Nature 356, 37 - 41 (05 March 1992); doi:10.1038/356037a0

The C. elegans genome sequencing project: a beginning

J. Sulston^*, Z. Du^†, K. Thomas^*, R. Wilson^†, L. Hillier^†, R. Staden^*, N. Halloran^†, P. Green^†, J. Thierry-Mieg^‡, L. Qiu^†, S. Dear^*, A. Coulson^*, M. Craxton^*, R. Durbin^*, M. Berks^*, M. Metzstein^*, T. Hawkins^*, R. Ainscough^* & R. Waterston^†

^*MRC Laboratory of Molecular Biology, Hills Road, Cambridge CB2 2QH, UK
^†Department of Genetics, Box 8232, Washington University School of Medicine, 4566 Scott Avenue, St Louis, Missouri 63110, USA
^‡CNRS–CRBM et Physique-Mathématique, PO Box 5051, Montpellier 34044, France

The long-term goal of this project is the elucidation of the complete sequence of the Caenorhabditis elegans genome. During the first year methods have been developed and a strategy implemented that is amenable to large-scale sequencing. The three cosmids sequenced in this initial phase are surprisingly rich in genes, many of which have mammalian homologues.

References

1.	Watson, J. D. Science 248, 44−49 (1990). | PubMed | ISI | ChemPort |
2.	Cantor, C. R. Science 248, 49−51 (1990). | PubMed | ChemPort |
3.	Roberts, L. Science 249, 1497 (1990). | PubMed | ChemPort |
4.	Hunkapiller, T., Kaiser, R. J., Koop, B. F. & Hood, L. Science 254, 59−67 (1991). | PubMed | ISI | ChemPort |
5.	Roberts, L. Science 248, 1310−1313 (1990). | PubMed | ChemPort |
6.	Brenner, S. Genetics 77, 71−94 (1974). | PubMed | ISI | ChemPort |
7.	Wood, W. B. et al. The Nematode Caenorhabditis elegans (Cold Spring Harbor Laboratory, New York, 1988).
8.	Edgley, M. L. & Riddle, D. L. Genetic Maps 5, 3 (1990).
9.	Sulston, J. E. & Horvitz, H. R. Devl Biol. 56, 110−156 (1977). | ChemPort |
10.	Kimble, J. E. & Hirsh, D. I. Devl Biol. 70, 396−417 (1979). | ChemPort |
11.	Sulston, J. E., Schierenberg, E., White, J. G. & Thomson, J. N. Devl Biol. 100, 64−119 (1983). | ChemPort |
12.	White, J. G., Southgate, E., Thomson, J. N. & Brenner, S. Phil. Trans. R. Soc. 314, 1−340 (1986).
13.	Emmons, S. W., Yesner, L., Ruan, K. S. & Katzenberg, D. Cell 32, 55−65 (1983). | Article | PubMed | ISI | ChemPort |
14.	Eide, D. J. & Anderson, P. Proc natn. Acad Sci. U.S.A. 82, 1756−1760 (1985). | ChemPort |
15.	Moerman, D. G., Benian, G. M. & Waterston, R. H. Proc. natn. Acad. Sci. U.S.A. 83, 2579−2583 (1986). | ChemPort |
16.	Coulson, A. R., Sulston, J. E., Brenner, S. & Karn, J. Proc. natn. Acad. Sci. U.S.A. 83, 7821−7825 (1986). | ChemPort |
17.	Coulson, A. R., Waterston, R. H., Kiff, J. E., Sulston, J. E. & Kohara, Y. Nature 335, 184−186 (1988). | Article | PubMed | ISI | ChemPort |
18.	Coulson, A. et al. BioEssays 13, 413−417 (1991). | Article | PubMed | ISI | ChemPort |
