... .......... .......... .......T.. T..C...... .......... .......... ..........   [900]
Petrophile           C........G .......... .......... .....C.... .......... .......T.. T..C...... .......... .......... ..........   [900]
Persoonia            C........G .......... .......... .....C...A .......... .......T.. T..AT..... .......... .......... ..........   [900]
Grevillea            C........G .......... .......... ...G...... .......... .......T.. T..C...... .......... .......... ..........   [892]
Sabia                .......... .......... .......... .....C...A .......... .......T.. T..C..G... ..G....... .......... ..........   [861]
Meliosma             .......... .......... .T........ .....C.... .......... .......T.. T..C...... ..G....... .......... ..........   [855]
Tetracentron         .......... ..A....... .......... .......... T..T...... .......T.. T..C..T... .......... .......... ..........   [900]
Trochodendron        .......... ..A....... .......... .....C.... T..T...... .......T.. T..C..C... .......... .......... ..........   [900]
Buxus                .......... ..A....... .......... .........A .......... .T.....T.. T..C...... .......... .C........ ..........   [900]
Sarcococca           .......C.. ..A....... .......... .......... .......... .T.....T.. T..C...... .......... .C........ ..........   [890]
Pachysandra          .......A.. ..A....... .......... ......T... .......... .T.....T.. T..C...... .......... .C........ ..........   [900]
Didymeles            C......... ..A....... .......... .......... .......... .......T.. T..C...... .......... .C........ ..........   [900]
Dioscorea            .......... ........C. .......... .......C.. .......... .T..C..T.. ...C...... .......... .......... ..........   [870]
Croomia              .......... ..T..A.... .......... ...C...... .......... ....T..... ...G...... .....T.... .......... .........C   [900]
Carludovica          .......... ..T....... .......... .......... .......... ....C..... ...A...... .......... .C........ ......G..C   [887]
Asparagus            .......... ..T..A.... .T........ ...C.CT... .......... ....C..... T......... .......... .C........ ..........   [900]
Orontium             .........G ..A..T.... .......G.. ......T... T......... .T........ T..C...... .......... .......... ..........   [900]
Spathiphyllum        ......T... ..A....... .......... ......T..A .......... .T........ .......... .......... .......... ..........   [870]
Alisma               .......... ..A....... .......... .....C.... ..AGCG.... ....T..... ....T..... .....T..T. .C........ ..........   [874]
Potamogeton          .......... ..A....... ....C..... ...A.C.... T......... .......... ...CT..... ........T. .C........ ......G...   [900]
Triglochin           .......C.. .....T.... .......... ......T... ...TT..... .......... T..CT..... ........T. .C........ ......G...   [874]
Pleea                .......... ..A.....G. .......... ......T... .......... .......... T..C..T... .......... ....T..... ..........   [900]
Tofieldia            .......... ..A.....G. .......... .......... T......... .......T.. ...C..T... .......... .......... ..........   [900]
Acorus_cal           .......... ..A..T.... .......... .......... ...AT..... .....A.... ...C...... .......... ....T..... ..........   [900]
Acorus_gra           .......... ..A..T.... .......... .......... ...AT..... .....A.... ...C...... .......... ....T..... ..........   [900]
Peperomia            .......... .....T.... ....C..... ......T... .......... .......... ...C.....A ........T. .C..T..... ...C......   [900]
Piper                .......... ........G. ....C..... .......... .......... .......... ...C.....A .....T.... .C..T..... ...C......   [900]
Anemopsis            .......... ..A....... .......... .......... .......... ....G..... ...C...... .......... .......... ..........   [895]
Houttuynia           .......... ..A....... ....G..... .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... ..........   [900]
Saururus             .......... ..A....... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... .......... ..........   [900]
Lactoris             .......... ..A....... .......... .....C.... .......... ......CT.. T..G...... .......... .......... ...C......   [900]
Aristolochia         ........A. .....A.... ....C..... .......... .......... .......... T..C...... .......... .......... ..........   [900]
Thottea              .......C.. .....A.... ....C..... .......... .......... .......... T..C...... ........T. .......... ..........   [882]
Asarum               .......... ..A....... .......... .......... .......... ....G..... ...C...... .......... ....T..... ..........   [900]
Sauruma              .......... ..A....... .......... .......... .......... ....G..T.. ...C...... .......... ....T..... ..........   [900]
Ceratophyllum_dem    .......... .......... .......G.. .....C.... .......... .......... T......... .......... .C........ ..........   [900]
Ceratophyllum_sub    .......... .......... .......G.. .....C.... .......... .......... T......... .......... .C........ ..........   [865]
Ascarina             .......... ..A....... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... .......... ..........   [882]
Chloranthus          .......... ..A....... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... .......... ..........   [900]
Hedyosmum            .......... ..A....... .......... .......... .......... .......... ...C...... ........T. .......... ..........   [900]
Sarcandra            .......... ..A....... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... .......... ..........   [874]
Nymphaea             .......... ..A....... ....C..... .......... .......... .......... T..C...... .......... .C........ ..........   [900]
Nuphar               .......... ..A....... ....C..... .......... .......... .......... T..C...... .......... .C........ ..........   [874]
Brasenia             .......... ..A....... .......... .......... .......... .......... T..C...... .......... .C........ ..........   [874]
Cabomba              .......... ..A....... .......... .......... T......... .......... T..C...... .......... .C........ ..........   [874]
Amborella            .......... ..A..A.... .......... ......T... ..C....... .......... T..C...... ........T. .......... ..........   [900]
Illicium             .......... ..A....... .......... .......... .......... .......... ...CT..... .......... .......... ..........   [900]
Kadsura              .......... ..A....... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... .......... ..........   [887]
Schisandra           .......... ..A....... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... .......... ..........   [900]
Trimenia             .......... ..A....... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... .......... ..........   [900]
Austrobaileya        .......... ..A....... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... .......... ..........   [900]
Cycas                .......C.G ..A..A.... .T........ ...C...... .......... .......... T..C...... ........T. .C........ ..........   [874]
Zamia                .......C.G .....A..T. .T..A..G.. ...C...... .......... .......... T..C...... ........T. .C........ ..........   [870]
Ginkgo               ......TC.G .....A..T. .T........ .......... .......... .......... T..C...... ........T. .C........ ..........   [900]
Metasequoia          ......TC.G ..T..A..T. .T..G..... ....TCG... .......... .......T.. ...C...... ........T. .C........ ...C......   [898]
Podocarpus           ......TC.G .....A..G. .T..G..G.. ....TCG... .......... .......... ...C...... ........T. .C........ ..........   [900]
Pinus                ......TC.G .....A..T. .T..C..... ....TCT... .......... .......... ...C...... ........T. .C.....G.. ..........   [900]
Gnetum               ......TC.G ..A..A..T. .T..C..G.. ...C.C.... .......... .......T.. .......... ........T. .C........ ..........   [874]
Welwitschia          ...T..T... ..A..A..T. .T........ .....C.... ........C. ....G..T.. T..CT..... ........T. .C..T..... ..........   [900]

[                             910        920        930        940        950        960        970        980        990        1000]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             ATTGATAGAC AGAAAAATCA TGGTATACAC TTTCGTGTAC TAGCTAAAGC ATTACGTATG TCTGGTGGAG ATCATATTCA CTCTGGTACC GTAGTAGGTA   [1000]
Liriodendron         .......... ....G..... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1000]
Degeneria            .......... .......... ......G... .......... .......... G......... .......... .......... .G........ ..........   [972]
Galbulimima          .......... ....G..... ......G... .......... .......... G......... .......... .......... .G........ ..........   [972]
Eupomatia            .......... ....G..... ......G... .......... .......... G......... .......... .......... .G........ ..........   [972]
Annona               .......... ....G..... ......G... ........C. .......... G..G...C.. .......... .......... TG........ ..........   [972]
Asimina              .......... ....G..... ......G... ........C. .......... G..G...... .......... .......... TG........ ..........   [972]
Cananga              .......... ....G..... C.....G... .......... .......... G......... .....C.... .......... TG........ ..........   [1000]
Polyalthia           .......... ....G..... ......G... .......... .......... G......... .......... .....G.... .G........ ..........   [980]
Knema                .......... ....G..... ......G... .......... .......... G......... .......... .......... .G........ ..........   [972]
Myristica            .......... ....G..... ......G... .......... .......... G......... .......... .......... .G........ ..........   [1000]
Mauloutchia          .......... ....G..... ......G... .......... .......... G......... .......... .......... .G.G...... ..........   [994]
Belliolum            .......... .......... ......G... .......... .......... G......... .......... .....G.... .G........ ..........   [972]
Drimys               .......... .......... .......... .......... .......... G......... .......... .......... .G........ ..........   [1000]
Tasmannia            .......... .......... ......G... .......... .......... G......... .......... .......... .G........ ..........   [974]
Takhtajania          .......... .......... .......... .........T .......... G......... .......... .......... .......... ..........   [1000]
Canella              .......... ....G..... ......G... .......... .......... .......... .....G.... .......... .G........ A.........   [972]
Cinnamodendron       .......... ....G..... ......G... .......... .......... .......... .....G.... .......... .G........ A.........   [1000]
Calycanthus          .......... .......... ......G... .......... .......... G......... .......... .......... .G........ ..........   [1000]
Chimonanthus         .......... ....G..... .......... .......... .......... G......... .......... .......... .......... ..........   [1000]
Idiospermum          .......... ....G..... ......G... .......... .......... G......... .......... ......Y... .G........ ..........   [972]
Hedycarya            .......... ....G..... ...C..G... .......... .......... .......... .......... .....G.... .......... ..........   [972]
Palmeria             .......... ....G..... .......... .......... .......... G......... ..C....... .......... .......... ..........   [1000]
Peumus               .......... ....G..... .......... .......... .......... G......... .......... .......... .......... ..........   [1000]
Siparuna             .......C.. ...GG..... ......G... ..C......T .......... G......... .......... .......... .G.C...... ..........   [1000]
Atherosperma         .......... ....G..... .......... ..C....... .......... G......... .......... .......... .......... ..........   [1000]
Daphnandra           .......... ....G..... ......G... ..C....... .......... G......... .......... .......... .......... ..........   [1000]
Doryphora            .......... ....G..... ......G... ..C....... ....C..... G......... .......... .......... .G........ ..........   [1000]
Gomortega            .......... ....G..... .......... ..C....... .......... G......... .......... .......... .......... ..........   [1000]
Gyrocarpus           .......... ....G..... ......G... ..C....... .......... C......... .......... .......... .G........ ........G.   [974]
Cryptocarya          .......... ....G..... C.....G... .......... .......... G......... .......... .C...G.... .G........ ..........   [1000]
Cinnamomum           .......... ....G..... ......G... .....C.... .G........ G......... .......... .....G.... .G........ ..........   [972]
Laurus               .......... ....G..... ......G... .....C.... .G........ G......... .......... .....G.... .G........ ..........   [987]
Dicentra             .......... ....G..... .......... .......... ........A. .......... .......... .......... ...C...... ........G.   [1000]
Sanguinaria          .......... ....G..... ......G... .......... .......... GC........ .......... .......... .G........ ..........   [1000]
Euptelea             .......... ....G..... ......G... ..C....... .......... G......... .......... .......... .......... ..........   [1000]
Mahonia              .......... ....G..... ......G..T ..C....... .........G G......... .......... .......... .G.C...... ..........   [1000]
Podophyllum          .......... ....G..... .........T ..C..C.... .......... GC........ .......... .C........ .G.G.....T ..........   [987]
Lardizabala          .......... ....G..... ......C..T ..C....... .......... G......... .....G.... .......... .......... ..........   [1000]
Akebia               .......... ....G..... ......C..T ..C....... .......... G......... .....G.... .......... .G........ ..........   [1000]
Cissampelos          .......... ....G..... ......G..T ..C....... .......... G......... ..C....... .......... .G........ ..........   [992]
Cocculus             .......... ....G..... ......G..T ..C....... .......... G......... ..C....... .......... .G........ ..........   [1000]
Ranunculus           .......... .A..G..... .........T ..C....... .......... G......... .......... .......... ...C...... ..........   [1000]
Xanthorhiza          .......... ....G..... .........T ..C....... .......... G......... .......... .......... ......G... ..........   [1000]
Sargentodoxa         .......... ....G..... ......G..T ..C....... ....---... G......... .....G.... .......... .G........ ..........   [950]
Nelumbo              .......... .......... .......... .......... .......... G......... .......... .......... .........A ..........   [1000]
Platanus             .......... ....G..... .......... .......... .......... G......... ..C....... .......... .G........ ..........   [1000]
Petrophile           .......... .......... ......G... .......... .......... G......... ..C....... .......... .G........ ..........   [1000]
Persoonia            ........G. ....G..... ......G... .......... .......... G......C.. ..C....... .......... .G........ ..........   [1000]
Grevillea            .......... ....G..... ......G... .......... .......... G......... .......... .......... .G.C...... ..........   [992]
Sabia                .......... .A..G..... ......G... .......... .........G G......C.. .......... .......... TG.C...... .....G....   [961]
Meliosma             .......... .A..G..... ......G... .......... .......... G......... .......... .......... TG........ ..........   [955]
Tetracentron         .......... ....G..... ......G... .......... .......... G......... .....C.... .......... ...A...... ..........   [1000]
Trochodendron        .......... ....G..... .......... .......... .......... G......... .....C.... .......... ...A....T. ..........   [1000]
Buxus                .......... ....G..... .......... ..C....... .......... T.....C... .....C.... .......... .G........ ..........   [1000]
Sarcococca           .......... ....G..... ......G... .......... .........G G.....C... .....C.... .......... .G........ .....G....   [990]
Pachysandra          .......... ....G..... ......G... .......... .......... G......C.. .....C.... .......... .G........ ..........   [1000]
Didymeles            .......... ....G..... ......G-.. .......... .......... G........A .......... .C........ .G........ ..........   [999]
Dioscorea            .......... .......... ......G..T .......... .......... .......... .......... .......... .G.......A ..........   [970]
Croomia              .......... .......... ......G..T ..C....... .......... .......... .......... .......... .G.......A ..........   [1000]
Carludovica          .......... .......... ......G..T ..C..C.... .......... .......... .......... .......... .G.......A ..........   [987]
Asparagus            .......... .......... ......G..T .......... .......... .......... .......... .......... .G.......A ..........   [1000]
Orontium             .......... ....G..... .........T ..C....... .......... .......... ..C....... .......... .G.C.....A ..........   [1000]
Spathiphyllum        .......... ....G..... ......G..T .......... .......... .......... ........G. .....G.... .G.G.....A ..........   [970]
Alisma               ..C....... ....G..... ......G..T ..C....... .......... .......... ..C....... .......... .........A .....T....   [974]
Potamogeton          .......... ....G..... ......G..T .......... .......... .......... .....G.... .......... .........A ..........   [1000]
Triglochin           .......... ....G..... ...G..G..T .......... .......... ......C... .......... .......... .........A ..........   [974]
Pleea                .......... ....G..... ......G..T ..C....... .......... .......... .......... .......... .G.......A ..........   [1000]
Tofieldia            .......... ....G..... ......G..T .......... .......... .......... ........G. .......... ...C.....A ..........   [1000]
Acorus_cal           .......... ....G..... ......G... .......... .......... GC........ .......... ....C..... .G.C.....A ..........   [1000]
Acorus_gra           .......... ....G..... ......G... .......... .......... GC........ .......... ....C..... .G.C.....A ..........   [1000]
Peperomia            ........G. ....G..... ......G... ..C....... ....A..... .......... .......... .C...G.... ...A.....A ..........   [1000]
Piper                .......... ....G..... ......G... ..C....... ....A..... .......... .......... .C...G.... ...A.....G ..........   [1000]
Anemopsis            .......... ....G..... ...C..G... .......... ....A..... C......... .......... .......... .........G ..........   [995]
Houttuynia           .....C.... ....G..... ...C..G... .......... ....A..... C......... .......... .......... .G.......G ..........   [1000]
Saururus             .......... ....G..... ...C..G... .......... ....A..... C......... .......... .......... TG.......G ..........   [1000]
Lactoris             .......... .TG.G..... .......... ..C....... ....A..... G......... .....C.... .......... ...C...... ........A.   [1000]
Aristolochia         .......... ....G..... ......G... ..C..G.... .T..A..... .......T.. ..C....... .......... .G.C...... ..........   [1000]
Thottea              .......... ....G..... ......G... ..C..G.... .T..A..... .......T.. ..C....... .......... .G.C...... ..........   [982]
Asarum               .......... ....G..... .......... ..C......T ....A..... G......... .......... .......... .G.G...... ..........   [1000]
Sauruma              .......... ....G..... ......C... ..C......T ....A..... G......... .......... .......... .G........ ..........   [1000]
Ceratophyllum_dem    .......... .......... .......... .........T ....G..... .......... .....A.... .......... .......... ..........   [1000]
Ceratophyllum_sub    .......... .......... .......... .........T ....G..... .......... .....A.... .......... ...C...... ..........   [965]
Ascarina             .......... ....G..... .......... .......... .......... G......... .......... .......... .G........ ..........   [982]
Chloranthus          .......... .A..G..... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... ..........   [1000]
Hedyosmum            .......... ....G..... .......... .....C.... ....A..... G......... .......... .......... .......... ..........   [1000]
Sarcandra            .......... .A..G..... .......... .......... .......... G......... .......... .......... ...C...... ..........   [974]
Nymphaea             .......... ...GG..... ......T... ..C....... .......... G..G...... .....G..G. .......... .......... ..........   [1000]
Nuphar               .......... ...GG..... ......T... ..C....... .......... G..G...... .....G..G. .......... .......... ..........   [974]
Brasenia             .......... ....G..... ......T... ..C....... .......... G..G...... .....G..G. .......... .G........ ..........   [974]
Cabomba              .......... ....G..... ......T... ..C....... .......... G..G...... .....G..G. .......... .......... ..........   [974]
Amborella            .......... .A.GG..... .......... .......... .......... ...G...... ........G. .......... .G........ ..........   [1000]
Illicium             .......... ...GG..... ......G... .......... .......... G..G...... .......... .......... .G.......T ..........   [1000]
Kadsura              .......... ...GG..... ......G... .......... .......... G..G...... .......... .......... .G........ ..........   [987]
Schisandra           .......... ...GG..... ......C... .......... .......... G..G...... .......... .......... .......... ..........   [1000]
Trimenia             .......... ....G..... ......G... .......... .......... C..G...... .......... .......... .......... .....G..G.   [1000]
Austrobaileya        .......... ...GG..... .......... .......... .......... G..G...... .......... .....G.... .......... ........C.   [1000]
Cycas                .....C.... .A.G...... ......G... ..C.....G. .......... ...G..A... ..C....... .......... .G.C.....T ..........   [974]
Zamia                .....C.... .A.G...... ......G... ..C....... .......... ...G..C... ..C....... .....G.... .G.C.....T ..........   [970]
Ginkgo               .....C.... .A.G...... ......G..T ..C....... ..??...... ...G...... .......... .......... .G.C.....T ..........   [1000]
Metasequoia          .....C.... .A.G...... ......G... ..C....... .G........ .C........ .......... .......... .G.......T ..........   [998]
Podocarpus           .......... .A........ ......G... .......... .......... G..G...... .....G.... .......... TG.C.....T ..........   [1000]
Pinus                .....C.... .A.G..T... ......G..T ..C..G.... .G........ ...G...... ..C....... .......... .G.C.....T ..........   [1000]
Gnetum               .......... .A........ ......G..T ..C....... .G........ G..G...T.. ..C.....G. ....C..... TG.......T .....T....   [974]
Welwitschia          .......... .A........ ......G..T ..C....... .G........ ......A... ..C.....G. .......... TG.......T ..........   [1000]

[                             1010       1020       1030       1040       1050       1060       1070       1080       1090       1100]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             AACTGGAAGG GGAACGGGAC ATCACTTTGG GTTTTGTTGA TTTACTACGC GATGATTTTA TTGAAAAAGA CCGAAGCCGC GGTATTTATT TCACTCAAGA   [1100]
Liriodendron         .......... .......... .......... .......... .........T .......... .......... .......... .......... ..T.......   [1100]
Degeneria            .......... ......C... .......... .......... .........T .......... .......... ......T... .......... ..........   [1072]
Galbulimima          .......... A..G..C..T .......... .......... .........T .......... .......... ......T... .......... ..........   [1072]
Eupomatia            .......... .......... ..A....... .......... .........T .......... .......... ......T... .......... ..C.......   [1072]
Annona               .......G.. .........T .......... .......... C......... .......... .......... ......T... .......... ..........   [1072]
Asimina              ....C..G.. .......... .......... .......... .........T .......... .......... ......T... .......... ..........   [1072]
Cananga              .......... ......T... .......... .......... .........T .......... .......... ...G..T... .......... ..........   [1100]
Polyalthia           .......... .......... .......... .......... .........T .......... .......... ......T... .......... ..........   [1080]
Knema                .......... A......... ........A. ....C..... ....T....T .......... .......... ......T... .......... ..........   [1072]
Myristica            .......... A......... ........A. ....C..... ....T....T .......... .......... ......T... .......... ..........   [1100]
Mauloutchia          .......... A......... ........A. ....C..... ....T....T .......... .......... ......T... .......... ..........   [1094]
Belliolum            .......... .......... .......... .......... .........T .......A.. ..C....... ......T... .......... ..........   [1072]
Drimys               .......... .......... .......... .......... .........T .......... ..C....... ......T... .......... ..........   [1100]
Tasmannia            .......... .......... .......... .......... .........T .......... .......... ......T..T .......... ..........   [1074]
Takhtajania          .......... .......... .......... .......... .........T .........G .......... ......T... .......... ..........   [1100]
Canella              .......... A...T....A .......... .G........ .........T .......... ..A....... ..A...T... .A........ ..........   [1072]
Cinnamodendron       .......... A...T....A .......... .G........ .........T .......... ..A....... ..A...T... .A........ ..........   [1100]
Calycanthus          .......... .........G .......... .......... .........T .......... .......... ......T... ..C....... ..........   [1100]
Chimonanthus         .......... .........G .......... ....C..... .........T .......... .......... ......T... ..C....... ..........   [1100]
Idiospermum          .......... .......... .......... .......... .........T .......... .......... ......T..T ..C....... ..........   [1072]
Hedycarya            .......... ......A... .......... .......... .........T .......... .......... ......T... .......... ..........   [1072]
Palmeria             .......... .......... .......... .......... .........T .......... .......... ......T... .......... ..........   [1100]
Peumus               .......... .......... .......... .......... .........T .......... .......... ......T... .......... ..........   [1100]
Siparuna             ..T....G.. .........A .......... .C........ ......T..T .......... .......... .A....T... .......... ..........   [1100]
Atherosperma         .......... .......... .......... .......... .........T .......A.. .......... ......T... .......... ..........   [1100]
Daphnandra           .......... .......... .......... .......... .........T .......A.. .......... ......T... .......... ..........   [1100]
Doryphora            .......... ......C... .......... .......... .........T .......A.. .......... ......T... .......... ..........   [1100]
Gomortega            .......... .........G .......... .......... .........T .......... .......... ......T... .......... ....C.....   [1100]
Gyrocarpus           ...AT..... .......... .......... .......... .........T .......... .......... ......T... .......... ..........   [1074]
Cryptocarya          ....A..... .......... .......... .......... .........T .......A.G .......... ......T... .......... ..........   [1100]
Cinnamomum           ....A..... .......... .......... .......... .........T .......... .......... ......T... .......... ..........   [1072]
Laurus               ....A..... .......... .......... .......... .........T .......... .......... ......T... .......... ..........   [1087]
Dicentra             ..T....... A...A.A..A ..A..C.... .C........ .........T .......... .......... ......T... .......... ..........   [1100]
Sanguinaria          .......... ....A.A..A .......... .C........ .........T .........G .......... ......T... .......... ..........   [1100]
Euptelea             .......... ....A.A..G .....C.... .C........ .........T .......... .......... ......T... .......... ..........   [1100]
Mahonia              .......... A...A.A..G .....C.... .......... .........T .......... .......... ......T... .......... ..........   [1100]
Podophyllum          ....T..... ....A.A..G .....CC... .C........ ....T....T .......... .......... ......T... .......... ..........   [1087]
Lardizabala          .......... ....A.A..A .....C.... .C........ .........T .......... .......... ......T... .......... ..CTG.....   [1100]
Akebia               .......... ....A.A..A .....C.... .C........ .........T .......... .......... ......T... .......... ..CTG.....   [1100]
Cissampelos          ....T..... ....A.A..A .......... .C........ ....T..... .......A.. .......... ...C..T... .......... ..........   [1092]
Cocculus             .......... ....A.A..A .....C.... .C........ ....T..... .......... .......... ...C..T... .......... ..........   [1100]
Ranunculus           .......... ....A.A..G .....C.... .......... .........T .......... .......... ......T..T ........C. ..........   [1100]
Xanthorhiza          ....A..... ....A.A..G .....CC... .C........ .......T.T .......... .......... ......T... ........C. ..........   [1100]
Sargentodoxa         .......G.. ....A.A... .....C.... .C........ .........T ......A... .......... ......T... .......... ...GG.....   [1050]
Nelumbo              ....T..... ....A.A..A .....C.... .C........ .........T .......... .......... ......T... .......... ..........   [1100]
Platanus             ....T..... ....A.A..A .....C.... .C......C. .........T .......... .......... ......T... .......... ..........   [1100]
Petrophile           ....T..... ....A.A..G .....C.... .C........ .........T .......... .......... ......T... .......... ..........   [1100]
Persoonia            ....T..... ....A.A..G .....C.... .C........ .........T .......... .......... ......T... .......... ..........   [1100]
Grevillea            ....T..... ....A.A..A ..T..C.... .C........ .........T .......... .......... ......T... .......... ..........   [1092]
Sabia                ....T..... ....A.A..A ..TC.C.... .C........ .......... .......... .......... ......T... .......... ........CC   [1061]
Meliosma             ....T..... T...A.A..A .....C.... .C.....G.. .......... .......... .......... ......T... .......... .......G..   [1055]
Tetracentron         ....T..... T...A.A..A .......... .C........ .........T .......... .......... ......T..T .......... ..........   [1100]
Trochodendron        ....T..... ....A.A... ..A....... .C........ .........T ........GG .....G.... ......T..T .......... ..........   [1100]
Buxus                ....T..... ....A.A... ..A....... .C........ .......... .......... .......... ......T... .......... ..........   [1100]
Sarcococca           ....T..... ....A.A..G .......... .C........ .........T .......... .......... ......T... .......... ..........   [1090]
Pachysandra          ....T..... ....A.A..G .......... .C........ .........T .......... .......... ......T... .......... .......G..   [1100]
Didymeles            ....T..G.. T...A.A... .......... .C........ ....T....T .......... .......... ......T... .......... ..........   [1099]
Dioscorea            ....A..... ......C..G ..G....... .......... ....T....T .......... .......... ......T... .......T.. ..........   [1070]
Croomia              .......... ......T..G ..G....... .......... .........T .......... .......... ......T..T .......T.. ..........   [1100]
Carludovica          .......... ......T..G ..G....... .......... .........T .......A.. .......... ......T..T .......T.. ..........   [1087]
Asparagus            .......... ......T..G ..G.....A. .......... ....T....T .......A.. .......... ......T... .......T.. ..........   [1100]
Orontium             .......... T.....T..G ..G....... .......... ....T....T .......A.. .......... ....C.T..T .......T.. ..........   [1100]
Spathiphyllum        .......... T.....A..G ..G.....A. .......... ....T....T .......A.. .......... ......T..T .......T.. ..........   [1070]
Alisma               .......... T..C..TC.G C.G.....A. .......... .......... .......A.. .......... .......... .....C.T.. ..........   [1074]
Potamogeton          ....A..... T.....T..G ..G.....A. .......... ....T..... .......A.. .......... .......... .......TC. .......G..   [1100]
Triglochin           ....A..... T..G..T..G ..T....... .......... ....T....T .......A.. .......... .......... .....C.T.. ..........   [1074]
Pleea                .......... T.....A... ..G..C.... .......... .........T .......... .......... ......T..T .......T.. ..........   [1100]
Tofieldia            .......... T.....T..G ..G..G.... .......... .........T ........G. C......... ......T..A .......T.. ..........   [1100]
Acorus_cal           .......... ......T..A ..G.....A. .......... .........T .......A.. .......... ......T..T .......T.. ..........   [1100]
Acorus_gra           .......... ......T..A ..G.....A. .......... .........T .......A.. .......... ......T..T .......T.. ..........   [1100]
Peperomia            ....A..... ...G...... ......C... .......... ...G.....T .......... .......... T.....T... .......... .......G..   [1100]
Piper                ....A..... ...G.....A ..T...C... .......... ...G.....T .........G .......... T.....T... .......... ..........   [1100]
Anemopsis            .......... ......A..A .......... .......... ...G.....T .......... .......... ......T... .......... ..........   [1095]
Houttuynia           .......... ......A..A .......... .C...C.... ...GT....T .........G .......... ......T... .......... ..........   [1100]
Saururus             .......... ......A..A .......... .......... ...G.....T .......... .......... .......... .......... ..........   [1100]
Lactoris             ..T....... .........A ........A. .......... ....T....T .......A.. .......... ......T... .......... ..........   [1100]
Aristolochia         ..T....... ...G.....A .......... .......... .........T .........G .......... ......T... .......... ..........   [1100]
Thottea              .......G.. .........A .......... .......... .........T .........G .......... ......T... .......... ..........   [1082]
Asarum               .......... .........A ..T....... .......... .........T .......... .......... ......T... .......... ..........   [1100]
Sauruma              .......... .........A .......... .......... .........T .......... .......... ......T... .......... ..........   [1100]
Ceratophyllum_dem    .......... A.....A..T ..T....... .......... ....T....T .......... .......... ......T... .......... ..........   [1100]
Ceratophyllum_sub    .......... A.....A..T ..T....... .......... ....T....T .......... .......... ......T... .......... ..........   [1065]
Ascarina             .......... T......... .......... .......... .........T .......... .......... .......... ...C...... ..........   [1082]
Chloranthus          .......... .......... ..T....... .......... .........T .......... .......... ......T... ...C...... ..........   [1100]
Hedyosmum            .......... A.....T.GT .......... .......... .........T .......A.. .......... ......T... ...C...... ..........   [1100]
Sarcandra            .......... ........G. .......... .......... .........T .......... .......... ...G..T... ...C...... ..........   [1074]
Nymphaea             .......... ......A..T G......... .C........ .........T .......... .......... ...G..T... .......... ..........   [1100]
Nuphar               .......... ......A..T G......... .C........ .........T .......... .......... ...G..T... .......... ..........   [1074]
Brasenia             .......... ......A..T G......... .C........ .........T .......... .......... ...T..T... .......... ..........   [1074]
Cabomba              .......... ......A..T G......... .C........ .........T .......... .......... ...G..T... .......... ..........   [1074]
Amborella            .......... .........T G......... .......... .C.......T .......... .......... ......T... .......... ..........   [1100]
Illicium             .......... .........T G......... .......... .........T .......... .......... ......T... ..C....... ..........   [1100]
Kadsura              .......... .......... G......... .......... .........T .......... .......... ......T... ..C....... ..........   [1087]
Schisandra           .......... .......... G......... .......... .........T .......... .......... ......T... ..C....... ..........   [1100]
Trimenia             .......... .........T .......... .......... .......... .......... .......... ......T... ..C....... .T........   [1100]
Austrobaileya        .......... .......... G......... .......... .........T .......... .......... ......T... .......... .T........   [1100]
Cycas                ....T..... A.....A... G.A....... .......... .C....G..T ..C....... ......G... ......T..T .......... ....C.....   [1074]
Zamia                ....T..... A.....A..A G......... .......... .C..T.G..T .......... ......G... ......T... .......... ..........   [1070]
Ginkgo               ....T..... A.....A..A G.....C... .......... .C....G..T .......... .......... ......T..T .......... ..........   [1100]
Metasequoia          ....T..... A.....A..A G......... .......... .C..T....T .......... .......... ......T..T .......... ..........   [1098]
Podocarpus           ....C..... A.....A..A G.A....... .......G.. .C.G.....T .......... .......... ......T..T .......... ..........   [1100]
Pinus                ....T..... ......A... G.A.....A. .G........ .C....G..T .......... .C........ T.....T..T ........C. ..........   [1100]
Gnetum               ....T..... A.....A..A ........A. .......G.. ......T... .........G .......... ......T..T .......... ....C.....   [1074]
Welwitschia          ....T..... A.....A..A ........A. .......G.. ......G... .....C.... .......... ...G..T..T .......... ..........   [1100]

[                             1110       1120       1130       1140       1150       1160       1170       1180       1190       1200]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             TTGGGTCTCT TTGCCAGGTG TTCTGCCCGT GGCTTCAGGC GGTATTCACG TTTGGCATAT GCCTGCCCTG ACCGAGATCT TTGGGGATGA TTCCGTACTA   [1200]
Liriodendron         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1200]
Degeneria            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1172]
Galbulimima          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1172]
Eupomatia            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1172]
Annona               .......... AC........ .......... ......G... ........T. .......... .......T.. ..T....... .......... ..........   [1172]
Asimina              .......... .......... .......... ......G... ........T. .......... .......T.. ..T....... .......... ..........   [1172]
Cananga              .......... .....G.... .......... .......... ........T. .......... ...CT.T... .......... .......... ..........   [1200]
Polyalthia           .......... .......... .......... .......... ........T. .......... .......T.. .......... .......... ..........   [1180]
Knema                .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......T..   [1172]
Myristica            .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... .......... .......T..   [1200]
Mauloutchia          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......T..   [1194]
Belliolum            .......... A......... .......... A........G .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1172]
Drimys               .......... A......... .......... A........G .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1200]
Tasmannia            .......... A......... ....A..... A........G .......... .......... ......T... .......... .......... ..........   [1174]
Takhtajania          .......... A......... .......... A........G ........T. .......... .......... .......... .......... ..........   [1200]
Canella              .......... A......... .......T.. .........G .........A .......... .......T.. .....A...G .......... ..........   [1172]
Cinnamodendron       .......... A......... .......T.. .........G .........A .......... .......T.. .....A...G .......... ..........   [1200]
Calycanthus          .......... A......... .......... .........G .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1200]
Chimonanthus         .......... A......... .......... .........G .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1200]
Idiospermum          .......... A......... .......... .........G .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1172]
Hedycarya            .......... C......... ..T....... .........G .....C.... .......... .......T.. .......... .......... ..........   [1172]
Palmeria             .......... A......... .......... .........G .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1200]
Peumus               .......... C......... .......... .........G .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1200]
Siparuna             .......... C......... ..A.A..... .........G .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1200]
Atherosperma         .......... C......... ..A....... .........G .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1200]
Daphnandra           .......... A......... .......... .........A .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1200]
Doryphora            .......... C......... .......... .........G .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1200]
Gomortega            .......... C......... ....A..... .........G .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1200]
Gyrocarpus           .......... A.......C. .......... ......G..G .......... .......... .........A .......... .......... ..........   [1174]
Cryptocarya          .......... C......... ..T....... .........G ........T. .......... .......... .......... .......... ..........   [1200]
Cinnamomum           .......... A......... .......... .........G .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1172]
Laurus               .......... A......... .......... .........G .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1187]
Dicentra             .......... C.A....... .......... ......C..A .......... .......... ......T... .......... ....A..... ..........   [1200]
Sanguinaria          .......... C.A....... .......... .........G .......... .......... ......T... .....A.... .......... ..........   [1200]
Euptelea             .......... C.A....... .......... .........G .......... .......... ......T... .......... .......... ..........   [1200]
Mahonia              .......... C.A....... .......... ...A.....G .......... .......... ......T... .....A.... .......... ..........   [1200]
Podophyllum          C......... C.A....... .......... .........A .......... .......... ...C..T... .......... .......... ..........   [1187]
Lardizabala          .......... C.A....... ..T....... .........G .......... .......... ......T... .......... .......... C.........   [1200]
Akebia               .......... C.A....... ..T....... .........G .......... .......... ......T... .......... .......... C.........   [1200]
Cissampelos          .......... C.A....... ..T....T.. .........G .......... .......... ......T... ........T. ....A..... ..........   [1192]
Cocculus             .......... C.A....... .......T.. .........G .......... .......... ......T... .......... ....A..... ..........   [1200]
Ranunculus           .......... C.A....... .......... T........G .......... .......... ......T... .......... .......... ..........   [1200]
Xanthorhiza          ......A... C.A....... .......T.. T........A .......... .......... ......TT.. .......... .......... ..........   [1200]
Sargentodoxa         .......... C.A....... .......... ......G..G .......... .......... ......T... .......... .......... C.........   [1150]
Nelumbo              .......... C.A....... .......... .........G .......... .......... ......T... .......... .......... ..........   [1200]
Platanus             .......... C.A....... .......... ......G..G .......... .......... ......T... ..T....... .......... ..........   [1200]
Petrophile           .......... C.A..G.... .......T.A ......C..G .......... .......... ...C..T... .......... .......... ..........   [1200]
Persoonia            .......... A.A....... .......... ......C..G .....?.... .......... ?.....T... .......... .......... ..........   [1200]
Grevillea            .......... C.A....... .......... ......C..G ........T. .......... ...C..T... .......... .......... ..........   [1192]
Sabia                ......T... A.A....... .......... .........G .......... .......... ......T... ..T....... .......... ..........   [1161]
Meliosma             ......T... C.A....... .......... .........G .......... .......... ......T... .......... .......... ..........   [1155]
Tetracentron         .......... C.A....... .......... .........G .......... .......... ......T... .......... .......... ..........   [1200]
Trochodendron        .......... C.A....... .......... .........G .......... .......... ......T... .......... .......... ..........   [1200]
Buxus                .......... C.A..T..C. .......... ......C..G .......... .......... ......T... .......... .......... ..........   [1200]
Sarcococca           .......... C.A.....C. .......... ......C..G .......... .......... ......T... .......... .......... ..........   [1190]
Pachysandra          .......... C.A.....C. .......... ......C..G .......... .......... ......T... .......... .......... ..........   [1200]
Didymeles            .......... C.A....... .......... ..A......G .......... .......... ...C..T... .......... .......... ..........   [1199]
Dioscorea            .......... A....G.... ..G.A..... ......T..G ........T. .......... ......T... .....A.... .......... ..........   [1170]
Croomia              .......... A....G.... ..T....... ......C..G ........T. .......... .......... ..T..A.... .......... ..........   [1200]
Carludovica          .......... A......... .......... .........G ........T. .......... .......... .....A.... .......... ......G...   [1187]
Asparagus            ......T... A......... ..A.T..... .........G ........T. .......... .........A .....A.... ....A..... ..........   [1200]
Orontium             .......... A......... .......... .........G ........T. .......... ......A... ..T....... .......... ..........   [1200]
Spathiphyllum        .......... A......... ..T....T.. .........G ........T. .......... .......... ..T....... .......... ..........   [1170]
Alisma               ......G... A......... .......T.. .........G ........T. .......... .......T.. .......... ....A..... .......T..   [1174]
Potamogeton          .......... A......... ..T.A..... ......T..G ........T. .......... .........A .......... ....A..... ..........   [1200]
Triglochin           ......T... A......... .......T.. ......C..G ........T. .......... .......T.. ..T.....T. .......... ..........   [1174]
Pleea                .......... A......... ..T....T.. .........G ........T. .......... .......... .......... ....A..... ..........   [1200]
Tofieldia            .........C A.T..G.... .C..C..T.. .C.......G ........T. .......C.. .........A ..T....... ....A..... ..........   [1200]
Acorus_cal           .......... A......... ..T....... A.....C..T .......... .......... .......T.. .......A.. .......... ...T......   [1200]
Acorus_gra           .......... A......... ..T....... A.....C..T .......... .......... .......T.. .......... .......... ...T......   [1200]
Peperomia            .......... A....G..C. ..T....A.. A........G .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1200]
Piper                .......... A.......C. ..T....A.. A........G ..G....... .......... .......... .......... .......... ..........   [1200]
Anemopsis            .......... A......... ..T....... A.....C..G .......... .......... .......... ..T....... .......... ..........   [1195]
Houttuynia           .......... A....T.... ..T....... A.....C..G .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1200]
Saururus             .......... A......... ..T....... A.....C..G .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1200]
Lactoris             .......... A......... .......... ......G..G .......... .......... .......... .......... .......... ...T......   [1200]
Aristolochia         .......... C.T....... ..T....... ......C..G .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1200]
Thottea              .......... C.T....... ..T....... ......C..G .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1182]
Asarum               .......... C......... .......... .........G .......... .......... .......... .......... .......... ......C...   [1200]
Sauruma              .......... C......... .......T.. .........G .......... .......... .......... .......... .......... ......C...   [1200]
Ceratophyllum_dem    .......... A.......C. .......T.. A........G ........T. .......... ......T... .......... .......... ..........   [1200]
Ceratophyllum_sub    .......... A.......C. .......T.. A........G ........T. .......... ......T... .......... .......... ..........   [1165]
Ascarina             .......... C......... .......T.. .........G .......... .......... .........A .......... .......... ..........   [1182]
Chloranthus          .......... C....G.... .......T.. .........G .......... .......... .........A .......... .......... ..........   [1200]
Hedyosmum            .......... C......... .......T.. ......G..G .......... .......... .........A .......... .......... ..........   [1200]
Sarcandra            .......... C......... .......T.. .........G .......... .......... .........A .......... .......... ..........   [1174]
Nymphaea             ......A... A......... .......... .........G .......... .......... .......... ........A. .......... ......G...   [1200]
Nuphar               ......A... A......... .......... .........G .......... .......... .......... ........A. .......... ......G...   [1174]
Brasenia             ......A... A......... .......... .......... .......... .......... .......... ........A. .......... ......G...   [1174]
Cabomba              ......A... A....T.... ..T....... .......... .......... .......... .......... ........A. .......... ......G...   [1174]
Amborella            ......A... A......... .......... .........T .......... .......... .......... .......... .......... .......T..   [1200]
Illicium             ......A... A......... .......... .........G .......... .......... .......T.. .......... .......... ..........   [1200]
Kadsura              ......A... A......... .......... .........G .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1187]
Schisandra           ......A... A......... .......... .........G .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1200]
Trimenia             ......A... C......... .......... ......C..G .......... .......... .......... ..T....... .......... ..........   [1200]
Austrobaileya        ......A... A......... ..T.A..... .........A .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1200]
Cycas                ......A... A......... .......... A.....G..G .......... .......... ......T..A .......... .......... ..........   [1174]
Zamia                ......A... A......... .......... A.....G..G .......... .......... ......T... .......... .......... ..........   [1170]
Ginkgo               ......A... A......... .......... A........G .......... .......... ......T... .......... .......... ...T......   [1200]
Metasequoia          .......... A....G.... ..T....T.. A........A .......... .......... ......T... .......... .......... .......T..   [1198]
Podocarpus           ......A... A......... .CA.A..T.. A.....G..G ........T. .......... ......T... .......... .......... ...T...T..   [1200]
Pinus                ......A... A......... .......... A........A .......... .......... ......T... .......... .......... ..........   [1200]
Gnetum               ......A... AC...G..C. .C.....T.. A.....G..A ........T. .......... ......T..A ..T..A..T. ....A..... .G.A.....C   [1174]
Welwitschia          ......A... A......... .CA....... A.....G..A .......... .......... ...A..T... .....T..T. ....A..... .G.T......   [1200]

[                             1210       1220       1230       1240       1250       1260       1270       1280       1290       1300]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             CAGTTCGGTG GAGGAACTTT AGGACACCCT TGGGGAAATG CACCTGGTGC AGTAGCTAAT CGGGTGGCGT TAGAAGCGTG TGTACAAGCT CGTAATGAGG   [1300]
Liriodendron         .......... .......... ......T... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1300]
Degeneria            .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........T. .......... .......... ..........   [1272]
Galbulimima          .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........T. .......... ....A..... ..........   [1272]
Eupomatia            .......... .......... .......... .......... ....A..... .......... ........T. ......T... .......... ..A.......   [1272]
Annona               ..A....... .......... .......... .......... ....C..... G......... ........T. .......... ......G... ..G.......   [1272]
Asimina              ..A....... .......... .......... .......... .......... .......... ........T. .......... .......... ..G.......   [1272]
Cananga              ..A....... .......... .......... .......... ....A..... C......... ........T. .......... .......... ..A.......   [1300]
Polyalthia           ..A....... .......... ...G...... .......... .......... .......... ........TG .......... .......... ..G.......   [1280]
Knema                .......... .......... .......... .......... ....C..... .......... ........C. .......... .......... ..........   [1272]
Myristica            .......... .......... .......... .......... ....C..... .......... ........C. .......... .......... ..........   [1300]
Mauloutchia          .....T.... .......... .......... .......... ....C..... .......... ........C. .......... .......... .....C....   [1294]
Belliolum            ........C. .......... .......... .......... .......... .......... ........T. .......... .......... ..........   [1272]
Drimys               ........C. .......... .......... .......... .......... .......... ........T. .......... ...CA..... ..........   [1300]
Tasmannia            ........C. .......... .......... .......... .......... .......... ........T. .......... .......... ..........   [1274]
Takhtajania          .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........T. .......... .......... ..........   [1300]
Canella              T......... .......... .......... .......... .......... .......... A.......T. .......... .......... ..........   [1272]
Cinnamodendron       T......... .......... .......... .......... .......... .......... A.......T. .......... .......... ..........   [1300]
Calycanthus          .......... .......... .......... ...???..?? .G........ .......... ........T. .......... .......... ..........   [1300]
Chimonanthus         .......... .......... .......... ........C. .G........ .......... ........T. .......... .......... ..........   [1300]
Idiospermum          .......... .......... .......... ........C. .G........ .......... ........T. .......... ....A..... ..........   [1272]
Hedycarya            .......... .......... .......... ........CA .......... .......... ........T. .......... .......... ..........   [1272]
Palmeria             .......... .......... .......... ........C. .......... .......... ........T. .......... .......... ..........   [1300]
Peumus               .....T.... .......... .......... ........C. .......... .......... ........T. .......... .......... ..........   [1300]
Siparuna             .......... .......... ......T... ........C. .......... .......... ........T. .......... .......... ........A.   [1300]
Atherosperma         .......... .......... .......... ........C. .......... G......... ........T. .......... .......... ..........   [1300]
Daphnandra           .......... .......... .......... ........C. .......... G......... ........T. .......... .......... ..........   [1300]
Doryphora            .......... .......... .......... ........C. .......... G......... ........T. .......... .......... ..........   [1300]
Gomortega            .......... .......... .......... ........C. .G........ .......... ........T. .......... .......... ..........   [1300]
Gyrocarpus           .......... .......... .......... .......... ....C..... .......... ........T. .......A.. ......G... .....C....   [1274]
Cryptocarya          .......... .......... .......... ........C. .......... .......... ........T. .......... .......... ..........   [1300]
Cinnamomum           .......... .......... .......... ........C. .......... .......... ........TG .......... .......... ..........   [1272]
Laurus               .......... .......... .......... ........C. .......... .......... ........TG .......... .......... ..........   [1287]
Dicentra             .........? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????   [1300]
Sanguinaria          .......... .......... .......... .......... ....G..... C......... ..A..A..CC .......... .......... ..........   [1300]
Euptelea             .......... .......... .......... .......... ....G..... .......... ..A..A..TC .......... .......... ..........   [1300]
Mahonia              .......... .......... .......... .......... ....G..... C......... ..A..A..TC .......... .......... ........A.   [1300]
Podophyllum          .......... .......... .......... .......... ....G..... T......... ..A..A..TC .......... .......... ..........   [1287]
Lardizabala          .......... .......... .......... .......... ....G..... C......... ..A..A..CC .......... .......... ..........   [1300]
Akebia               .......... .......... .......... .......... ....G..... C......... ..A..A..CC .......... .......... ..........   [1300]
Cissampelos          .....T.... .......... .......... .......... .C..G..... T......... ..A..A..TC .......... .......... ........A.   [1292]
Cocculus             .......... .......... .......... .......... ....G..... T......... ..A..A..TC .......... .........C ........A.   [1300]
Ranunculus           .........? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????   [1300]
Xanthorhiza          .......... .......... .......... .......... ....G..... C......... ..A..A..CC .......C.. .......... ..........   [1300]
Sargentodoxa         .......... .......... .......... .......... ....G..... T......... ..A..A..CC .......... .....-.... ..........   [1249]
Nelumbo              .....T...? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????   [1300]
Platanus             .......... .......... .......... .......... ....G..... .......... ..A..A..CC .......... .......... ..........   [1300]
Petrophile           .......... .......... .......... .......... ....G..... C......... ..A..A..CC .......... .......... ..........   [1300]
Persoonia            ........C. .......... .......... .......... ....G..... C......... ..A..A..CC .......... .......... ..........   [1300]
Grevillea            .......... .......... .......... .......... ....G..... C......... ..A..A..CC .......... .......... ..........   [1292]
Sabia                .......... .......... .......... .......... ....G..... C......... ..A..A..CC .......... ...G.....- ----------   [1250]
Meliosma             .......... .......... ......T... .......... .C..G..... C......... ..A..A..CC .......... ....------ ----------   [1239]
Tetracentron         .....T.... .......... .......... .......... ....C..... C......... ..A..A..TC .......A.. C......... ..........   [1300]
Trochodendron        .....T.... .......... .......... .......... ....G..... C......... ..A..A..TC .......A.. ......G... ..........   [1300]
Buxus                .......... .......... ......T... .......... ....A..... C......... ..A..C..CC .......A.. .......... ..........   [1300]
Sarcococca           .......... ....G..... ......T... .......... ....A..... C......... ..A..T..CC .......A.. ...C...... ..........   [1290]
Pachysandra          .......... ....G..... ......T... .......... ....A..... C......... ..A..T..CC .......A.. .......... ..........   [1300]
Didymeles            .......... .G........ ......T... .......... ....A..... C......... ..A..A..CC .......A.. .......... ..........   [1299]
Dioscorea            .......... .......... G..G...... .......... .......... .......... ........T. .......... .......... ..........   [1270]
Croomia              .......... .......... .......... .......... .G........ .......... .....A..T. .......... .......... ..........   [1300]
Carludovica          .......... .......... .......... .......... .G..C..... .......... .....A..T. .......... .......... ..........   [1287]
Asparagus            .......... .......... .......... .......... .......... G......... .....A..T. .......A.. C......... ..........   [1300]
Orontium             .......... .......... .......... .......... ....C..... .......... ........T. .......... .......... ..........   [1300]
Spathiphyllum        .....T.... ........A. .......... .......... .......... .......... .....A..T. .......... .......... ..........   [1270]
Alisma               ........C- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1183]
Potamogeton          ..A..T.... ........C. G......... .......... ....C..... .......... ........T. .......... C......... ..........   [1300]
Triglochin           .....T..C- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1183]
Pleea                .....T.... .......... .......... .......... ....C..... .......... .....A..T. .......... .......... ..........   [1300]
Tofieldia            .......... .......... .......... .......... ....?????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????   [1300]
Acorus_cal           .......... .......... .......... .......... .......... ......C... .....A..T. .......... .......... ..........   [1300]
Acorus_gra           .......... .......... .......... .......... .......... ......C... ...------- ---------- ---------- ----------   [1263]
Peperomia            .....T.... .......... .......... .......... ....C..C.. ......G... ..A..AT.T. .......... .......... ........A.   [1300]
Piper                .....T.... ........A. .......... .......... ....C..C.. ......G... ..T...T.T. .......... .......... ........A.   [1300]
Anemopsis            .......... .......... .......... .......... .......C.. .......... ..T.....T. .......... .......... ........A.   [1295]
Houttuynia           .........? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????   [1300]
Saururus             .......... .......... .......... .......... .......C.. .......... ........T. .......... .......... ........A.   [1300]
Lactoris             ........C? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????   [1300]
Aristolochia         ........C. .......... .......... .......... .......... .......... A.......T. .......... .......... ..........   [1300]
Thottea              ........C. .......... .......... .......... .......... .......... A.......T. .......... .......... ..........   [1282]
Asarum               .......... .......... .......... ....R..... .......... .......... A.......T. .......... .......... ..........   [1300]
Sauruma              .......... .......... .......... .......... .......... .......... A.......T. .......... .......... ..........   [1300]
Ceratophyllum_dem    .......... .......... .......... .......... ....G..... .......... A.......T. .......... ....A..... .....C..A.   [1300]
Ceratophyllum_sub    .......... .......... .......... .......... ....G..... .......... A.......T. .......... ....A..... .....C..A.   [1265]
Ascarina             .......... .......... .......... .......... .......... ......C... .....A..T. .......... .......... ..........   [1282]
Chloranthus          .......... .......... .......... .......... ....A..... ......C... ........T. .......... .......... ..........   [1300]
Hedyosmum            .....T.... .......... .......... .......... .......... .......... A.......T. .......... ...G...... ..........   [1300]
Sarcandra            .......... .......... .......... .......... .......... ......C... ........T. .......... .......... ..........   [1274]
Nymphaea             .........? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????   [1300]
Nuphar               .........- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1183]
Brasenia             .......... .......... G......... .....G.... .......... .......... A....A..T. .......... .......... ..........   [1274]
Cabomba              .........- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1183]
Amborella            ........C. ........C. G......... .......... ....C..... .......... ........T. .......... C......... ..........   [1300]
Illicium             .......... .......... .......... .......... .G........ .......... ..A.A...T. ....G..... .......... ..........   [1300]
Kadsura              .......... .......... .......... .......... .G........ .......... ..T.....T. ....G..... .......... ..........   [1287]
Schisandra           .......... .......... .......... .......... .G........ .......... ..T.....T. ....G..... .......... ..........   [1300]
Trimenia             .......... .......... ...G...... .......... ....A..... .......... ........T. ....G..... .....G.... ..........   [1300]
Austrobaileya        .......... .......... ...G...... .......... ......A... ......C... ........T. .......... .......... ..G.......   [1300]
Cycas                .......... .G........ G......... .......... .......... ......G... ..A..T..C. .......T.. .......... ........A.   [1274]
Zamia                ........C. .G........ G......... .......... .......... ..C...G... ..A..C..C. .......T.. .......... ........A.   [1270]
Ginkgo               .....T.... .G........ G......... .....????? .......??? T......... T.?..????C .......T.. .......... ........A.   [1300]
Metasequoia          .....T.... .......... G..G...... .......... .......... ...G...... ..A..C..T. .......T.. .........C ........A.   [1298]
Podocarpus           .....T.... .......... G..G...... .......... .......... .......... .....T..T. .......T.. ....G..... ..........   [1300]
Pinus                .....T.... .G........ G.....T... .......... .......... .......... .....T..TC .......T.. .......... ........A.   [1300]
Gnetum               ..A..T---- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1180]
Welwitschia          ..A..T.... .......... .......... .......... ....A..... T......... ..A..C..T. .......T.. ...G..G... .....C....   [1300]

[                             1310       1320       1330       1340       1350       1360       1370       1380       1390       1400]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             GACGTGATCT TGCTAGTCAA GGTAATGAAA TTATCCGTGA AGCTAGCAAA TGGAGCCCTG AACTAGCTGC TGCTTGTGAG GTATGGAAGG AGATCAAATT   [1400]
Liriodendron         .......... .......... .......... .......... .......... .....T.... .......... .......... .......... ..........   [1400]
Degeneria            .......... ....C..... .......... .......... .......... .......... .......... .......... A......... ..........   [1372]
Galbulimima          .......... ......C... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1372]
Eupomatia            ...A...... ....C....G .......... .......C.. .......... .......... .......C.. .......... .......... ..........   [1372]
Annona               .......... ....C....G .......... ....T..... .......... .......... ..T....... ...C...... .......... ..........   [1372]
Asimina              .......... ....C....G .......... ....T..... .......... .......... ..T....... .......... .......... ..........   [1372]
Cananga              .......... ....C....G .......... ....T..... .......... ..???????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????   [1400]
Polyalthia           .......... ....C..... .......... ....T..... .......... .......... ..T....... .......... .......... ..........   [1380]
Knema                .......... ....C..G.. ..G....... .......... G......... .......... ....C..... .......... .......... ..........   [1372]
Myristica            .......... ....C..G.. ..G....... .......... G......... .......... ....C..... .......... .......... ..........   [1400]
Mauloutchia          .......... ....C..G.. ..G....... .......... G......... .......... ....C..... ?........A A..------- ----------   [1377]
Belliolum            .......... ....C..G.. .........G .......... ....T..... .......... .......... ....A..... ..G.....A. ..........   [1372]
Drimys               .......... ....C..G.. .......... .......... ....T..... .......... .......... .......... ........A. ..........   [1400]
Tasmannia            .......... ....C..G.. .......... .......... ....T..... .......... .......... .......... ........A. ..........   [1374]
Takhtajania          .......... ....C..G.. .......... .......... ....T..... .......... .......... .......... ........A. ..........   [1400]
Canella              ....C..... .....C.G.. .......... ....A..... .......... .....T.... .......G.. .......... ........A. ..........   [1372]
Cinnamodendron       ....C..... .....C.G.. .......... ....A..... .......... .....T.... .......G.. .......... ........A. ..........   [1400]
Calycanthus          .....A.... ....C..G.. .......... .......... .......... .......... .......C.. .......... .......... ..........   [1400]
Chimonanthus         .....A.... ....C..G.. .......... .......... .......... .......... .......C.. .......... .......... ..........   [1400]
Idiospermum          .....A.... ....C..G.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1372]
Hedycarya            .......... ....C..G.. .......... .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... ..........   [1372]
Palmeria             .......... ....C..G.. .......... .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... ..........   [1400]
Peumus               .......C.. ....C..G.. .......... .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... ..........   [1400]
Siparuna             ....C..... ....C..G.. .......... .......... .......... ........C. .G........ .......... .......... ..........   [1400]
Atherosperma         .......... ....TCGG.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1400]
Daphnandra           .......... ....TC.G.. .......... .......... .......... .......... ....G..... .......... .......... ..........   [1400]
Doryphora            .......... ....TC.G.. .......... .......... .......... .....T.... .......... .......... .......... ..........   [1400]
Gomortega            .......... ....C..G.. .......... .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... ..........   [1400]
Gyrocarpus           .......... ....C..G.. .......... .......... .......... .....T.... .......... .......... .......... ..........   [1374]
Cryptocarya          .......... ....C..G.. ......C... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1400]
Cinnamomum           .......... ....C..G.. .......... .......... ....GC.... .......... .G........ C......... .......... ..........   [1372]
Laurus               .......... ....C..G.. .......... .......... ....TC.... .......... .G........ C........A A..------- ----------   [1370]
Dicentra             ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????   [1400]
Sanguinaria          .......... ....C..G.. .......... .......CT. G......... ......A.C. .G........ .......... .......... .A........   [1400]
Euptelea             .......... .......G.. .......... .......CT. G......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1400]
Mahonia              .......... ....C..G.. .......... .......... G...T..... .......... .......... .......... ..C....... .A........   [1400]
Podophyllum          .......... ....C.C... .......... .......... G...T..... .......... .......... ---------- ---------- ----------   [1357]
Lardizabala          .......... ....C..G.. .......... .......... G......... .......... .......... .........A .......... ..........   [1400]
Akebia               .......... ....C..G.. .......... .......... G...C..... .......... .......... .........A .......... ..........   [1400]
Cissampelos          .......... ....C..G.. .......C.. .......... .......... .......... ....G..... C........A A...------ ----------   [1376]
Cocculus             .......... ....C..G.. .......... .......... G......... .......... ....G..... .......... .......... ..........   [1400]
Ranunculus           ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????   [1400]
Xanthorhiza          .......... ....C..G.. .......... .......... G...T..... .......T.. .......... .......... .......... ..........   [1400]
Sargentodoxa         .......... ....C..G.. .....--... ........-. G......... .-........ .......... .......-.A ....--.... ..........   [1342]
Nelumbo              ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????   [1400]
Platanus             .......... ....C..G.. .......... .......... ....T..... .......... .......... C......... .......... ..........   [1400]
Petrophile           .......... ....C..G.. .......... .......... G......... .....T.... .G........ .......... .......... ..........   [1400]
Persoonia            .......... ....C..G.. .......... .......... G?..GCT... .......... .G........ .........A .......... C.........   [1400]
Grevillea            .......... ....C..G.. .......... .......... G...TC.... .......... ....G..G.. C........A A..------- ----------   [1375]
Sabia                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1250]
Meliosma             ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1239]
Tetracentron         .......... ....C..G.. .......... .......... G......... .....T.... .......... .......... .......... ..........   [1400]
Trochodendron        .......... ....C..G.. .......... .......... G......... .....T.... .......... .......... .......... ..........   [1400]
Buxus                .......... ....C..G.. .......... .......... G......... .....T.... .......... .......... .......... ..........   [1400]
Sarcococca           .G........ ....C..G.. .......... .......... G......... .....T.... .......... C.....?..A A..------- ----------   [1373]
Pachysandra          .......... ....C..G.. .......... .......... .......... .....T.... .......... .......... .......... ..........   [1400]
Didymeles            ....C..... ......G... ........T. .......... G......... .....T.... .......... .......... .......... ..........   [1399]
Dioscorea            .......C.. ....C..G.. .......... .......... ....T..... .....T.... .......... ...C.....A .......... C.........   [1370]
Croomia              .G........ ....C.CG.. .......... .......... .......... ........C. .......C.. .........A .......... ..........   [1400]
Carludovica          .......... ....C..G.. .......... ....T..... .......... .......... .......C.. C........A A..------- ----------   [1370]
Asparagus            .......... ....C..G.G ........G. .......... ....GC.... .....????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????   [1400]
Orontium             .......... ....GT.G.. ....C.C... .......... C......... .....T.... .......C.. .......... .......... ..........   [1400]
Spathiphyllum        .......... .......G.. .......... .......... .......... .....T.... .......C.. ......C... ..T.....A. ..........   [1370]
Alisma               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1183]
Potamogeton          .......... ....C..G.. .........G .......... ........GG ........A. .......... .......... .......... ..........   [1400]
Triglochin           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1183]
Pleea                .......... ....C..G.. .......... .......... .......... .......... .......C.. .......... .......... .A........   [1400]
Tofieldia            ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????   [1400]
Acorus_cal           .......... ....C.CG.. A...C.C... .......... ....T.T... .....????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????   [1400]
Acorus_gra           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1263]
Peperomia            .......... ....C..G.G .......... ....T..A.. ....GCT... ........A. .......G.. .........A ........A. .A....C...   [1400]
Piper                .......... ....C..G.G .......... ....T..... ....GCT... ........C. ....G..G.. .........A ........A. .A........   [1400]
Anemopsis            .......... ....C..G.. ..G....... ....T..... C...GCT... ........G. .......G.. Y........A A..------- ----------   [1378]
Houttuynia           ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????   [1400]
Saururus             .......... ....C..G.. ..G....... ....T..... ....GCT... ........C. .......G.. ......C... .......... ..........   [1400]
Lactoris             ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????   [1400]
Aristolochia         .G..C..... ....C..G.. .........G .......... ....GC.... .......... .......G.. .........A .......... ..........   [1400]
Thottea              .G..C..... ....C..G.. .........G .......... ....-C.... ........A. .......G.. ---------- ---------- ----------   [1351]
Asarum               .G........ ....C..G.. .........G .......... ....TC.... .....T..C. .......A.. .......... A......... ......T...   [1400]
Sauruma              .G........ ....C..G.. .........G .......... ....GC.... .....T..C. .......A.. .......... A......... ..........   [1400]
Ceratophyllum_dem    ....C..... ....C..G.. .........G .......... ...AT..... .....T..A. .......... .......... .......... ..........   [1400]
Ceratophyllum_sub    ....C..... ....C..G.. .........G .......... .......... .....T..A. .......... C........A A..------- ----------   [1348]
Ascarina             ....C..... ....C..G.. .........G .......... ....T..... .......... .......... ---------- ---------- ----------   [1352]
Chloranthus          .......... ....C..G.. .........G ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1400]
Hedyosmum            .......... ....C..G.. .........G .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1400]
Sarcandra            .......... ....C..G.. .........G .......... .....T.... ...------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1327]
Nymphaea             ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????   [1400]
Nuphar               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1183]
Brasenia             .......... ....C.CG.. .........G .......C.. G........G .....T.... ....G..... .......... .......... ..........   [1374]
Cabomba              ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1183]
Amborella            .......... ....C..G.. .........G .......... ........GG ........A. .......... .......... .......... ..........   [1400]
Illicium             .......... ....C..G.. .........G .......... .......... .......... .......... .......... .......G.. ..........   [1400]
Kadsura              .G........ ....C..G.. .......... .......... .......... .......... .......... C.....W..A A..------- ----------   [1370]
Schisandra           .G........ ....C..G.. .........G .......... .......... .......... .......... .......... ..C....... ..........   [1400]
Trimenia             .......... ....C.CG.. ..G....... .......C.. ....TC.... .....TAAG. .....TA... .......... .......... ..........   [1400]
Austrobaileya        .......... ....C..G.. ........GG .......... ...G...... .......... .......... .......... .......... ..........   [1400]
Cycas                .......... ....C..G.. .........G .G.....C.. ......T... .....T..C. ..T....... .........A .......... ..........   [1374]
Zamia                .......... ....C..G.. .........G .G........ ......T... ........C. .G........ .........A .......... ..........   [1370]
Ginkgo               .......... ....C..G.. .........G .G........ ......T... .????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??????????   [1400]
Metasequoia          .......... ...GC..G.. .........G .G.....C.. .....CT... .....T.... .....----- ---------- ---------- ----------   [1363]
Podocarpus           .......... ....C..G.. .........G .G........ .......... .....T..C. .......... .........A ........A. ......T...   [1400]
Pinus                .......... ....C..G.. .........G .G........ ....T.T... .....T.... .......... .........A A......... ..........   [1400]
Gnetum               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1180]
Welwitschia          .G..C..... ....C..G.. ..G......G .A.....C.. ...AGCT... .....T.... .......... ...G.....A ..C....... .......G..   [1400]