19.	Stinchcomb, D. T., Shaw, J. E., Carr, S. H. & Hirsh, D. I. Molec. cell. Biol. 5, 3484−3496 (1985). | PubMed | ChemPort |
20.	Fire, A. EMBO J. 5, 2673−2680 (1986). | ISI | ChemPort |
21.	Fire, A. & Waterston, R. H. EMBO J. 8, 3419−3428 (1989). | PubMed | ISI | ChemPort |
22.	Blumenthal, T. & Thomas, J. H. Trends Genet 4, 305−308 (1988). | Article | PubMed | ChemPort |
23.	Schriefer, L. A., Gebauer, B. K., Qiu, L. Q. Q., Waterston, R. H. & Wilson, R. K. Nucleic Acids Res. 18, 7455−7456 (1990). | PubMed | ChemPort |
24.	Deininger, P. L. Analyt. Biochem. 129, 216−223 (1983). | PubMed | ISI | ChemPort |
25.	Gleeson, T. & Hillier, L. Nucleic Acids Res. 19, 6481−6483 (1991). | PubMed | ChemPort |
26.	Smith, L. M. et al. Nature 321, 674−679 (1986). | Article | PubMed | ISI | ChemPort |
27.	Craxton, M. Methods: A Companion to Methods in Enzymology 3, 20−26 (1991). | ChemPort |
28.	Dear, S. & Staden, R. Nucleic Acids Res 19, 3907−3911 (1991). | PubMed | ChemPort |
29.	Hillier, L. & Green, P. PCR Meth. Appls 1, 124−128 (1991). | ChemPort |
30.	Ansorge, W., Sproat, B. S., Stegemann, J. & Schwager, C. J. biochem. biophys. Meth. 13, 315−323 (1986). | Article | PubMed | ISI | ChemPort |
31.	Mizusawa, S., Nishimura, S. & Seela, F. Nucleic Acids Res. 14, 1319−1324 (1986). | PubMed | ISI | ChemPort |
32.	Hawkins, T. L. & Sulston, J. E. Nucleic Acids Res. 19, 2784 (1991). | PubMed | ChemPort |
33.	Hawkins, T. L., Du, Z., Halloran, N. D. & Wilson, R. K. Electrophoresis (manuscript submitted).
34.	Craxton, M. in DNA Sequencing: Laboratory Protacols (eds Griffin, H. G. & Griffin, A. M.) (Humana, NJ, 1992).
35.	Altschul, S. F., Gish, W., Miller, W., Myers, E. W. & Lipman, D. J. J. molec. Biol. 215, 403−410 (1990). | Article | PubMed | ISI | ChemPort |
36.	Drubin, D. G., Mulholland, J., Zhu, Z. & Botstein, D. Nature 343, 288−290 (1990). | Article | PubMed | ISI | ChemPort |
37.	Will, N. et al. Cell 33, 575−583 (1983). | Article | PubMed | ISI | ChemPort |
38.	Ferguson, E. L. & Horvitz, H. R. Genetics 110, 17−72 (1985). | PubMed | ISI | ChemPort |
39.	Oberle, I. et al. Science 252, 1097−1102 (1991). | PubMed | ISI | ChemPort |
40.	Yu, S. et al. Science 252, 1179−1181 (1991). | PubMed | ISI | ChemPort |
41.	Verkerk, A. J. M. H. et al. Cell 65, 905−914 (1991). | Article | PubMed | ISI | ChemPort |
42.	Herman, R. K. in The Nematode Caenorhabditis elegans (eds Wood, W. B. et al.) 17−45 (Cold Spring Harbor Laboratory, New York, 1988).
43.	Heine, U. & Blumenthal, T. J. molec Biol. 188, 301−312 (1986). | Article | PubMed | ChemPort |
44.	Olson, M. in Genome Dynamics, Protein Synthesis and Energetics (eds Broach, J. R., Pringle, J. R. & Jones, E. W.) 1−41 (Cold Spring Harbor, NY, 1991). | ChemPort |