[                             1410       1420       1430       1440       1450       1460       1470       1480       1490       1500]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             CGA---ATTC AAAGCAGTGG ATACCTTGTA AATGAGAATC AATCCTACTA CTTCTGGTCC CGGGGTTTCC ACACTTGAGA AAAAAAACCT GGGACGTATT   [1497]
Liriodendron         ...CAGT... ......A... ........?? ?......... .......... .....A.... T......... .......... .......... ...G.....C   [1500]
Degeneria            ...---.... C.....A... ........G. T......... .......... ........T. .......... ........AG .......... ...G......   [1469]
Galbulimima          T..---.... GC....A... .........G .......... .......... .......... T......... .......GA. G......... ...G.....C   [1469]
Eupomatia            ...---.... ......A... .......... .......... .......... .......... ...A...... ........AG .......... ..A.......   [1469]
Annona               T..---.... C......... ....G...G. T--------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1400]
Asimina              T..---.... G.....A... ....G...G. T--------- ---------- -------G.. T......... ........AG .......A.C A..G......   [1443]
Cananga              ?????????? ?????????? ?????????? ?--------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1431]
Polyalthia           ...---.... G......... ....G...G. T--------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1408]
Knema                ...---.... C.....A... .......... .......... .......... .......... T......... ........AG .......... ....A.....   [1469]
Myristica            ...---.... C.....A... .......... .......... .......... .......... T......... ........AG .......... ....A.....   [1497]
Mauloutchia          ---------- ---------- ---------- ---------. .......... .......... T......... ........AG .......A.. ..........   [1438]
Belliolum            ...---.... .......... .C......G. T......... .......... ........T. .......... ........AG ........T. ...G......   [1469]
Drimys               ...---.... .......... ........G. T......... .......... .......... T......... ........AG .......... ...G......   [1497]
Tasmannia            ...---.... .......... ........G. T--------- --........ .......... T......... ........AG .......... ...G......   [1460]
Takhtajania          ...---.... .......... ........G. T--------- ---------- ---------- -------... ........WG ...R...... ...G......   [1461]
Canella              T..---.... ......A... .......... .......... .......... .......... T......... ........AG .......... ...G......   [1469]
Cinnamodendron       T..---.... ......A... .......... .......... .......... .......... T......... ........AG .......... ...G......   [1497]
Calycanthus          ...---.... G.G...A... .......... .......... .......... ........T. T......... .......... ......C... ...G......   [1497]
Chimonanthus         ...---.... G.G...A... .......... .--------. .......... .......... T......... ........AG .......... ...G......   [1489]
Idiospermum          ...---.... GCT....... ........G. C......... .......... .......... T......... .......... .......... ...G......   [1469]
Hedycarya            ...---.... G.....A... .......... .......... .......... .......... T......... ........AG .......... ...G......   [1469]
Palmeria             ...---.... G.......A. .......... .--------- .......... ....G....T -......... ........AG .......... ...G......   [1487]
Peumus               ...---.... GC....A... .......... .--------- ---------- --------T. .T...G..T. C.......AG .......... ...G......   [1470]
Siparuna             ...---.... G.....A... .......... .--------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Atherosperma         ...---.... C.....A... .......... .--------. .......... .......... T......... ........AG .......... ...G......   [1489]
Daphnandra           ...---.... C.....A... .......... .--------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Doryphora            ...---.... G.....A... ..GT...... .--------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Gomortega            ...---.... G.....A... .......... .--------- ---------- -------... T......... ........AG .......... ...G......   [1471]
Gyrocarpus           ...---.... GC....A... .......... .......... .......... .......... .......... ........AG G......... ...G.....C   [1471]
Cryptocarya          ...---.... G.....A... ..GT...... .--------- ---------- -------... T......... ........AG .......... ...G......   [1471]
Cinnamomum           ...---.... GCC...A... .......... .......... .......... .......G.. T......... .......... .......... ...G.....C   [1469]
Laurus               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1370]
Dicentra             ?????????? ?????????? ?????????? ?--------- --........ .......... T......... G......--- -----.-... ...G.....C   [1480]
Sanguinaria          ...---...T G.....A... ....T..... .--------- ---------- .......?.. T??....... G.......A? .......... ...C.....A   [1478]
Euptelea             ...---...T C.....A... ....T..... .--------- ---------- ..A....... -......... G.......A. -------... -..G...G.C   [1469]
Mahonia              T..---...T G.....A... ..G.TA.C.. G--------. .......... .......... T......... G.C.....AG .......T.A ...G.....C   [1489]
Podophyllum          ---------- ---------- ---------- ---------- -----..... .......... T......... G.......AG .......... ...G.....C   [1412]
Lardizabala          ...---...T G.....A... ....T..... .--------- ---------- ---------- ---------- ---------- -------... ...T......   [1441]
Akebia               ...---...T G.....A... ....T..... .--------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- -------...   [1431]
Cissampelos          ---------- ---------- ---------- ---------. .......... .......... T........T G.......C. .......... ...G......   [1437]
Cocculus             ...---...T G.....A... ....T..... .--------. .......... .......... T......... G.......AG ......C..C ...G......   [1489]
Ranunculus           ?????????? ?????????? ?????????? ?--------- ---------- -....--... T......... ---------- ----...A.C T..G.....A   [1464]
Xanthorhiza          ...---...T G....GA... ....AA.T.G .--------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----.....C   [1434]
Sargentodoxa         ...---...T ---------- ---------- ---------- ---------. .......... T......... G.......AG .......... C..G......   [1400]
Nelumbo              ?????????? ?????????? ?????????? ?--------- ---------- -......... T......... G.......AG .......... ...G.....C   [1480]
Platanus             ...---.... G.....A... ....T..... .--------- ---------- ---------. T......... .....----- -------... ...G.....C   [1457]
Petrophile           ...---.... G.G...A... ....T..... .--------- ---------- -----..... T......... G.......AG .......... A..G.....C   [1473]
Persoonia            T..---.... CCG...A... ....T..... .-------.. .......... .......... T......... G.......AG .......... ...G.....C   [1490]
Grevillea            ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- -----..... T..A...... ........AG .......... ...G.....C   [1420]
Sabia                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- -......... T......... G.-....--- ---....A.C T..G.....C   [1292]
Meliosma             ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- -......... T.AA...... G.......AG .......... ...G.....C   [1288]
Tetracentron         ...---...T G.....A... ....T..A.. .-ATGA.... .......... T......... T...A....T ........AG .......... ...G.....C   [1496]
Trochodendron        T..---...T G.....A... ....T..A.. .--------- ---------- -......... T........T ........AG .......... ...G...G.C   [1477]
Buxus                .?.---.... CC....A... ....T..... .--------- ---------- ---------- ---------- ---------- ------.... ...G.....C   [1442]
Sarcococca           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1373]
Pachysandra          ...---.... G.....A... ..GT...... .--------. .......... .......... T......... ........AG ......-... ...G.....C   [1488]
Didymeles            .AT---C... CC....A... ....T..... .--------- --........ .....A.... T.A....... ..G...C.AG .......... ...G.....C   [1485]
Dioscorea            ...---.... G..C....A. ...AAC.AG. C--------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1398]
Croomia              ...---.... G.....A... ..GT...... .--------- ---------- ---------- ---------- ---.....AG .......TY. A..G..GG.C   [1455]
Carludovica          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1370]
Asparagus            ?????????? ?????????? ?????????? ?----..TC. .......... .......... TAC....... ...M....-. G......G.. A..G.....C   [1495]
Orontium             ...---.... G.....A... ..GT...... .--------. .......... .......... T.C....... ......A.AG .......... A..G.....C   [1489]
Spathiphyllum        T..---G.A. ...C....A. ....GC.AG. T-.....TC. ....-..... .....A-... .-......A. .-.T.C---. .G.....A.. T..G.A...C   [1459]
Alisma               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1183]
Potamogeton          ...---.... G.....A... ..GT...... .------... .......... ......A... TACAA..... C....G.G.G .......... A..G..A..C   [1491]
Triglochin           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ------..AG ........T. A..G..A..C   [1207]
Pleea                ...---.... G..C....A. ...AGA.AG. T--------- ---....... .......... T-.......T ........AG -......... A..G.....C   [1483]
Tofieldia            ?????????? ?????????? ?????????? ?......... .......... .......C.. T......... ........AG .......... A..G.....C   [1500]
Acorus_cal           ?????????? ?????????? ?????????? ?--------- ---....... ........T. T.C....C.. T.......CG .G......T. A..G.....C   [1488]
Acorus_gra           ---------- ---------- ---------- --------.. .......... ........T. T.C....C.. T.......CG .G......T. A..G.....C   [1325]
Peperomia            ..T---.... G.....A... .......... .......... .......... .......A.. T........T ......CGA. .......TTA ...G......   [1497]
Piper                ...---.... G.....A... .........G .......... .......... .......... T........T ......CGA. G......T.A ...G......   [1497]
Anemopsis            ---------- ---------- ---------- ---------. .......... .......C.. T........T ........AG .......... ...G......   [1439]
Houttuynia           ?????????? ?????????? ?????????? ?--------- ---------- --........ T........T ........AG .........A ...G......   [1479]
Saururus             ...---.... G.....A... ....T..... .......... .......... .......... T........T ......T.A. G........C ...G......   [1497]
Lactoris             ?????????? ?????????? ?????????? ?--------- ---------- --------.. .......... ........AG G.......T. ...G.A....   [1473]
Aristolochia         ...---.... CCG...A... .....C.... .......... .......... .......C.. .......... ..G....... .........C ...G....-.   [1496]
Thottea              ---------- ---------- ---------- ---------. .......... .......... A......... .......G.C .......... ...G......   [1412]
Asarum               ...---...T G.....A... ..G....... .......... .......... ......T... T........A ........AG .......... -..G......   [1496]
Sauruma              ...---...T G.....A... .......... .......... .......... .......... T......... ........AG G......... ...G......   [1497]
Ceratophyllum_dem    ...---.... CC....A... .....G.C.. .--------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Ceratophyllum_sub    ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1348]
Ascarina             ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- -------... T......... ........AG .......... ...G.....C   [1395]
Chloranthus          ...---.A.. G.....A... .....G.... .--------- ---------T A......... T......... ........AG ......T... ...G.....C   [1479]
Hedyosmum            ...---.... G.....A... ....TG.... .......... .......... .......... .......... ........AG G........C ...G.....C   [1497]
Sarcandra            ---------- ---------- ---------- -......... .......... .......... TA........ ........AG .....CC... ...G.....C   [1396]
Nymphaea             ?????????? ?????????? ?????????? ?......... .......... .......... TC........ .......G.. .....TT..A .........C   [1500]
Nuphar               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------. .........C   [1194]
Brasenia             ...----... G.....A... .......... .......... .......... .....-.... .......... .......G.. ......T..C .........C   [1469]
Cabomba              ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1183]
Amborella            ...----... G.....A... ..GT...... .......... .......... ........T. T...C....T .......C.. ......G.G. .........C   [1496]
Illicium             ...----... G.....A... ..GT...A.. .-----.... .......... .....C.... .......... ......A... ..G...C.-- T........C   [1489]
Kadsura              ---------- ---------- ---------- ---------. .......... .......... .......... .........G .......... ...G.....C   [1431]
Schisandra           ...----... G.....A... ..GT...... .......... .......... ......--T. .C...G..T. .........G ......C... ...G.....C   [1494]
Trimenia             T..----... C.....A... ..GT....G. ?--------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1427]
Austrobaileya        ...----... G.....A... ..GT...... .......... .......... .......... .......... ........AG G......... ...G.....C   [1496]
Cycas                T..----..T G.G...A... ..GT...... .--------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1401]
Zamia                T..----..T G.TA..A.T. ..GTT..... .--------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1397]
Ginkgo               ?????????? ?????????? ?????????? ?--------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1431]
Metasequoia          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1363]
Podocarpus           T..----..T G..A.TA.T. ....T..A.. .--------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1427]
Pinus                T..----..T G.T.TGA.T. ..CG...... ........AA ......-..T G....T---- -......... G..AG..TAG ...C...TG. ..........   [1490]
Gnetum               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1180]
Welwitschia          T..----..T G.GT.G.... ....A..... .--------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1427]

[                             1510       1520       1530       1540       1550       1560       1570       1580       1590       1600]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             GCTCAAATCA TTGGTCCGGT ACTGGATGTA GCCTTTCCCC CGGGCAAGAT GCCTAATATT TACAACGCTT ------TGGT AGTTAAAGGT CGAGATACTG   [1591]
Liriodendron         .T........ .......... .......... ..T....... .......... .......... .......... ------.... ......G... ..........   [1594]
Degeneria            .......... .......... .......... .......... .......... ...G...... .......... ------.... ......G... .....G....   [1563]
Galbulimima          .......... .......... ...A...... ........A. .......A.. .......... .......... ------.... ......G... ..........   [1563]
Eupomatia            .......... .......... .......... ..T.....G. .......... .......... .......... ------.... ......G... ..........   [1563]
Annona               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1400]
Asimina              .......... .......... .......... .TT....... G......... ...CT..... .......... ------.A.. ......G... ..........   [1537]
Cananga              ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1431]
Polyalthia           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1408]
Knema                .......... .......... G......... ..T....... .-........ ...C...... .......... ------.... ......G... ..........   [1562]
Myristica            .......... .......... G......... ..T....... .-........ ...C...... .......... ------.... ......G... ..........   [1590]
Mauloutchia          .......... .......... G......... ..T....... .......... ...C...... .......... ------.... ......G... ..........   [1532]
Belliolum            .......... .......... ......A... .TT....... .......... .......... .......... ------.... ......G... ..........   [1563]
Drimys               .......... .......... .......... .TT....... .-........ ........-. .......... ------.... G.....-... ..........   [1588]
Tasmannia            .......... .......... .......... .TT....... .......... .......... .......... ------.... ......G... ..........   [1554]
Takhtajania          .......... .......... .......... .TT....... ....A..... .......... .......... ------.... ......G... ..........   [1555]
Canella              .......... .......... .......... .-........ ....A..... .......... .......... ------..A. ......G... ........C.   [1562]
Cinnamodendron       .......... .......... .......... .-........ .C..A..... .......... .......... ------.... .......... .......TC.   [1590]
Calycanthus          .TC....... .......A.. .......... ..T....... .......... .......... ........C. ------.... ......G... ..........   [1591]
Chimonanthus         .......... .......A.. .......... ..T....... .......... .......... ........C. ------.... ......G... ..........   [1583]
Idiospermum          .......... .......... .......... ..T....... .C........ .......... ........C. ------.... ......G... ........C.   [1563]
Hedycarya            .T........ .......... ...C...... ..T....... .......... .......... .......... ------.... ......G... ..........   [1563]
Palmeria             .......... ....C..A.. ...C...... ..T....... .......... .......... .......... ------.... ......G... ..........   [1581]
Peumus               .......... .......A.. ...T...... ..T....... .......... .......... .......... ------.... ......G... ..........   [1564]
Siparuna             ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Atherosperma         .......... .......... .......... ..T....... ....A..... .......... ..T....... ------.... ......G... ..........   [1583]
Daphnandra           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Doryphora            ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Gomortega            .......... .......... .......... ..T....... ....A..... .......... ..T....... ------.... ......G... ..........   [1565]
Gyrocarpus           .......... .......... ......A... ........T. ....G..... .......... .......... ------.... ......G... ..........   [1565]
Cryptocarya          .......... .......... .......... ..T....... .C........ .......... .......... ------.... ......G... ..........   [1565]
Cinnamomum           .......... .......... .......... ..T....... .C........ .......... .......... ------.... ......G... ..........   [1563]
Laurus               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1370]
Dicentra             .......... .......... .......... .......... .A........ .......... .......... ------.... ...G..G... ..........   [1574]
Sanguinaria          .......... .......... .......... .......... ....T..... .......... .......... ------.... ......G... ..........   [1572]
Euptelea             A......... .......... .......... .......... .......... .......... ..T....... ------.... ......G... ..........   [1563]
Mahonia              AT........ .......... .......... A.......G. ....G..... .......... .......... ------.... .........G .A........   [1583]
Podophyllum          .T........ ....G..... .......... ........A. ....A..... .......... .......... ------.... .......... .A.......C   [1506]
Lardizabala          .......... .......... .......... ........A. .......... .......... .......... ------.... .......... ......G...   [1535]
Akebia               .......... .......... .......... ........A. .......... .......... .......... ------.... .......... ..........   [1525]
Cissampelos          ..G.....T. .......... .......... .T......A. .A........ .......... .......... ------.... ...G...... .A.......C   [1531]
Cocculus             A.G....... .......... .......... .T......A. .A........ .......... .......... ------.... ...G...... .A........   [1583]
Ranunculus           .......... .......... .......... T.......A. .......... .......... .......... ------.... T......... .A....G...   [1558]
Xanthorhiza          .......... .......... .......... T.......GG .......... .......... .......... ------.... .......... .A........   [1528]
Sargentodoxa         .......... .......... ...A...... ........A. .......... .......... .......... ------.... .......... ..........   [1494]
Nelumbo              .......... .......... .......... ..T....... .......A.. .......... .......... ------.... .A....G... ..........   [1574]
Platanus             .......... .......... .......... ..T....... .C.....A.. .......... .....T.... ------.... ......G... ..........   [1551]
Petrophile           .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....T.... ------.... ......G... ..........   [1567]
Persoonia            .......... .......... .......... .......... ....T..... .......... .....T.... ------.... ......G... ..........   [1584]
Grevillea            .......... ....C..A.. .......... .......... .......... .......... .....T.... ------.... ......G... ..........   [1514]
Sabia                .-........ .......... .......... ..T....... .......... .......... .....T.... ------.... .......... .......A..   [1385]
Meliosma             .......... .......... .......... ..T....... .......... .......... .......... ------.... ......G... ..........   [1382]
Tetracentron         .......... .......... .......... ..T....... .......... .......... .........C ------.... ......G... ..........   [1590]
Trochodendron        .......... .......... .......... ..T....... .......... .......... .........C ------.... ......G... ..........   [1571]
Buxus                .-........ .......... .......... ..T....... .A........ .......... .........C ------.A.. ......G... ..........   [1535]
Sarcococca           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1373]
Pachysandra          .......... .......... .......... ..T....... .......... .......... .......... ------.A.. ......G... ..........   [1582]
Didymeles            A......... .......A.. .......... .......... .C..T..... .......... .........C ------.A.. .......... .........C   [1579]
Dioscorea            ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1398]
Croomia              ........T. ....C..... .........C TTT.....A. .......... .......... ..T..T.... ------.... ......G... ..........   [1549]
Carludovica          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1370]
Asparagus            ........T. ....C..A.. G........T .TT....... .A..G..AT. ....W..... ..T....... ------.... ...A..G... ..........   [1589]
Orontium             ........T. ....C..A.. .........C ..T....... .......... .......... ..T..T.... ------.... ......G... ..........   [1583]
Spathiphyllum        .-......T. ....C..A.. CGAT.TC.-- ---...TG.T .C..GG.AT. ....W..... ..T....... ------..A. ...G..G.A. .........A   [1547]
Alisma               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1183]
Potamogeton          ........T. ....C..A.. .........T ........T. ....G..C.. .......... ..T....... ------.... ......G... .T........   [1585]
Triglochin           ........T. ....C..A.. .........T ..T.....T. ....G..... .......... ..T....... ------.... ......G... ..........   [1301]
Pleea                ........T. ....C..... .........C ..-.....G. ....G..... .......... ..T....... ------.... ......G... ........CA   [1576]
Tofieldia            ........T. ....C..... .........C ..T.....G. ....G..... .......... ..T....... ------.... ......G... ..........   [1594]
Acorus_cal           .TC....... ....C..A.. .........C .......... .C..G..... .......... .......... ------.... G.....G... ..........   [1582]
Acorus_gra           .TC....... ....C..A.. .........C .......... ....A..... .......... .......... ------.... G.....G... ..........   [1419]
Peperomia            .T......T. .......A.. ...A..C... ..T.....T. .......... .......... .......... ------..A. .......... .C......C.   [1591]
Piper                .T........ .......... .......... ..T....... .......... .......... .......... ------..A. .......... .C......C.   [1591]
Anemopsis            .T........ .......... .......... .......... .......... .......... .......... ------.... ......G... ..........   [1533]
Houttuynia           .T........ .......... .......... ......T... .----..... .......... .......... ------.... ......G... .A........   [1569]
Saururus             .T........ .......... ........C. ..T....... .......... .......... .......... ------.... ......G... ..........   [1591]
Lactoris             .......... .......C.. .......... .......... .......... .......... .....T.... ------.... ......G..C .....A.A.A   [1567]
Aristolochia         .......... .......... G......... ..T.....T. .......... ...C...... .......... ------.... .......... ..........   [1590]
Thottea              .......... .......... .......... ..T.....T. .......... .......... .......... ------.... T.....G... .A.......C   [1506]
Asarum               .......... .......... .......... ..T....... .......... .......... .......... ------.... ......G... ..........   [1590]
Sauruma              .......... .......... .......... ..T....... .......... .......... .......... ------.C.. ......G... ..........   [1591]
Ceratophyllum_dem    ---------- ---------- ---------- -----...T. .......... .......... .....T.... ------.... C......... ..........   [1487]
Ceratophyllum_sub    ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1348]
Ascarina             .......... .......... .........C ..T....... ....G..... .......... .......... TGGTAG.... ......G... ..........   [1495]
Chloranthus          .......... .......... .........C ..T....... .C..G..... .......... .......... ------.... ......G... ..........   [1573]
Hedyosmum            .......... .......... ....A..... .......... .-..G..... .......... A......... ------.... .......... .....C....   [1590]
Sarcandra            T......... .......... .........C .......... .C..G..... .......... .......... ------..A. ......G... ..........   [1490]
Nymphaea             .......... .......A.. ......-... ......T..A .C..G..... .......... ......T... ------.... ......-... ........C.   [1592]
Nuphar               .......... .......... .......... ..T....... ....G..... .......... ......T... ------.... ......G... ........C.   [1288]
Brasenia             .......... .......... .......... ..-....... ....G..... .......... ......T... ------.... ......-... ........C.   [1561]
Cabomba              ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1183]
Amborella            .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... ......T..- ------.... .......... ..........   [1589]
Illicium             A......... ....C..... .......... ..T....... .......... .......... ......T... ------.... ......G... ..........   [1583]
Kadsura              A......... ....C..... .......... ..T....... G......... .......... ......T... ------.... C.....G... ..........   [1525]
Schisandra           A......... ....C..... .......... ..T....... .......... .......... A.....T... ------.-.. C......... ..........   [1587]
Trimenia             ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1427]
Austrobaileya        .A........ .......... ......A... .......... .C........ .......... ......TTC. ------.... ......G... .A........   [1590]
Cycas                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1401]
Zamia                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1397]
Ginkgo               -------.T. .......A.. .......... ..T....... .......T.. .......... .....TT... ------..A. ...G..G... .A......A.   [1518]
Metasequoia          ------.... ....-...-. .......... T-......T. .A..T..T.. .....GA... .....TCA.. -------.A. ....-....A TAC.....AA   [1446]
Podocarpus           ---....... .-..-..... ...-...... T.Y....YT. .A.ATGGT.. ....T..... .....TT... ------.AA. ...G..G.AC .A.T.-----   [1510]
Pinus                .......... ....C..A.. .........C T.T.....T. .A..T..T.. .......... .....TT.A. ------..A. ......G... .A..G...A.   [1584]
Gnetum               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1180]
Welwitschia          ------.... ....Y..R.. .......... T......T.. ...TA.--T. C......... A...CDCT-- ------..A. ...G...... .A.T.G.T..   [1511]

[                             1610       1620       1630       1640       1650       1660       1670       1680       1690       1700]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             TCGGTCAGCC AATTAATGTG ACTTGTGAGG TACAGCAATT ATTAGGAAAT AATCGAGTTA GAGCTGTAGC TATGAGTGCT ACAGATGGTC TGATGAGAGG   [1691]
Liriodendron         .........A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1694]
Degeneria            .........A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1663]
Galbulimima          .........A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1663]
Eupomatia            .........A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... ..........   [1663]
Annona               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1400]
Asimina              .........A ...A.....A .......... .......... .......... .......... ....C..... .......... ..G....... ..........   [1637]
Cananga              ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1431]
Polyalthia           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1408]
Knema                .........A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1662]
Myristica            .........A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1690]
Mauloutchia          .........A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1632]
Belliolum            .........A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1663]
Drimys               .......A.A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1688]
Tasmannia            .........A ....T..... .......... .......... .......... .......... ....C..... .......... .......... ..........   [1654]
Takhtajania          .........A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1655]
Canella              ...A.....A .......... .......... .......... .......... ........G. .......... .......... .......... ...C.C....   [1662]
Cinnamodendron       .........A .......... .......... .......... .......... ........G. .......... .......... .......... ...C.C....   [1690]
Calycanthus          .......A.A .......... ........A. .C..A..... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1691]
Chimonanthus         .......A.A .......... ........A. .C..A..... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1683]
Idiospermum          .......A.A .......... G.......A. .C..A..... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1663]
Hedycarya            .A.......A .......... .......... .C........ .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1663]
Palmeria             ...A.....A .......... .......... .C........ .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1681]
Peumus               ...A.....A .......... .......... .C........ .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1664]
Siparuna             ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Atherosperma         .........A ...G.....A .....C.... .C........ .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1683]
Daphnandra           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Doryphora            ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Gomortega            .........A .........A .......... .C........ .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1665]
Gyrocarpus           .........A .......... .......... .C........ .......... .......... .G........ .......... ..G....... ..........   [1665]
Cryptocarya          .........A .......... .......... .C........ .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1665]
Cinnamomum           .........A .......... .......... .C........ .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1663]
Laurus               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1370]
Dicentra             C...C....A .........C .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1674]
Sanguinaria          C...C....A .........C .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1672]
Euptelea             ....C....A .......... .......... ....A..... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1663]
Mahonia              .T.CC..ASA .......... .......... .......... G......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1683]
Podophyllum          .T..C..A.A .........A .......... .......... ......C... ......A... .......... .......... .....C.... .....C....   [1606]
Lardizabala          .T.AC....A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1635]
Akebia               .T.AC....A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1625]
Cissampelos          ....C....A .........A ........A. .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... ..........   [1631]
Cocculus             .T..C....A .........A ........A. .......... .......... .......... .......... .........G ..G....... ..........   [1683]
Ranunculus           .T..C....A .........A .....C.... .......... .......... .....G.... .......... .......... ..G....... ..........   [1658]
Xanthorhiza          .T..C....A ......C..A .....C.... .......... .......... .......... .G........ .........G .....C.... .T........   [1628]
Sargentodoxa         .T.AC....A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... ..........   [1594]
Nelumbo              C...C....A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......G..   [1674]
Platanus             ....G....A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........C. ...C...G..   [1651]
Petrophile           .........A .........A .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G.....C. .......G..   [1667]
Persoonia            ....C....A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........C. .......G..   [1684]
Grevillea            ....C....A ....GC.... .......... .......... .......... .......... .......... C......... ........C. .......G..   [1614]
Sabia                ....C....A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....C.... ..........   [1485]
Meliosma             ....C....A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....C.... ..........   [1482]
Tetracentron         ....C..A.A .......... .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...C......   [1690]
Trochodendron        ....C..A.A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...C......   [1671]
Buxus                ....C..A.A .......... .......... ....A..... .......... .......... .......... .......... .....C.... ...C......   [1635]
Sarcococca           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1373]
Pachysandra          C...C..A.A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....C.... .A...C....   [1682]
Didymeles            .....G.A.A .......... .......... .......... .......... .......... .......... G......... .....C...T ..........   [1679]
Dioscorea            ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1398]
Croomia              C........A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...C......   [1649]
Carludovica          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1370]
Asparagus            C........A .......... .....C.... ....A..... .......... .......... .......... .......... .......... ...CA.....   [1689]
Orontium             .........A .......... .......... .......... .......... .......... ..A....... .......... .......... ...C......   [1683]
Spathiphyllum        .-......GA TG..T...W. ........A. ....A..... .......... .......... ........T. .......... .......... .A.C......   [1646]
Alisma               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1183]
Potamogeton          .....G...A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .........G .......... ...G......   [1685]
Triglochin           .T.......A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .........G .......... .T.GA.....   [1401]
Pleea                .........A .........A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1676]
Tofieldia            ...A.....A .........C .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1694]
Acorus_cal           C......... .......... .......... .......... .......... .....G...C .......G.. .......... .........T ...C......   [1682]
Acorus_gra           C......... .......... ........A. .......... .......... .....G...C .......G.. .......... .........T ...C......   [1519]
Peperomia            ...A.....A .........A ..C.....A. .G........ ...G...... ........C. .......... .......... .....C.... .A.C......   [1691]
Piper                C....A...A .........A ..C.....A. .......... ...G...... ........C. .......... .......... .....C.... ...C......   [1691]
Anemopsis            .T.......A .........A .......... .......... .......... .......... ..A....... .......... .......... ...C......   [1633]
Houttuynia           .........A .........A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1669]
Saururus             .........A .........A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...C.C....   [1691]
Lactoris             .........A .........A .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... .......... .A.C...G..   [1667]
Aristolochia         .T.......A .G.......A .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........C. .A........   [1690]
Thottea              .T.......A ....CG...A .......... .G.....G.. .......... .......... .G........ .......... .......... .A........   [1606]
Asarum               .........A .........A .......... .......... .......... .......... ..A.C..... .......... .......... ..........   [1690]
Sauruma              C........A .........A .......... .......... .......... .......... ..A.C..... .......... .......... ..........   [1691]
Ceratophyllum_dem    .........A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...C......   [1587]
Ceratophyllum_sub    ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1348]
Ascarina             .........A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1595]
Chloranthus          .......A.A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1673]
Hedyosmum            .........A G......... ..C....... .......... .......... .......... .......... .......... .....C.... ...C......   [1690]
Sarcandra            .........A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1590]
Nymphaea             CA......GA .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........G. ...C......   [1692]
Nuphar               CA......GA .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........G. ..........   [1388]
Brasenia             CA.......A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........G. ...C......   [1661]
Cabomba              ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1183]
Amborella            C........A .......... .......... ....A..... .......... .......... ..A.G..... .......... .......... .A........   [1689]
Illicium             .........A .......... .......... ....A..... .......... ......A... .......... .......... ..G....... ..........   [1683]
Kadsura              .........A .......... .......... ....A..... .......... .......... .......... .......... ..G....... ..........   [1625]
Schisandra           .T.......A .......... ........-. ....A..... .......... .......... .......... .......... ..G....... ..........   [1686]
Trimenia             ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1427]
Austrobaileya        .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... ..........   [1690]
Cycas                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1401]
Zamia                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1397]
Ginkgo               CT......GA ....C....T .......... ....A..... .......... ...A...... .......... .....A.... .......... ..........   [1618]
Metasequoia          CT........ ...A.G.... .......... ....A..... .......... ...AAG.... .......... .......... .....C...T ..........   [1546]
Podocarpus           ---....AY- ....C.A..A .......... ....A..... .......... ...AAG...C .......... .......... .........T ..........   [1606]
Pinus                C......AGA ....C.G..T .......... ....A..... .......... C..AAG.... .......... .......... .........T ...C......   [1684]
Gnetum               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1180]
Welwitschia          GT----..AS M.A.TC...D .......... ....A..... .......... ...ACT.... .......... .......... .........T .A.A......   [1607]

[                             1710       1720       1730       1740       1750       1760       1770       1780       1790       1800]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             AATGGAAGTG ATTGACACGG GAGCTCCTCT AAGTGTTCCA GTCGGTGGAG CTACTCTCGG ACGAATTTTC AACGTTCTTG GAGAGCCTGT TGATAATTTA   [1791]
Liriodendron         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1794]
Degeneria            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1763]
Galbulimima          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .G........ ..........   [1763]
Eupomatia            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .G........ ..........   [1763]
Annona               ---------- ---------- -......... .......... .....C.... .G........ .......... .....G..C. ........A. ..........   [1479]
Asimina              ......G... .......... ....C..... .......... .....C..G. .......... .......... .......... .G........ ..........   [1737]
Cananga              ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1431]
Polyalthia           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1408]
Knema                .......... .......... .......... .......... ..T....... .......... .......... .......... .G........ ..........   [1762]
Myristica            .......... .......... .......... .......... ..T....... .......... .......... .......... .G........ ..........   [1790]
Mauloutchia          .......... .......... .......... .......... ..T....... .......... .......... .......... .......... ..........   [1732]
Belliolum            .......... .......... ....C..... .......... ........G. ....A..... .......... ..T....... ....A..... ..........   [1763]
Drimys               .......... .......... ....C..... .......... ........G. ....A..... .......... ..T....... ....A..... ..........   [1788]
Tasmannia            .......... .......... ....C..... .......... ........G. ....A..... .......... ..T....... .......... ..........   [1754]
Takhtajania          .......... .......... ....C..... .......... ........G. ....A..... .......... ..T....... .......C.. ..........   [1755]
Canella              .......... .......... ....C..... .........G ........G. .......... .......... .......... ........A. ..........   [1762]
Cinnamodendron       .......... .......... ....C..... .........G ..T..G..G. .......... .......... .......... .......... ..........   [1790]
Calycanthus          .......... ........A. .......... ...C.....C .......... ....G..T.. .......... .......... .......... ..........   [1791]
Chimonanthus         .......... ........A. .......... ...C.....C .......... ....G..T.. .......... .......... .......... ..........   [1783]
Idiospermum          G......... .......... .......... ...C.....C .......... ....G..T.. .......... .......... .......... ..........   [1763]
Hedycarya            .......... .......... .......... ...C...... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1763]
Palmeria             .......... .......... .......... ...C...... ..T....... .......... .......... .......... .......... ..........   [1781]
Peumus               .......... .......... .......... ...C...... ..T....... .......... .......... .......... .......... ..........   [1764]
Siparuna             ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Atherosperma         .......... .......... .G........ ...C...... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1783]
Daphnandra           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Doryphora            ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Gomortega            .......... .......... .G........ ...C...... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1765]
Gyrocarpus           .......... .......... ....C..... ...C...... .......... .......... .......... .......... .G........ ..........   [1765]
Cryptocarya          .......... .......... .......... ...C...... ..G....... .......... .......... .......... .......... ..........   [1765]
Cinnamomum           ......G... .......... .......... ...C...... ..G....... .......A.. .......... .......... .......... ..........   [1763]
Laurus               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1370]
Dicentra             .......... .......... .......... .......... .......... .A........ .......... .......... ........T. GATA.T..GG   [1774]
Sanguinaria          .......... .......... ....C..... .......... ........G. .G........ .......... .......... .......... ..........   [1772]
Euptelea             .......... .......... .......... .......... .......... .G........ .......... .......... .......... ..........   [1763]
Mahonia              .......... .......... ...T...... .........G ..T....... .G........ .......... .......... ....A..C.. ..........   [1783]
Podophyllum          .......... ........A. .....G.... .......... .....C.... .G........ .......... .......... ....A..... ..........   [1706]
Lardizabala          ....A..... .......... .......A.. .......... .......... .A.....T.. .......... .......... .......... ..........   [1735]
Akebia               ....A..... .......... .......A.. .......... .......... .G.....T.. .......... ..T....... .......... ..........   [1725]
Cissampelos          .......... ........A. .......... .......... .......... .A........ ...C...... ..T....... ....A..C.. ..........   [1731]
Cocculus             .......... ........A. .......... .......... .......... .A........ ...C...... .......... ....A..... .........G   [1783]
Ranunculus           .......... ........A. .......... .........G ..T..G.... .G........ .......... .......... .......... .........-   [1757]
Xanthorhiza          .......... .......... .......... G......... .......... .G........ .......... ..T....... ....A..... .........G   [1728]
Sargentodoxa         ....A..... .......... .......A.. .......... .......... .......T.. .......... .......... .......... ..........   [1694]
Nelumbo              .......... .......... .......... .......... .......... .G........ .......... .......... ....A..... ..........   [1774]
Platanus             .......... .......... .......... .......... .......... .G........ .......... ..T....... ....A..... ..........   [1751]
Petrophile           .......... ...A...... .G........ .........G .......... .G........ .......... ..T....... ....A...A. ..........   [1767]
Persoonia            .......... .......... .......... .......... ........G. .G........ .......... ..T....... ....A..... ..........   [1784]
Grevillea            .......... .......... .......... .......... .......... .A........ .........T ..T....... ....A..... ..........   [1714]
Sabia                ....C..... .......... .......... .......... .......... .G.....T.. .......... ..T....... .-........ ...-......   [1583]
Meliosma             ......C... .......... .......... .......... .......... .A........ .......... .......... .......... ..........   [1582]
Tetracentron         .C........ .......... .......... .......... .......... .G........ .......... .......... .......... ..........   [1790]
Trochodendron        .C........ .......... .......... .......... .......... .G........ .......... .......... .......... ..........   [1771]
Buxus                .......... .........C .......... .......... .......... .G........ ...T...... .......... .......... .........G   [1735]
Sarcococca           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1373]
Pachysandra          G......... .......... .......... .......... .......... .A........ .......... .......... .......... ..........   [1782]
Didymeles            .......... .......... .......... .......... .....C.... .G........ .......... .......... .G........ ..........   [1779]
Dioscorea            ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- -----..... ..........   [1413]
Croomia              .......... .......... .......... .......... .....C.... .......... .......... ........C. ....A..... ..........   [1749]
Carludovica          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1370]
Asparagus            .........A .......... .......... .........G ..T..C.... .......T.. G......... ..T....... .......... ..........   [1789]
Orontium             .......... .......... .......... .......... .......... .C.....T.. .......... .......... .......C.. ....G.....   [1783]
Spathiphyllum        .......... .....T..A. A......... C......... ..T....... .......... .......... ..T....... ........A. ..........   [1746]
Alisma               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1183]
Potamogeton          .....C...T .....T.... .......AT. .........G .......... .......... G......... .......... .......C.. ...C......   [1785]
Triglochin           .......... .......... .......... .......... .......... T......G.. G......... .......... .G.....C.. ..........   [1501]
Pleea                .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1776]
Tofieldia            .......... ........A. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1794]
Acorus_cal           .......... .......... .....G.... .......... .......... .......... .A........ .......... .G.....C.. ..........   [1782]
Acorus_gra           .......... .......... .....G.... G......... .......... .......... .A........ .......... .G.....C.. ..........   [1619]
Peperomia            G........A ........C. .GT....... .........G ..T....... .......A.. .......... .......... ....A..... ..........   [1791]
Piper                .........A .......... ..A....... .......... .......... .......A.. .......... .......... .......C.. ..........   [1791]
Anemopsis            .......... .......T.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1733]
Houttuynia           .......... .......... .....G.... .......... .......... .......... G......... ........-- ---------- ----------   [1747]
Saururus             .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1791]
Lactoris             G......... .......... .G........ .......... ..T..C.... .......... .........T ..T....... ....A..... ..........   [1767]
Aristolochia         G......... .......... .G........ .........G ..T....... .......A.. .......... ........C. .G........ ..........   [1790]
Thottea              .......... .......... .G...G.... .........G .......... .......... .......... ........G. .G........ ..........   [1706]
Asarum               .......... .......... .......... .......... .......... .G........ .......... .......... .G..A..... ..........   [1790]
Sauruma              .......... .......... .......... .......... .......... .G........ .......... .......... .G..A..... ..........   [1791]
Ceratophyllum_dem    .........T .......... .......A.. .......... .....C.... .C.....A.. .......... ..T....... .G..A..C.. ..........   [1687]
Ceratophyllum_sub    ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1348]
Ascarina             .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .........G   [1695]
Chloranthus          .......... .......... .......C.. .......... ..T....... .......... .......... .......... .......... .........G   [1773]
Hedyosmum            .......... .......... ..A....... .......... ..T....... .......... .......... .......... ....A..... ..........   [1790]
Sarcandra            .......... .......... .......... .......... ..T....... .......... .......... .......... .......... .........G   [1690]
Nymphaea             .......... .......... .......... .......... .......... .C.....A.. .......... ..T....... ....A..... ..........   [1792]
Nuphar               .......... .......... .......... .......... .......... .C.....A.. .......... ..T....... ....A..... ..........   [1488]
Brasenia             .......... ........A. .......... .......... .........T GC.....A.. .......... ..T....... ....A..... ..........   [1761]
Cabomba              ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ------.... ..........   [1197]
Amborella            .......... .......... .......... .......... ..T..C.A.. .......... .......... .......... ....A..A.. ..........   [1789]
Illicium             .......... .....T.... .G........ .......... .........T .C........ .......... -......... .......... ..........   [1782]
Kadsura              .......... .....T.... .......... .......... ..T......T .C........ ...C...... .......... .......... ..........   [1725]
Schisandra           .......... .....T.... .......... .......... ..T......T .C........ ...C...... .......... .......... ..........   [1786]
Trimenia             ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- -----G.... .G........ ..........   [1452]
Austrobaileya        .........A .....T.... .......... .......... .......... .......G.. .......... .......... .G..A..... ..........   [1790]
Cycas                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1401]
Zamia                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1397]
Ginkgo               ....A..... ........A. .......... G......... ..T....... .......T.. .......... ..T....... ....A..... C.........   [1718]
Metasequoia          ....AG...A .....T..A. ...G...A.. T......... ..T....A.A .......... GA.......T ..T....... .-..A..C.. ......C...   [1645]
Podocarpus           ....AG...T .....T.... .G....TCT. .........G ..T......A .......T.. .........T ..T....... ....A..... ...CG.....   [1706]
Pinus                ....AG.... .......... .......... .......... ..T....... .......... .......... ..T....... ....A..... C........G   [1784]
Gnetum               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1180]
Welwitschia          ....A....T .......... .......... .........C ..A..AAA.. .......G.. .......... ..T....... ....A..... ..........   [1707]

[                             1810       1820       1830       1840       1850       1860       1870       1880       1890       1900]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             GGGCCTGTAG ATACTCGCAC AACATCTCCT ATTCATAGAT CTGCGCCTGC TTTTATCCAG TTAGATACCA AATTATCAAT CTTTGAAACA GGGATTAAAG   [1891]
Liriodendron         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1894]
Degeneria            .......... .......... .......... .........C .C........ C......... .......... .....G.... .......... ..........   [1863]
Galbulimima          .......... .......... .......... .......... .C........ .......... .......... .......... .......... ..........   [1863]
Eupomatia            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1863]
Annona               .....C.... .......... ......C... .......... .......C.. .....CT... .......... .......... .......... ..........   [1579]
Asimina              .......... .......... ......C... .......... .......... .....CT... .......... ....T..... .......... ..........   [1837]
Cananga              ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1431]
Polyalthia           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1408]
Knema                ..A....... .......... .......... .......... .A........ .......... .......... .......C.. .......... ..........   [1862]
Myristica            ..A....... .......... .......... .......... .A........ .......... .......... .......C.. .......... ..........   [1890]
Mauloutchia          ..A....... .......... .......... .......... .A........ .......... .......... .......C.. .......... ..........   [1832]
Belliolum            ..T....... .......T.. ..G....... ........G. .......... .......... ........A. G......T.. .......... ..........   [1863]
Drimys               ..T....... .......... .......... ........G. .......... .......... ........A. G......C.. .......... ..........   [1888]
Tasmannia            ..T....... .......... .......... ........G. .......... .......... ........A. G......T.. .......... ..........   [1854]
Takhtajania          ..T....... .......... .......... ........G. .......... .......... ........A. G......T.. .......... ..........   [1855]
Canella              ..T....C.. .......... .......... .......... .C........ .......... .......... .......T.. .........G ..........   [1862]
Cinnamodendron       ..T....... .......... .......... .......... .C........ .......... .......... .......T.. .........G ..........   [1890]
Calycanthus          ..T....... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1891]
Chimonanthus         ..T....... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1883]
Idiospermum          ..T....... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1863]
Hedycarya            ..T....... .......... .......... .......... .C........ .......... .......... .......C.. .......... ..A.......   [1863]
Palmeria             ..T....... .......... .......... .......... ..T....... .......... .......... .......C.. .......... ..........   [1881]
Peumus               ..T....... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......C.. .......... ..........   [1864]
Siparuna             ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Atherosperma         ..T....... .......T.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1883]
Daphnandra           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Doryphora            ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Gomortega            ..T....... .......... .......... .......... .......... .......... ........T. .......... .......... ..........   [1865]
Gyrocarpus           ..C....... .......... ......C... .........C .......... .......... ........A. .......C.. .........G ..........   [1865]
Cryptocarya          ..T....... .......... .......... .......... .......... .......... ........A. .......... .......... ..........   [1865]
Cinnamomum           ..T....... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1863]
Laurus               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1370]
Dicentra             .--------- ---------- ----..CTG. .GATC.C... .......... C.....A..A .......... .......T.. T........C ..........   [1851]
Sanguinaria          ..T....... .......... .......... .......... .......C.. C.....AG.A .......... .......T.. T......... ..........   [1872]
Euptelea             ..TG...... .......... .......... .......... .......... C.....A... .......... .......T.. T......... ..........   [1863]
Mahonia              ..T....... .......... .......... .......... .......... C.....A... .......... .......T.. T......... ..........   [1883]
Podophyllum          .......... ....G..... .......... .......... .......... ......A... .......... .......T.. T......... ..A.......   [1806]
Lardizabala          ..T....... ....??.... ??........ .......... .......... C.....A... ........A. .......T.. T......... ..........   [1835]
Akebia               .????????? ??????.... ????...... ..G....... .......... C.....A... ........A. .......T.. T......... ..C.......   [1825]
Cissampelos          ..T....... ...G...... .......... ........G. .......C.. C.....A... ........A. .......T.. T......... ..A..A....   [1831]
Cocculus             ..T....... ...G...T.. .......... ........G. .......... C.....A... ........A. .......T.. T......... ..A.......   [1883]
Ranunculus           ---....... .......... .......... .......... .C........ C.....A... ........T. .......T.. T........G ........G.   [1854]
Xanthorhiza          ..T....... .......... .......... .......... .......... C.....A... .......... .......T.. T........G ......-...   [1827]
Sargentodoxa         ..T....... .......... .......... .......... .......... C.....A... ........A. .......T.. T......... ..A...-...   [1793]
Nelumbo              ..T....... ......T... .......... .......A.. .......... ......A... .......... .......T.. T......... ..A.......   [1874]
Platanus             ..T-..---- ---.G.A..- ---....... .......... .......... ......A... .......... .......T.. T......... ..A.....G.   [1839]
Petrophile           ..T....... .......... .......... .......... .C........ C.....A... .......... .......T.. T......... ..A.....G.   [1867]
Persoonia            ..T....... .......... .......... .......... .C........ C.....A... .......... .......T.. T......... ..A.....G.   [1884]
Grevillea            ..T....... ....C..... .......... .......... .C.....C.. C.....A... .......... .......T.. T......... ..A.....G.   [1814]
Sabia                ..T.....C. .......... ......C... .......... .......... C.....A... .......... .......T.. T......... ..A.G.....   [1683]
Meliosma             ..T....... .......... ......C... .......... .C........ C.....A... .......... .......C.. T......... ..A.......   [1682]
Tetracentron         ..T-.----- ---------- -----..GT. .......... .......... C.....A... .......... .......T.. T......... ..A.......   [1869]
Trochodendron        ..T.....C. .......... .......... .......... .......... C.....A... .......... .......C.. T......... ..A.......   [1871]
Buxus                .TC-...... .......... .......... ..G....... .......... C.....A... .......... .......T.. T......... ..A.....G.   [1834]
Sarcococca           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1373]
Pachysandra          C--------- ---------- ----...... .......... .......... C.....A... .......... .......C.. T...-..... ..A.......   [1858]
Didymeles            ..T.....T. ...T...... .........C .......... ....C..... -.....A... .......... .......T.. T......... ..A.......   [1878]
Dioscorea            .......... .......T.. .......... .......... .......... C.....A... ........G. .......... .......... ..........   [1513]
Croomia              ..T....... .......... ......C... .......... .C.....C.. C.....A... ........T. .......T.. .......... ..A.......   [1849]
Carludovica          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1370]
Asparagus            ..T....... .......T.. .......... .......... .C........ C.....A... ........A. .......... .......... ..........   [1889]
Orontium             ..T....... .....TC... .......... .......... .C..A..... C.....A... ........G. ....C..... .........C ..........   [1883]
Spathiphyllum        ..C..G.... .....A.T.. ....CT.... .......... ....A..... ......AG.A ........A. .......T.. .........C ..T.......   [1846]
Alisma               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1183]
Potamogeton          ..T..G.... .......... ......C..G .......... ....A..... C.....A... ........G. .......... .........T ..T.......   [1885]
Triglochin           ..T...C... .......... .......... .......... .......... C.....A... ........A. ..C....... .......... ..........   [1601]
Pleea                ..T....... .......... .......... .......... .......... C.....A... ........G. .......... .......... ..........   [1876]
Tofieldia            ..T....... .......... .......... .......... .......... A.....A... ........T. .......... T......... ..........   [1894]
Acorus_cal           ..C....... .......... .......... .......... .......... A.....A... ........G. .......... .......... ..C.......   [1882]
Acorus_gra           ..C....... .......... .......... .......... .......... A.....A... ........G. .......... .......... ..C.......   [1719]
Peperomia            ..T....... .......T.. ......C..C .......A.. .......... .......... .......... .......T.. T......... ..T.......   [1891]
Piper                ..T....... .......T.. .........C .......... .......... .......... .......... .......T.. T......... ..........   [1891]
Anemopsis            ..T....... .......T.. .........C .......... .......... .......... .......... .......T.. .......... ..........   [1833]
Houttuynia           ---------- ---------- -------..C .......... .G.....C.. .......... .......... .......C.. .......... ..........   [1820]
Saururus             ..T....... .......T.. .........C .......... .......... .......... .......... .......C.. .......... ..........   [1891]
Lactoris             ..T..C.... .......... .......... .......... .C........ .......... .......... .......T.. .......... ..........   [1867]
Aristolochia         ..T....... .......T.. .....T.... .......... .C........ .......... .......... .......T.. .......... ..........   [1890]
Thottea              ..T....... .....A.... .......... .......... .C........ .......... .......... .......C.. .......... ..........   [1806]
Asarum               ..T....... .......... ......C... .......... .C........ .......... .......... G......C.. .......... ..........   [1890]
Sauruma              ..T....... .......... .......... .......... .C........ .......... .......... G......C.. .......... ..........   [1891]
Ceratophyllum_dem    ..T....... ....C..... ..A....... .......... .......... C.....A... ..G....... .......C.. T........C ..........   [1787]
Ceratophyllum_sub    ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1348]
Ascarina             ..T....... .......... .......... .......... .......... C.....A... ........A. .......C.. .......... ..........   [1795]
Chloranthus          ..T....... .......... .......... .......... .......... C.....A... ........A. ....C..T.. .......... ..........   [1873]
Hedyosmum            ..T....... .......T.. ......C... .......... .......... C.....A... .......... .......C.. .......... ..........   [1890]
Sarcandra            ..C....... .......... ......C... .......... .......... C.....A... ........A. .......C.. .......... ..........   [1790]
Nymphaea             ..T....... .......... .......... .......... .C..A..C.. .....CA..A .......... .......... .......... ..C.......   [1892]
Nuphar               ..T....... .......... .......... .......... .C..A..C.. ......A... .......... .......... .........G ..C.......   [1588]
Brasenia             ..T....... .......... ......C... .......... .C..A..C.. C.....A... ........A. .......... .........G ..C..A....   [1861]
Cabomba              ..T....... .......... ......C..C .......... .C..A..C.. ......A... ........-C .......... .........G .....A....   [1296]
Amborella            ..T....... .......... .......... .......... .......... C.....A... .......... .......... .......... ..C.......   [1889]
Illicium             ..T..C.... .....T.... .......... .......... .......... C.....A... .......... ....C..G.. .......... ..........   [1882]
Kadsura              ..T..C..G. .......... .......... .......... .......... C.....A... .......... .......... .......... ..........   [1825]
Schisandra           ..T..C..G. .......... .......... .......... .......... C.....A... .......... .......... .......... ..........   [1886]
Trimenia             ..T..C..C. .......... .......... .......... .......... C.....A... .....G..A. ......T... .........G ..........   [1552]
Austrobaileya        ..T....... .......... .........C .........C .......... C.....A... .......... .......... .......... ..........   [1890]
Cycas                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1401]
Zamia                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1397]
Ginkgo               ..T....... ..G....... ......C... .........C ....T..... C....CG... ..G....... .......... ...C...... ..C.......   [1818]
Metasequoia          ..T....... ..G...T... .......... .......... ....T..C.. C....CA... ..G....... .......... .......... ..C.......   [1745]
Podocarpus           ..T....... ..G..A.... ..GG...... .........C ....T..C.. C....CG... .......... ....T..... .......... ..T.......   [1806]
Pinus                ..T....... ..G..G...T .......... .........C ....T..C.. C....CAG.. ..G.....A. .......C.. ...C...... ..C.......   [1884]
Gnetum               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1180]
Welwitschia          ..T....... .A..AGA..A .......... ......C.G. .C..T...A. C...CCAG.. ..G....... -...GG.T.. T......... ..T..A....   [1806]

[                             1910       1920       1930       1940       1950       1960       1970       1980       1990       2000]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             TGGTGGATCT TTTAGC-TCC TTATCGCCGT GGAGGAAAAA TCGGACTATT CGGGGGAGCT GGAGTGGGTA AAACAGTACT CATCATGGAA TTGATCAACA   [1990]
Liriodendron         .......... ......-... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1993]
Degeneria            .......... ......-... ......T... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1962]
Galbulimima          .......... ......-... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1962]
Eupomatia            .A........ ......-... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1962]
Annona               ....A..... ......-... .........C .......... .......... ......G... ..G....... .......... .......... ..........   [1678]
Asimina              .......... ......-... .......... .......... .......... T......... ..G....... .......... .......... ..........   [1936]
Cananga              ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1431]
Polyalthia           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1408]
Knema                .......... ......-... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1961]
Myristica            .......... ......-... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1989]
Mauloutchia          .......... ......-... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1931]
Belliolum            .......... ......-... .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... .......... ..........   [1962]
Drimys               .......... ......-... .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... .......... ..........   [1987]
Tasmannia            .......... ......-... .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... .......... ..........   [1953]
Takhtajania          .......... ......-... .......... .......... .....T.... ...A...... .......... .......... .......... ..........   [1954]
Canella              .......... ......-... .......... .......... .......... .........C .......... .......... .......... ..........   [1961]
Cinnamodendron       .......... ......-... .......... .......... .......... .........C .......... .......... .......... ..........   [1989]
Calycanthus          .......... ......-... ......T... .......... .......... ...A.....C ..G....... .......... .......... ..A.......   [1990]
Chimonanthus         .......... ......-... ......T... .......... .......... ...A.....C ..G....... .......... .......... ..A.......   [1982]
Idiospermum          .......... ......-... ......T... .......... .......... ...A...... ..G....... .......... .......... ..A.......   [1962]
Hedycarya            .......... ......-... ......T... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..........   [1962]
Palmeria             .......... ......-... ......T... .......... .......... .........C ..G....... .......... .......... ..........   [1980]
Peumus               .......... ......-... ......T... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..........   [1963]
Siparuna             ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Atherosperma         ....A..... ......-... ......T... .......... .A........ .......... .......... .......... .......... ..........   [1982]
Daphnandra           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Doryphora            ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Gomortega            .......... ......-... ......T... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1964]
Gyrocarpus           .......... ......-... ......T... .......... ....G..... .......... ..G....... .......... ...T...... ..........   [1964]
Cryptocarya          .......... ......-... ......T... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..........   [1964]
Cinnamomum           ....A..... ......-C.. ......T... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..........   [1962]
Laurus               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1370]
Dicentra             .A........ ......-G.. ......A... ..G..G.... .A........ ...-...... .......... .......... .......... ..........   [1949]
Sanguinaria          .A........ ......-... ......A... ..G....... .A........ T......... .......... .......... T..A...... ..........   [1971]
Euptelea             .A........ ......-... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1962]
Mahonia              .A........ ......-G.. .......... .......... .......... ......G..C .....A.... .......... ...T...... ..........   [1982]
Podophyllum          .A........ ......-... .......... .......... .......... T..A..G... .....A.... ....G..... .......... ..........   [1905]
Lardizabala          .A........ ......-... .......... .......... .T........ ...A...... .......... .......... .......... ..........   [1934]
Akebia               .A........ ......-... .......... .......... .T........ ...A...... .......... .......... .......... ..........   [1924]
Cissampelos          .A........ ......-... .......... .......... .......... .......... .......... .......G.. ...T...... ..........   [1930]
Cocculus             .A........ ......-... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......G.. .......... ..........   [1982]
Ranunculus           .A........ ......-... ......T... .........C ....G..... ......G... .......... ....C..... .......... ..........   [1953]
Xanthorhiza          .A........ ......-... .......... .......... ....G..... ......G... .......... .......... .......... ..........   [1926]
Sargentodoxa         .A........ ......-C.. .......... .......... .T........ .......... .......... .......... .......... ..........   [1892]
Nelumbo              .A..A..... ......-... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..........   [1973]
Platanus             .A........ ......-... C......... .......... .......... .........- ..G....... .......... .......... ..........   [1937]
Petrophile           .A........ ......-... C......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..........   [1966]
Persoonia            .A........ ......-... C......... .......... .......... T......... .....A.... .......... .......... ..........   [1983]
Grevillea            .A........ ......-... C......... .......... .......... ......G... ..G....... .......... .......... ..........   [1913]
Sabia                GA........ ......-... .......... .......... .A........ G......... .......... .......... T......... ..........   [1782]
Meliosma             .A........ ......-... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1781]
Tetracentron         .A........ ...-..-... .......... .......... .-........ .......... .......... .......... .......... ..........   [1966]
Trochodendron        .A........ ......-... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1970]
Buxus                .A........ ......-... .......... .......... .......... .....--... .......... .......... .......... ..........   [1931]
Sarcococca           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1373]
Pachysandra          .A........ ......-... .......... .......... .......... ...-..-... .......... .......... .......... ..........   [1955]
Didymeles            .A........ ......-... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..........   [1977]
Dioscorea            .......... ......-... ......T... ..G....... ....G..... T......... ..G....... .......C.. .......... ..........   [1612]
Croomia              .......... ......-... .......... .......... .......... T..A...... .......... .......... .......... ..........   [1948]
Carludovica          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1370]
Asparagus            .......... ......-... A......... .......... .......... T......... ..C....... .......... .......... ..........   [1988]
Orontium             .A........ ......-C.. .......... .......... .A........ .......... .....A.... .......... .......... ..........   [1982]
Spathiphyllum        .......... ......-... .......... .......... .T...T.... T......... .....A.... .......... T..T...... ..........   [1945]
Alisma               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1183]
Potamogeton          .A........ ......-... ......T... .......... .T.....T.. ......G... .......... .......... .......... ..........   [1984]
Triglochin           .T........ ......-C.. ......T... ........G. .T...T.... T.....G... .......... .......... ...A...... ..........   [1700]
Pleea                .......... ......-... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........T.   [1975]
Tofieldia            ....A..... ......-... .........C .......... .......... T......... .......... .......... .......... ........T.   [1993]
Acorus_cal           ....A..... ......-... .........G .......... .......... T......... .......... .......... .......... ..........   [1981]
Acorus_gra           ....A..... ......-... .........G .......... .......... T......... .......... .......... .......... ..........   [1818]
Peperomia            .A........ ......-... .........C .......... .......... ...A.....C ..G....... ....G..... .......... ..........   [1990]
Piper                .A........ ......-... .......... .......... .......... ...A..G... .......... ....G..... .......... ..........   [1990]
Anemopsis            .......... ......-... .......... .......... .A........ .......... .......... .......... .......... ..........   [1932]
Houttuynia           .......... ......-... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1919]
Saururus             .......... ......-... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1990]
Lactoris             ....A..... ......-... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ........T.   [1966]
Aristolochia         .......... ......-... .......... .......... .T..G..... ...T...... .......... .......... .......... ..........   [1989]
Thottea              .......... ......-... .......... .......... ....G..... ...T...... .......... .......... .......... ..........   [1905]
Asarum               .......... ......-... .......... .......... .......... .......... .......... ....G..... .......... ..........   [1989]
Sauruma              .......... ......-... .......... .......... .......... .......... .......... ....G..... .......... ..........   [1990]
Ceratophyllum_dem    .A..A..... ......-... .......... ..T....... ....C..... .C........ .......... .......... .......... ..........   [1886]
Ceratophyllum_sub    ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1348]
Ascarina             .......... ......-... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1894]
Chloranthus          .......... ......-... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1972]
Hedyosmum            .......... ......-... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..A.......   [1989]
Sarcandra            .......... ......-... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1889]
Nymphaea             .......... ......-G.. ......G... ..G....... .......... .........C .......... .......... .......... ..A.....T.   [1991]
Nuphar               .......... ......-G.. ......G... ..G....... .......... .........C .......... .......... .......... ..A.......   [1687]
Brasenia             .......... ......-G.. ......A... ..G....... .T...T.... T........C .......... .......... .......... ..A.......   [1960]
Cabomba              .A.....C.. ......-G.. ......A... ..G....... .....T.... T........C .......... .......... .......... ..A.......   [1395]
Amborella            .......... ......-... ......T... .......... ....G..... .........C .......... .......... .......... ........T.   [1988]
Illicium             .......... ......-... C......... .......... .......... .........C ..G....... .......... G......... ..........   [1981]
Kadsura              .......... ......-... C......... .....G.... .......... .........C ..G....... .......... G......... ..........   [1924]
Schisandra           .......... ......-... C......... .....G.... .......... .........C ..G....... .......... G......... ..........   [1985]
Trimenia             .......... C.....-... ......T... ..G....... .......... ...A.....C ..G....... .......... .......... ..........   [1651]
Austrobaileya        .......... ......-... .......... .......... .......... .........C ..G....... .......... .......... ..........   [1989]
Cycas                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1401]
Zamia                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1397]
Ginkgo               .......... ......-... ......A... ........G. .......... .......... .......... .......... .........G ..A.......   [1917]
Metasequoia          .A........ ......-... .......... ..G....... .T...T.... .......... .......... .......GT. A..T...... ..A.......   [1844]
Podocarpus           .A........ ......-... ...C..T... ..G..G.... ....G..... ...T..G... .......... .......... G..T.....G ..A.......   [1905]
Pinus                .A..A..... ...G..-... ...C...... ..G....... .T..TT.... T..A...... .......... .......... ...T.....G ..........   [1983]
Gnetum               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1180]
Welwitschia          .A........ ......AC.. ...C...... .......... .A..T..T.. .........C .......... .......... A..T.....G ..A..A....   [1906]

[                             2010       2020       2030       2040       2050       2060       2070       2080       2090       2100]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             ACATTGCCAA AGCTCATGGA GGTGTATCTG TATTTGGCGG AGTAGGCGAA CGTACTCGTG AAGGAAATGA TCTTTACATG GAAATGAAAG AATCTGGAGT   [2090]
Liriodendron         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2093]
Degeneria            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2062]
Galbulimima          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2062]
Eupomatia            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....C.....   [2062]
Annona               .......... ......C..G .......... .G........ .......... .......... .......... ........C. .......... ..........   [1778]
Asimina              .......... ......C... .......... .........C .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2036]
Cananga              ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1431]
Polyalthia           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1408]
Knema                .......... .......... .......... .......... ...G...... .......... .......... .......... .......... .......G..   [2061]
Myristica            .......... .......... .......... .......... ...G...... .......... .......... .......... .......... .......G..   [2089]
Mauloutchia          .......... .......... .......... .......... ...G...... .......... .......... .......... .......... ....C..G..   [2031]
Belliolum            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....C.....   [2062]
Drimys               .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....C.....   [2087]
Tasmannia            .......... .......... .......... .......... .......... ........C. .......... .......... .......... -...C.....   [2052]
Takhtajania          .......... .........G .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....C.....   [2054]
Canella              .......... .......... .......... .......... C......... .......... .......... .......... .......... ....C.....   [2061]
Cinnamodendron       .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....C.....   [2089]
Calycanthus          .......... G......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2090]
Chimonanthus         .......... G......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2082]
Idiospermum          .......... G......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2062]
Hedycarya            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....C.....   [2062]
Palmeria             .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....C.....   [2080]
Peumus               .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....C.....   [2063]
Siparuna             ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Atherosperma         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .G..C.....   [2082]
Daphnandra           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Doryphora            ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Gomortega            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....C.....   [2064]
Gyrocarpus           .......... .........G .....G..C. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2064]
Cryptocarya          .......... .......... ........C. .......... .......... ..C....... .......... .......... .......... ....C.....   [2064]
Cinnamomum           .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....C.....   [2062]
Laurus               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1370]
Dicentra             .......... .........G ........C. .......-C. .......... .......... ....G..... C......... .......... .G........   [2048]
Sanguinaria          .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....G..... .......... .......... .G........   [2071]
Euptelea             .......... .......... ..C....... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2062]
Mahonia              .......... G........G ..C.....C. .C........ .......... .......... .......C.. .......... .......... ....G.....   [2082]
Podophyllum          .......... .......... ..G.....C. .......... .......... .......... ....C..C.. .......... .......... ..........   [2005]
Lardizabala          .......... .........G .......... .......... ......T... .......... .......... .......... .......... ..........   [2034]
Akebia               .......... .........G .......... .......... ......T... .......... .......... .......... .......... ....G.....   [2024]
Cissampelos          .......... .........C ..C.....C. .......A.. ...T..G... .......... .......... .......... .......... ..........   [2030]
Cocculus             .......... .........C ..C.....C. .......... ...T...... .......... .......... .......... .......... ..........   [2082]
Ranunculus           .......... .......... ........C. .......A.. ...G...... ..G....... .......... .......... .......... ....C..G..   [2053]
Xanthorhiza          .......... .......... ........C. .......... ...G...... ........C. .......... .......... .......... ....C.....   [2026]
Sargentodoxa         .......... .........G ........C. .......... ......T... .......... .......... .......... .......... ..........   [1992]
Nelumbo              .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........G. ..........   [2073]
Platanus             .......... .........C .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2037]
Petrophile           .......... ...G.....T .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2066]
Persoonia            .......... ...G.....C ........C. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2083]
Grevillea            .......... ...G.....C .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2013]
Sabia                .......... .........G .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1882]
Meliosma             .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1881]
Tetracentron         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2066]
Trochodendron        .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2070]
Buxus                .......... .........G ........C. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2031]
Sarcococca           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1373]
Pachysandra          .......... ...G...... .......... .......-.. ...--.GCG. .......... .......... .......... ......-... ..........   [2051]
Didymeles            .......... .......... ........C. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .-........   [2076]
Dioscorea            .......... .........G ........C. .......... .......... .......... .......... .........A .......... ..........   [1712]
Croomia              .......... .........G ..C.....C. .......... ...G...... .......... .......... ...C...... .......... ....C.....   [2048]
Carludovica          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1370]
Asparagus            .......... .......... ..C.....C. .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... ....C..G..   [2088]
Orontium             .......T.. .........G ........C. .......T.. .......... .......... .......... .......... .......... ....C.....   [2082]
Spathiphyllum        .T.....T.. .........G ..C.....C. .......T.. ......G... .......... .......... ...C..T... .........C ....C..G..   [2045]
Alisma               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1183]
Potamogeton          .......T.. .........G .......... .......T.. .........G ..G....... .......... .......... .......... ....C.....   [2084]
Triglochin           .......T.. .........G ........C. .......T.. .........G ..G....... .......... .......... .......... ..........   [1800]
Pleea                .......T.. ...C.....G .......... .......T.. .......... .......... .......... C......... .......... ..........   [2075]
Tofieldia            .......T.. ...C.....G .......... .......T.. .......... ........C. .......... C......... .......... ..........   [2093]
Acorus_cal           .......... ...G...... ........C. .......... .........G .......... .......... .......... .......... ....C.....   [2081]
Acorus_gra           .......... ...G...... .......... .......... .........G .......... .......... .......... .......... ....C.....   [1918]
Peperomia            .......... .........G ........C. .......... .........G ..C....... .......... .........A ........G. .T..G..G..   [2090]
Piper                .......... .........G ........C. .......... .........G ..C....... .......... .........A ........G. ....C.....   [2090]
Anemopsis            .......... ......C..G ........C. .......... .......... .......... .......... .......... ........G. ....C.....   [2032]
Houttuynia           .......... .........T ........C. .......... .......... .......... .......... .......... ........G. ....C.....   [2019]
Saururus             .......... .........G ........C. .......... .......... .......... .......... .......... ........G. ....C.....   [2090]
Lactoris             .......... ......C... ........C. .......... .........G ..C....... .......... .......... .......... ....C.....   [2066]
Aristolochia         .......... .......... ........C. .......T.. ...G...... .......... .......... .......... .......... ....C.....   [2089]
Thottea              .T........ .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....C.....   [2005]
Asarum               .......... .......... .....G..C. .C........ .......... .......... .......... .......... .......... ....C..T..   [2089]
Sauruma              .......... .......... .....G..C. .C........ .......... .......... .......... .......... .......... ....C..T..   [2090]
Ceratophyllum_dem    .......... ......C... ........C. .......... .......C.. .......... .......... .......... .......... ....A.....   [1986]
Ceratophyllum_sub    ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1348]
Ascarina             .......... .........G ........C. .......A.. .......... .......... .......... .......... .......... ....C.....   [1994]
Chloranthus          .......... .........G ........C. .......A.. .......... .......... .......... .......... .......... ....C.....   [2072]
Hedyosmum            .......... .......... .......... .......A.. .......... .......... .......... .......... .......... ....C..G..   [2089]
Sarcandra            .......... .........G ........C. .......A.. .......... .......... .......... .......... .......... ....C.....   [1989]
Nymphaea             .......... .........G .......... ....C..... ......A... ..C....... .......... .......... .......... ....C..G..   [2091]
Nuphar               .......... .........G .......... ....C..... ......A... ..C....... .......... .......... .......... ....C..G..   [1787]
Brasenia             .......... .........G ........C. ....C..... ......A... ..C....... .......... .......... .......... ....C..G..   [2060]
Cabomba              .......... .........G ........C. ....C..... ......A... ..C....... .G........ .......... .......... ....C..G..   [1495]
Amborella            .......... ......C... .......... .......... ......A... .......... .......... .......... .......... ....C.....   [2088]
Illicium             .......... .........G .......... ...C...T.. ......T... .......... .......... .......... .......... ....C.....   [2081]
Kadsura              .......... .........G .......... .......T.. ......T... .......... .......... .......... .......... ....C.....   [2024]
Schisandra           .......... .........G .......... .......T.. ......T... .......... .......... .......... .......... ....C.....   [2085]
Trimenia             .......... .......... .......... .......T.. .........G .......... .......... .......... .......... ....C.....   [1751]
Austrobaileya        .......... .......... ........C. ...C...... .......... .......... .......... .......... .......... ....C.....   [2089]
Cycas                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1401]
Zamia                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1397]
Ginkgo               .......T.. G......... .......... .......... ......G... .......... ....G..... .......G.. .......... ....A.....   [2017]
Metasequoia          .......T.. G......... .....T.... .......... ......A... .....C.... .......... .......CC. .......... ....G.....   [1944]
Podocarpus           .......T.. G.....C... ..C....... .....A.T.. G..G..A..G .....C..C. .......... ......T... .......... ....G.....   [2005]
Pinus                .......T.. G......... ..G....... .......A.. ......A... .....C.... ....G..... .......... .......... ....G.....   [2083]
Gnetum               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- --........ .......... .......... .......... ....C..C..   [1228]
Welwitschia          .T.....T.. ......C... ........C. .T.....T.. ......A... .....C.... .......... Y......... .........C ....C.....   [2006]