45.	Hall, L. M. C., Mason, P. J. & Spierer, P. J. molec Biol. 169, 83−96 (1983). | PubMed | ChemPort |
46.	Bossy, B., Hall, L. M. C. & Spierer, P. EMBO J. 3, 2537−2541 (1984). | ISI | ChemPort |
47.	Vieira, J. & Messing, J. Meth. Enzym. 153, 3−11 (1987). | PubMed | ChemPort |
48.	Short, J. M., Fernandez, J. M., Sorge, J. A. & Huse, W. D. Nucleic Acids Res. 16, 7583−7600 (1988). | PubMed | ISI | ChemPort |
49.	Yanisch-Perron, C., Vieira, J. & Messing, J. Gene 33, 103−119 (1985). | Article | PubMed | ChemPort |
50.	Burglin, T. R., Finney, M., Coulson, A. & Ruvkin, G. Nature 341, 239−243 (1989). | Article | PubMed | ISI | ChemPort |
51.	Pearson, W. R. & Lipman, D. J. Proc. natn. Acad. Sci. U.S.A. 85, 2444−2448 (1988). | ChemPort |
52.	Kataoka, T., Broek, D. & Wigler, M. Cell 43, 493−505 (1985). | Article | PubMed | ISI | ChemPort |
53.	Kaneda, N. et al. J. biol. Chem. 263, 7672−7677 (1988). | PubMed | ChemPort |
54.	Sasaoka, T., Kaneda, N., Kurosawa, Y., Fujita, K. & Nagatsu, T. Neurochem. Int. 15, 555−565 (1989). | Article | ChemPort |
55.	Fukao, T. et al. J. Biochem., Tokyo 106, 197−204 (1989). | ChemPort |
56.	Prasad, S. S., Harris, L. J., Baillie, D. L. & Rose, A. M. Genome 34, 6−12 (1991). | PubMed | ChemPort |
57.	Leto, T. L. et al. Science 248, 727−730 (1990). | PubMed | ChemPort |
58.	Wada, Y., Kitamoto, K., Kanbe, T., Tanaka, K. & Anraku, Y. Molec. cell. Biol. 10, 2214−2223 (1990). | PubMed | ChemPort |
59.	Lendahl, U. & Wieslander, L. Cell 36, 1027−1034 (1984). | Article | PubMed | ChemPort |
60.	Dognin, M. J. & Wittman-Liebold, B. Eur. J. Biochem. 112, 131−151 (1980). | Article | PubMed | ChemPort |
61.	Post, L. E., Strycharz, G. D., Nomura, M., Lewis, H. & Dennis, P. P. Proc. natn. Acad. Sci. U.S.A. 76, 1697−1701 (1979). | ChemPort |
62.	Downing, W. L., Sullivan, S. L., Gottesman, M. E. & Dennis, P. P. J. Bact. 172, 1621−1627 (1990). | PubMed | ChemPort |
63.	Sauer, N., Friedl, K. & Wicke, U. Genbank Accession Number X55350 (1991).
64.	McGeoch, D. J. et al. J. gen. Virol. 69, 1531−1574 (1988). | PubMed | ISI | ChemPort |
65.	Perry, L. J., Rixon, F. J., Everett R. D., Frame, M. C. & McGeoch, D. J. J. gen. Virol. 67, 2365−2380 (1986). | PubMed | ChemPort |
66.	Chen, C.-M., Misra, T. K., Silver, S. & Rosen, B. P. J. biol. Chem 261, 15030−15038 (1986). | PubMed | ChemPort |
67.	Perin, M. S., Fried, V. A., Stone, D. K., Xie, X.-S. & Sudhof, T. C. J. biol. Chem. 266, 3877−3881 (1991). | PubMed | ISI | ChemPort |
68.	Greer, S. & Perham, R. N. Biochemistry 25, 2736−2742 (1986). | Article | PubMed | ChemPort |
69.	Russell, P. & Nurse, P. Cell 45, 145−153 (1986). | Article | PubMed | ISI | ChemPort |
70.	Frenkel, M. J., Dopheide, T. A., Wagland, B. M. & Ward, C. W. Genbank Accession Number M63263 (1991).