[                             2110       2120       2130       2140       2150       2160       2170       2180       2190       2200]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             GATTAATGAA CAAAATATTG CAGAATCAAA AGTGGCTCTA GTCTATGGTC AGATGAATGA ACCGCCGGGA GCTCGTATGA GAGTTGGTTT GACTGCCCTA   [2190]
Liriodendron         .......... .......... .......C.. ...A...... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2193]
Degeneria            .......... .......... .......C.. ...A...... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2162]
Galbulimima          .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2162]
Eupomatia            .......... .......... A......... ...A...... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2162]
Annona               .......... A......... .......... ...A...... ........G. .......... .......... .......... .......... ..........   [1878]
Asimina              .......... .....A.... .......C.. ...A...... ........G. .......... ......A... .......... .......... ..........   [2136]
Cananga              ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1431]
Polyalthia           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1408]
Knema                .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2161]
Myristica            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2189]
Mauloutchia          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2131]
Belliolum            T......... G......... .......... ...A...... ...C...... .......... .......... .......... .......... A.........   [2162]
Drimys               T......... G......... .......... ...A...... ...C...... .......... .......... .......... .......... A.........   [2187]
Tasmannia            T......... G......... .......... ...A...... ...C...... .......... .......... .......... .......... A.........   [2152]
Takhtajania          T......... G......... .......... ...A...... ...C...... .......... ..-------- ---------- ---------- ----------   [2116]
Canella              T......... G.G....... .......... ...A...... .......... .......... ...A...... .......... .......... ..........   [2161]
Cinnamodendron       T......... G......... .......... ...A...... .......... .......... ...A...... .......... .......... ..........   [2189]
Calycanthus          .......... .......... .......... ...A...... ...C....C. .......... .......... .......... .......... ..........   [2190]
Chimonanthus         .......... .......... .......... ...A...... ...C....C. .......... .......... .......... .......... ..........   [2182]
Idiospermum          .......... .......... .G........ ...A...... ...C....C. .......... .......... .......... .......... ..........   [2162]
Hedycarya            .......... .......... .......C.. ...A...... ...C....A. .......... .......... .......... .......... ..........   [2162]
Palmeria             .......... .......... .......C.. ...A...... ...C....A. .......... .......... .......... .......... ..........   [2180]
Peumus               .......... .......... .......C.. ...A...... ...C....A. .......... .......... .......... .......... ..........   [2163]
Siparuna             ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Atherosperma         .......... .......... .......... ...A...... ...C....C. .......... ...A...... .......... .......... ..........   [2182]
Daphnandra           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Doryphora            ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Gomortega            .......... .......... .......C.. ...A...... ...C....C. .......... .......... .......... .......... ..........   [2164]
Gyrocarpus           .......... G......... .......... ...A...... .....C..A. .......... ......A... .......... .......... ..........   [2164]
Cryptocarya          .......... .......... .......... ...A...... ...C....A. .......... .......... .......... .......... ..........   [2164]
Cinnamomum           .......... .......... .......C.. ...A...... ...C....A. .......... .......... .......... .......... ..........   [2162]
Laurus               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1370]
Dicentra             .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... .......... .......... .G........ ..........   [2148]
Sanguinaria          .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2171]
Euptelea             .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2162]
Mahonia              .......... .......... .......... ...C..C... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2182]
Podophyllum          T......... ..G....... .......... ...A..C... .......... .......... .........G .......... .......... ..........   [2105]
Lardizabala          A......... .........C .......T.. ...A...... ..T....... .......... .......... .......... .......... ......T...   [2134]
Akebia               A......... .........C .......T.. ...A...... ..T....... .......... .......... .......... .......... ......T...   [2124]
Cissampelos          .......... .......... T......... ...A..A... .......... .......... .......... .....G.... .G........ ..........   [2130]
Cocculus             .......... .......... T......... ...A..A... .......... .......... .......... .....G.... .......... ..........   [2182]
Ranunculus           .......... G......... .G.....G.. ...A...... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2153]
Xanthorhiza          .......... .......... .G........ ...A...... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2126]
Sargentodoxa         .......... .........C .......C.. ...A.....G ..T....... .......... .......... .......... .......... ......T...   [2092]
Nelumbo              .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... .......... ..C....... .......... ..........   [2173]
Platanus             .......... .......... .......... ...A...... ..A....... .......... .......... .......... .......... ..........   [2137]
Petrophile           .......... .......... .......C.. ...A...... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2166]
Persoonia            .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... .......... .......... .......... A..C......   [2183]
Grevillea            .......... .......... .......C.. ...A..C... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2113]
Sabia                .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... ......A... .......... .......... ..........   [1982]
Meliosma             .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1981]
Tetracentron         .......... .......... .......... ...A...... .....C.... .......... .......... .......... .......... ..........   [2166]
Trochodendron        .......... .......... .......... ...A...... .....C.... .......... .......... .......... .......... ..........   [2170]
Buxus                .......... .......... .G........ .......... ..A..C.... .......... .......... .......... .......... ..........   [2131]
Sarcococca           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1373]
Pachysandra          .......... .......... .G........ .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2151]
Didymeles            T......... .......... .......... ...A...... .....C.... .......... .........C .......... .......... ..........   [2176]
Dioscorea            .......... A......... .......... .......... .......... .A........ ...A...... .......... .........G A.........   [1812]
Croomia              .......... A......... .......... G..A...... .......... .A........ .......... .......... .......... ..........   [2148]
Carludovica          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1370]
Asparagus            .......... A......... .......... ...A...... .......... .A........ .......... .......... .......... ......A...   [2188]
Orontium             .......... .....G.... ....C..... ...A...... ........G. .......... .......... .......... .......... ..........   [2182]
Spathiphyllum        .......... A....G...T .......T.. ...A...... .......... .A........ .......... .......... .......... A.........   [2145]
Alisma               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1183]
Potamogeton          A......... .......... .G........ .......... .......... .......... G......... ..A....... .......... ..........   [2184]
Triglochin           A......... .......... .......... .......... .......... .......... G......... .......... .G........ ..........   [1900]
Pleea                T......... G......... .......... ...A...... ..A....... .......... .......... .......... .......... ..........   [2175]
Tofieldia            A......... .......... .......... ...A...... ..A....... .......... .......... .......... .......... ..........   [2193]
Acorus_cal           A......... G....G.... A......T.. ...A...... ..G....... .......... .........C .......... .......... ..........   [2181]
Acorus_gra           A......... G....G.... A......T.. ...A...... ..G....... .......... .........C .......... .......... ..........   [2018]
Peperomia            T.....C... ......C... .......... .......... ..T....... .......... ...T...... .......... .......... .......T..   [2190]
Piper                T.....C... ......C... .......... .......... ..T....... .......... ...T...... .......... .......... .......T..   [2190]
Anemopsis            T......... ......C... .......... ...A...... .......... .......... ...A..T... .......... .......... ..........   [2132]
Houttuynia           T......... ......C... .......... .......... .......... .......... ......T... .......... .......... ..........   [2119]
Saururus             T......... ......C... .......... G......... .......... .......... ...A..T... .......... .......... ..........   [2190]
Lactoris             T......... ......C..A .......C.. ...A...... .......... .......... .......... .......... .......... ......A...   [2166]
Aristolochia         T......... ......C... .......... ...A...... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2189]
Thottea              T......... ......C... .......... ...C...... .......... .......... ...A...... .......... .......... ..........   [2105]
Asarum               T......... ......C... .G.....C.. ...A...... .......... .---A..A.. ......A... .......... .......... ..........   [2186]
Sauruma              T......... ......C... .......C.. ...A...... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2190]
Ceratophyllum_dem    T......... ......C... .......... ...C...T.. .......... .......... ...A...... .......... .......... ..........   [2086]
Ceratophyllum_sub    ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1348]
Ascarina             ...A...... G....C.... .......... ...A...... .......... .......... .......... .......... ....C..... ..........   [2094]
Chloranthus          .......... G....C.... .......... ...A...... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2172]
Hedyosmum            .......... G....C.... .......... ...A...... .......... .......... .T.A...... .......... .......... ..........   [2189]
Sarcandra            .......... G....C.... .......... ...A...... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2089]
Nymphaea             .......... G......... .......T.. ...A...... ..A.....A. .......... .......... .......... ....C..... ..........   [2191]
Nuphar               .......... G......... .G.....C.. ...A...... ..A.....A. .......... .......... .......... ....C..... ..........   [1887]
Brasenia             .......... G......... .......T.. ...A...... ..A.....A. .......... .......... .......... ....C..... ..........   [2160]
Cabomba              .......... G......... .......T.. ...A...... ..A.....A. .......... .......... .......... ....C..... ..........   [1595]
Amborella            .......... .......... .......... ...C...... .......... .......... .......... .....G.... ......T... A.........   [2188]
Illicium             .......... .......... .......... ...A...... .....C.... .......... ......A... .......... .......... ..........   [2181]
Kadsura              .......... .......... .......... .......... .....C.... .......... ......C... .......... .......... ..........   [2124]
Schisandra           .......... .......... .......... .......... .....C.... .......... ......C... .......... .......... ..........   [2185]
Trimenia             .......... .......... .......... ...A..C... .......... .......... ......A... .......... .......C.. ......G...   [1851]
Austrobaileya        .......... .......... .......C.. ...A...... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2189]
Cycas                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1401]
Zamia                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1397]
Ginkgo               A........G .....C..CT .......... ...A.....G .......... .......... ...A..A... .......... .......... A......T..   [2117]
Metasequoia          C......... ........AT .......C.. ...A.....G .......... .......... ...A..A... .......... .......... A.....TT..   [2044]
Podocarpus           C..C.GG... ........AT .......C.. ...A...... ........-. .......... ...A..A... .......... ....C..... A.........   [2104]
Pinus                A...G..... .....A..AT .......... .........G .......... .......... ...A...... .....C.... ....C..... A.....T...   [2183]
Gnetum               A......... ..G....... .......C.. ...A.....G ..T....... .......... ......A... .......... .......... A.........   [1328]
Welwitschia          A......... A.......AA .G.....C.. G..A.....G ..T....... .......... ...A...... .........C .......... T.........   [2106]

[                             2210       2220       2230       2240       2250       2260       2270       2280       2290       2300]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             ACCATGGCGG AATATTTCCG GGATGTTAAT GAACAAGACG TACTTCTATT TATAGACAAT ATCTTCCGTT TCGTTCAAGC AGGATCAGAA GTATCCGCCT   [2290]
Liriodendron         ..T....... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....C..... .......... ..........   [2293]
Degeneria            .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..T....... ....C..... .......... ..........   [2262]
Galbulimima          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....C..... .......... ..........   [2262]
Eupomatia            ..T....... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....C..... .......... ..........   [2262]
Annona               .......... .......... A......... .G....A... .......... .......... ..T....... ....C..... G..G..G... ..........   [1978]
Asimina              .......... .......... A......... .G....-... .......... .......... .......... ....C..... ...G..G... ..........   [2235]
Cananga              ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1431]
Polyalthia           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1408]
Knema                .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....C..... ...G...... ..........   [2261]
Myristica            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....C..... ...G...... ..........   [2289]
Mauloutchia          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....C..... ...G...... ..........   [2231]
Belliolum            .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... ....C..... .......... ..........   [2262]
Drimys               .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... ....C..... .......... ..........   [2287]
Tasmannia            .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... ....C..... .......... ..........   [2252]
Takhtajania          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2116]
Canella              .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... .T..C..... .......... ..........   [2261]
Cinnamodendron       .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... .T..C..... .......... ..........   [2289]
Calycanthus          .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... ....C..... .......... ..........   [2290]
Chimonanthus         .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... ....C..... .......... ..........   [2282]
Idiospermum          .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... ....C..... .......... ..........   [2262]
Hedycarya            .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... ..T....... ....C..... .......... ..........   [2262]
Palmeria             .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... ..T....... ....C..... .......... ..........   [2280]
Peumus               ..T....... .......... .......... .......... .......... ...C...... ..T....... ....C..... .......... ..........   [2263]
Siparuna             ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Atherosperma         .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... ..T....... ....C..... .......... ..........   [2282]
Daphnandra           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Doryphora            ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Gomortega            .......... .......... .......... .......... .......... ...C.G.... ..T....... ....C..... .......... ..........   [2264]
Gyrocarpus           .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... ..T....... ....C..... .......... ..........   [2264]
Cryptocarya          .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... ..T....... ....C..... .......... ..........   [2264]
Cinnamomum           .......... .......T.. .......... .......... .......... ...C...... ..T....... ....C..... .......... ..........   [2262]
Laurus               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1370]
Dicentra             .......... .......... .......... A.....A... .C........ ...C...... ..T....... .T..C..... ......T... .....T....   [2248]
Sanguinaria          .......... .......... .......... A.....A.T. .C........ ...C...... ..T....... ....C..... ......C... .....T....   [2271]
Euptelea             .......... .......T.. .......... .......... .......... ...C...... ..T....... ....C..... ......T... .....T....   [2262]
Mahonia              ..T....... .......... ......G... .......... .......... ...C...... ..T....... ....C..... ......C... .....T..T.   [2282]
Podophyllum          .......... .G........ .......... .......... .......... ...T...... ..T..T.... ....C..... G.....C... .....T..T.   [2205]
Lardizabala          .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... ..T..T.... ....C..... ......C... .....T..T.   [2234]
Akebia               .......... .......... .......... .......... .......T.. ...C...... ..T..T.... ....C..... ......C... .....T..T.   [2224]
Cissampelos          .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... ..T..T.... ....C..... C.....C... ..C.....T.   [2230]
Cocculus             .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... ..T..T.... ....C..... C.....C... ..C.....T.   [2282]
Ranunculus           .......... .......... ....A..... .......... .......... ...C..T... ..T....... ....C..... ......C... ........T.   [2253]
Xanthorhiza          .......... .......... .......... .......... .G........ ...C...... ..T..T.... ....C..... G.....T... ........T.   [2226]
Sargentodoxa         ........-. .......... .......... .......... .......... ...C...... ..T..T.... ....C..... ......C... .....T..T.   [2191]
Nelumbo              .......... .G........ .......... .......... .......... ...C...... .......... ....C..... G.....G... .....T...C   [2273]
Platanus             ..T....... .G........ .......... .......... .......... ...C...... .......... ....C..... ......C... .....T..T.   [2237]
Petrophile           ..T.....A. .G........ .......... .......... .......G.. ...C...... .....T.... ....C..... ......C... .....T..T.   [2266]
Persoonia            ..T.....A. .G........ .......... .......... .......... ...C...... ........C. ....C..... ......C... ........T.   [2283]
Grevillea            ........A. .G........ .......... .......... .......... ...C...... .......... ....C..... ......C... ........T.   [2213]
Sabia                .......... .G........ .......... .......... .......... ...C...... .......... ....C..... G.....C... ..........   [2082]
Meliosma             .......... .G........ .......... .......... .....T.... ...C...... .......... ....C..... ......C... .....T....   [2081]
Tetracentron         ........A. .G........ .......... .......... .......... ...C...... .......... ....C..... ......C... .....T....   [2266]
Trochodendron        ........A. .G........ .......... ........T. .......... ...C...... .......... ....C..... ......C... .....T....   [2270]
Buxus                ........A. .G........ .......... .......... .......... ...C...... ..T....... ....C..... ......C... ..C..T....   [2231]
Sarcococca           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1373]
Pachysandra          .......... .G........ .......... .......... .......... ...C...... ..T....... ....A..... ......C... ..C..T....   [2251]
Didymeles            .......... G......... .......... ......A.T. .......... ...C...... ..T....... ....C..... G.....C... .....T....   [2276]
Dioscorea            ..T....... .......... .......... .......... .G........ ...T...... ..T..T.... ....C..... .......... ..........   [1912]
Croomia              .......... .......... .......... .......... .G........ C..C...... .....T.... ....C..... ...G..C... .....T....   [2248]
Carludovica          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1370]
Asparagus            .......... .......... .......... .......... .G........ C..C...... .....T.... ....C..... G..G...... ..........   [2288]
Orontium             .......... .......... .......... .......... .......... C..C...... .....T..A. .......... .......... ..........   [2282]
Spathiphyllum        ..T.....A. .......... .......... A.......T. .G........ C..T...... ..T..T.... ....C..... .......... ........T.   [2245]
Alisma               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1183]
Potamogeton          .......... .......... ....A..... .......... .G........ C..C...... .....T..A. .......... T........G .....T....   [2284]
Triglochin           .......... .......... .......... ..G....... .......... ...C...... ..T..T..A. .......... .........G .....T....   [2000]
Pleea                .......... .......... .......... ..G....... .......C.. C..T...... .....T..A. ....C..... .......... .....T....   [2275]
Tofieldia            .......... .......... .......... .......... .......C.. C..T...... .....T..A. ....C..... .......... ..........   [2293]
Acorus_cal           .......... .......... .......... .....G..T. .......... ...C...... ........G. ....A..... G......... .....T....   [2281]
Acorus_gra           .......... .......... .......... .....G..T. .......... ...C...... ........G. ....A..... G......... .....T....   [2118]
Peperomia            ........A. .......... .......... ..G....... .......... ...C...... .....T..C. .......... .......... .....T....   [2290]
Piper                .......... .......... .......... ..G....... .......... ...C...... ........C. ....C..... .......... .....T...C   [2290]
Anemopsis            .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... ....C..... .......... .....T....   [2232]
Houttuynia           .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... ....A..... .......... .....T....   [2219]
Saururus             .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... ....C..... .......... .....T....   [2290]
Lactoris             .......... .......... ...C...... .......... .......... ...C..T... ..A....... .T..C..... ......C... ..........   [2266]
Aristolochia         .......... .......... .......... ..G....... .......... ...C...... .....T.... .......... .......... .........C   [2289]
Thottea              ........A. .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... .......... .......... .........C   [2205]
Asarum               .......... .......... .........- .......... .......... ...C...... .......... ....C..... .......... ..........   [2285]
Sauruma              .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... ....C..... .......... ..........   [2290]
Ceratophyllum_dem    ........C. .......T.. .......... ........T. .......... ...C...... .......... ....A..... G......... ..........   [2186]
Ceratophyllum_sub    ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1348]
Ascarina             .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... .T..C..... .......... ..........   [2194]
Chloranthus          .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... .T..C..... .......... ..........   [2272]
Hedyosmum            .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... .T..C..... .......... ..........   [2289]
Sarcandra            .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... .T..C..... .......... ..........   [2189]
Nymphaea             .......... .......... T......... .......... .......... ...T...... .....T..C. .......... G..G...... .....T....   [2291]
Nuphar               .......... .......... T......... .......... .......... ...C...... .....T..C. ....C..... G..G...... .....T....   [1987]
Brasenia             .......... .......... T......... .......... .......... ...C...... .....T..C. ....C..... G..G...... .....T....   [2260]
Cabomba              .......... .......... T......... .......... .C........ ...C...... .....T..C. ....A..... G..G...... .....T....   [1695]
Amborella            ..A....... .......... T......... ..G....... .......... ...T...... ....CT..C. .......... .......... ..C..T....   [2288]
Illicium             .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... ....C...C. ....C..... .......... .....T....   [2281]
Kadsura              .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... ....C...C. ....C..... .......... .....T....   [2224]
Schisandra           .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... ....C...C. ....C..... .......... .....T....   [2285]
Trimenia             .......... ....C..... .......... .......... .......... ...C...... ....C...C. ....C..... ......C... .....T....   [1951]
Austrobaileya        ........A. .......... .......... .......... .......... ...C...... ....C...C. .......... .......... .....T....   [2289]
Cycas                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1401]
Zamia                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1397]
Ginkgo               ........T. ......C... A.....C... ..G....... ....CT.... ...C...... ........C. .T..C..... .......... ..........   [2217]
Metasequoia          ..T.....T. .......... A.....-... A.......T. ....C..... ...T...... ........C. .T..C..... .........G ........A.   [2143]
Podocarpus           ........A. .......... ......C... A.G....... ....CT.... C..T...... ..T.....C. .T..C..... .........R .........C   [2204]
Pinus                ........C. .......... A.....C... ..G....... ....AT.... ...T..T..C .......... .T..C..... G........G .........C   [2283]
Gnetum               G.T.....A. .......... A......... ........T. .....T.... ......T... ........G. .T........ ......G..G ........T.   [1428]
Welwitschia          G.T....... .......... A.....C... A......... .C...T.... ......T..C ..A.....A. .T........ ......T... A.T.....T.   [2206]

[                             2310       2320       2330       2340       2350       2360       2370       2380       2390       2400]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             TATTAGGTAG AATGCCTTCT GCTGTGGGTT ATCAACCTAC CCTTAGTACA GAAATGGGTT CTTTGCAAGA AAGAATTACT TCTACCAAAG AGGGATCTAT   [2390]
Liriodendron         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2393]
Degeneria            .......... .......... .......... .......... T......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2362]
Galbulimima          .......... .......... .......... .......... T......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2362]
Eupomatia            .G........ .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2362]
Annona               .......... .......... .......... .......C.. .......... .......... .......... .......... .........A ..........   [2078]
Asimina              .......... .......... .......... .......... .......... .......... .C........ .......... .........A ..........   [2335]
Cananga              ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1431]
Polyalthia           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1408]
Knema                .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .A.....G..   [2361]
Myristica            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .A.....G..   [2389]
Mauloutchia          .......... .........C .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .A.....G..   [2331]
Belliolum            .G........ .......... .......... .......... .......... .......... ....A..... .......... .......... ....G.....   [2362]
Drimys               .G........ .......... .......... .......... .......... .......... ....A..... .......... .......... ..........   [2387]
Tasmannia            .G........ .......... .......... .......... .......... .......... ....A..... .......... .......... ..........   [2352]
Takhtajania          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2116]
Canella              .G........ .........C .......... .......... .......... .......... ....A..... .......... .......... ..........   [2361]
Cinnamodendron       .G........ .........C .......... .......... .......... .......... ....A..... .......... .......... ..........   [2389]
Calycanthus          .......... .........C .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....G.....   [2390]
Chimonanthus         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....G.....   [2382]
Idiospermum          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....G.....   [2362]
Hedycarya            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....G.....   [2362]
Palmeria             .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....G.....   [2380]
Peumus               .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....G.....   [2363]
Siparuna             ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Atherosperma         .......... .......... .......... .......... .......... .........A .......... .......... .......... ....G.....   [2382]
Daphnandra           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Doryphora            ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Gomortega            .......... .......... .......... .......... .......... .........A .......... .........C .......... ....G.....   [2364]
Gyrocarpus           .......... .......... .......... .......... T......... .......... .......... .......... .......... ....G.....   [2364]
Cryptocarya          .......... .......... .......... .......... .......... ........C. ....A..... .......... .......... ....G.....   [2364]
Cinnamomum           .......... .........C .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....G.....   [2362]
Laurus               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1370]
Dicentra             .......A.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .........A .A.....C..   [2348]
Sanguinaria          .......C.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .........A .......C..   [2371]
Euptelea             .......C-- ..AT...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..C....... .......C..   [2360]
Mahonia              .......C.. .......... .....A.... .......G.. T......... .......... .......... .......... .......... .......C..   [2382]
Podophyllum          .......C.. .......... .....A.... .......G.. T......... .......... .......... .......... .......... .......C..   [2305]
Lardizabala          .......C.. .......... .....A.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......C..   [2334]
Akebia               .......C.. ...????... .....A.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......C..   [2324]
Cissampelos          .......C.. .......... .....A.... .......... T......... .......... .......... .......... .......... .......C..   [2330]
Cocculus             .......C.. .......... .....A.... .......... T......... .......... .......... .......... .......... .......C..   [2382]
Ranunculus           .......A.. .........C .....A.... .......... T......... .......... .......... .......... ..C....... .......C..   [2353]
Xanthorhiza          .......A.. .........C .....A.... .......... T......... .......... .......... .......... .....G.... .......C..   [2326]
Sargentodoxa         .......C.. .......... .....A.... .......C.. .......... .......... .......... .......... .......... .......C..   [2291]
Nelumbo              .......G.. .......... ..C....... .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... ....G..C..   [2373]
Platanus             .......C.. ...----... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....A.... .A.....C..   [2333]
Petrophile           .......C.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .A.....C..   [2366]
Persoonia            .......C.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .A.....C..   [2383]
Grevillea            .......C.. .......... .......... .......... T......... .......... .......... .......... .......... .A.....C..   [2313]
Sabia                .......C-. .........C ..C....... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......C..   [2181]
Meliosma             .......C.. .........C .......... .......... .......... ........C. .......... .......... .......... .A.....C..   [2181]
Tetracentron         .......C.. ...----... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....A.... .A.....C..   [2362]
Trochodendron        .......C.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....A.... .A.....C..   [2370]
Buxus                .......C.. .T.----... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .A.....C..   [2327]
Sarcococca           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1373]
Pachysandra          ......---- ---..A.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....T.... .A.....C..   [2344]
Didymeles            .......G.. .......... .....A.... .......... .......... .......... .G........ .......... .....T.... .A.....C..   [2376]
Dioscorea            ....G..G.. .......... ..A....... .......C.. .......... .......... .......... .......... ........GA ..........   [2012]
Croomia              .......G.. .........G ..A..A..C. .......... A........G .......... .C........ .......... .....A..G. ..........   [2348]
Carludovica          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1370]
Asparagus            .......G.. .........C ..A....... .......C.. .......... .......... .......... .......... ..C.....G. .A..G.....   [2388]
Orontium             .......C.. .......... ..A....... .......... .......... .......... .......G.. .........G .....A.... .A........   [2382]
Spathiphyllum        .......G.. .........C ..A....... .......... T..G...... .......... .......... .......... .....T...A ....GG....   [2345]
Alisma               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1183]
Potamogeton          .......... .........C ..G....... .......... .......... ........A. .......... .......... .......... .A.....C..   [2384]
Triglochin           .......G.. .......... ..G....... .......... T......... ........G. .......... ......C... .........A .A.....C..   [2100]
Pleea                .......G.. .......... ..A..A.... .......... .......... .......... ....A..... .......... .......... .A........   [2375]
Tofieldia            .......G.. .........C ..A....... .......... .......... .......... .......... .......... ..C....... .A........   [2393]
Acorus_cal           .......GC. G........C ..C....... .......... .......... .......... .......... .......... .........A GA........   [2381]
Acorus_gra           .......GC. G........C ..C....... .......... .......... .......... .......... .......... .....A.... ..........   [2218]
Peperomia            .......... ......C... .......... .......... T........G .......... .......... .C........ .....T.... .A........   [2390]
Piper                .......... ......C... .......... .......... T........G .......... .......... .......... .......... .A........   [2390]
Anemopsis            .......... ......C... ........C. .......... T......... .......... .......... .......... .......... .A........   [2332]
Houttuynia           .......... ......C... ........-. .......... T......... .........A .......... .......... .......... .A........   [2318]
Saururus             .GC....... ......C..C .......... .......... T......... .......... .......... .......... .......... .A........   [2390]
Lactoris             .......... .......... .......... .......... T......... .......... .......... .......... .......... .A........   [2366]
Aristolochia         .......... .......... .......... .......C.. T......... .......... .......... .........C .......... .A.....C..   [2389]
Thottea              .......... .........C .......... .......... T......... .......... .......... .........C .......... .A.....C..   [2305]
Asarum               .......... .........C .......... .......... T......... .......... .......... .......... .......... .A........   [2385]
Sauruma              .......... .......... .......... .......... T......... .......... .......... .......... .......... .A.....C..   [2390]
Ceratophyllum_dem    .G........ .........C .......... .......... T......... .......... .......... .......... .......... .......C..   [2286]
Ceratophyllum_sub    ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1348]
Ascarina             .......... .........C .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......C..   [2294]
Chloranthus          .......... .......... .....A.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2372]
Hedyosmum            .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....A..... ......A... .......... .A........   [2389]
Sarcandra            .......... .......... .......... .......... .......... .........A .......... .......... .......... ..........   [2289]
Nymphaea             .......... .........C ..C....... ....G..... .......... .......... .......... .......... .....T.... ..........   [2391]
Nuphar               .......... .........C ..C....... ....G..... .......... .......... .......... .......... .....T.... .A........   [2087]
Brasenia             .......... .........C ..C....... ....G..... .......... .......... .......... .......... .....T.... ..........   [2360]
Cabomba              .......... .........C ..C....... ....G..... .......... .......... .......... .......... .....A.... .......C..   [1795]
Amborella            .......C.. .......... ..C....... .......... .......... .......... .......... .......... .....T.... .......C..   [2388]
Illicium             .......... .......... ..C....... ....G..... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2381]
Kadsura              .......... .......... ..C....... ....G..... .......... .........A .......... .......... .......... ..........   [2324]
Schisandra           .......... .......... ..C....... ....G..... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2385]
Trimenia             .......... .......... ..G....... .......... .......... .......... .......... .......... .........A G.........   [2051]
Austrobaileya        .......C.. .........C ..C..A.... ....G..... .......... .......... .......... .......... ..C....... ..........   [2389]
Cycas                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1401]
Zamia                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1397]
Ginkgo               .......... .......... .......... ....G..A.. T.....C..G .......... .......... G......... .....T.... ..........   [2317]
Metasequoia          .......C.. .........C ..G....... ....G..A.. T.....C..G .......... ....A..... G.....A... .......... .A........   [2243]
Podocarpus           .......C.. .........C ..C.....C. ....G..A.. T...G.C..G ........G. .......... G.....C..C .......... .A........   [2304]
Pinus                .......C.. .........C ..C....... ....G..A.. T.....C..G .......... .......... G......... ..C..A...A .......C..   [2383]
Gnetum               .......A.. .........G ..C....... .......C.. ......C... .......... .G........ GC....C... ..G..A...A .A.....A..   [1528]
Welwitschia          .G.....A.. ......G... .....A..G. .......C.. ......C... .......... .......... GC....C..C .....M...A .A.....C..   [2306]

[                             2410       2420       2430       2440       2450       2460       2470       2480       2490       2500]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             AACTTCCATT CAAGCAGTTT ATGTACCTGC GGACGATTTG ACCGACCCTG CTCCTGCTAC GACATTTGCA CATTTAGATG CTACTACCGT ACTCTCAAGA   [2490]
Liriodendron         .......... .......... .......... .......... ........C. .......... .......... .......... .......... ..........   [2493]
Degeneria            .......... .......... .......... .......... ........C. .......... .......... .......... .......... ..........   [2462]
Galbulimima          .......... .......... .......... .......... ........C. .......... .......... .......... .......T.. ..........   [2462]
Eupomatia            .......... .......... .......... A......... ........C. .......... .......... .......... .......... ..........   [2462]
Annona               .......... .......... .......... .......... .......... .C........ .......... .......... .......... ..........   [2178]
Asimina              .......... .......... .......... .......... .......... .C........ ...G...... .......... .......... ..........   [2435]
Cananga              ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1431]
Polyalthia           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1408]
Knema                .......... .......... .......... .......... ........C. .......... .......... .......... .......... ...A......   [2461]
Myristica            .......... .......... .......... .......... ........C. .......... .......... .......... .......... ...A......   [2489]
Mauloutchia          .......... .......... .......... .......... ........C. .......... .......... .......... .......... ...A......   [2431]
Belliolum            ......T... .......... .......... T......... .......... .......... .......... .......... .......T.. ...A......   [2462]
Drimys               ......T... .......... .......... T......... .......... .......... .......... .......... .......T.. ...A......   [2487]
Tasmannia            ......T... .......... .......... T......... .......... .C........ .......... .......... .......T.. ...A......   [2452]
Takhtajania          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2116]
Canella              .......... .......... .......... T......... .......... .......... .......... .......... .......... ...A......   [2461]
Cinnamodendron       .......... .......... .......... T......... .......... .......... .........G .......... .......... ...A......   [2489]
Calycanthus          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...A......   [2490]
Chimonanthus         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...A......   [2482]
Idiospermum          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...A......   [2462]
Hedycarya            .......... .......... .......... ...T...... .......... .C........ .........G ..C....... .......... ..........   [2462]
Palmeria             .......... .......... .......... A......... .......... .......... .........G ..C....... .......... T.........   [2480]
Peumus               .......... .......... .......... .......... .......... .......... .........G ..C....... .......... ..........   [2463]
Siparuna             ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Atherosperma         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .........G .......... .......... ...A......   [2482]
Daphnandra           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Doryphora            ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Gomortega            C......... .......... .......... .......... .......... .......... .........G .......... .......... ...A..C...   [2464]
Gyrocarpus           .......... .......... .......... .......... .......... .......... .........G ..C....... .......... G..A......   [2464]
Cryptocarya          .......... .......... .......... .......... ........C. .......... .........G ..C....... .......... ...A......   [2464]
Cinnamomum           .......... .......... .......... .......... .......... .......... .........G ..C....... .......... ...A......   [2462]
Laurus               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1370]
Dicentra             ......T... .......... .......... ...T...... ........C. .C........ .......... .......... .......... ..........   [2448]
Sanguinaria          ......T... .......... .......... .......... .......... .C..C..C.. .......... .......... .......G.. ...A......   [2471]
Euptelea             ......T... .......... .......... .......... .......... .......C.. .........G .......... .......... ...A......   [2460]
Mahonia              .......... .......... .......... .......... ..T.....C. .......C.. A......... .......... .C........ ...A......   [2482]
Podophyllum          .......... .......... .......... .......... ..T.....C. .......C.. A......... .......... .C........ ...A......   [2405]
Lardizabala          ......T... .......... .......... .......... .......... .......C.. .......... .......... .......... ...A......   [2434]
Akebia               ......T... .......... .......... .......... .......... .......C.. .......... .......... .......... ...A......   [2424]
Cissampelos          ......T... .......... ....C..... .......... ........C. .C.....C.. .......... .......... .......... ...A......   [2430]
Cocculus             ......T... .......... .......... .......... ........C. .C.....C.. .........G .......... .......... ...A......   [2482]
Ranunculus           ......T... .......... .......... .......... .......... .C.....C.. A........G .......... .A........ ...A......   [2453]
Xanthorhiza          ......G... .......... .......... A......... ........C. .......C.. A........G .......... .......... ...A......   [2426]
Sargentodoxa         ......T... .......... .......... .......... .......... .......C.. .......... .......... .......... ...A......   [2391]
Nelumbo              ......T... .......... .......... .......... ..T....... .......C.. .......... .......... .......... ...A......   [2473]
Platanus             ......T... .......... .......C.. ...T...... .......... .......C.. .......... .......... .......... ...A......   [2433]
Petrophile           ......T... .......... .......... .......... .......... .......C.. .......... ........C. .......... ...A......   [2466]
Persoonia            ......T... .......... .......... .......... .......... .......C.. .......... ........C. .......... ...A......   [2483]
Grevillea            ......T... .......... .......... .......... .......... .......C.. .......... ........C. .......... ...A......   [2413]
Sabia                ......-... .......... -......... .......... ..G....... .......C.. .......... ..--...... .......... ...A......   [2277]
Meliosma             ......T... .......... .......... .......... .......... .......C.. .......... .......... .......... ...A......   [2281]
Tetracentron         ......T... .......... .......... .......... ..G....... .......C.. .......... .......... .......... ...A......   [2462]
Trochodendron        ......T... .......... .......... .......... .......... .......C.. .......... .......... .......... ...A......   [2470]
Buxus                .......... .......... .......... .......... ........C. .......C.. .........G .......... .......... ...A......   [2427]
Sarcococca           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1373]
Pachysandra          ......T... .......... .......... .......... ........C. .......C.. .......... .......... .......... ...A......   [2444]
Didymeles            ......T... .......... .......... A......... .......... .......-.. ........G. .......... .........A ...A......   [2475]
Dioscorea            ......A..C .......... .......... .......... .......... .......C.. .......... .......... .......... ...A......   [2112]
Croomia              ......G... .......... .......C.. A......... .......... .......C.. .......... .......... .......... ...A......   [2448]
Carludovica          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1370]
Asparagus            ......G..C ........C. .......... A..T...... ........C. .......C.. .......... .......... .......... ...A......   [2488]
Orontium             .......... .......... .......... ...T...... .......... .......C.. A......... .......... .......... ...A......   [2482]
Spathiphyllum        ......A..C .......... .C........ ...T...... ........C. .......... A......... .......... .......... ...A......   [2445]
Alisma               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1183]
Potamogeton          ...C...... .....G.... .......... A........A ..G....... .C.....C.. .......... .......... .......... ..........   [2484]
Triglochin           ...C...... .......... .......... A..T.....A ..T....... .C.....C.. .......... .......... .......... ...A......   [2200]
Pleea                .......... .......... .......... .......... .......... .......C.. A......... .......... .......... ...A......   [2475]
Tofieldia            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...A......   [2493]
Acorus_cal           ...G..T... .....G.... .......... ...T...... ..T....... .......C.. C......... .....G.... .......T.. ...A......   [2481]
Acorus_gra           ...G..T... .....G.... .......... ...T...... ..T....... .......C.. C......... .....G.... .......T.. ...A..G...   [2318]
Peperomia            .........C .......... .......C.. ...T.....A ..T.....C. .A........ A........G .....G.... .......T.. ...A.....G   [2490]
Piper                .......... .......... .......C.. A..T.....A .......... .......... .........G .....G.... .......... ...A.....G   [2490]
Anemopsis            .......... .......... .......C.. ...T...... .......... .......... .......... .......... .......... ...A.....G   [2432]
Houttuynia           .......... .......... .......C.. ...T...... ........C. ....C..... .......... .......... .......... ...A.....G   [2418]
Saururus             .......... ..G....... .......C.. ...T...... .......... .......... .......... .......... .......... ...A.....G   [2490]
Lactoris             ......G... .......... .......C.. .......... .......... .......... .......... .......... .G........ ..........   [2466]
Aristolochia         .......... .......... .......... .......... ........C. .C........ A......... .......... .......... ...A......   [2489]
Thottea              .......... .......... .......... .......... .......... .C........ .......... .......... .......... ...A......   [2405]
Asarum               .......... .......... .......C.. .......... .......... .......... A......... .......... .......... ...A......   [2485]
Sauruma              .......... .......... .......C.. .......... .......... .......... A......... .......... .......... ...A......   [2490]
Ceratophyllum_dem    .......... .......... .......... .......... .......... .......C.. .......... .......... .......... ...A......   [2386]
Ceratophyllum_sub    ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1348]
Ascarina             .......... .......... .......... .......... .......... .......C.. .......... .......... .......... ...A......   [2394]
Chloranthus          .......... .......... .......... .......... .......... .......C.. .......... .......... .......... ...A.....G   [2472]
Hedyosmum            .......... .......... .......... .......... .......... .......C.. .......... .......... .......... ...A......   [2489]
Sarcandra            .......... .......... .......... .......... .......... .......C.. .......... .....G.... .......... ...A.....G   [2389]
Nymphaea             .......... .......... .......... A......... ..T..T.... .......C.. .......... .......... .......... ...A......   [2491]
Nuphar               .......... .......... .......... .......... ..T..T.... .......... .........G .....G.... .......... ...A......   [2187]
Brasenia             .......... .......... .......... .......... ..T..T.... .......C.. .......... .......... .......... ...A......   [2460]
Cabomba              .......... .......... .......C.. .......... ..T..T.... .......C.. .......... .......... .......... ...A......   [1895]
Amborella            .......... .......... .......... A......... .......... .......C.. .......... .......... .......... ...A......   [2488]
Illicium             .......... .......... .......... A..T...... .......... .......C.. .......... .......... .......... ...A......   [2481]
Kadsura              .......... .......... .......... A..T...... .......... .......C.. .......... .......... .......... ...A......   [2424]
Schisandra           .......... .......... .......... A..T...... .......... .......C.. .......... .......... .......... ...A......   [2485]
Trimenia             .......... ........C. .......... .......... .......... .......C.. .......... .......... .......... ...A......   [2151]
Austrobaileya        .......... .......... .......... .......... .......... .......C.. .......... .......... .......... ...A......   [2489]
Cycas                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1401]
Zamia                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1397]
Ginkgo               ...C...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...A..G...   [2417]
Metasequoia          ...C..T... .......... .......... A..T..C... ..T..T..C. .......... A.....C... .......... .......T.. ...A..G...   [2343]
Podocarpus           ...C...... .......... ....C..... ......C... .....T.... .......... A......... .....G.... .......... .T.G..G...   [2404]
Pinus                ...C..G... .......... .......... T.....C... .......... .......... .......... ....C..... .......... ...A..G...   [2483]
Gnetum               ...C..A... .....C..C. .......C.. ...T...... ..A..T..C. .G..C..... A.....C... ..C..G.... .G.....T.. ...A......   [1628]
Welwitschia          ...C..GG.. .......... .......... A..T..C..A ..T.....G. .......... A......... ..C....... .......... ...A......   [2406]

[                             2510       2520       2530       2540       2550       2560       2570       2580       2590       2600]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             GGATTAGCTG CTAAAGGTAT CTATCCAGCA GTAGATCCTT TAGATTCAAC GTCCACTATG CTCCAACCTA GGATCGTTGG CGAGGAACAT TATGAAACTG   [2590]
Liriodendron         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2593]
Degeneria            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2562]
Galbulimima          ........C. .C.....G.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2562]
Eupomatia            ..G.....C. .G.....C.. .......... ..G....... .......... C......... .......... .......... T......... ..........   [2562]
Annona               .......... .......... .........G .......... .......... .......... .......... ....T..... G.C....... ..........   [2278]
Asimina              .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....T..... G.T....... ..........   [2535]
Cananga              ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1431]
Polyalthia           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1408]
Knema                .......... .......... .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... .......... ..........   [2561]
Myristica            .......... .......... .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... .......... ..........   [2589]
Mauloutchia          .......... .......... .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... .......... ..........   [2531]
Belliolum            .......... .C........ .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... .......... ..........   [2562]
Drimys               .......... .C........ .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... .......... ..........   [2587]
Tasmannia            .......... .C........ .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... .......... ..........   [2552]
Takhtajania          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2116]
Canella              .......... .C........ .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... ...A...... ..........   [2561]
Cinnamodendron       .......... .C........ .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... .......... ..........   [2589]
Calycanthus          .......... .C..G..... .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... T......... .......T..   [2590]
Chimonanthus         .......... .C..G..... .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... T......... .......T..   [2582]
Idiospermum          .......... .C..G..... .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... T......... ..........   [2562]
Hedycarya            .......... .A........ .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... T......... ..........   [2562]
Palmeria             .......... .C........ .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... T......... ..........   [2580]
Peumus               .......... .C........ .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... T......... ..........   [2563]
Siparuna             ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Atherosperma         .......... .C........ .......... .......... .......... ...A...... .......... .A........ T......... ..........   [2582]
Daphnandra           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Doryphora            ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Gomortega            .......... .C........ .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... T......... ..........   [2564]
Gyrocarpus           .......... .C........ .......... .......... ....C..... ...A...... ........C. .......... .......... ..........   [2564]
Cryptocarya          .......... .C........ .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... T......... ..........   [2564]
Cinnamomum           .......... .C........ .......... ........G. .......... ...A...... ..A....... .......... T......... ..........   [2562]
Laurus               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1370]
Dicentra             ...C.C.... .C.....G.. .......... .......... .......C.. ...A...... .........C .......... T......... ..C.......   [2548]
Sanguinaria          ...C..T... .C........ .......... .......... .......... ...A...... .........C .......... T......... ..........   [2571]
Euptelea             ...C...... .C........ .......... .......... .......... ...A...... .........T .......... T......... ..........   [2560]
Mahonia              ...C.....T .C.....C.. .......... .......... .......... ...A...... .........C .......... T..C...... ........C.   [2582]
Podophyllum          ..GC.G.... .C........ .......... ..T....... .......... ...A..C... .........C .......... .......... ........C.   [2505]
Lardizabala          ...C...... .C..G..... .......... .......... .......... ...A...... .........C .......... T......... ..........   [2534]
Akebia               ...C...... .C........ .......... .......... .......... ...A...... .........C .......... T......... ..........   [2524]
Cissampelos          ...C...... .......... .......... .......... .......... ...A...... .........C ....T..... .A........ ..........   [2530]
Cocculus             ...C...... .C........ .......... .......... .......... ...A...... .........C ....T..... .A........ ..........   [2582]
Ranunculus           ...C.G.... .C........ .......... ..G....... .......... ...A...... ..T......C .A..T..... T......... ..........   [2553]
Xanthorhiza          ..GC.G.... .C........ .......... .......... .......... ...A...... .........C .......... T......... ..........   [2526]
Sargentodoxa         ...C...... .C........ .......... ..G....... .......... ...A..G... .........C .......... T......... ..........   [2491]
Nelumbo              .......... .C........ .......... .......... .......... ...A...... .........C .......... T......... ..........   [2573]
Platanus             .......... .C........ .......... ..G....... .......... ...A...... .........C .......... T......... ..........   [2533]
Petrophile           .......... .C........ .......... .......... .......... ...A...... .........C .......... T......... ..........   [2566]
Persoonia            .......... .C........ ......T... .......... .......... ...A...... .........C .......... T......... ..........   [2583]
Grevillea            .......... .C.....G.. .......... .......... .......... A..A...... .........C .......... T......... .......T..   [2513]
Sabia                .......... .......... .......... .......... .......... ...A...... .........C .......... T......... ..........   [2377]
Meliosma             .......... .......... .......... .......... .......... ...A...... .........T ....T..... T......... ..........   [2381]
Tetracentron         .......... .C........ .......... .......... .......... ...A...... ..T......C ....T..... T......... .......T..   [2562]
Trochodendron        .......... .C........ .......... .......... .......... ...A...... .........C ....T..... T......... ..........   [2570]
Buxus                .....G.... .C........ .........G ........G. .......... ...A...... .........C .......... T......... ........G.   [2527]
Sarcococca           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1373]
Pachysandra          .....GT... .C........ .......... ..G.....G. .......... ...A...... .........C ....T..... T......... ..........   [2544]
Didymeles            .......... .C..G..... .......... ........G. .......... ...A...... .........C .......... T........C ..........   [2575]
Dioscorea            .......... .C........ T........G .......... .......... ...A...... T.A..G...G .C........ .......... ..........   [2212]
Croomia              .......... .C........ T......... .......... .......... ...A...... T.A......C .......... .......... ..........   [2548]
Carludovica          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1370]
Asparagus            .......... .......... T......... .......... .......... ...A...... T.A......C .......... ...A...... ..........   [2588]
Orontium             .....G.... .C.....C.. T......... .......... .......... ...A...... .........C .......... .......... ..........   [2582]
Spathiphyllum        CC........ .C..-..G.. T......... .....-.... .......... A......... T.A....... AT..T..... .A.A...... ..........   [2543]
Alisma               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1183]
Potamogeton          .......... .......G.. T.....G... .....C.... .......... A..A...... ........CT .......... .......... .......T..   [2584]
Triglochin           .......... .C.....G.. T......... .....C.... .......... ...A...... .......... .......... T..A...... ..........   [2300]
Pleea                .......... .C........ T......... .......... .......... ...A...... ........CC .......... .......... ..........   [2575]
Tofieldia            .......... .C........ T......... ..G....... .......G.. ...A...... .........C .......... .......... ........C.   [2593]
Acorus_cal           .......... .C........ T.....G... .......... .......... ...A...... .......... .......... .......... ..........   [2581]
Acorus_gra           .......... .C........ T.....G... .......... .......... ...A...... .......... .......... .......... ..........   [2418]
Peperomia            ........C. .G.....A.. ...C..G... ........C. .......... ...A.G.... ........C. .......... A......... ..........   [2590]
Piper                ........C. .G.....A.. ...C..G... .......... .......... ...A...... ........C. .......... A......... ..........   [2590]
Anemopsis            ........C. .G.....G.. ...C...... .....C.... .......... A..A...... ........C. .......... A......... ..........   [2532]
Houttuynia           ........C. .G.....G.. ...C...... .....C..G. .......... ...A...... ........C. .......... A......... ..........   [2518]
Saururus             ........C. .G.....G.. ...C...... .....C.... .......... ...A...... ........C. .......... A......... ..........   [2590]
Lactoris             .......... .C........ T......... .......... .......... ...A..G... ..T....... .......A.. .......... ..........   [2566]
Aristolochia         .......... .C..G..C.. .......... ..G....... .......... ...A..G... .......... .......A.. ...A...... ..........   [2589]
Thottea              .......... .......C.. .......... .......... .......... ...A..G... .......... .......A.. .......... ..........   [2505]
Asarum               ...C.G---. .C.....C.. ......T... ..G....... .......... ...A...... .......... .......... .......... ..........   [2582]
Sauruma              ...C.G.... .C........ ......T... .......... .......... ...A...... .......... .......... .......... ..........   [2590]
Ceratophyllum_dem    .......... .......... .......... .......... .......... ...A...... .........C ....T..... ...A...... ..........   [2486]
Ceratophyllum_sub    ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1348]
Ascarina             .......... .C........ .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... ...A...... ..........   [2494]
Chloranthus          .....G.... .C........ .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... .......... ..........   [2572]
Hedyosmum            .......... .C........ T......... .......... .......... ...A...... ..G....... .......... .......... ..........   [2589]
Sarcandra            .....G.... .C........ .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... .......... ..........   [2489]
Nymphaea             .......... .C........ .......... ..G....... .......... ...A...... .........C ....T..... ...A...... ..C.......   [2591]
Nuphar               .......... .C........ .......... .......... .......... ...A...... .........C .......... ...A...... ..C.......   [2287]
Brasenia             .......... .C........ .......... .......... .......... ...A...... .........C .......... ...A...... ..C.......   [2560]
Cabomba              .......... .C........ .......... ..G....... .......... ...A...... .........C .......... ...A...... ..C.....A.   [1995]
Amborella            ........C. .C........ .......... .......... .......... ...A...... .........C .......... .......... ..C.......   [2588]
Illicium             ..G....... .C........ .......... ..G....... .G.G...... ...A...... .......... ....T..... T.....G... ..........   [2581]
Kadsura              ..G....... .C........ .......... ..G....... .......... ...A...... .......... .......... ...A..G... ..........   [2524]
Schisandra           ..G....... .C........ .......... ..G....... .......... ...A...... .......... .......... ...A..G... ..........   [2585]
Trimenia             ..G....... .......... .......... ..G....... .......... ...A..A... .........G A...T..... .AC...C... ..........   [2251]
Austrobaileya        ..G....... .C........ .......... ..G....... .......... ...A...... .........C .......... .......... ..........   [2589]
Cycas                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1401]
Zamia                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1397]
Ginkgo               .........T .C........ .......... .......... .......... ...G...... .........T ....T..G.. .......... ..C.....C.   [2517]
Metasequoia          .......... .C..-..G.. .........G ........GC .....Y.C.. ...A...... .........T C......A.. ...R...... ..........   [2442]
Podocarpus           .........T .C..-..C.. .........G ..C....... .......... A..G...... .........T C......G.. ..-A...... ..........   [2502]
Pinus                .......... .G..G..... .......... ..G....... .......... A..G...... .........T .......A.. ...A...... ..C.......   [2583]
Gnetum               .......... .......A.. ......C..G ..C....... .G.....C.. A..T...... ........CG AA.....G.. T..AC..... .......T..   [1728]
Welwitschia          .......... .A.....G.. ...C...... ..C....... .G.....C.. A..T...... ..A......G .T.....G.. T..A...... ..........   [2506]

[                             2610       2620       2630       2640       2650       2660       2670       2680       2690       2700]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             CGCAAAGAGT TAAGCAAACT TCACAACGTT ACAAAGAACT TCAGGATATT ATAGCTATCC TTGGGTTGGA CGAATTATCT GAAGAGGATC GTTTAACCGT   [2690]
Liriodendron         .A........ .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2693]
Degeneria            .A........ .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2662]
Galbulimima          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2662]
Eupomatia            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......A.. .......... .......... ..........   [2662]
Annona               .......... .......... .......... .......... ...A...... .......... .......... .........G ....T..... .......T..   [2378]
Asimina              .A........ .......--- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2552]
Cananga              ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1431]
Polyalthia           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1408]
Knema                .......G.. .......... ........C. .......G.. .......... .......... .......... .........C .......... ..........   [2661]
Myristica            .......G.. .......... ........C. .......G.. .......... .......... .......... .........C .......... ..........   [2689]
Mauloutchia          .......G.. .......... ........C. .......G.. .......... .......... .......... .........C .......... ..........   [2631]
Belliolum            .......... .......... .......... .......... ......C... .......... ......C... .........C .....A.... ..........   [2662]
Drimys               .......... .......... .......... .......... ......C... .......... ......C... .........C .....A.... ..........   [2687]
Tasmannia            .......... .......... .......... .......... ......C... ....G..... ......C... .........C .....A.... ..........   [2652]
Takhtajania          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2116]
Canella              .A........ .......... .......... .......... ......C... .......... .......... .........C .....A.... ..........   [2661]
Cinnamodendron       .A........ .......... .......... .......... ......C... .......... .......... .........C .....A.... ..........   [2689]
Calycanthus          .......... .......... .......... .......... ......C... .......... .......... .........C .......... .......A..   [2690]
Chimonanthus         .......... .......... .......... .......... ......C... .......... .......... .........C .......... .......A..   [2682]
Idiospermum          .......... .......... .......... .......... ......C... .......... .G........ .........C .......... .......A..   [2662]
Hedycarya            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .........C .......... ..........   [2662]
Palmeria             .......... .......... .......... .......... ......C... .......... .......... .........C .......... ..........   [2680]
Peumus               .......... .......... .......... .......... ......C... .......... .......... .........C .......... ..........   [2663]
Siparuna             ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Atherosperma         .......... .......... .......... .......... ......C... .......... .......... .........C .......... ..........   [2682]
Daphnandra           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Doryphora            ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Gomortega            .......... ........-- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2582]
Gyrocarpus           .A........ .......... .......... .......... ......C... .......... .......... .........C .......... ..........   [2664]
Cryptocarya          .......... .......... .......... .......... ......C... .......... .......... .........C .......... ..........   [2664]
Cinnamomum           .......... .......... .......... .......... ......C... .......... .......... .......... .......... ..........   [2662]
Laurus               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1370]
Dicentra             .......... .......... .......... .......... ......C... .......... .......... ......G..G .......... ..........   [2648]
Sanguinaria          .......... .......... .......... .......... .........G .......... .......... .........C .......... ..........   [2671]
Euptelea             .......... .......... .......... .......... ......C... .......... .......... .........C .......... ..........   [2660]
Mahonia              .......... .......... .......... .......... .......... ........T. .......... .........C .......... ..........   [2682]
Podophyllum          .......G.. .......... .......... .......G.. ......C... ........T. .......... ...G.....C .......... ..........   [2605]
Lardizabala          .......... .......... .......... .......... ......C... .......... ....A..... .........C .......... ..........   [2634]
Akebia               .......... .......... .......... .......... ......C... .......... ....A..... .........C .....T.... ..........   [2624]
Cissampelos          .......... .......... .......... .......... ...A..C... .......... .......... .........C .......... ..........   [2630]
Cocculus             .......... .......... .......... .......... ...A..C... .......... .......... .........C .......... ..........   [2682]
Ranunculus           .......... .......... .......... .......... ......C... .......... .......... ......G..C .......... ..........   [2653]
Xanthorhiza          .......... .......... .......... .......... ......C... .......... .......... .........C .......... ..........   [2626]
Sargentodoxa         .......... .......... .......... .......... ......C... .......... .......... .........C .....C.... ..........   [2591]
Nelumbo              .......... .......... .T........ .......... G.....C... .......... .......... .........C .......... ..........   [2673]
Platanus             .......... .......... .T........ .......G.. ......C... .......... .......... .........C .......... ..........   [2633]
Petrophile           .......... A......... .T........ .......G.. ......C... .......... .......... .........C .......... ..........   [2666]
Persoonia            .C........ .......... .T........ .......G.. ......C... .......... .......... T.....G..C .......... ..........   [2683]
Grevillea            .......... .......... .T........ .......G.. ...A..C... .......... .......... .........C .......... ..........   [2613]
Sabia                .......... .......... .T........ .......... ......C... ........A. .......... .........C .......... ..........   [2477]
Meliosma             .......... .......... .T........ .......... ......C... .......... .......... .......... .......... ..........   [2481]
Tetracentron         .......... .......... .T........ .......... ......C... .......... ....A..... .........C .....A.... ..........   [2662]
Trochodendron        .......... .......... .T........ .......... ......C... .......... ....A..... .........C .......... ..........   [2670]
Buxus                .......G.. .......... .T........ .......... ...A..C... .......... .......... .........C .......... ..........   [2627]
Sarcococca           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1373]
Pachysandra          .......... .......... .T........ .......... ...A..C... .......... .......... .........C .......... ..........   [2644]
Didymeles            .......... .......... .T........ .......... ...A..C... .......... ....A..... T........C .......... ..........   [2675]
Dioscorea            ......A... .......... .......... .......... ......C... .......... .......... .........C .....A.... .......T..   [2312]
Croomia              .......... .......... .......... .......... ......C... ..C.....T. .......... .........C ..G....... .......T..   [2648]
Carludovica          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1370]
Asparagus            .......... ....G..... .T........ .......... ......C... .......... .G........ .........C .....A.... .......T..   [2688]
Orontium             .......... .......... .......... .......... ......C... .......... .......... T........C .......... ..........   [2682]
Spathiphyllum        .......... .......... .......... ....G..... ...A...... .....GG.T. ....A..A.. T........G .......... .......T..   [2643]
Alisma               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1183]
Potamogeton          ......A... ....G..... .T...G.... .......... .......... .......... ....T..... .........C .......... ..........   [2684]
Triglochin           .A........ ....G..... .T...G.... .......... ......C... ........T. ....T..... ......G..C .......... ..........   [2400]
Pleea                .......... .......... .......... .......... C.....C... .......... .......... .........C ..G....... ..........   [2675]
Tofieldia            .A........ .......... .T........ .......... ......C... .......... .......... .........C ..G....... ..........   [2693]
Acorus_cal           .......... .......... .T........ .......... ......C... .......... .......... .........C .......... ..........   [2681]
Acorus_gra           .......... .......... .T........ .......... ......C... .......... .C........ .........C .......... ..........   [2518]
Peperomia            .A.....G.. .......... .T........ ....G..... ......C... .......... .......... T......... .......... ..........   [2690]
Piper                .A.....G.. .......... .T........ .......... ......C... ........T. .......... T......... .......... ..........   [2690]
Anemopsis            .......... .......... .......... .......... ......C... ........T. .G........ T......... .......... ..........   [2632]
Houttuynia           .......... .......... .......... .......... ......C... ........T. .......... T......... .......... ..........   [2618]
Saururus             .......... .......... .......... .......... ......C... .......... .......... T......... ..G....... ..........   [2690]
Lactoris             .......... .......... .T........ .......G.. ......C... ........T. .......... .........G .......... ..........   [2666]
Aristolochia         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2689]
Thottea              .......... .......... .......... ....G..... ......C... .......... .......... .......... .......... ..........   [2605]
Asarum               .......... .......... .......... .......... ......C... ........T. .......... T......... .....A.... ..........   [2682]
Sauruma              .......... .......... .......... .......... ......C... ........T. .....C.... T......... .....A.... ..........   [2690]
Ceratophyllum_dem    .......... .......... .......... .......... ......C... ........T. ....A..... .........C .......... ..........   [2586]
Ceratophyllum_sub    ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1348]
Ascarina             .A........ .......... .......... .......... ......C... .......... .......... .........C .......... ..........   [2594]
Chloranthus          .......... .......... .......... .......... ......-... .......... .......... .........C .......... ..........   [2671]
Hedyosmum            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2689]
Sarcandra            .......... .......... .......... .......... ......C... .......... .......... .........C .......... ..........   [2589]
Nymphaea             .......... .......... .T........ .......... .......... ........T. ....A..... .........C .......... ..........   [2691]
Nuphar               .......... .......... .T........ .......... ......C... ........T. ....AC.... .........C .......... ..........   [2387]
Brasenia             .......... .......... .T........ .......... ......C... ........T. ....AC.... .......... .....A.... ..........   [2660]
Cabomba              .......... ......---- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2011]
Amborella            .......... .......... .T........ .......... ...A..C... ........T. ....ACCA.. T........C .......... ..........   [2688]
Illicium             .A........ .......... .....G.... .......... ......C... ........T. .......... .........C .......... ..........   [2681]
Kadsura              .......... .......... .......... .......... ......C... .......... .......... .........C .......... ..........   [2624]
Schisandra           .......... .......... .......... .......... ......C... .......... .......... .........C .......... ..........   [2685]
Trimenia             .C......A. .......... .T........ .......... ......C... .......... .......... .........C .......... ..........   [2351]
Austrobaileya        .A........ .......... .......... .......... ......C... .......... .......... .........C .....A.... ..........   [2689]
Cycas                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1401]
Zamia                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1397]
Ginkgo               .A...G.... .......... .......... .T........ ...A..C... ........T. ....AC.... .........A .....A.... ..........   [2617]
Metasequoia          --.C...... .W.A...... .TG....... -......... ..-------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2481]
Podocarpus           --..C.AGAG .T........ .T........ -......... ..-------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2541]
Pinus                .A...G.G.. .......... .T........ .T..G..... ...A..C... ........T. C...AC.... T........G ..G..A.... ......T...   [2683]
Gnetum               .A..GG.... CT.A.....C .T-------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1750]
Welwitschia          --.C...... G..A...... .TG....... W......... ...------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2547]

[                             2710       2720       2730       2740       2750       2760       2770       2780       2790       2800]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             AGCAAGAGCA CGAAAAATTG AGCGTTTCTT ATCACAACCC TTCTTCGTAG CAGAAGTATT TACTGGTTCT CCAGGAAAAT ATGTTGGTCT CGCAGAAACC   [2790]
Liriodendron         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2793]
Degeneria            .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... .......... ..........   [2762]
Galbulimima          .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... .C........ ..........   [2762]
Eupomatia            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... T..G.....T   [2762]
Annona               .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...G......   [2478]
Asimina              ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2552]
Cananga              ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1431]
Polyalthia           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1408]
Knema                .......... ........A. .......... .......... .......... .......... .........C .......... .......... ..........   [2761]
Myristica            .......... ........A. .......... .......... .......... .......... .........C .......... .......... ..........   [2789]
Mauloutchia          .......... ........A. .......... .......... .......... .......... .........C .......... .......... ..........   [2731]
Belliolum            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....G.... .......... .........A   [2762]
Drimys               .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....G.... .......... .........A   [2787]
Tasmannia            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....G.... .......... .........A   [2752]
Takhtajania          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2116]
Canella              .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2761]
Cinnamodendron       .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....G.... .......... .........A   [2789]
Calycanthus          .......... .......... .......... .........G .......... .......... .........C .....G.... .C........ T..G.....A   [2790]
Chimonanthus         .......... .......... .......... ...C...... .......... .C........ .........C .....G.... .C........ T..G.....A   [2782]
Idiospermum          .......... ........G. ....C..... .......... .......... .......... .........C .....G.... .......... T..G.....A   [2762]
Hedycarya            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....G.... .......... T........A   [2762]
Palmeria             .......... ........G. .......... .......... .......... .......... .......... .....G.... .......... T........A   [2780]
Peumus               .......... ........G. .......... .........T ........G. .......... .......... .....G.... .......... T........A   [2763]
Siparuna             ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Atherosperma         .......... ........G. .......... .......... .......... .......... ...C...... .....G.... .......... T........A   [2782]
Daphnandra           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Doryphora            ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Gomortega            ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2582]
Gyrocarpus           .......... A......... .......... .......... .......... .......... .........C .....G.... .C........ T........A   [2764]
Cryptocarya          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....G.... .......... T........A   [2764]
Cinnamomum           .......... .......... .A........ .......... .......... .......... .......... .....G.... .......... TA.......A   [2762]
Laurus               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1370]
Dicentra             .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... .....G.... .......... A........A   [2748]
Sanguinaria          .......... .......... .......... .......... .......... .......C.. ...C...... .....G.... .......... A........A   [2771]
Euptelea             .......... .......... .......... ...C...... .......... .......... ...C...... .....G.... .......... A........A   [2760]
Mahonia              .......... .......... .......... .......... .....T.... .......... ...C.....C .......... .......... AA.......A   [2782]
Podophyllum          .......... .......... ........C. .......... .......... .......... ...C.....C ..G....... .......... AA.......A   [2705]
Lardizabala          .......... ..?....... .......... .......... .......... .......... .......... .....G.... ........T. AA.......A   [2734]
Akebia               .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....G.... ........T. AA.......A   [2724]
Cissampelos          .......... ..C....... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... .......... AA.......A   [2730]
Cocculus             .........G ..C....... .......... .......... .......... .......... ...C...... .......... .......... AA.......A   [2782]
Ranunculus           .......... .......... .......... .......... .......... .......T.. ...C...... .....T.... .......... A-.......A   [2752]
Xanthorhiza          .......... .......... .......... .......... .......... .......T.. ...C...... ..C....... .......... AA.......A   [2726]
Sargentodoxa         .......... ........C. .......... .......... .......... .......... ...C...... .....-.... .......... AA.......A   [2690]
Nelumbo              .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...-.G.... .......... A--.C....A   [2770]
Platanus             ......G... .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... .....G.... ........-. A........A   [2732]
Petrophile           .......... .......... .A........ .......... .......... .......... ...C...... .....G.... .......... A........A   [2766]
Persoonia            .......... .......... .A........ .......... .......... .......... ...C...... .....G.... .......... A........A   [2783]
Grevillea            .......... .......... .A........ .......... .......... .......... ...C...... .....G.... .......... A........A   [2713]
Sabia                .........G ..C....... .......... .........T .......... .......... ...C..-..C .....G.... .......... A........T   [2576]
Meliosma             .........G .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... .....G.... .......... A........A   [2581]
Tetracentron         .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..-C...... .....G.... .......... A........A   [2761]
Trochodendron        .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...C...... .....G.... .......... A........A   [2770]
Buxus                .......... A......... .......... .......... .......... .......... ...C...... .....G.... .......... A..G.....A   [2727]
Sarcococca           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1373]
Pachysandra          .......... A......... .......... .......... .......... .......... ...C.....C .....G.... .......... A..G.....A   [2744]
Didymeles            .......... A......... .......... ...C...... .......... .......... ...C...... .....G.... .......... A........A   [2775]
Dioscorea            .......... .......... .......... .......... ........G. .......... ...G...... .......... .......... .........A   [2412]
Croomia              .......... .......... .......... .......... .....T..G. .......... ...A.....C .....G.... .......... .........A   [2748]
Carludovica          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1370]
Asparagus            .......... .......... .......... .......... ........G. .......C.. ...A...... .......... .......... ...G.....A   [2788]
Orontium             .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....G.... .......... .........A   [2782]
Spathiphyllum        .......... .....G.... .......... ......G..- ........G. .....A.... .......... .......... ......A... T........T   [2742]
Alisma               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1183]
Potamogeton          G......... .......... .......... .......... .......... .......... ...G...... .......... ....G..... .........A   [2784]
Triglochin           G......... .......... .......... .......... .......... .......... ...A...... .......... .....A.... ...T.....A   [2500]
Pleea                .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...A...... .....G.... .......... .........A   [2775]
Tofieldia            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .........C .....G.... .......... .........A   [2793]
Acorus_cal           .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....T.... .......... ...G.....G   [2781]
Acorus_gra           .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....T.... .......... ...G.....G   [2618]
Peperomia            .......... .......... .......... .......... ..T....... .......... ...C..C..C .GG....... .C........ .C.......T   [2790]
Piper                .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...C..C..C ..G..G.... .C..C..... .C.......A   [2790]
Anemopsis            .......... .......... .......... .......... .....T.... .......... .......... .....G.... .C........ .........T   [2732]
Houttuynia           .......... .......... .......... .......... .....T.... .......... .......... .....G.... .......... .........T   [2718]
Saururus             .......... .......... .......... .......... .....T.... .......... .......... .....G.... .C........ .........T   [2790]
Lactoris             .......... .......... .......... .......... .......... .......C.. .......... ..G..G.... .......... T..G.....A   [2766]
Aristolochia         .......... .......... .......... .......... .......... .......T.. ...C...... .......... .......... .........A   [2789]
Thottea              .......... .......... .......... .......... .......... .......T.. .......... .......... .......... .........T   [2705]
Asarum               .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....G.... .......... ...G.....A   [2782]
Sauruma              .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....G.... .......... ...G.....A   [2790]
Ceratophyllum_dem    .......... .......... .A........ .......... ..T....... .......... ...A...... .....G.... .......... T........A   [2686]
Ceratophyllum_sub    ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1348]
Ascarina             .......... .......... .......... .......... .......... ..C....... .......... .....----- ---------- ----------   [2669]
Chloranthus          .T........ .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... T........A   [2771]
Hedyosmum            .......... .......... .......... ...C.....G .......... .......... .......... .......... .......... .........A   [2789]
Sarcandra            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... T........A   [2689]
Nymphaea             .........G .......... .A........ .......... .......... .......... .......... .....G.... .......... .........A   [2791]
Nuphar               .........G .......... .A........ .......... .....T.... .......... .......... .....G.... .......... .........A   [2487]
Brasenia             .........G .......... .A.....TC. .......... .......... .......... .......... .....G.... .......... .........A   [2760]
Cabomba              ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2011]
Amborella            .......... .......... .......... .......... .......... ....G..... .......... .......... .......... .........A   [2788]
Illicium             .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....G.... .......... .........A   [2781]
Kadsura              .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..C..G.... .......... ..........   [2724]
Schisandra           .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..C..G.... .......... ..........   [2785]
Trimenia             .......... .......... .......... .......... .......... .C........ .........C .....G.... ....C..... .........A   [2451]
Austrobaileya        .......... ..C....... .......... .......... .......... .......... .......... .....G.... .......... .........A   [2789]
Cycas                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1401]
Zamia                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1397]
Ginkgo               .......... .......... .A.....T.. .......... ..T....... ....G..C.. C..C.....C ..G..C.... ....CA.... ..T......A   [2717]
Metasequoia          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2481]
Podocarpus           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2541]
Pinus                G......... A......... .A......C. .......... ..T....... ....G..... C..A.....C ..G..C.... ....G..... .ATG.....A   [2783]
Gnetum               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1750]
Welwitschia          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2547]

[                             2810       2820       2830       2840       2850       2860       2870       2880       2890       2900]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             ATTAGGGGGT TTCAACTGAT CCTTTCCGGA GAATTAGATG GTCTTCCCGA GCAGGCCTTT TATTTGGTAG GTAACATCGA TGAAGCTACC GCGAAGGCTA   [2890]
Liriodendron         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....T..... .......... ..........   [2893]
Degeneria            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2862]
Galbulimima          .......... ....G..... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2862]
Eupomatia            .......... .......... .......... .......... .......... A......... .......... .......... .........T ..........   [2862]
Annona               .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..-------- ----------   [2560]
Asimina              ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2552]
Cananga              ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1431]
Polyalthia           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1408]
Knema                ........A. .......... .......... .......... .......... .......... ........G. .......... .......... ..........   [2861]
Myristica            ........A. .......... .......... .......... .......... .......... ........G. .......... .......... ..........   [2889]
Mauloutchia          ........A. .......... .......... .......... .......... .......... ........G. .......... .......... ..........   [2831]
Belliolum            .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........G. .......... .......... ..........   [2862]
Drimys               .......... .......... .......... .......... .......... A......... ........G. .......... .......... ..........   [2887]
Tasmannia            .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........G. .......... .......... ..........   [2852]
Takhtajania          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2116]
Canella              .......... .......... .......... ........C. .......T.. .......... ........G. .......... .......... ..........   [2861]
Cinnamodendron       .......... .......... .......... ........C. .......T.. .......... ........G. .......T.. .......... ..........   [2889]
Calycanthus          .......... .......... ......G... .......... .......... A......... ........G. .......... .......... ..........   [2890]
Chimonanthus         .......... .......... ......G... .......... .......... A......... ........G. .......... .......... ..........   [2882]
Idiospermum          .......... .......... ......G... .......... .......... A......... ........G. ....T..... .......... ..........   [2862]
Hedycarya            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2862]
Palmeria             .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2880]
Peumus               .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2863]
Siparuna             ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Atherosperma         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2882]
Daphnandra           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Doryphora            ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1428]
Gomortega            ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2582]
Gyrocarpus           .......... .......... ......T... ........C. .......... .......... .......... .......... .......... .......G..   [2864]
Cryptocarya          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2864]
Cinnamomum           .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......T.. .........T ..........   [2862]
Laurus               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1370]
Dicentra             .......... .......... .......... .......... .......T.. .......... .......... .......... .......... ..........   [2848]
Sanguinaria          .......... .......... .......... .......... .......T.. .......... .......... .......... .......... ..??......   [2871]
Euptelea             .......... .......... .......... .......... .......... A......... .......... .......... .......... ..........   [2860]
Mahonia              .......... ...G...... .......... .........A .......T.. .........C ........C. .......... .......... ..........   [2882]
Podophyllum          .......... .......... .......... .........A .......T.. .......... .......... .......... .......... ..........   [2805]
Lardizabala          .......... .......... .......... .......... .......T.. .......... ........G. .......... .......... ..?.......   [2834]
Akebia               .......... .......... .......... .......... .......T.. .......... ........G. .......... .......... ..........   [2824]
Cissampelos          .......... .......... .......... ...C....C. .......T.. .......... ........G. .G........ .......... ..........   [2830]
Cocculus             .......... .......... .......... .......... .......T.. .......... ........G. .......... .......... ..........   [2882]
Ranunculus           ........T. .....T.... .......... .......... .......G.. A--------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2803]
Xanthorhiza          .......... .......... T......... ........C. .......G.. .......... .......... ....T..... .......... ..-.......   [2825]
Sargentodoxa         ........A. .......... .......-.. .......... .G.....T.. .......... ........G. .......... -......... ..........   [2788]
Nelumbo              .......... .......... .......... .......... .......T.. .......... .......... .......... .......... ..........   [2870]
Platanus             .......... .......... .......... .......... .......T.. .......... .......... .......... .......... ..........   [2832]
Petrophile           ........T. .....T.... .........C .........A .......T.. ...A...... .......... .......... .......... ..........   [2866]
Persoonia            ........C. .......... .........C .......... .......T.. .......... .......... .......... .......... ..........   [2883]
Grevillea            ........T. .......... .........C .......... .......T.. .......... .......... .......... .......... ..........   [2813]
Sabia                .......... .......... .......... .......... .......T.. A......... .......... .......... .......... ..........   [2676]
Meliosma             .....A..A. .......... .......... .......... .......T.. .......... .......... .......T.. ..-------- ----------   [2663]
Tetracentron         .......... .....T.... .......... .......... .......T.. A......... .......... .......... .......... ..........   [2861]
Trochodendron        .......... .....T.... .......... .......... .G.....T.. A......... .......... .......... .......... ..........   [2870]
Buxus                .......... .....T.... T......... .......... .......T.. .......... .......... .......... .......... ..........   [2827]
Sarcococca           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1373]
Pachysandra          .......... .....T.... .......... .......... .......T.. .......... .......... .......... .......... ...-......   [2843]
Didymeles            .......... .....T.... .......... .......... .......... .....A.... .......... .......A.. .......... ..........   [2875]
Dioscorea            .......... .......C.. T......... .........A .......... A.....---- ---------- ---------- ---------- ----------   [2468]
Croomia              ....A..... .......... T......... ........C. .......... ......T... ........G. ....T..... .......... .....A....   [2848]
Carludovica          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1370]
Asparagus            ........C. .......... A......... ........-C .......... .......... ........G. .......... C......... .....A....   [2887]
Orontium             .......... .......... .......... ........CA .......... A......... ........G. .......... .......... .....A....   [2882]
Spathiphyllum        ........A. .......... T......... .........C ..T.G..... A..A..T... ........G. .......... .......... .....A....   [2842]
Alisma               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1183]
Potamogeton          .....A.... .......... .......... ........CA .......G.. A......... .....A..G. .......... G......... .....A....   [2884]
Triglochin           .....A.... ...G...... .........G ........CA .......... A......... .....A..G. .......... .......... T....A....   [2600]
Pleea                .......... .......... .......... ........CA .......... .......... ........G. .......T.. .......... .....A....   [2875]
Tofieldia            .......... .......... ......T... ........CA .......... A......... ........G. .......... ......G... .....A....   [2893]
Acorus_cal           .......... .......... ......A... .......... .......... .......... ........G. .......... .......... ..........   [2881]
Acorus_gra           .......... .......... ......A... .......... .......... .......... ........G. .......... .......... ..........   [2718]
Peperomia            .......... .....T.A.. ......T... ........C. ..T....A.. A..A...... .......... .......... .......... ..........   [2890]
Piper                .......... .....T.A.. ......T... .......... .......A.. A..A...... .......... .......... .......... ..........   [2890]
Anemopsis            .......... .......... ......T... .......... .......A.. .......... .......... .......... .......... ..........   [2832]
Houttuynia           .......... .......... ......T... .......... .......A.. .......... .......... .......... .......... ..........   [2818]
Saururus             .......... .......... ......T... .......... .......A.. .......... .......... .......... .......... ..........   [2890]
Lactoris             .......... .......... .......... .......... .......... A......... .....A.... .......T.. .......... ..........   [2866]
Aristolochia         .......... .......... ......T... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2889]
Thottea              .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2805]
Asarum               .......... .......... .......... ........C. .......... A.....T... .......... .......... .......... ..........   [2882]
Sauruma              .......... .......... .......... ........C. .......... ......T... .......... .......... .......... ..........   [2890]
Ceratophyllum_dem    .....A.... ..A....... ......A... .........A .......... ......T... .......... .......... .......... ..........   [2786]
Ceratophyllum_sub    ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1348]
Ascarina             ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2669]
Chloranthus          ........A. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2871]
Hedyosmum            .......... .......... .......... .......... .......... A......... .......... .......... .......G.. ..........   [2889]
Sarcandra            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2789]
Nymphaea             .......... .......... .......... .........A ..T....... .......... .......... ....T..... .......... ..........   [2891]
Nuphar               .......... .......... .......... .........A ..T....... .......... .......... ....T..... .......... ..........   [2587]
Brasenia             .......... .......... .......... .........A ..T....... .......... .......... ....T..... ....A..... ..........   [2860]
Cabomba              ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2011]
Amborella            .......... .......... .......... .......... .......... A.....T... ...C...... .......... .......... ..........   [2888]
Illicium             .......... .......... .......... .......... .......... A......... .......... .......... .......... -.........   [2880]
Kadsura              .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2824]
Schisandra           .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2885]
Trimenia             .......... .......... .......... ?......... .......... .......... C......... .--------- ---------- ----------   [2522]
Austrobaileya        .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2889]
Cycas                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1401]
Zamia                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1397]
Ginkgo               .....A..T. ..A..A.... ......T... .......... ....C..... A.....T... .......... .......T.. .......... .....A....   [2817]
Metasequoia          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2481]
Podocarpus           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2541]
Pinus                .....A..T. .....A.... ......T... .......... .....AT... A...T.T... ........G. ....T..T.. .......... ..........   [2883]
Gnetum               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1750]
Welwitschia          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2547]

[                             2910       2920       2930       2940       2950       2960       2970       2980       2990       3000]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             TGAACTTAGA AGTGGAGAGC AAATTGAAGA AATGA---TC GGTCGAGTGG TCTCAGTTGG AGATGGGATT GCACGTGTTT ATGGATTGAA CGAGATTCAA   [2987]
Liriodendron         ........A. .A........ ..T....... .....--A.. .......... .........R .......... .......... .......... ..........   [2991]
Degeneria            .......... .......... ..T....... .....----- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2897]
Galbulimima          .......C.. .......... .......... .....----- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2897]
Eupomatia            .......... .......... ..T....... .....----. .......... .........A .......... .......... .......... ..........   [2958]
Annona               ---------- ---------- ---------- ---------. .......... .........A .......... .......... .......... ..........   [2621]
Asimina              ---------- ---------- ---------- ---------. .......... .........A .......... .......... .......... ..........   [2613]
Cananga              ---------- ---------- ---------- ------AA.. .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1495]
Polyalthia           ---------- ---------- ---------- -------A.. .......... .......... .......... .......... .......A.. ..........   [1471]
Knema                .......... .......... ..-....... .....----. .......... .........A .......... .......... .......... ..........   [2956]
Myristica            .......... .......... ..-....... .....----. .......... .........A .......... .......... .......... ..........   [2984]
Mauloutchia          .......... ---------- ---------- -----AGA.. .......... .........A .........A .......... .......... ..........   [2906]
Belliolum            .-........ T......... ..T....... .....--A.. .......... .........A .......... .......... .......... ..........   [2959]
Drimys               .......... T......... .......... .....AGA.. .......... .........A .......... .......... .......... ..........   [2987]
Tasmannia            .......... T......... .......... ...------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2885]
Takhtajania          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2116]
Canella              .......... T......... .......... .....---.. .......... .T........ .......... .......... .......... ..........   [2958]
Cinnamodendron       .......... T......... .......... .....----- ---------- ---------- ---------- ---------- -----..... ..........   [2939]
Calycanthus          .......... ...T...... .C........ .....---.. .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2987]
Chimonanthus         .......... ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- --------.. .......... ..........   [2914]
Idiospermum          ....G..... .T........ ..T....... .....-AT.. .......... .........A .......... .......... .......... ..........   [2961]
Hedycarya            .......... GA........ ..T....... .....----. .......... .........A .......... .......... .......... ..........   [2958]
Palmeria             .......... .?........ .--------- ---------- -----..... .......... .......... .......... .......... ..........   [2956]
Peumus               .......... .......... .....A.GC- ---------- -----..... .......... .......... .......... .......... ..........   [2947]
Siparuna             ---------- ---------- ---------- ---------- -----..... .......... .......... .......... .......... ..........   [1483]
Atherosperma         .......... ---------- ---------- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2954]
Daphnandra           ---------- ---------- ---------- -----AGA.. .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1493]
Doryphora            ---------- ---------- ---------- -------A.. .......... .........A .......... .......... .......... ..........   [1491]
Gomortega            ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2582]
Gyrocarpus           .......... .......... ..T....... .....-AA.. .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2963]
Cryptocarya          .......... ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- -------... .......... .......... ..........   [2907]
Cinnamomum           .......... .......... ..T....... .....--A.. .......... .........A .......... .......... .......... ..........   [2960]
Laurus               ---------- ---------- ---------- ---------. .......... .........A .......... .......... .......... ..........   [1431]
Dicentra             .......... .......... C.G....... .....----. .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2944]
Sanguinaria          .T........ .......... .......... .....----. .......... .......... G......... .......... .........C ..........   [2967]
Euptelea             .......... .......... .......... .....---.. .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2957]
Mahonia              .......... .--------- ---------- ---------- ---------- ---------- -------... .......... .......... ..........   [2926]
Podophyllum          .A..T..... ---------- ---------- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2877]
Lardizabala          .......... .......... ..C....... .....---.. .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2931]
Akebia               .......... .......... ..C....... .....--A.. .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2922]
Cissampelos          .......... ---------- ---------- -------A.. .......... .........A .......... .......... .......... ..........   [2903]
Cocculus             .......... T.A....... .--------- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2965]
Ranunculus           ---------- ---------- ---------- --------.. .......... .......... ......A..A .......... .......... ..........   [2865]
Xanthorhiza          ........-- ---------- ---------- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2895]
Sargentodoxa         ........-- ---------- ---------- ---------- -----..... .......... .......... .......... .......... ..........   [2851]
Nelumbo              ........-- ---------- ---------- ---------. .......... .........A .......... .......... .......... ..........   [2939]
Platanus             ........-- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- .......... .......... ..........   [2870]
Petrophile           .......... ......S... ..T....... .....----- ---------- ---------- ---------- .......... .......... ..........   [2931]
Persoonia            ........-- ---------- ---------- ---------- -----..... .......... .......... .......... .......... ..........   [2946]
Grevillea            .......... .......... ..T....... .....----- ---------- ---....... .......... ..C....... T......... G.........   [2895]
Sabia                .......... ..G.....A. ..T....... .....-AA.. .......... .........A .......... .......... .......... ..........   [2775]
Meliosma             ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---....... .......... ..........   [2690]
Tetracentron         .......... .......... .......... .....--A.. .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2959]
Trochodendron        ........-- ---------- ---------- ---------- ---------- ---....... .......... .......... .......... ..........   [2925]
Buxus                ........-- ---------- ---------- -----AGA.. .......... .........A ...C..T... .......... .......... ..........   [2900]
Sarcococca           ---------- ---------- ---------- -------A.. .......... .........A .......... .......... .......... ..........   [1436]
Pachysandra          .......... .......... .......... .....---A. .......... .........A .......... .......... .......... ..........   [2940]
Didymeles            ......C... .......... .......G.. .....--A.. .......... .........A .......... .......... .......... ..........   [2973]
Dioscorea            ---------- ---------- ---------- -------C.. .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2531]
Croomia              .......... ...------- ---------- ---------. .......... .........A .......... .......... .......... .......A..   [2922]
Carludovica          ---------- ---------- ---------- ---------. .......... .........A .......... .......... .......... ..........   [1431]
Asparagus            ...C------ ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- --------A. TGC..G.... .......... ..........   [2923]
Orontium             .......... ---------- ---------- ------AA.. .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2956]
Spathiphyllum        .T..T.AGA- ---------- ---------- ---------. .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2912]
Alisma               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ......A... ..M....... .......A.. G..A......   [1223]
Potamogeton          ...C...... .TA.A----- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---....... .......A.. G.........   [2926]
Triglochin           .T........ .TA.A----- ---------- ---------. .......... ....C....R .........A .......... .......A.. G.........   [2676]
Pleea                ..T....... .A..------ ---------- --------.. .......... .........A .......... .......... ....C..... ..........   [2951]
Tofieldia            .......... .A........ .......... .....--A.. .......... .......... .......... .......... ....C..... ..........   [2991]
Acorus_cal           ....T..... .......... .......... .....----- ---------- ------.... ......A... .....C..AG .C..T..... T.........   [2960]
Acorus_gra           ....T..... .......... .--------- -------A.. .......... .......... G.....T... ..C..C..AG .C..T..... T.........   [2802]
Peperomia            .......... T.A....... ..-..-.... .....----. .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2984]
Piper                .......... T.A....... .....A.... .-...-AA.. .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2988]
Anemopsis            .......... ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------.   [2843]
Houttuynia           .......... T......... .......... .....----- -----..... .......... .......... .......... .......... ..........   [2908]
Saururus             .......... T......... .......... .....---.. .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2987]
Lactoris             .......... T......... ..T.CA..A. .....----- ---------- --.......A ......A... ..C....... .......... ..........   [2949]
Aristolochia         .......... T......... ..W..R.... .....--A.. .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2987]
Thottea              .......... .......... .......--- ---------- ---....... .........A .......... .......... .......... ..........   [2889]
Asarum               .A........ T.A....... .......... .....--A.. .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2980]
Sauruma              .C........ .A..AG.... ..T....... .....---.. .......... .........A .......... .......... .......... ..........   [2987]
Ceratophyllum_dem    .T........ .A........ ..-..-.... .....----- ----A..... .........A .......... ........A. ........-. ..........   [2874]
Ceratophyllum_sub    ---------- ---------- ---------- ---------- -----..... .......... .......... ........A. .......... ..........   [1403]
Ascarina             ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2669]
Chloranthus          .......... .........T .......... .....----- ---------- ---------- ---------. .......... .......... ..........   [2937]
Hedyosmum            .......... .......... .......... .....AGA.. .......... .........A .......... .......... .......... ..........   [2989]
Sarcandra            .......... .........T ..T....... .....--A.. .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2887]
Nymphaea             .......... ...A...... .......... .....----- ---------- ---------- ---------- ---....... .......... ..........   [2953]
Nuphar               .......... ...A...... ---------- ---------- ---------- --.......A ......A... .......... .......... ..........   [2655]
Brasenia             .......... ...A...... ..T....... .....----- ---------- ---------- ---------- ---....... .......... ..........   [2922]
Cabomba              ---------- ---------- ---------- ---------- ----A..... .......... .......... .......... .......... ..........   [2067]
Amborella            .T........ ...A...... ....AA.... .....---.. .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2985]
Illicium             .......... .......... .......... .....----- ---------- ---------- ---------- ---....... .......... ..........   [2942]
Kadsura              .......... ---------- ---------- ---------- ----A..... .......... .......... .......... .......... ..........   [2890]
Schisandra           .......... ...A...... .......... .....----- ----A..... .........A .......... .......... .......... ..........   [2976]
Trimenia             ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2522]
Austrobaileya        .......... ...T...... .......... .....----. .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2985]
Cycas                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---....... ......CA.. ..........   [1428]
Zamia                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [1397]
Ginkgo               ......C... .......... T....ACTA. .....----- -----..... .........R .......... .......... .......... ..........   [2907]
Metasequoia          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- -------A.. ..........   [2494]
Podocarpus           ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2541]
Pinus                .A....CCAG CA....A..T T..------- ---------- ---------- ---------- ......A... ..C.....C. .......... ..........   [2946]
Gnetum               ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- -.....A... .....C..A. C......... .A........   [1789]
Welwitschia          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2547]

[                             3010       3020       3030       3040       3050       3060       3070       3080       3090       3100]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             GCTGGGGAAA TGGTGGAATT TGCCAGCGGT GTGAAAGGAA TAGCGTTGAA TCTTGAGAAT GAGAATGTAG GGATTGTTGT CTTTGGTAGT GATACCGCCA   [3087]
Liriodendron         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3091]
Degeneria            ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2897]
Galbulimima          ---------- ---------- ---------- .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2967]
Eupomatia            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3058]
Annona               .......... .......... ...T...... .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... ..........   [2721]
Asimina              .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2713]
Cananga              .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .....T....   [1595]
Polyalthia           .......... .......... .......... .......... .......A.. .......... ..T....... .......... .......... ..........   [1571]
Knema                .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3056]
Myristica            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3084]
Mauloutchia          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3006]
Belliolum            .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........T.   [3059]
Drimys               .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........T.   [3087]
Tasmannia            -------... ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........T.   [2978]
Takhtajania          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2116]
Canella              .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........T.   [3058]
Cinnamodendron       .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........T.   [3039]
Calycanthus          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........T.   [3087]
Chimonanthus         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........T.   [3014]
Idiospermum          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........T.   [3061]
Hedycarya            .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........T.   [3058]
Palmeria             .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........T.   [3056]
Peumus               .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........T.   [3047]
Siparuna             .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........T.   [1583]
Atherosperma         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........T.   [3054]
Daphnandra           .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........T.   [1593]
Doryphora            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........T.   [1591]
Gomortega            ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2582]
Gyrocarpus           .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........T.   [3063]
Cryptocarya          .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........G. .......... .......... ........G.   [3007]
Cinnamomum           .......... .......... .T........ .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........T.   [3060]
Laurus               .......... .......... .T........ .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........T.   [1531]
Dicentra             .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... .T........ ......A... ........T.   [3044]
Sanguinaria          .......... ....T..... .......... .....G.... .......... .......... .......... .T........ ......A... ........T.   [3067]
Euptelea             .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .T........ ......A... ........T.   [3057]
Mahonia              .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .T........ ......A... ........T.   [3026]
Podophyllum          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .T........ ......A... ........T.   [2977]
Lardizabala          .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... .T........ ......A... ........T.   [3031]
Akebia               .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... .T........ ......A... ........T.   [3022]
Cissampelos          .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... .T........ .......... ........T.   [3003]
Cocculus             .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... .T........ .......... ........T.   [3065]
Ranunculus           .....A.... .......... .......... .......... .C........ .......... ..A.....C. .T........ ......A... ........T.   [2965]
Xanthorhiza          .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... ........G. .T........ ......A... ........T.   [2995]
Sargentodoxa         .......... .......... .........C .C........ .......... .......... .......... .T........ ......A... ........T.   [2951]
Nelumbo              .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... .T........ ......A... ........T.   [3039]
Platanus             .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... .T........ ......A... ........T.   [2970]
Petrophile           .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... .T........ ......A... ........T.   [3031]
Persoonia            .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... .T........ ......A... ........T.   [3046]
Grevillea            .......... ....T..... .......... .......... ....C..... .......... .......... .T........ ......A... ........T.   [2995]
Sabia                .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... .T........ ......A... ........T.   [2875]
Meliosma             .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... .T........ ......A... ........T.   [2790]
Tetracentron         .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... .T........ ......A... ........T.   [3059]
Trochodendron        .......... ....A..... .T........ .......... .......... .......... .......... .T........ ......A... ........T.   [3025]
Buxus                .....T.... .......... .......... .......... .C..C..... .......... ..A....... .T........ ......A... ........T.   [3000]
Sarcococca           .....T.... ....T..... .......... .......... .C..C..... .......... .......... .T........ ......A... ........T.   [1536]
Pachysandra          .....T.... ....T..... .......... .......... .C..C..... .......... .......... .T........ ......A... ........T.   [3040]
Didymeles            .....T.... .......... .......... .......... ....C..... .......... .......... .T........ ......A... ........T.   [3073]
Dioscorea            .....A.... ....T..... .......... .......... ....C..... .......... .......... .T........ .......... ........T.   [2631]
Croomia              .....A.... .......... .......... .......... ....CA.... .......... .......... .T........ .......... ........T.   [3022]
Carludovica          .....A.... .......... .......... .......... ....C..... .......... .......... .T........ .......... ........T.   [1531]
Asparagus            .....A.... ....T..... .......... .........C ....C..... .......... .......... .T......A. ..A....... ......A.T.   [3023]
Orontium             .......... .......... .......... ..C....... .......A.. .......... .......... .T........ .......... ........T.   [3056]
Spathiphyllum        .......... .......... ......T... .......... .......A.. .......... .......... .T........ .......... ........T.   [3012]
Alisma               T....T.... ....A..... .........G ..C.....C. ....T..... .T.A..A... .......... .T........ .......... ........T.   [1323]
Potamogeton          .......... ....C..... ....T..... ..C....... .C..T..... ......A... ........G. .T........ .......... ........T.   [3026]
Triglochin           .....A.... ....C..... .......... ..C....... ....T..A.. ......A... ........G. .T........ .......... ........T.   [2776]
Pleea                .......... .......... .......... .......... .......... ...G...... .......... .T........ .......... ........T.   [3051]
Tofieldia            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .T........ .......... ........T.   [3091]
Acorus_cal           .....A.... ....T..... .....AT... ..AC.G.... .C..T..A.. ...G...... ..A.....G. .T..A..GA. A......... ........T.   [3060]
Acorus_gra           .....A.... ....T..... .T...AT... ..AC.G.... .C..T..A.. ...G...... ..A.....G. .T..A..GA. A......... ........A.   [2902]
Peperomia            .......... ....T..... .......... .......... .......A.. .......... ..T....... ........A. ...A...... ........T.   [3084]
Piper                .......... ....T..... .......... .......... .......A.. .......... .......... ........A. .......... ........T.   [3088]
Anemopsis            .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... ........A. .......... ........T.   [2943]
Houttuynia           .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... ........A. .......... ........T.   [3008]
Saururus             .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... ........A. .......... ....T...T.   [3087]
Lactoris             .......... ....T..... .......... ..A....... ....A..... .......... .......... .......... .......... ........T.   [3049]
Aristolochia         .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........T.   [3087]
Thottea              .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........T.   [2989]
Asarum               .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........T.   [3080]
Sauruma              .......... ....T..... .......... .......... ....C..... .......... .......... .......... .......... ........T.   [3087]
Ceratophyllum_dem    .......... .......... ...T...... .......... .......... .......... .......... .C........ .......... ........T.   [2974]
Ceratophyllum_sub    .......... .......... ...T...... .......... .......... .......... .......... .C........ .......... ........T.   [1503]
Ascarina             ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ........T.   [2679]
Chloranthus          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .T........ .......... ........T.   [3037]
Hedyosmum            .......... .......... .......... .......... .......... ......A... .......... .T........ .......... ........T.   [3089]
Sarcandra            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .T........ .......... ........T.   [2987]
Nymphaea             ..C....... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .T........ .......... ........T.   [3053]
Nuphar               ..C....... ....T..... .......... .......... .......... .......... .......... .T........ .......... ........T.   [2755]
Brasenia             ..C....... ....T..... ....T..... .......... .......... .......... .......... .T........ .......... ........T.   [3022]
Cabomba              T.C....... .......... .......... .......... .......... ...G...... .......... .T........ .......... ........T.   [2167]
Amborella            .......... ....C..... .......... .......... ....C..A.. .......... .......... .A.AAAAA.. .......... .....T..T.   [3085]
Illicium             ..A....... ....T..... .......... .......... .......C.. .......... .......... .T........ .......... ........T.   [3042]
Kadsura              .......... ....T..... .......... .......... .......C.. .......... .......... .T........ .......... ........T.   [2990]
Schisandra           .......... ....T..... .......... .......... .......C.. .......... .......... .T........ .......... ........T.   [3076]
Trimenia             ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2522]
Austrobaileya        .......... .......... .......... .......... .......C.. ...G...... .......... .T........ .......... ........T.   [3085]
Cycas                .......... ....T..... C......... .......... .......... ..C....... .......... .T........ A.C....... ..........   [1528]
Zamia                ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- -.........   [1406]
Ginkgo               .......... ....T..... .......... .......... .....C.... .......G.. .......... .T........ A......... ..........   [3007]
Metasequoia          .......... ....C..... .......... .......... .......... ..C....... .......... .T..C..C.. A.CC....AC ..CGTT....   [2594]
Podocarpus           ---------- ----T..... C......... .......... .T........ ..C....... .......... .T..C..C.. A.....G... .....T..T.   [2627]
Pinus                .......... ....C..... .......... .......... .......... .......... .......... .T..C..G.C A......... ..........   [3046]
Gnetum               ..C....... ....C..... .T........ .....G..C. .......... ...G...... .......... .T..C..... A......... ..........   [1889]
Welwitschia          ---------- ---------- ---T.....G ..A..T..C. .......... ...G...... .......... .T........ A......... .....T....   [2624]

[                             3110       3120       3130       3140       3150       3160       3170       3180       3190       3200]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             TTAAAGAAGG AGATCTTGTC AAGCGCACTG GATCTATTGT GGATGTTCCT GCGGGAAAGG CCATGTTAGG CCGTGTGGTC GACGCGTTGG GAGTACCTAT   [3187]
Liriodendron         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3191]
Degeneria            ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2897]
Galbulimima          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3067]
Eupomatia            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3158]
Annona               .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2821]
Asimina              .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2813]
Cananga              .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1695]
Polyalthia           .......G.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1671]
Knema                .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3156]
Myristica            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3184]
Mauloutchia          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3106]
Belliolum            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3159]
Drimys               .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3187]
Tasmannia            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3078]
Takhtajania          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2116]
Canella              .......... .......... .......... ....C..... .........A .......... .......... .......... .......... ..........   [3158]
Cinnamodendron       .......... .......... .......... ....C..... .........A .......... .......... .......... .......... ..........   [3139]
Calycanthus          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3187]
Chimonanthus         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3114]
Idiospermum          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..A.......   [3161]
Hedycarya            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3158]
Palmeria             .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3156]
Peumus               .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3147]
Siparuna             .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1683]
Atherosperma         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3154]
Daphnandra           .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1693]
Doryphora            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1691]
Gomortega            ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2582]
Gyrocarpus           .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..A.......   [3163]
Cryptocarya          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3107]
Cinnamomum           .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3160]
Laurus               .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1631]
Dicentra             .......... .......... .......... .......... .......... ..A....... .A...C.... .......... .......... ..........   [3144]
Sanguinaria          .......... .......... .......... .......... .......... ..A....... .A...C.... .......... .......... ..........   [3167]
Euptelea             .......... .......... .......... .......... .......... ..A....... .A...C.... .......... .......... ..........   [3157]
Mahonia              .......... .......... .......... .......... .......... ..A....... .A...C.... .......... ....G..... ..........   [3126]
Podophyllum          .......... .......... .......... .......... .......... ..T....... .A...C.... .......... .......... ..........   [3077]
Lardizabala          .A........ .......... .......... .......... .......... ..A....... .A...C.... .......... .......... ..........   [3131]
Akebia               .A........ .......... .......... .......... .......... ..A....... .A...C.... .......... .......... ..........   [3122]
Cissampelos          .......... .......... .......... ....C..... .......... ..A....... .A...C.... .......... .......... .......C..   [3103]
Cocculus             .......... .......... .......... ....C..... .......... ..A....... .A...C.... .......... .......... .......C..   [3165]
Ranunculus           .......... G...A..... ........A. .......... .......... ..A....... .A...C.... ......A... ..T....... ..C.......   [3065]
Xanthorhiza          .......... .......... .......... .......... .......... ..A....... .A...C.... .......... ..T....... ..........   [3095]
Sargentodoxa         .......... .......... .......... .......... .......... ..A....... .A...C.... .......... .......... ..........   [3051]
Nelumbo              .......... .......... .......... .......... .......... ..A....... .A...C.... .......... .......... ..........   [3139]
Platanus             .......... .......... .......... .......... .......... ..A....... .A...C.... G......... .......... ..........   [3070]
Petrophile           .......... .......... .......... .......... .......... ..A....... .A...C.... G......... .......... ..........   [3131]
Persoonia            .......... .......... .......... .......... .......... ..A....... .A...C.... G......... .......... ..........   [3146]
Grevillea            .......... .......... .......... .......... .......... ..C....... .A...C.... G......... .......... ....T.....   [3095]
Sabia                .......... .......... .......... .......... .......... ..A....... .A...C.... .......... .......... ..........   [2975]
Meliosma             .......... .......... .......... .......... .......... ..A....... .A...C.... .......... .......... ..........   [2890]
Tetracentron         .......... .......... .......... .......... .......... ..A....... .A...C.... .......... .......... ..........   [3159]
Trochodendron        .......... .......... .......... .......... .......... ..A....... .A...C.... .......... .......... ..........   [3125]
Buxus                .......... G......... .......... ....C..... .......... .......... .A...C.... .........A .......... ....G..C..   [3100]
Sarcococca           .......... G......... .......... .......... .......... .......... .A...C.... .......... .......... ....G..C..   [1636]
Pachysandra          .......... G......... .......... .......... .......... .......... .A...C.... .......... .......... ....G..C..   [3140]
Didymeles            .......... .......... .......... .......... .......... ..A....... .A...C.... .......... .......... ..........   [3173]
Dioscorea            .......... .......... ..A....... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2731]
Croomia              .A........ G......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3122]
Carludovica          .......... G......... .......... ........A. .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1631]
Asparagus            .....A.... .......... .......... ....C..... .......... ..A....... .......... .......... ...A...... ..........   [3123]
Orontium             .......... .......... .......... .......... .........C .......... .......... .......... .......... ..........   [3156]
Spathiphyllum        .......... ...C...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3112]
Alisma               .......... .........A .......... .G........ .......... ........AT G.T....... T......... ..T..T.... .G.....C..   [1423]
Potamogeton          .......... .......... .......... .G........ .........C ........AT ..T....... .......... ..T..TC... .......C..   [3126]
Triglochin           .......... .......... .......... .G........ .........C ..A.....AT ..T....... .......... ..T..T.... .......C..   [2876]
Pleea                .......... .......... .......... ....A..... .......... .......... .......... .......... .......... ....C.....   [3151]
Tofieldia            .......... .......... .......... ....A..... .......... .......... .......... .......... .......... ....C.....   [3191]
Acorus_cal           ....G..G.. .......... .......... ....C..... .......... .TA..T.... .A........ .........T ..T..A.... ..........   [3160]
Acorus_gra           ....G..G.. .......... .......... .......... .......... .TA..T.... .A........ .........T ..T..A.... ..........   [3002]
Peperomia            .......... .........T .....T.... .......... T......... ..T....... .......... ......A... .....A.... ..........   [3184]
Piper                .......... .......... .....T.... .......... .......... .......... .......... ......A... .....A.... ..........   [3188]
Anemopsis            .......... .......... .....T.... .......... .......... .......... .......... ......A... .......... ..........   [3043]
Houttuynia           .......... .......... .....T.... .......... .......... .......... .......... ......A... .......... ..........   [3108]
Saururus             .......... ....A....T .....T.... .......... .......... .......... .......... ......A... .......... ..........   [3187]
Lactoris             .......... .......... .......... .......... A......... ..A....... .......... ......A... ........A. ..........   [3149]
Aristolochia         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ......A... .......... ..........   [3187]
Thottea              .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ......A... .......... ..........   [3089]
Asarum               .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ......A... .......... ..........   [3180]
Sauruma              .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ......A... .......... ..........   [3187]
Ceratophyllum_dem    ..C....... .......... .....A.... ........T. .........C .......... .A........ .......... .....A.... .......C..   [3074]
Ceratophyllum_sub    ..C....... .......... .....A.... ........T. .........C .......... .A........ .......... .....A.... .......C..   [1603]
Ascarina             .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....T.....   [2779]
Chloranthus          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3137]
Hedyosmum            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3189]
Sarcandra            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3087]
Nymphaea             .......... .......... .......... .C........ .......... .......... .......... ......A... .......... ..........   [3153]
Nuphar               .......... .......... .......... .C........ .......... .......... .......... ......A... .......... ..........   [2855]
Brasenia             .......... ......A... .......... .C........ .......... .......... .......... ......A... .......... ..........   [3122]
Cabomba              .......... .......... .......... .C........ .......... .......... .......... ......A... .......... ..........   [2267]
Amborella            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .T...C.... G......... .......... ..........   [3185]
Illicium             .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3142]
Kadsura              .......... .......... .......... .......... .....C.... .......... .......... .......... .......... ..........   [3090]
Schisandra           .......... .......... .......... .......... .....C.... .......... .......... .......... .......... ..........   [3176]
Trimenia             ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2522]
Austrobaileya        .......... .......... .......... .......... .....C.... .......... .......... T......... .......... ..........   [3185]
Cycas                .......... .......... .......... .......... .......... .T........ .......... T......... ..T....... ..........   [1628]
Zamia                .......... .......... ..A....... .......... .......... .T........ .......... T......... ..T....... ..........   [1506]
Ginkgo               .......... ......C... .......... .......... .......... .T........ .......... T......... ..T....... ..........   [3107]
Metasequoia          .A........ ......G... .....G.... .......... ......C..C .T...G.... ..C..CC... T........G ..T....... ..........   [2694]
Podocarpus           .A........ ......G... .....A.... .......... ...C.....C .T...G.... ..C....G.. T......... ..T....... ....C.....   [2727]
Pinus                .C........ .TC...C... .......... .......... .TC....... .T........ .......... T......... ..T....... ..........   [3146]
Gnetum               ...TT..... .TCCA.C... .....A.... ....C..... .TCA.....C .T........ .......... .........G ..T...C... ....C...T.   [1989]
Welwitschia          .A........ .TCCA.C... .....A.... .C..A..... .TCA.....C .T........ ..C....... .........G ..T...C... ........C.   [2724]

[                             3210       3220       3230       3240       3250       3260       3270       3280       3290       3300]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             TGATGGAAGA GGGGCTCTA- --------AG CGATCACGAA CGAAGACGTG TCGAAGTGAA AGCCCCAGGG ATTATTGAAC GTAAATCTGT GCACGAACCT   [3278]
Liriodendron         .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3282]
Degeneria            ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2897]
Galbulimima          .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3158]
Eupomatia            .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3249]
Annona               .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2912]
Asimina              .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2904]
Cananga              .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1786]
Polyalthia           .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......A.. ..........   [1762]
Knema                .......... ........C- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3247]
Myristica            .......... ........C- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3275]
Mauloutchia          .......... ........C- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......C.. ..........   [3197]
Belliolum            .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3250]
Drimys               .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3278]
Tasmannia            .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3169]
Takhtajania          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2116]
Canella              .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3249]
Cinnamodendron       .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3230]
Calycanthus          .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3278]
Chimonanthus         .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3205]
Idiospermum          .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3252]
Hedycarya            .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3249]
Palmeria             .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3247]
Peumus               .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3238]
Siparuna             .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1774]
Atherosperma         .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3245]
Daphnandra           .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1784]
Doryphora            .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1782]
Gomortega            ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2582]
Gyrocarpus           .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3254]
Cryptocarya          .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3198]
Cinnamomum           .......... .........- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... .......... ..........   [3251]
Laurus               .......... .........- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... .......... ..........   [1722]
Dicentra             .......... .........- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... .G........ ......G...   [3235]
Sanguinaria          .......... .........- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... .G........ ......G...   [3258]
Euptelea             .......... .........- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... .G........ ......G...   [3248]
Mahonia              .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .G.....C.. ......G...   [3217]
Podophyllum          .......... .........- --------.. .........G .......... .......... ......T... .......... .G.....C.. ......G...   [3168]
Lardizabala          .......... .........- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... .G........ ......G...   [3222]
Akebia               .......... .........- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... .G........ ......G...   [3213]
Cissampelos          .......... .........- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... .......... ......G...   [3194]
Cocculus             .......... .........- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... .......A.. ......G...   [3256]
Ranunculus           ........A. .........- --------.. .......... .......... .......... ...T..T... .......... .G.....C.. ......G...   [3156]
Xanthorhiza          .......... .........- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... .G.....C.. ......G...   [3186]
Sargentodoxa         .......... .........- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... .G.....G.. ......G...   [3142]
Nelumbo              .......... .........- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... .......... ......G...   [3230]
Platanus             .......... ......T..- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... .......... ......G...   [3161]
Petrophile           .......... .........- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... .......... ......G...   [3222]
Persoonia            .......... .........- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... .......... ......G...   [3237]
Grevillea            ......C... ..TT.....- --------.. .......... ..C....... .......... ...A..T..T .......... .......... ......G..A   [3186]
Sabia                .......... .........- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... ..C....... ......G...   [3066]
Meliosma             .......... .........- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... .......... ......G...   [2981]
Tetracentron         .......... .........- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... .......... ......G...   [3250]
Trochodendron        .......... .........- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... .......... ......G...   [3216]
Buxus                .......... .........- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... .......... ..........   [3191]
Sarcococca           .......... .........- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... .......... ......G...   [1727]
Pachysandra          .......... .........- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... .......... ......G...   [3231]
Didymeles            .......... .........- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... .......... ......G...   [3264]
Dioscorea            .......... .........- --------.. .......... .......... .......A.. .......... .......... .......... ..........   [2822]
Croomia              .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... ..C....... .........C   [3213]
Carludovica          .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .........C   [1722]
Asparagus            ........A. .........- --------.. .A........ .......... .......... G.....G... .......... .......... .........C   [3214]
Orontium             .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3247]
Spathiphyllum        .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3203]
Alisma               ......C.A. ..TT.....- --------.. .......... ..G.....C. .......... ......T..T ........G. ..CG...... .........A   [1514]
Potamogeton          ......C... ..TT.....- --------.. ..C....... ........G. .......... .........T ........G. ..CG...C.. .........C   [3217]
Triglochin           ......C... ..TT.....- --------.. .......... ........G. .......... .........T ........G. ..CG...... .........C   [2967]
Pleea                .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......C.. ..........   [3242]
Tofieldia            .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......C.. ..........   [3282]
Acorus_cal           ........A. ..A...T..- --------.. T...T..... ....A..... .G........ ......T... .......... .......... A.........   [3251]
Acorus_gra           ........A. ..A...T..- --------.. T...T..... ....A..... .G........ ...G..T... .......... .......... A.........   [3093]
Peperomia            .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... ..C....... ..........   [3275]
Piper                .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3279]
Anemopsis            .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3134]
Houttuynia           .......... .........- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... .......... ..........   [3199]
Saururus             .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .........A .......... .......... ..........   [3278]
Lactoris             .......... .........- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... .......... ..........   [3240]
Aristolochia         ........A. .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3278]
Thottea              ........A. .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3180]
Asarum               .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3271]
Sauruma              .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3278]
Ceratophyllum_dem    .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... ..C....... .........C   [3165]
Ceratophyllum_sub    .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... ..C....... .........C   [1694]
Ascarina             .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [2870]
Chloranthus          .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3228]
Hedyosmum            .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3280]
Sarcandra            .......... .........- --------.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3178]
Nymphaea             ........A. .........- --------.. .......... .......... .......T.. ......T..T .......... .......A.. ..........   [3244]
Nuphar               .......... .........- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... .......... ..........   [2946]
Brasenia             .......... .........- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... .......... ..........   [3213]
Cabomba              .......... .........- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... .......... ..........   [2358]
Amborella            .......... .........- --------.. .........G .A........ .......... ......T... .....A.... .......... ......G...   [3276]
Illicium             .......... .........- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... ..C....... ..........   [3233]
Kadsura              .......... .........- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... ..C....... ..........   [3181]
Schisandra           .......... .........- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... ..C....... ..........   [3267]
Trimenia             ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2522]
Austrobaileya        .......... .........- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... .......... .........A   [3276]
Cycas                ........A. ......T..- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... .......... ..........   [1719]
Zamia                ........A. ......T..- --------.. .......... .......... .......... ......T... .......... .C........ ..........   [1597]
Ginkgo               ........A. ......TC.- --------.. .......... .......... ......C... ......T... .......... .......... ..........   [3198]
Metasequoia          ........A. .....C...C AGGTAAATGA G.GCGC.... .......... ......C... ......T... .....C.... .......C.. ..........   [2794]
Podocarpus           ........A. .....A...C AGGTCGAT.. G.GCGC.... .......... ......C... ......T... .......... .C........ .........C   [2827]
Pinus                ......T.A. ......T..- --------.. ...G...TT. .TC....... ......C... .........T .......... .......... ..........   [3237]
Gnetum               G.....TTT. ..AAA.G..- --------.. ...G...TC. .TCC...... ......C... .........T .......... .......... .........C   [2080]
Welwitschia          G.....T.AC ......T..- --------G. ...G...TC. ..T....... ......C... .........T .......... .CTCTAAA.. .........C   [2815]

[                             3310       3320       3330       3340       3350       3360       3370       3380       3390       3400]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             ATGCAAACAG GGTTAAAAGC TGTGGATAGC CTGGTTCCTA TAGGCCGTGG TCAACGAGAA CTTATAATCG GGGACCGACA AACTGGAAAA ACAGCTATTG   [3378]
Liriodendron         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3382]
Degeneria            ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2897]
Galbulimima          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3258]
Eupomatia            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3349]
Annona               .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3012]
Asimina              .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3004]
Cananga              .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1886]
Polyalthia           .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1862]
Knema                .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...A...... ..........   [3347]
Myristica            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ...A...... ..T.......   [3375]
Mauloutchia          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..T.......   [3297]
Belliolum            ........T. .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..........   [3350]
Drimys               ........T. .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..........   [3378]
Tasmannia            ........T. .......... .......... .......... .......Y.. .......... ..G....... .......... .......... ..........   [3269]
Takhtajania          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2116]
Canella              ........T. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3349]
Cinnamodendron       ........T. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3330]
Calycanthus          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3378]
Chimonanthus         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3305]
Idiospermum          .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3352]
Hedycarya            .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..........   [3349]
Palmeria             .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3347]
Peumus               .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3338]
Siparuna             .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1874]
Atherosperma         .......... .......G.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3345]
Daphnandra           .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1884]
Doryphora            .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1882]
Gomortega            ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2582]
Gyrocarpus           .......... .......... A......... .......... .......... .......... .......... .......... ...A...... ..........   [3354]
Cryptocarya          .......... .......... A......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..T.......   [3298]
Cinnamomum           .......... .......... .......... ..C....... .......... .......... .......... .......... .......... ..T.......   [3351]
Laurus               .......... .......... A......... ..C....... .......... .......... .......... .......... ...A...... ..T.......   [1822]
Dicentra             .......... .......... G..A...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..C.......   [3335]
Sanguinaria          .......... .......... G..A...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..C.......   [3358]
Euptelea             .......... .......... G..A...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3348]
Mahonia              .......... .......... G..A...... .......... .......... .......... .......... .......... ...A...... ..........   [3317]
Podophyllum          .......... .......... G..C...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3268]
Lardizabala          .......... .......... G..A...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........A.   [3322]
Akebia               .......... .......... G..A...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........A.   [3313]
Cissampelos          .......... .......... G..A...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........A.   [3294]
Cocculus             .......... .......... G..A...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3356]
Ranunculus           .......... .......... G..A...... .......... ....G..... .......... .......... .C........ ...A...... ..C.......   [3256]
Xanthorhiza          .......... .......... G..A...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3286]
Sargentodoxa         .......... .......... G..A...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........A.   [3242]
Nelumbo              .......... .......... G..A...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3330]
Platanus             .......... .......... G..A...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3261]
Petrophile           .......... .......... G..A...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3322]
Persoonia            .......... .......... G..A...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3337]
Grevillea            ........T. .......... G..A...... .......... .......... ......C... .......... .......... ...A...... ..........   [3286]
Sabia                .......... .......... G..A...... .......... .......... .......... .......... .......... ...A...... ..........   [3166]
Meliosma             .......... .......... G..A...... .......... .......... .......... ..G....... .......... ...A...... ..........   [3081]
Tetracentron         .......... .......... G..A...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3350]
Trochodendron        .......... .......... G..A...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3316]
Buxus                .......... .......... G..A...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..C.......   [3291]
Sarcococca           ........T. .......... G..A...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [1827]
Pachysandra          ........T. .......... G..A...... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..T.......   [3331]
Didymeles            ........G. .......... G..A...... .......... ....T..... .......... .......... .......... .......... ..........   [3364]
Dioscorea            .......... .C........ A......... .......... .......... .......... .......... .....A.... .......... ..T.....A.   [2922]
Croomia              .......... .......... A......... ........C. .......... .......... .......... .....A.... .......... ..T.....A.   [3313]
Carludovica          .......... .......... A......... ........C. .......... .......... .......... .....A.... .......... ..T.....A.   [1822]
Asparagus            .......... .......... A..A...... .......... .......... .......... .......... .....A.... .......... ........A.   [3314]
Orontium             .......... .......... A......... .......... .......... .......... .......... .....A.... .......... ..........   [3347]
Spathiphyllum        .......... .......... A......... .......... .......... .......... .......... .....A.... .......... ..........   [3303]
Alisma               ........T. .C........ A......... .......... ....T..... .......... T.A.....A. .A...A.G.. ...A...... ..C.....A.   [1614]
Potamogeton          .......... .C........ G......... .......... ....T..... .......... T.G.....T. .A...A.G.. ...A...... ..C.....A.   [3317]
Triglochin           ........T. .C........ G......... .......... ....T..... .......... T.G.....T. .A...A.G.. ...A...... ..C.....A.   [3067]
Pleea                .......... .......... A......... .......... .......... .......... .......... .....A.... .......... ..........   [3342]
Tofieldia            ........T. .......... A......... .......... .......... .......... .......... .....A.G.. .......... ..........   [3382]
Acorus_cal           .......... .......... A..A.....T ..A.....C. .......... .......... ..G..C.... .A...A.... ...A...... ..........   [3351]
Acorus_gra           .......... .......... A..A.....T ..A.....C. .......... .......... ..G..C.... .A...A.... ...A...... ..........   [3193]
Peperomia            ........T. .......... .......... .......... .......... .......... ..A....... .......... .......... ..T..G....   [3375]
Piper                .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..T..G....   [3379]
Anemopsis            ........T. .......... .......... ........C. .......... .......... .......... .......... .......... ........A.   [3234]
Houttuynia           ........T. .......... .......... ..T....... .......... .......... .......... .......... .......... ..T..G....   [3299]
Saururus             ........T. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..G..G..A.   [3378]
Lactoris             ........T. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3340]
Aristolochia         .......... .......... A......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..T.......   [3378]
Thottea              .......... .......... A......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..T.......   [3280]
Asarum               ........T. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3371]
Sauruma              ........T. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3378]
Ceratophyllum_dem    ........T. .......... A......... ..T....... .......... .......... .......... .......... ...A...... ..T..G..A.   [3265]
Ceratophyllum_sub    ........T. .......... A......... ..T....... .......... .......... .......... .......... ...A...... ..T..G..A.   [1794]
Ascarina             .......... .......... A......... .......... .......... .......... .......... .......... ...A...... ..........   [2970]
Chloranthus          .......... .......... A......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..C.......   [3328]
Hedyosmum            ........C. .......... A......... .......... .......... .......... .......... .......... ...A...... ..........   [3380]
Sarcandra            .......... .......... A......... .......... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..C.......   [3278]
Nymphaea             .......... .......... A......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3344]
Nuphar               .......... .......... A......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3046]
Brasenia             ........T. .......... A......... .......... .......... .......... .......... .......... ...A...... ..T.......   [3313]
Cabomba              ........T. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .A........ ...A...... ..G.......   [2458]
Amborella            .......... .......... G..A...... .......... ....T..... .......... ..G....... .......... .......... ........A.   [3376]
Illicium             .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........T. .......... .......... ........A.   [3333]
Kadsura              ........T. .......... A......... .......... .......... .......... ........T. .......... .......... ..T.......   [3281]
Schisandra           ........T. .......... A......... .......... .......... .......... ........T. .......... .......... ..T.......   [3367]
Trimenia             ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2522]
Austrobaileya        .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..T.......   [3376]
Cycas                .......... ....G..... A......... .C........ .......... .......... .CG....... .......... G......... ..T.....A.   [1819]
Zamia                .......... ....G..... A......... .C........ .......... .......... .CG....... .......... G......... ..T.....A.   [1697]
Ginkgo               .......... .......... A......... .......... .......... .......... ..G....... .......... ......G... ..C.....A.   [3298]
Metasequoia          C......... .......... G......... .......... .......... .......... ..G..C..T. .......... ......G... ..C.....A.   [2894]
Podocarpus           CC........ .C.CG..... G......... .......... ....T..... .......... .CG..C..T. .......... ......G... ..C.....A.   [2927]
Pinus                .......... .......... G......... .....C.... .......... .......... ..G....... .......... .......... ..C.....A.   [3337]
Gnetum               ........C. ...AC..... G......... .......... .......... ......G... ..G..T.... .......... .......... ..C.....A.   [2180]
Welwitschia          ....TTT.C. ...AC..... G......... .....C.... .......... ......G... ..G....... .......... ...A...... ........A.   [2915]

[                             3410       3420       3430       3440       3450       3460       3470       3480       3490       3500]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             CTATCGATAC CATATTGAAC CAAAAGCAAA TGAAC----- -TCAAGGGGC ACCTCTGAG- -----AGTGA GACAT---TG TATTGCGTCT ATGTAGCGAT   [3463]
Liriodendron         .......... .......... .......... .....----- -......... .........- -----..... .....---.. .......... ..........   [3467]
Degeneria            ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2897]
Galbulimima          .......... .......... .......... .....----- -......... .........- -----..... .....---.. .......... ..........   [3343]
Eupomatia            .......... .......... .......... .....----- -......... ..T......- -----..... .....---.. .......... ..........   [3434]
Annona               .......... .......... .......... .....----- -......... .A.......- -----..... .....---.. .......... ..........   [3097]
Asimina              .......... .......... .......... .....----- -......... .A.......- -----..... .....---.. .......... ..........   [3089]
Cananga              .......... .......... .......... .....----- -......... G........- -----..... .....---.. .......... ..........   [1971]
Polyalthia           .......... .......... .......... .....----- -......... .........- -----..... .....---.. .......... ..........   [1947]
Knema                .......... .......... .......... .....----- -......... .........- -----..... .....---.. .......... ..........   [3432]
Myristica            .......... .......... .......... .....----- -......... .........- -----..... .....---.. .......... ..........   [3460]
Mauloutchia          .......... .......... .......... .....----- -......... .........- -----..... .....---.. .......... ..........   [3382]
Belliolum            .......... .......... .......... .A...----- -......... .........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3435]
Drimys               .......... .......... .......... .A...----- -......... .........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3463]
Tasmannia            .......... .......... .......... .A...----- -......... .........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3354]
Takhtajania          ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2116]
Canella              .......... .......... .......... .A...----- -......... .........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3434]
Cinnamodendron       .......... .......... .......... .A...----- -......... .........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3415]
Calycanthus          .......... .......... .......... .....----- -GA....... .........- -----..... .....---.. .......... ..........   [3463]
Chimonanthus         .......... .......... .......... .....----- -GA....... .........- -----..... .....---.. .......... ..........   [3390]
Idiospermum          .......... .......... .......... .....----- -GA....... .........- -----..... .....---.. .......... ..........   [3437]
Hedycarya            .......... .......... .......... .....----- -GA....... .........- -----..... .....---.. .......... ..........   [3434]
Palmeria             .......... .......... .......... .....----- -GA....... .........- -----..... .....---.. .......... ..........   [3432]
Peumus               .......... .......... .......... .....----- -GA....... .........- -----..... .....---.. .......... ..........   [3423]
Siparuna             .......... .......... .......... .....----- -GA....... .........- -----..... .....---.. .......... ..........   [1959]
Atherosperma         .......... .......... .......... .....----- -GA....... .........- -----..... .....---.. .......... ..........   [3430]
Daphnandra           .......... .......... .......... .....----- -GA....... .........- -----..... .....---.. .......... ..........   [1969]
Doryphora            .......... .......... .......... .....----- -GA....... .........- -----..... .....---.. .......... ..........   [1967]
Gomortega            ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2582]
Gyrocarpus           .......... .......... .......... .....----- -GA....... .---.A...- -----..... .....---.. .......... ..........   [3436]
Cryptocarya          .......... .......... ........G. ....T----- -GA....... .T.......- -----..... .....---.. .......... ..........   [3383]
Cinnamomum           .......... .......... .......... .....----- -GA....... .........- -----..... .....---.. .......... ..........   [3436]
Laurus               .......... .......... .......... .....----- -GA....... .........- -----..... .....---.. .......... ..........   [1907]
Dicentra             .......... ......A... .......... .....----- -......A.. .........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3420]
Sanguinaria          .......... .......... .......... .....----- -......... .........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3443]
Euptelea             .......... .......... .......... .....----- -......... .........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3433]
Mahonia              .......... .......... .......... .....----- -......... .........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3402]
Podophyllum          .......... .......... .......... .....----- -......... .........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3353]
Lardizabala          .......... .......... .......... .....----- -......... C........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3407]
Akebia               .......... .......... .......... .....----- -......... C........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3398]
Cissampelos          .......... ......A... .......... .....----- -......... .........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3379]
Cocculus             .......... ......A... .......... .....----- -......... .........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3441]
Ranunculus           .A........ .......... .....AG... .....----- -........G ........A- -----..... A.TC.---.. .....T.... ..........   [3341]
Xanthorhiza          .......... .......... .......... .....----- -......... .........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3371]
Sargentodoxa         .......... .......... .......... ..C..----- -......... C........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3327]
Nelumbo              .......... ......A... .......... .....----- -......... .....C...- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3415]
Platanus             .......... ......A... .......... .....----- -......... .........- -----..... .....---.. .....T.... .......A..   [3346]
Petrophile           .......... ......A... .......... .....----- -......... .........- -----..... .....---.. .....T.... .......A..   [3407]
Persoonia            .......... ......A... .......... .....----- -......... .........- -----..... .....---.. .....T.... .......A..   [3422]
Grevillea            .......... ......A... .......... .....----- -......... .........- ---------- -....---.. .....T.... .......A..   [3365]
Sabia                .......... ......A... .......... .....----- -......... .........- -----..... T....---.. .....T.... .......A..   [3251]
Meliosma             .......... ......A... .......... .....----- -......... .........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3166]
Tetracentron         .......... ......A... .......... .....----- -......... .........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3435]
Trochodendron        .......... ......A... .......... .....----- -......... .........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3401]
Buxus                .......... ......A... .......... .C...----- -......... G........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3376]
Sarcococca           .......... ......A... .....A.... .A...----- -..C...... G........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [1912]
Pachysandra          .......... ......A... .....A.... .A...----- -..C...... G........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3416]
Didymeles            .......... ......A... .......... .A...----- -......... G........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3449]
Dioscorea            .......... T.....A... .......... .....----- -......... ......C..- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3007]
Croomia              .......... T.....A... .......... .....----- -......... .........- ---------- -....---.. .....T.... ..........   [3392]
Carludovica          .......... T.....A... .......... .....----- -......... .........- ---------- -....---.. .....T.... ..........   [1901]
Asparagus            .......... T.....A... .......... .....----- -GA....A.. .........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3399]
Orontium             .......... A.....A... .......... .....----- -......... .........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3432]
Spathiphyllum        .......... T.....A... .......... .....----- -......... .........- -----..... .....---.. .....T..T. ..........   [3388]
Alisma               .GG.A..... ......A... .....AG..C ....T----- -CA..A..CA .---AA..A- -----.A... C.A..---.. .....T.... ....G.....   [1696]
Potamogeton          .G..A..... ......A... .....AG..C ....T----- -G...C..CA .---AA..A- -----.A... A.A..---.. .....T.... ....G.....   [3399]
Triglochin           .AG.A..... ......A... .....AG..C ....T----- -G...C..CA .---AA..A- -----.A... ..A..---.. .....T.... ....G.....   [3149]
Pleea                .......... T.....A... .........T .....----- -......... .........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3427]
Tofieldia            .......... T.....A... .........T .....----- -......... .........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3467]
Acorus_cal           .......... T..C..A..T .....A...T .....----- -..C.....G .---A....- -----.AA.. A.A..---.A .....T..T. ..........   [3433]
Acorus_gra           .......... T..C..A..T .....A...T .....----- -..C.....T .---A....- -----CAA.. A.A..---.A .....T..T. ..........   [3275]
Peperomia            .......... .......... .......... .A...----- -........A ...AA....- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3460]
Piper                .......... .......... .......... .A...----- -......... ...GA....- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3464]
Anemopsis            .......... .........T .....A.... .A...----- -......... ...GA....- -----..... .....---.. .T...T.... ..........   [3319]
Houttuynia           .......... .......... .......... .A...----- -......... ...GA....- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3384]
Saururus             .......... .......... .......... .A...----- -......... ...GA....- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3463]
Lactoris             .......... ......A... .......... .A...----- -........G ..T..A...- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3425]
Aristolochia         .......... .......... .......... .A...----- -......... .........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3463]
Thottea              .......... .......... .......... .A...----- -......... .........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3365]
Asarum               .......... ......A... .......... .A...----- -......... .........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3456]
Sauruma              .......... ......A... .......... .A...----- -......... .........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3463]
Ceratophyllum_dem    .......... T......... .....A.... .....----- -..C...... .........- -----..... .....---.. .....T.... .......T..   [3350]
Ceratophyllum_sub    .......... T......... .....A.... .....----- -..C...... .........- -----..... .....---.. .....T.... .......T..   [1879]
Ascarina             .......... .......... .....A.... .....----- -......... .........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3055]
Chloranthus          .......... .......... .....A.... .....----- -......... .........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3413]
Hedyosmum            .......... .......... .....A.... .....----- -......... .........- -----..... T.A..ATA.T .....T.... ..........   [3468]
Sarcandra            .......... .......... .....A.... .....----- -......... .........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3363]
Nymphaea             .......... .......... .......... .T...TCAAA A..C.AA... .T......A- -----..... .....---.. .....T.... ....G.....   [3435]
Nuphar               .......... .......... .......... .....----- -..C.AT... .T......A- -----..... .....---.. .....T.... ....G.....   [3131]
Brasenia             .......... .......... .......... .A...----- -..C...... .........- -----..... .....---.. .....T.... ....G.....   [3398]
Cabomba              .......... .......... .......... .....----- -..C...... .....C...- -----..... .....---.. .....T.... ....G.....   [2543]
Amborella            .......... ......A... .......... .....----- -....A..C. .T.AAA...- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3461]
Illicium             .......... .......... .......... .....----- -......... .........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3418]
Kadsura              .......... .......... .......... .....----- -......... .........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3366]
Schisandra           .......... .......... .......... .....----- -......... .........- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3452]
Trimenia             ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2522]
Austrobaileya        .......... .......... .......... .....----- -......... ..AAAA...- -----..... .....---.. .....T.... ..........   [3461]
Cycas                ....T..... .....C.... ..G....G.. .....----- -....A.... ........T- -----..... A.A..---.. ...C.T.... ..........   [1904]
Zamia                ....T..... .....C.... ..G....G.. .....----- -....A.... .........- -----..... A.A..---.. ...C.T.... ..........   [1782]
Ginkgo               .........T .......... ..G....G.. .....----- -....A.... ........T- -----..... A.A..---.. .......... ..........   [3383]
Metasequoia          ....T....T .....CA... ..G....GCT CCC..CGTAG T..---.... ........T- -----....- --------.. ...C.....C ..........   [2976]
Podocarpus           ....T....T .....C.... ..G....GCT CCC..CTACG T..---.... ........T- -----....- --------.T ...C...... ....G.....   [3009]
Pinus                ....T....T .......... ..G....G.. .....----- -....A.TCA .AGG....T- -----..... ..A..---.. .......... ..........   [3422]
Gnetum               ....T....T A......... ..G....GT. C.TTTATTAG CG.C.ACA-- ----AG.G.G CGGAT....C C.A.GTAC.. ........A. ....C.....   [2274]
Welwitschia          ....T....T A......... ..G....T.C A....CTTGC GCGTCATACT G.AGAG...G CGTCTTCATC A.GTGCCT.. ........A. ....G.....   [3015]

[                             3510       3520       3530       3540       3550       3560       3570       3580       3590       3600]
[                             .          .          .          .          .          .          .          .          .          .]

Magnolia             TGGACAGAAA CGCTCGACTG TGGCACAATT AGTTCAAATT CTTCCAGAAG CGAATGCTTT GGAATATTCC ATTCTTGTAG CAGCCACCGC TTCGGATCCT   [3563]
Liriodendron         .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........   [3567]
Degeneria            ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------   [2897]
Galbulimima          .......... .......... ...